genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.107.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33074549--33074716	46	3.7	46	87	0	228	26	20	22	30	1.98
33075682--33075941	41	6.3	41	88	0	333	21	18	31	28	1.97
33076291--33076329	15	2.7	15	88	4	53	25	2	35	35	1.70
33076438--33076492	24	2.3	23	87	3	83	38	0	1	60	1.08
33076682--33076729	7	6.9	7	75	0	51	25	0	47	27	1.52
33076682--33076729	21	2.3	21	96	0	87	25	0	47	27	1.52
33076132--33076805	339	2.0	332	81	10	764	30	2	23	43	1.67
33077077--33077119	20	2.2	20	87	8	61	79	4	2	13	1.00
33077078--33077120	13	3.4	13	80	6	52	76	4	2	16	1.05
33081049--33081114	19	3.3	19	76	12	78	15	3	22	59	1.50
33081062--33081140	19	3.5	24	70	24	82	12	6	20	60	1.53
33081049--33081130	41	2.0	41	97	0	155	13	4	23	58	1.54
33081238--33081303	34	1.9	35	84	9	91	40	1	3	54	1.25
33081457--33081702	43	5.7	43	84	3	255	21	17	34	26	1.96
33081457--33081702	86	2.9	85	82	4	289	21	17	34	26	1.96
33081457--33081702	129	1.9	128	82	0	303	21	17	34	26	1.96
33081666--33081797	66	2.0	66	100	0	264	19	22	30	27	1.98
33082387--33082600	106	2.0	106	100	0	428	32	10	20	36	1.86
33083443--33083468	6	4.3	6	100	0	52	30	0	0	69	0.89
33083829--33083886	16	3.6	16	80	0	62	10	48	17	24	1.78
33092342--33092519	27	6.6	26	83	6	187	26	15	28	29	1.96
33092343--33092498	82	1.9	81	88	3	233	26	16	28	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33092339--33092519	82	2.2	81	83	2	229	27	16	27	29	1.97
33101820--33101869	26	1.9	26	91	0	82	28	18	26	28	1.98
33106066--33106121	29	1.9	29	85	7	78	51	14	7	26	1.67
33113710--33113804	30	3.2	30	86	0	118	20	23	33	23	1.97
33118997--33119027	16	1.9	16	100	0	62	12	19	45	22	1.84
33119281--33119529	27	9.3	27	80	2	196	43	23	15	18	1.87
33119281--33119512	107	2.2	107	82	2	268	43	24	14	17	1.86
33121075--33121143	32	2.2	32	81	5	77	21	30	26	21	1.99
33123143--33123181	12	2.9	14	85	11	55	35	17	0	46	1.49
33128117--33128166	24	2.1	25	88	7	77	56	8	6	30	1.52
33129932--33130574	50	12.9	50	72	1	392	23	19	23	33	1.97
33129901--33130574	100	6.8	100	87	0	936	23	19	24	32	1.98
33137939--33138128	79	2.4	81	82	7	219	25	27	22	24	2.00
33137920--33138123	40	5.1	40	81	8	220	24	27	23	25	2.00
33145971--33146155	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
33145952--33146155	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
33149246--33149637	122	3.2	123	79	5	369	29	17	16	37	1.91
33149731--33149827	34	2.9	33	78	4	115	45	14	1	39	1.52
33149732--33149842	33	3.3	33	72	17	104	46	14	0	37	1.51
33151408--33151454	22	2.2	21	84	3	58	19	12	31	36	1.89
33168957--33168995	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
33169221--33169318	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33169223--33169311	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
33176328--33176366	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
33176592--33176689	23	4.3	23	90	2	162	20	21	26	31	1.98
33176594--33176682	45	2.0	45	95	0	160	19	22	26	31	1.97
33192072--33192127	6	8.8	6	80	18	53	17	5	0	76	0.96
33192081--33192134	27	1.9	29	85	7	76	18	7	0	74	1.05
33193145--33193179	18	1.9	18	94	0	61	88	0	11	0	0.51
33194973--33195015	22	2.0	22	95	0	77	9	16	30	44	1.79
33197339--33197384	19	2.4	19	85	3	56	71	6	0	21	1.08
33197473--33197505	9	3.7	9	91	0	57	27	27	12	33	1.92
33198644--33198695	20	2.4	22	90	9	81	46	28	1	23	1.63
33198772--33198820	14	3.5	14	82	0	62	46	34	0	18	1.49
33199089--33199237	41	3.6	40	82	5	181	31	28	19	20	1.97
33199185--33199300	61	1.9	61	92	0	196	24	29	21	25	1.99
33202086--33202125	17	2.4	16	79	4	53	32	0	2	65	1.06
33209923--33209973	26	2.0	26	88	0	75	25	19	23	31	1.98
33213804--33213904	49	2.1	49	84	3	132	30	28	13	26	1.94
33216002--33216026	8	3.1	8	100	0	50	76	0	0	24	0.80
33218338--33218416	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
33218535--33218780	47	5.2	47	90	0	348	28	30	9	32	1.88
33218746--33218802	23	2.5	23	94	2	98	26	28	14	31	1.94
33218699--33218848	70	2.2	70	96	1	275	28	28	10	32	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33218652--33218896	117	2.1	117	94	2	431	29	28	9	32	1.89
33218605--33218908	164	1.9	164	95	1	547	29	28	9	32	1.88
33218769--33218908	47	3.0	47	95	2	255	29	28	8	33	1.87
33222313--33222482	40	4.3	39	78	4	162	25	27	21	25	2.00
33222288--33222480	80	2.4	81	81	5	198	24	27	21	26	1.99
33222790--33222868	29	2.7	29	86	5	106	27	32	15	24	1.95
33224775--33224853	37	2.1	37	88	4	115	25	30	18	25	1.98
33224972--33225322	47	7.5	47	93	0	549	28	29	8	33	1.87
33227918--33227946	12	2.4	12	100	0	58	75	6	0	17	1.01
33229082--33229124	17	2.5	17	78	17	52	39	23	11	25	1.88
33229812--33229922	6	18.5	6	100	0	222	34	0	16	49	1.46
33248355--33249038	47	14.1	47	91	4	1019	32	8	29	29	1.87
33248355--33249038	145	4.7	143	91	4	1045	32	8	29	29	1.87
33248355--33249038	194	3.5	192	93	3	1095	32	8	29	29	1.87
33249157--33249235	37	2.1	37	88	0	113	22	20	31	25	1.98
33251143--33251216	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
33251526--33251669	39	3.6	39	81	8	139	25	22	27	23	2.00
33251526--33251669	40	3.6	40	80	11	145	25	22	27	23	2.00
33251644--33251760	40	2.9	40	83	5	155	23	20	29	26	1.99
33255215--33255851	47	13.1	49	91	4	992	32	8	29	29	1.87
33255215--33255840	147	4.3	146	93	2	1035	31	8	29	29	1.87
33255215--33255851	245	2.6	243	92	3	1020	32	8	29	29	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33255970--33256048	37	2.1	37	90	0	122	24	18	31	25	1.98
33259708--33259772	6	11.2	6	80	12	66	73	0	13	12	1.09
33259708--33259772	26	2.5	26	90	5	96	73	0	13	12	1.09
33259708--33259772	32	2.0	32	91	5	105	73	0	13	12	1.09
33260175--33260237	30	2.1	30	96	0	117	47	7	11	33	1.68
33281921--33282093	71	2.3	78	84	11	227	27	19	28	24	1.99
33281920--33282095	40	4.6	40	85	11	237	27	19	28	24	1.99
33294519--33294552	16	2.2	16	89	5	52	76	0	0	23	0.79
33294962--33294999	19	2.1	17	90	9	58	39	0	2	57	1.12
33298992--33299160	27	6.3	27	81	5	209	43	18	19	18	1.88
33321573--33321610	19	2.1	17	90	9	58	39	0	2	57	1.12
33321814--33321849	18	2.0	18	88	0	54	13	11	0	75	1.06
33325594--33325762	27	6.3	27	82	4	218	44	17	19	18	1.87
33325594--33325762	53	3.2	51	83	8	212	44	17	19	18	1.87
33325605--33325761	80	2.0	80	85	2	217	44	18	19	17	1.87
33331510--33331566	21	2.7	21	83	0	60	57	1	1	38	1.19
33331543--33331594	26	2.0	26	88	0	77	46	3	1	48	1.31
33334417--33334479	33	1.9	33	87	6	92	55	17	3	23	1.56
33334415--33334490	33	2.3	33	77	6	82	57	14	2	25	1.50
33334588--33334620	16	2.0	17	88	5	50	45	0	9	45	1.35
33334903--33334944	12	3.3	12	84	12	57	45	0	9	45	1.36
33334902--33334946	14	3.4	14	81	12	58	46	0	8	44	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33336321--33336383	20	3.2	20	73	13	58	63	3	0	33	1.10
33336324--33336374	21	2.4	21	77	6	59	62	1	0	35	1.06
33336321--33336412	40	2.3	39	78	10	89	61	5	0	32	1.18
33336367--33336432	28	2.4	27	82	9	73	59	7	0	33	1.26
33340000--33340100	20	5.1	20	80	4	87	30	14	8	45	1.76
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33343025--33343130	45	2.4	45	85	0	149	47	11	17	23	1.80
33343341--33343402	27	2.3	27	88	0	88	33	16	25	24	1.95
33346527--33347104	27	21.3	27	81	8	577	20	18	20	40	1.92
33346600--33347068	80	5.7	89	81	13	299	20	18	20	40	1.92

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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