genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.91.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28695020--28695219	27	7.4	27	76	3	172	42	18	20	18	1.89
28695020--28695219	81	2.5	80	83	9	253	42	18	20	18	1.89
28695392--28695468	26	3.0	26	86	0	109	19	24	19	36	1.95
28702527--28702640	27	4.2	27	83	4	140	47	19	15	17	1.83
28702527--28702640	54	2.1	54	86	0	156	47	19	15	17	1.83
28719868--28720599	167	4.4	171	79	8	654	32	12	10	44	1.76
28719872--28720592	84	8.7	84	77	9	545	33	12	10	44	1.76
28720547--28720658	59	1.9	59	83	3	145	25	11	11	50	1.72
28720556--28720672	59	2.0	59	81	3	137	23	10	12	52	1.70
28723668--28723845	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
28723669--28723824	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
28723665--28723845	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
28730358--28730424	34	1.9	35	87	3	100	46	8	8	35	1.67
28731363--28731441	13	6.1	13	85	5	115	37	24	6	31	1.80
28733107--28733558	234	1.9	234	98	0	877	28	19	14	36	1.92
28739536--28739566	15	2.1	15	93	0	53	32	9	0	58	1.31
28740292--28740698	103	3.9	107	86	3	556	31	19	17	31	1.95
28745310--28745417	41	2.6	40	75	2	99	32	25	19	23	1.97
28773844--28774020	46	3.8	46	92	1	284	36	9	24	29	1.86
28777245--28777306	26	2.4	26	91	0	97	35	16	11	37	1.84
28787676--28787712	19	1.9	19	88	0	56	56	8	2	32	1.43
28788027--28788459	113	3.9	111	83	6	500	56	16	2	24	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28798003--28798060	30	1.9	30	100	0	116	39	20	13	25	1.90
28799118--28799204	33	2.7	32	77	12	95	47	17	9	26	1.77
28799184--28799250	34	1.9	35	93	3	118	46	11	8	32	1.72
28799232--28799272	14	2.9	14	82	13	57	41	12	12	34	1.80
28799219--28799272	28	1.9	28	88	0	81	42	12	9	35	1.75
28801404--28801461	27	2.1	27	83	0	71	53	3	1	41	1.28
28808010--28808045	17	2.1	17	100	0	72	47	11	5	36	1.63
28809666--28809741	33	2.3	32	80	6	89	35	17	21	26	1.95
28809770--28809846	33	2.3	32	80	6	91	33	16	22	27	1.95
28809665--28809858	105	1.8	105	85	2	273	32	16	23	26	1.96
28811032--28811064	17	2.0	17	88	5	50	69	12	6	12	1.35
28814822--28814850	14	2.1	14	100	0	58	44	13	20	20	1.85
28816726--28816785	24	2.6	23	75	15	68	50	1	0	48	1.11
28822034--28822073	13	3.0	14	78	14	57	42	5	20	32	1.73
28824228--28824282	28	2.0	28	82	7	67	61	1	0	36	1.06
28825377--28825441	32	2.1	30	88	5	94	26	3	13	56	1.52
28826029--28826142	34	3.5	32	79	11	108	50	14	0	34	1.50
28826174--28826244	21	3.4	21	72	0	70	46	26	0	26	1.53
28826165--28826263	42	2.3	43	81	10	121	47	29	1	22	1.58
28826230--28826274	16	2.8	16	90	6	65	53	35	0	11	1.37
28834923--28834972	17	3.1	16	80	11	50	74	10	0	16	1.08
28835201--28835261	30	2.0	30	90	0	95	24	26	31	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28835559--28835588	13	2.3	13	94	0	51	16	26	30	26	1.97
28838065--28838095	6	5.0	6	96	4	53	80	0	0	19	0.71
28838037--28838093	25	2.3	26	75	9	64	73	1	3	21	1.07
28839763--28839799	18	2.0	19	89	5	58	45	8	18	27	1.77
28842096--28842140	22	2.0	22	100	0	90	35	4	13	46	1.63
28858974--28859020	20	2.4	20	89	3	69	57	6	10	25	1.56
28865372--28865420	24	2.0	24	100	0	98	20	4	12	63	1.45
28875901--28875995	49	1.9	49	97	0	181	57	7	29	5	1.48
28879639--28879708	20	3.3	19	75	22	68	4	18	1	75	1.04
28879763--28879819	8	7.2	8	72	23	50	47	1	0	50	1.11
28880398--28880448	21	2.4	21	93	0	84	15	27	33	23	1.95
28884245--28884286	21	2.0	21	100	0	84	42	33	0	23	1.55
28885352--28885377	13	2.0	13	100	0	52	53	0	0	46	1.00
28889962--28890006	16	2.9	16	87	9	58	48	0	8	42	1.34
28889875--28890144	132	2.1	131	97	0	513	40	4	14	40	1.66
28897450--28897488	18	2.1	19	90	4	62	30	20	10	38	1.86
28898170--28898196	13	2.1	13	100	0	54	14	7	11	66	1.43
28899526--28899586	31	2.0	31	86	0	86	49	4	9	36	1.58
28904770--28905003	123	1.9	123	84	3	319	22	26	14	35	1.94
28904770--28905003	41	5.7	41	88	0	288	22	26	14	35	1.94
28913918--28913980	30	2.1	30	96	0	117	57	15	3	23	1.53
28916189--28916541	97	3.5	104	88	8	535	19	20	30	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28918283--28919157	92	9.5	92	93	0	1401	43	15	6	34	1.72
28918338--28919134	31	26.0	31	73	8	356	44	15	5	34	1.71
28921167--28921329	73	2.2	73	80	5	177	35	19	23	20	1.96
28921217--28921345	25	5.2	25	70	10	95	34	20	24	21	1.97
28924643--28924688	18	2.6	18	89	0	65	65	0	0	34	0.93
28924645--28924693	18	2.8	17	81	6	62	65	0	2	32	1.04
28924893--28925029	9	14.0	9	68	15	76	59	0	4	35	1.23
28924927--28924976	22	2.3	22	86	3	66	52	2	2	44	1.24
28924967--28925032	19	3.5	19	78	12	73	63	0	3	33	1.10
28924968--28925029	28	2.2	28	86	10	92	64	0	3	32	1.09
28925212--28925305	49	2.0	47	83	8	118	22	6	4	67	1.32
28926001--28926055	26	2.1	26	96	0	101	29	0	16	54	1.42
28926229--28926255	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
28926529--28926714	43	4.3	43	79	1	122	30	31	18	20	1.96
28926507--28926714	86	2.4	85	79	3	200	27	30	18	23	1.97
28926571--28926739	86	2.0	86	81	0	203	27	28	18	25	1.98
28926489--28926733	129	1.9	129	79	3	278	27	30	20	22	1.98
28927036--28927127	21	4.4	21	87	0	103	5	42	17	34	1.72
28927098--28927238	66	2.1	66	88	5	205	13	27	18	40	1.88
28929201--28929497	9	34.2	9	70	18	150	38	1	15	44	1.57
28929206--28929329	16	7.9	16	71	18	100	36	1	16	45	1.57
28929220--28929379	25	6.2	25	76	11	144	38	1	14	45	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28929206--28929531	34	9.7	33	71	16	124	38	1	14	45	1.55
28929413--28929561	31	4.6	30	78	13	138	37	2	12	46	1.56
28929410--28929561	65	2.3	65	91	0	241	37	2	13	46	1.57
28929413--28929561	34	4.6	34	80	10	177	37	2	12	46	1.56
28929703--28929756	23	2.5	22	82	8	58	44	0	7	48	1.31
28929705--28929771	20	3.2	21	73	14	50	47	0	7	44	1.31
28929778--28929824	23	2.1	22	88	11	69	12	6	0	80	0.88
28930016--28930252	89	2.7	88	94	2	411	45	24	1	27	1.63
28930258--28930291	14	2.4	14	86	13	52	38	44	0	17	1.49
28930874--28931057	41	4.5	41	86	4	248	35	23	21	19	1.96
28931500--28931530	14	2.1	15	94	5	55	41	0	3	54	1.16
28932022--28932088	27	2.5	27	95	2	118	44	0	11	43	1.41
28938134--28938183	26	1.9	26	95	0	91	32	18	8	42	1.79
28938150--28938380	115	2.0	115	99	0	453	38	10	14	36	1.81
28940368--28940435	9	7.3	9	70	18	50	63	2	1	32	1.18
28940370--28940417	10	5.0	10	80	14	57	68	2	0	29	1.01
28940370--28940417	19	2.5	19	83	12	71	68	2	0	29	1.01
28940370--28940435	18	3.5	19	80	12	73	63	3	1	31	1.19
28947260--28947285	11	2.4	11	100	0	52	26	0	0	73	0.84
28947244--28947314	29	2.4	30	82	13	85	30	1	0	67	0.99
28947338--28947416	41	1.9	41	92	0	131	22	22	13	40	1.90
28949416--28949495	29	2.8	29	80	3	99	33	16	6	43	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28958375--28958399	13	1.9	13	100	0	50	48	0	8	44	1.32
28959455--28959519	19	3.4	19	68	19	53	35	3	10	50	1.53
28962551--28962657	25	4.4	23	81	9	85	38	22	22	16	1.93
28962569--28962657	25	3.6	25	89	0	133	39	22	20	17	1.92
28963620--28963662	5	8.8	5	94	5	79	58	0	0	41	0.98
28970226--28970256	6	5.2	6	100	0	62	0	0	16	83	0.64
28970875--28970906	15	2.1	15	94	0	55	50	0	0	50	1.00
28970905--28971083	60	3.1	54	65	22	137	48	7	1	43	1.41
28970869--28971159	59	4.9	59	66	16	188	49	5	1	42	1.36
28971125--28971159	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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