genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.75.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23934978--23935067	41	2.2	41	90	2	137	40	1	21	37	1.61
23941767--23941810	21	2.1	21	86	0	61	34	36	9	20	1.84
23944974--23945158	40	4.6	39	82	5	194	24	23	27	24	2.00
23944974--23945158	79	2.3	80	82	7	207	24	23	27	24	2.00
23945027--23945181	79	2.0	79	82	7	190	26	21	26	25	2.00
23948367--23948673	156	2.0	156	94	1	544	35	16	23	23	1.95
23967545--23967595	20	2.5	21	84	6	70	29	9	17	43	1.81
23970220--23970346	66	1.9	66	88	0	191	40	19	18	21	1.91
23971508--23971572	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
23977683--23977747	32	2.1	32	97	2	123	30	9	12	47	1.72
23979931--23980116	40	4.7	40	86	5	225	26	26	21	24	1.99
23982952--23983127	88	2.0	88	100	0	352	23	21	21	32	1.98
23987990--23988175	40	4.7	40	87	5	234	26	26	22	24	2.00
23996440--23996500	21	3.0	20	83	9	79	27	29	26	16	1.97
24002750--24002803	24	2.3	24	80	3	65	46	1	0	51	1.11
24011024--24011055	4	8.2	4	93	6	57	53	0	0	46	1.00
24011015--24011052	15	2.6	14	91	4	58	52	0	0	47	1.00
24015423--24015469	24	1.9	25	86	4	69	63	0	10	25	1.26
24016707--24016790	11	7.5	11	79	10	82	60	0	1	38	1.04
24016702--24016802	46	2.2	46	94	3	177	64	0	0	34	1.00
24021455--24021494	13	3.1	13	85	0	62	27	7	22	42	1.80
24026155--24026202	21	2.4	19	86	6	60	35	6	2	56	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24029134--24029158	12	2.1	12	100	0	50	48	8	0	44	1.32
24031977--24032029	21	2.5	22	84	3	72	9	32	30	28	1.88
24033990--24034021	4	8.0	4	100	0	64	50	0	0	50	1.00
24035368--24035444	36	2.1	36	83	4	93	37	16	10	35	1.83
24041689--24041794	47	2.3	46	77	6	106	33	6	4	54	1.47
24041755--24041808	27	2.0	26	82	10	65	38	7	1	51	1.41
24042133--24042171	16	2.5	15	80	8	51	28	0	5	66	1.12
24047333--24047515	37	4.7	37	71	18	140	44	1	3	51	1.25
24047379--24047532	18	9.0	17	66	21	72	42	0	2	53	1.19
24047315--24047674	119	3.0	120	93	2	598	43	1	4	51	1.28
24047613--24047672	16	3.8	16	76	12	54	45	0	1	53	1.10
24047622--24047663	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
24047798--24047904	45	2.6	40	79	17	128	29	28	6	34	1.83
24047817--24047906	45	2.0	44	91	6	146	32	28	6	32	1.83
24047886--24047934	16	3.1	16	93	0	89	22	36	6	34	1.79
24048109--24048142	17	2.0	17	88	0	50	17	2	2	76	1.04
24053673--24053907	50	4.6	50	82	3	227	22	28	20	28	1.99
24059561--24059694	71	1.9	72	90	1	216	35	7	8	47	1.63
24071793--24071832	17	2.4	17	95	0	71	22	27	37	12	1.90
24071790--24071881	35	2.7	35	75	1	96	22	23	35	17	1.95
24073374--24073418	15	2.9	15	81	15	56	60	24	2	13	1.45
24079765--24079796	11	2.9	11	95	0	55	34	18	0	46	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24088881--24088918	20	1.9	20	88	0	58	57	7	10	23	1.58
24089400--24089424	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
24091376--24091453	24	3.2	24	74	3	86	29	20	12	37	1.90
24091364--24091516	48	3.2	47	81	7	166	28	16	15	39	1.90
24091390--24091527	71	2.0	70	80	1	159	28	15	14	40	1.87
24091397--24091523	24	5.3	24	81	1	121	29	17	15	37	1.91
24091438--24091527	47	1.9	47	84	4	119	27	15	15	41	1.88
24092355--24092434	3	26.7	3	100	0	160	32	0	0	67	0.91
24092987--24093078	37	2.4	40	81	12	106	59	3	4	32	1.33
24097144--24097201	26	2.3	26	88	8	84	12	20	24	43	1.86
24097277--24097325	24	2.0	25	88	4	73	20	22	22	34	1.97
24099452--24099523	35	2.1	35	89	0	108	26	16	19	37	1.93
24100844--24100928	42	2.0	43	86	2	118	27	25	32	14	1.94
24109832--24109900	31	2.2	32	82	12	90	43	4	7	44	1.51
24110102--24110177	37	2.1	37	87	5	109	40	13	17	28	1.87
24111454--24111510	28	2.0	28	100	0	114	31	10	3	54	1.51
24113120--24113250	61	2.2	61	89	4	196	41	3	4	49	1.41
24114165--24114413	68	3.7	68	88	0	372	39	18	18	23	1.92
24117085--24117141	20	2.8	21	71	10	55	29	10	22	36	1.88
24120891--24120938	23	2.0	25	84	8	64	35	8	2	54	1.42
24124128--24124176	24	2.0	24	100	0	98	32	18	0	48	1.48
24125764--24125814	21	2.4	21	86	0	66	33	9	9	47	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24128418--24128453	17	2.1	17	89	0	54	41	11	5	41	1.64
24129213--24129269	26	2.2	26	81	6	62	29	31	0	38	1.58
24152051--24152234	51	3.9	46	79	14	155	25	21	32	21	1.98
24162411--24162478	34	2.0	34	94	0	118	25	25	25	25	2.00
24163561--24163653	29	3.2	28	80	10	82	59	0	5	35	1.21
24163576--24163653	19	4.1	19	69	16	54	60	0	5	34	1.19
24163576--24163669	29	3.3	29	82	4	104	60	0	6	32	1.22
24163576--24163641	10	6.9	10	74	10	66	62	0	4	33	1.16
24163576--24163641	19	3.5	20	77	8	66	62	0	4	33	1.16
24182872--24182900	13	2.1	14	93	6	51	10	6	13	68	1.37
24185363--24185407	21	2.1	21	100	0	90	20	31	8	40	1.83
24193231--24193260	13	2.3	13	94	0	51	0	26	16	56	1.40
24193395--24193436	22	1.9	22	85	0	57	21	4	45	28	1.72
24198214--24198262	22	2.2	22	92	0	80	40	8	2	48	1.44
24204933--24204980	24	2.1	22	81	11	53	52	10	12	25	1.71
24204941--24204985	24	1.9	23	90	4	72	53	8	13	24	1.68
24210295--24210327	17	1.9	17	88	11	50	60	9	9	21	1.54
24213073--24213102	15	1.9	16	93	6	53	63	3	13	20	1.43
24214171--24214213	18	2.4	17	77	11	50	2	20	6	69	1.23
24214769--24215048	94	3.0	94	78	8	273	29	19	18	32	1.96
24222947--24223171	40	5.7	40	85	5	287	24	21	28	25	1.99
24230044--24230110	32	2.2	30	83	5	80	68	5	17	7	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24236621--24236651	12	2.6	12	94	0	53	29	0	48	22	1.51
24239691--24239716	8	3.2	8	100	0	52	46	0	0	53	1.00
24244058--24244106	18	2.7	18	87	0	71	26	6	10	57	1.55
24245913--24245956	22	1.9	24	86	9	65	45	0	13	40	1.44
24266285--24266313	3	10.0	3	92	7	51	34	0	31	34	1.58
24270763--24270814	21	2.3	24	83	9	65	26	0	7	65	1.20
24270766--24270817	24	2.2	23	86	13	70	23	0	7	69	1.14
24270775--24270825	25	2.2	22	86	10	66	19	0	9	70	1.14
24273561--24273622	28	2.2	29	85	2	90	33	17	1	46	1.58
24274471--24274505	18	1.9	18	94	0	61	40	28	2	28	1.71
24274606--24274650	22	2.0	22	95	0	81	28	20	2	48	1.61
24275843--24275969	64	2.0	64	98	0	245	43	6	4	45	1.50
24276791--24276830	21	2.0	21	85	5	55	40	7	2	50	1.44
24277160--24277222	31	2.0	31	82	11	76	47	7	3	41	1.48
24288893--24288938	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
24288833--24289043	107	2.0	108	96	0	388	43	1	6	49	1.36
24289000--24289041	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
24288991--24289032	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
24289255--24289308	16	3.4	16	89	0	63	35	33	1	29	1.69
24303243--24303282	21	2.0	21	85	5	55	40	7	2	50	1.44
24303607--24303669	31	2.0	31	82	11	76	47	7	3	41	1.48
24315078--24315123	16	2.9	16	78	12	51	45	0	2	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24315018--24315223	107	1.9	107	96	0	385	42	1	6	49	1.37
24315185--24315228	16	2.8	16	83	13	56	45	0	2	52	1.13
24315439--24315492	16	3.4	16	89	0	63	35	33	1	29	1.69
24321335--24321457	61	2.0	60	85	6	167	34	15	17	32	1.92
24321465--24321524	23	2.6	23	89	0	93	36	16	13	33	1.88
24321730--24321808	17	4.9	17	69	20	71	24	12	20	43	1.86
24321723--24321864	46	3.1	46	92	2	232	26	13	18	41	1.87
24323936--24323979	23	1.9	23	85	0	61	11	27	20	40	1.86
24325715--24325766	25	2.1	25	100	0	104	51	7	7	32	1.59
24325719--24325772	25	2.2	25	93	0	90	50	11	5	33	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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