genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.6.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2263083--2263123	21	2.0	21	85	9	57	21	4	7	65	1.37
2266997--2267033	15	2.2	18	86	13	53	40	0	0	59	0.97
2267002--2267073	36	2.0	37	83	2	92	43	1	0	55	1.08
2280633--2280682	18	2.7	18	81	9	57	58	2	6	34	1.34
2287867--2287908	21	2.0	21	95	0	75	30	14	21	33	1.93
2288881--2288920	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
2288869--2288935	34	1.9	35	87	3	100	46	11	8	32	1.72
2294390--2294441	26	2.0	26	92	7	88	34	19	11	34	1.88
2302808--2302872	26	2.5	24	79	13	76	23	4	3	69	1.21
2307800--2307827	14	2.0	14	100	0	56	35	21	14	28	1.92
2310425--2310468	14	3.4	13	81	9	54	72	11	15	0	1.11
2310432--2310472	13	3.1	13	82	6	55	73	7	19	0	1.07
2311482--2311576	48	2.0	48	97	0	181	35	12	11	40	1.80
2316951--2316975	11	2.3	11	100	0	50	44	0	0	56	0.99
2341480--2341572	39	2.5	37	78	7	89	27	27	22	21	1.99
2342660--2342693	17	2.1	16	88	5	50	2	14	5	76	1.09
2342682--2342732	14	3.6	14	76	7	50	17	13	0	68	1.21
2342882--2342918	14	2.4	17	86	13	53	51	0	0	48	1.00
2343674--2343720	23	2.0	24	87	4	69	31	0	19	48	1.49
2344232--2344271	15	2.8	14	85	7	53	27	2	2	67	1.16
2349444--2349494	25	2.0	25	100	0	102	19	23	15	41	1.90
2354619--2354662	23	1.9	23	90	0	70	29	2	6	61	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2361460--2361505	21	2.2	21	84	0	56	63	4	4	28	1.33
2366327--2366354	13	2.2	13	100	0	56	21	7	14	57	1.61
2370541--2370581	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
2388488--2388521	16	2.1	16	88	0	50	35	0	2	61	1.11
2388835--2388867	17	1.9	17	93	0	57	51	0	9	39	1.34
2391627--2391699	24	3.0	24	89	0	119	12	46	4	36	1.61
2392499--2392539	8	5.1	8	100	0	82	0	14	24	60	1.34
2396825--2396891	34	1.9	35	84	3	91	43	13	10	32	1.78
2406038--2406253	86	2.5	87	82	6	231	36	23	11	29	1.89
2408789--2408842	15	3.5	15	82	9	63	29	0	3	66	1.09
2408789--2408841	17	3.2	16	82	10	63	28	0	3	67	1.07
2417339--2417396	29	1.9	31	86	6	84	41	1	0	56	1.09
2417708--2417747	21	1.9	21	94	0	71	45	32	0	22	1.53
2420630--2420659	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
2430368--2430464	25	3.9	25	75	2	70	36	17	22	23	1.95
2438665--2438708	19	2.3	18	81	11	52	38	0	4	56	1.20
2438724--2438766	21	2.0	22	90	4	70	37	0	2	60	1.10
2438796--2438835	16	2.3	19	87	12	59	37	2	2	57	1.26
2444441--2444500	15	3.9	16	75	18	56	61	0	0	38	0.96
2444443--2444500	23	2.5	23	80	11	64	62	0	0	37	0.96
2481687--2481868	51	3.6	51	81	9	203	30	16	24	28	1.96
2483671--2483723	19	2.7	20	75	11	56	60	3	0	35	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2483671--2483758	22	4.0	22	76	15	67	57	3	0	38	1.15
2483680--2483747	22	2.9	24	78	14	79	60	2	0	36	1.12
2485999--2486038	7	5.7	7	100	0	80	57	0	15	27	1.38
2497104--2497150	18	2.6	18	77	16	51	31	0	0	68	0.90
2501277--2501336	24	2.5	24	83	8	68	40	0	3	56	1.16
2510771--2510822	21	2.6	21	80	17	58	28	0	5	65	1.16
2511296--2511338	22	2.0	22	85	0	59	30	2	0	67	1.03
2514333--2514357	2	12.5	2	100	0	50	0	0	48	52	1.00
2514450--2514588	68	2.0	68	97	0	260	25	18	6	49	1.71
2521315--2521365	18	2.8	18	75	0	66	13	43	3	39	1.63
2524178--2524217	20	2.0	20	90	0	62	50	12	10	27	1.72
2524166--2524232	34	1.9	35	90	3	109	46	13	8	31	1.74
2524201--2524240	14	2.9	14	84	0	53	42	17	7	32	1.77
2527823--2527865	17	2.6	16	82	10	50	34	2	16	46	1.60
2530353--2530402	2	25.0	2	100	0	100	50	0	50	0	1.00
2531441--2531502	31	2.0	32	87	3	90	27	14	12	45	1.82
2544184--2544226	18	2.4	18	92	0	68	16	62	16	4	1.48
2544270--2544309	21	1.9	21	85	10	55	17	52	2	27	1.57
2544301--2544388	9	10.1	9	68	16	60	22	60	3	13	1.48
2544379--2544411	12	2.8	12	100	0	66	18	51	0	30	1.46
2544262--2544660	129	3.1	129	83	6	424	20	55	4	20	1.60
2544439--2544481	15	2.9	15	82	0	50	25	58	2	13	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2544513--2544540	6	4.7	6	100	0	56	17	50	0	32	1.47
2544709--2544755	18	2.6	18	86	0	67	25	55	4	14	1.58
2544708--2544768	21	3.0	21	76	9	65	24	52	4	18	1.65
2548233--2548318	45	1.9	45	97	0	163	44	12	8	34	1.72
2548683--2548744	21	3.1	21	62	29	53	25	19	19	35	1.95
2548665--2548744	39	2.1	39	100	0	160	25	17	20	37	1.94
2560727--2560764	19	2.0	20	89	5	60	65	5	0	28	1.14
2566955--2567001	12	3.6	13	77	8	51	63	2	2	31	1.18
2568133--2568163	16	1.9	16	100	0	62	29	19	0	51	1.47
2570821--2570864	18	2.4	18	84	0	61	31	0	4	63	1.14
2571505--2571553	21	2.4	21	80	12	57	57	4	0	38	1.18
2576299--2576445	72	2.0	72	80	5	163	17	34	5	42	1.73
2581698--2581777	31	2.6	30	82	2	88	20	12	21	46	1.83
2592698--2592743	22	2.1	22	91	0	74	15	6	6	71	1.27
2597162--2597205	15	2.7	17	79	10	56	68	0	2	29	1.02
2597162--2597211	16	3.0	16	78	21	50	64	0	4	32	1.12
2609070--2609126	31	1.9	31	85	7	82	56	0	3	40	1.17
2610488--2610522	18	1.9	18	94	0	61	65	2	0	31	1.07
2610960--2610992	17	1.9	17	93	0	57	39	39	0	21	1.53
2610993--2611035	22	2.0	22	86	9	61	0	16	6	76	0.99
2617329--2617387	26	2.3	26	85	11	77	33	1	0	64	1.04
2621977--2622014	13	2.9	13	84	0	58	34	26	7	31	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2636457--2636523	34	2.0	34	84	0	89	31	8	7	52	1.61
2640261--2640309	14	3.4	14	75	5	53	38	0	0	61	0.96
2659732--2659776	14	3.2	13	81	12	54	66	0	6	26	1.16
2670778--2670847	36	1.9	36	82	0	86	22	7	11	58	1.57
2694346--2694385	18	2.2	18	90	0	62	32	2	0	65	1.06
2696922--2696959	17	2.2	17	90	4	58	63	7	0	28	1.23
2701231--2701516	99	3.0	95	85	4	365	41	1	16	40	1.57
2702140--2702188	11	4.9	11	78	19	54	40	0	0	59	0.98
2702144--2702183	17	2.3	18	91	4	64	37	0	0	62	0.95
2702331--2702422	41	2.3	40	83	3	130	22	22	25	29	1.99
2709026--2709133	54	2.0	54	98	0	207	31	12	25	30	1.92
2710700--2710746	24	2.0	23	88	8	69	55	4	6	34	1.45
2711680--2711818	42	3.3	41	81	7	156	49	17	20	11	1.78
2714214--2714295	41	2.0	41	100	0	164	34	17	9	39	1.82
2722726--2722770	20	2.3	20	88	3	65	26	0	4	68	1.08
2723812--2723859	3	16.0	3	78	8	53	31	8	0	60	1.26
2733534--2733576	6	6.8	6	86	7	50	0	23	0	76	0.78
2733534--2733560	13	2.1	13	100	0	54	0	14	0	85	0.61
2733534--2733574	19	2.1	19	86	4	55	0	21	0	78	0.76
2736769--2736808	20	2.0	20	100	0	80	30	20	15	35	1.93
2747539--2747571	16	2.1	16	94	0	57	36	0	3	60	1.12
2753239--2753318	27	2.9	28	71	16	67	47	1	5	46	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2756387--2756427	19	2.1	20	95	4	75	43	9	0	46	1.36
2763360--2763455	49	2.0	49	97	2	185	33	3	28	35	1.73
2764760--2764815	27	2.1	27	96	0	103	32	28	12	26	1.93
2774605--2774681	33	2.3	33	93	2	127	22	19	22	36	1.95
2776716--2776751	15	2.4	15	90	9	56	30	13	2	52	1.55
2780814--2780857	15	2.8	16	82	6	54	43	20	4	31	1.72
2781077--2781154	39	2.0	39	89	0	120	29	14	11	44	1.80
2784120--2784164	24	1.9	23	90	4	72	40	8	0	51	1.33
2784636--2784702	29	2.5	25	81	13	71	32	13	4	49	1.62
2784789--2784839	20	2.5	20	81	15	61	62	5	5	25	1.41

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