genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.70.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   

This is table  70  of  240  ( 28759 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22506977--22507065	30	3.0	30	91	3	144	56	0	10	33	1.33
22507088--22507148	9	6.6	9	73	19	54	62	1	1	34	1.15
22507102--22507148	17	2.6	17	86	10	58	68	0	2	29	1.02
22515100--22515133	6	5.7	6	96	0	59	67	29	0	2	1.05
22526618--22526704	32	2.7	33	80	8	108	41	9	9	40	1.69
22526745--22526784	18	2.2	18	86	8	55	55	12	5	27	1.58
22528402--22528426	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
22535799--22535861	28	2.3	28	83	5	76	36	14	6	42	1.71
22538319--22538374	27	2.1	27	100	0	112	46	7	10	35	1.66
22539606--22539745	70	2.0	70	98	0	271	42	11	20	25	1.86
22541446--22541502	15	3.6	15	72	11	51	43	3	1	50	1.29
22543982--22544038	23	2.4	24	77	8	64	36	12	14	36	1.83
22544186--22544236	22	2.4	22	86	3	68	41	5	19	33	1.76
22547654--22547701	25	1.9	25	87	8	71	70	6	0	22	1.09
22547680--22547756	18	4.3	17	73	16	57	62	1	5	31	1.25
22548032--22548086	22	2.3	23	79	17	60	30	5	3	60	1.37
22548065--22548113	18	2.7	18	75	6	55	36	4	2	57	1.30
22562754--22562869	44	2.7	44	78	6	128	23	24	25	27	2.00
22563005--22563277	86	3.2	86	86	3	361	23	23	22	30	1.99
22563009--22563312	86	3.5	87	86	2	303	24	22	23	29	1.99
22563474--22563798	44	7.6	43	72	7	180	27	21	20	31	1.98
22563462--22563623	87	1.9	87	84	2	218	25	23	20	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22563561--22563886	87	3.8	87	72	11	278	28	20	19	31	1.97
22563562--22563972	170	2.4	169	90	2	628	28	20	19	30	1.97
22563692--22563969	83	3.3	83	69	14	244	28	20	19	31	1.97
22564000--22564135	42	3.2	42	64	13	107	26	23	23	26	2.00
22563973--22564139	85	2.0	85	96	0	307	26	25	20	27	1.99
22566277--22566306	8	3.6	8	95	4	51	13	0	13	73	1.10
22568885--22568933	19	2.5	20	80	6	57	40	12	20	26	1.87
22577281--22577365	42	2.0	42	90	0	134	43	18	15	22	1.87
22579036--22579073	19	2.0	20	89	5	60	44	7	2	44	1.47
22579260--22579299	15	2.7	15	88	0	53	65	0	5	30	1.14
22579683--22579934	125	2.0	125	99	0	495	48	9	17	25	1.77
22581028--22581068	4	10.5	4	84	5	57	24	4	0	70	1.06
22582620--22582661	19	2.2	19	95	0	75	35	9	14	40	1.78
22591472--22592932	44	31.7	44	69	15	379	33	16	19	29	1.95
22591836--22592089	139	1.8	139	82	3	323	35	19	18	27	1.95
22592009--22592245	51	4.9	51	69	14	160	35	16	18	29	1.94
22592351--22592471	51	2.4	51	85	2	163	32	17	19	30	1.95
22591472--22592889	89	15.3	89	73	10	717	33	16	19	29	1.94
22592109--22592888	285	2.7	285	88	1	1111	31	17	20	30	1.96
22592636--22592761	51	2.5	51	81	2	146	29	19	22	28	1.98
22592437--22593034	329	1.8	329	86	2	869	29	18	22	30	1.97
22600952--22601027	19	4.0	19	70	16	68	55	2	3	38	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22601071--22601118	24	2.0	24	87	0	69	37	2	4	56	1.30
22601147--22601212	28	2.3	28	84	7	80	33	6	1	59	1.31
22601147--22601212	10	6.9	10	76	10	50	33	6	1	59	1.31
22601139--22601213	9	7.6	10	76	10	57	34	5	1	58	1.29
22604216--22604245	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
22606361--22606392	5	6.4	5	96	0	55	34	0	3	62	1.11
22613432--22613463	16	2.0	16	93	0	55	53	6	6	34	1.51
22614628--22614673	24	1.9	24	91	8	76	26	36	26	10	1.89
22615693--22615735	16	2.9	15	80	10	52	76	0	9	13	1.01
22616856--22616905	21	2.4	20	83	6	55	52	0	2	46	1.12
22619660--22619702	3	14.3	3	85	9	61	32	4	0	62	1.15
22623978--22624011	17	1.9	18	94	5	61	32	38	29	0	1.58
22625259--22625495	118	2.0	118	100	0	474	28	22	17	31	1.97
22627436--22627515	24	3.4	24	82	3	90	21	5	23	50	1.68
22629207--22629240	5	6.8	5	89	0	50	0	20	14	64	1.28
22629550--22629587	19	2.0	19	100	0	76	47	10	10	31	1.72
22632886--22632973	44	2.0	44	100	0	176	15	15	11	56	1.66
22640148--22640189	16	2.6	16	85	10	59	66	0	7	26	1.17
22640766--22640812	23	2.0	23	87	0	67	23	8	4	63	1.40
22645712--22645854	38	3.8	38	85	0	169	21	16	25	35	1.95
22645735--22645805	22	3.5	21	69	21	62	18	14	29	38	1.90
22648313--22648468	43	3.6	43	82	7	176	26	16	25	32	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22648261--22648468	44	4.8	42	76	11	149	27	15	25	31	1.95
22653137--22653292	34	4.6	34	87	1	224	41	33	12	12	1.81
22660091--22660126	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
22663221--22663412	50	3.8	50	88	2	287	20	31	21	25	1.98
22663752--22663808	30	1.9	30	85	7	80	26	24	5	43	1.75
22667069--22667106	19	2.0	19	94	0	67	34	10	28	26	1.90
22673497--22673737	122	2.0	122	86	1	340	27	16	25	30	1.96
22674176--22674281	44	2.4	44	91	0	167	22	16	24	36	1.94
22676368--22676433	24	2.8	24	85	0	78	4	13	6	75	1.14
22676363--22676407	6	7.7	6	97	2	83	0	15	0	84	0.62
22676392--22676443	24	2.2	24	85	0	68	11	9	11	67	1.43
22682116--22682161	21	2.2	21	88	0	65	13	52	0	34	1.40
22682511--22682545	18	1.9	18	88	0	52	8	48	0	42	1.33
22687524--22687590	35	1.9	35	84	3	91	43	8	10	37	1.71
22688663--22688729	35	1.9	35	87	3	100	43	10	10	35	1.73
22689796--22689868	35	2.1	35	87	2	103	41	9	10	38	1.73
22690935--22691007	35	2.1	35	84	2	94	39	9	12	38	1.76
22692081--22692146	34	1.9	34	84	6	89	43	10	10	34	1.74
22693212--22693278	35	1.9	35	84	3	91	41	10	11	35	1.76
22695488--22695554	35	1.9	35	90	3	109	43	8	10	37	1.71
22700432--22700499	35	2.0	35	91	2	111	42	8	11	36	1.73
22701036--22701134	48	2.0	49	98	1	191	51	18	12	18	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22701465--22701513	22	2.2	22	82	7	55	55	2	34	8	1.41
22702904--22702970	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
22712350--22712410	29	2.3	26	80	11	70	40	6	6	45	1.56
22713459--22713556	2	49.0	2	100	0	196	0	0	50	50	1.00
22715204--22715262	30	2.0	29	81	15	68	44	0	16	38	1.48
22715516--22715611	39	2.5	39	80	6	108	20	23	28	27	1.99
22720849--22721497	114	5.7	114	83	4	711	25	22	24	27	2.00
22720849--22721457	228	2.7	226	87	4	798	25	22	24	26	2.00
22721511--22721550	19	2.2	18	86	13	55	27	2	5	65	1.27
22721828--22721860	14	2.3	15	94	5	59	30	0	33	36	1.58
22721932--22722089	80	2.0	82	86	5	223	28	0	27	43	1.55
22722070--22722107	14	2.7	14	91	0	58	15	0	44	39	1.47
22722507--22722550	14	3.2	14	77	6	54	9	0	40	50	1.34
22722507--22722544	13	2.8	14	84	8	51	7	0	42	50	1.31
22723399--22723868	147	3.2	147	78	5	371	26	15	22	35	1.94
22723490--22723868	146	2.6	146	79	7	376	27	17	21	33	1.96
22725189--22725220	15	2.1	15	100	0	64	28	6	12	53	1.62
22725977--22726029	18	2.8	19	83	10	65	39	1	1	56	1.21
22726176--22726340	13	12.5	13	74	7	127	40	9	3	46	1.54
22726149--22726278	66	2.0	66	82	0	161	42	9	3	45	1.51
22726200--22726349	53	2.8	53	94	0	264	40	10	3	46	1.54
22726372--22726413	18	2.2	18	87	8	57	52	0	2	45	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22726511--22726560	16	3.4	15	73	21	52	44	18	4	34	1.68
22726573--22726717	28	5.0	28	74	15	114	44	15	2	37	1.59
22726668--22726717	16	3.4	16	73	21	63	46	18	2	34	1.60
22731938--22733293	679	2.0	679	91	0	2214	34	19	11	34	1.88
22734593--22734622	16	1.9	16	93	6	53	50	20	0	30	1.49
22735761--22735827	25	2.7	25	85	0	89	32	17	20	28	1.96
22741884--22741915	16	2.0	16	100	0	64	50	18	12	18	1.78
22744549--22744620	10	7.1	10	82	16	62	0	20	0	79	0.74
22744553--22744619	7	9.9	7	79	10	68	0	20	0	79	0.74
22744549--22744620	14	5.5	13	79	15	78	0	20	0	79	0.74

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240