genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.28.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9800820--9800867	25	2.0	24	87	4	69	39	22	22	14	1.91
9800847--9800897	24	2.1	24	88	0	75	37	21	23	17	1.94
9800855--9800908	24	2.2	24	83	3	63	40	24	20	14	1.90
9800738--9801047	150	2.1	149	93	2	523	38	20	21	19	1.94
9801001--9801047	24	2.0	24	91	0	76	38	14	27	19	1.91
9804158--9804189	14	2.4	13	94	5	55	31	0	0	68	0.90
9809315--9809423	52	2.1	53	86	6	152	37	0	31	30	1.64
9810654--9810697	18	2.3	19	85	14	56	59	2	6	31	1.36
9811287--9811398	42	2.7	41	83	4	134	33	19	22	25	1.97
9811331--9811455	43	2.9	43	80	5	121	30	22	20	26	1.98
9811762--9811895	65	2.0	66	88	1	198	13	26	17	41	1.87
9814225--9814280	19	3.0	20	82	7	73	66	5	3	25	1.29
9814426--9814982	114	4.9	113	81	4	546	26	24	23	25	2.00
9819236--9819279	20	2.3	19	84	4	52	63	2	0	34	1.07
9819237--9819280	19	2.3	18	81	11	52	61	2	0	36	1.09
9819242--9819288	19	2.3	21	85	10	71	55	4	0	40	1.19
9819435--9819484	3	16.7	3	95	0	55	42	0	0	58	0.98
9819556--9819607	22	2.4	22	73	0	59	38	7	3	50	1.50
9821086--9821111	5	5.2	5	100	0	52	0	57	42	0	0.98
9821127--9821248	26	3.5	37	69	29	115	32	2	0	64	1.06
9821132--9821270	63	2.2	62	84	6	163	33	2	2	61	1.20
9827139--9827242	37	2.8	37	77	5	111	38	18	5	37	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9837942--9838045	49	2.1	49	92	0	172	30	8	10	50	1.67
9839472--9839788	61	5.3	61	72	11	312	43	0	4	51	1.27
9839523--9839557	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
9839523--9839576	15	3.4	16	80	19	53	46	0	0	53	1.00
9839431--9839818	120	3.3	120	97	1	737	44	0	3	51	1.24
9839622--9839651	15	1.9	16	93	6	53	43	0	6	50	1.28
9839643--9839677	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
9839643--9839696	15	3.4	16	80	19	53	46	0	0	53	1.00
9839763--9839797	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
9839763--9839816	15	3.4	16	80	19	53	46	0	0	53	1.00
9862157--9862213	26	2.2	26	90	0	87	17	21	17	43	1.88
9862181--9862266	24	3.5	24	70	9	66	16	24	23	36	1.94
9875433--9875492	30	1.9	32	86	6	88	68	0	1	30	0.99
9880556--9880595	5	8.0	5	85	0	53	40	0	37	22	1.54
9881431--9881470	19	2.1	19	90	4	62	70	5	5	20	1.26
9883469--9883559	46	2.0	46	97	0	173	20	18	4	56	1.59
9885174--9885241	21	3.2	21	74	0	73	42	19	23	14	1.88
9885166--9885283	42	2.8	41	85	5	146	43	17	22	16	1.88
9885180--9885284	42	2.5	41	87	4	147	42	18	21	17	1.89
9889040--9889077	17	2.2	17	90	0	58	5	13	13	68	1.37
9889825--9889872	23	2.1	24	85	14	66	16	8	25	50	1.73
9891064--9891217	25	6.2	25	75	13	149	51	4	6	37	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9891057--9891191	48	2.8	48	96	0	252	51	5	6	37	1.51
9891057--9891174	23	5.0	23	74	13	114	51	5	7	34	1.55
9891198--9891252	27	2.1	25	80	12	58	50	0	5	43	1.25
9894859--9895023	47	3.6	45	68	21	121	46	3	3	47	1.35
9894907--9894964	25	2.3	24	82	8	62	46	0	3	50	1.18
9894785--9894989	88	2.3	91	88	3	299	46	3	3	46	1.38
9894907--9895032	47	2.6	49	72	11	123	44	2	3	50	1.31
9895139--9895193	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
9895334--9895425	45	2.1	44	87	6	132	33	27	5	33	1.80
9895409--9895456	16	3.0	16	87	0	69	29	35	0	35	1.58
9896324--9896548	123	1.8	124	91	4	375	42	7	7	42	1.60
9922648--9922694	24	2.0	24	86	0	67	31	6	21	40	1.78
9939596--9939647	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
9941568--9941619	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
9947580--9947802	40	5.6	40	82	4	218	24	21	29	25	1.99
9947655--9947837	79	2.3	80	80	1	208	25	21	29	24	1.99
9954761--9954983	40	5.6	40	82	4	218	24	21	29	25	1.99
9954836--9955018	79	2.3	80	80	1	208	25	21	29	24	1.99
9957807--9957858	17	3.0	17	75	10	52	55	11	3	28	1.53
9959163--9959258	42	2.3	42	81	1	111	31	15	21	31	1.95
9959816--9960066	48	5.2	48	88	4	362	25	15	15	43	1.87
9959816--9960047	98	2.4	98	89	2	362	24	15	15	44	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9960771--9960795	13	1.9	13	100	0	50	20	0	16	64	1.30
9965194--9965258	33	2.0	33	96	0	121	41	33	6	18	1.75
9972941--9972974	9	3.7	9	88	7	50	26	44	23	5	1.76
9988158--9988223	25	2.6	25	97	0	123	28	25	19	25	1.99
9989025--9989080	14	4.1	13	80	13	51	32	10	0	57	1.33
9989008--9989082	28	2.7	27	75	19	73	30	12	0	57	1.35
9996140--9996287	42	3.5	42	79	0	152	43	17	21	16	1.87
10004738--10004814	33	2.3	32	82	6	91	27	19	16	36	1.93
10005188--10005236	18	2.6	19	74	9	55	34	0	0	65	0.93
10007746--10007797	12	4.5	11	75	13	50	38	3	1	55	1.29
10007921--10007989	29	2.4	27	79	15	75	8	65	1	24	1.30
10008129--10008168	6	6.8	6	91	2	55	25	5	70	0	1.08
10008128--10008168	18	2.4	17	88	8	64	24	4	70	0	1.06
10008178--10008215	12	3.2	12	81	3	51	34	0	0	65	0.93
10008205--10008273	21	3.3	21	75	18	63	40	5	0	53	1.25
10008205--10008248	20	2.2	20	84	15	56	43	6	0	50	1.29
10012838--10012892	4	13.8	4	100	0	110	25	0	23	50	1.49
10014304--10014351	10	4.8	10	77	10	53	29	4	2	64	1.23
10014304--10014347	20	2.2	20	88	4	63	25	4	2	68	1.20
10014342--10014408	30	2.3	30	82	12	77	37	2	1	58	1.23
10027770--10027825	17	3.4	17	76	14	62	41	17	8	32	1.81
10029257--10029444	99	1.9	100	83	3	245	29	5	10	54	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10030134--10030217	30	2.7	29	75	18	73	48	4	2	44	1.36
10031031--10031085	16	3.6	14	77	18	56	78	1	10	9	1.05
10049918--10049983	33	2.1	33	82	5	82	33	4	0	62	1.16
10050280--10050390	18	5.8	18	71	16	64	32	2	3	61	1.27
10050261--10050433	10	18.0	9	71	15	84	33	3	3	59	1.31
10050344--10050433	18	4.6	19	77	14	78	35	4	2	57	1.31
10064584--10064677	36	2.5	35	80	14	100	43	1	23	31	1.61
10069553--10069623	37	1.9	37	88	0	106	38	4	22	35	1.74
10070620--10070664	23	2.0	23	91	8	74	28	6	26	37	1.82
10072265--10072401	51	2.7	51	79	0	175	40	13	6	39	1.71
10073288--10073481	96	2.0	96	87	0	280	12	32	18	37	1.88
10075163--10075299	51	2.7	51	77	0	166	40	14	6	38	1.72
10075268--10075310	23	1.9	22	86	13	61	37	16	6	39	1.75
10076314--10076354	21	2.0	21	85	4	57	46	4	7	41	1.53
10078620--10078657	10	3.5	11	85	10	51	76	7	15	0	1.01
10100445--10100491	7	6.7	7	100	0	94	72	0	0	27	0.85
10101209--10101276	21	2.9	23	78	10	59	47	1	1	50	1.19
10101209--10101259	26	2.1	25	82	10	61	47	1	0	50	1.12
10128303--10128351	7	7.0	7	100	0	98	71	0	0	28	0.86
10129070--10129139	22	2.9	24	81	8	72	48	1	1	48	1.19
10129070--10129121	26	2.1	26	85	7	72	48	1	0	50	1.12
10137154--10137375	97	2.2	99	85	9	281	41	13	16	27	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10137214--10137552	179	1.9	170	90	6	536	43	12	15	28	1.82
10137392--10137759	101	3.4	106	89	7	525	40	14	15	28	1.87
10140931--10141133	46	4.3	48	88	7	265	35	14	21	28	1.92
10140865--10141133	98	2.7	98	93	0	457	34	14	22	28	1.93
10141097--10141237	37	4.0	37	84	10	197	38	17	19	24	1.93
10143174--10143360	37	4.9	37	88	7	243	25	21	16	36	1.93
10143320--10143539	52	4.3	52	85	8	299	27	22	14	35	1.93
10143373--10143545	46	3.7	46	84	9	231	28	22	14	34	1.93
10143279--10143545	98	2.7	97	93	2	437	28	22	14	34	1.93
10145940--10145984	24	1.9	23	86	4	63	35	2	4	57	1.31

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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