genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.206.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62477519--62477580	26	2.3	25	81	15	70	54	0	0	45	0.99
62477523--62477593	20	3.2	20	69	28	54	57	0	0	42	0.98
62479211--62479242	15	2.1	15	100	0	64	28	18	46	6	1.73
62481584--62481636	20	2.6	21	77	16	58	35	22	13	28	1.92
62484926--62484954	7	4.3	7	95	4	51	72	0	0	27	0.85
62486194--62486290	24	4.2	24	74	24	100	40	0	0	59	0.97
62486217--62486292	9	8.6	9	70	13	59	39	0	0	60	0.97
62486194--62486297	11	9.5	11	70	23	69	40	0	0	59	0.97
62486193--62486294	43	2.4	44	84	14	149	41	0	0	58	0.98
62486484--62486512	4	7.2	4	100	0	58	24	0	24	51	1.48
62491857--62491896	18	2.2	18	86	0	53	10	15	7	67	1.41
62494124--62495402	132	9.7	132	90	1	1870	27	17	24	29	1.97
62494603--62494783	44	4.1	44	64	16	104	28	18	23	29	1.98
62498350--62498384	17	2.1	17	89	5	54	51	0	0	48	1.00
62506822--62506854	17	1.9	17	93	0	57	48	3	6	42	1.43
62515105--62515146	21	2.0	21	95	0	75	45	14	26	14	1.83
62529380--62529420	22	2.0	20	85	9	55	36	0	0	63	0.95
62529889--62529932	22	2.0	21	86	4	61	31	0	0	68	0.90
62530989--62531021	15	2.1	16	88	5	50	51	0	0	48	1.00
62530989--62531022	16	2.1	16	88	0	50	52	0	0	47	1.00
62531760--62531801	22	1.9	22	95	0	75	69	14	9	7	1.37
62531759--62531813	22	2.5	23	79	8	69	61	12	12	12	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62540000--62540024	11	2.3	11	100	0	50	32	0	0	68	0.90
62545084--62545143	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
62545891--62545917	5	5.4	5	100	0	54	22	18	22	37	1.95
62556205--62556284	25	3.2	25	79	11	85	18	26	20	35	1.95
62557262--62557291	7	4.3	7	100	0	60	43	26	0	30	1.55
62559557--62559673	22	5.0	22	79	11	92	37	17	23	20	1.94
62559603--62559685	25	3.3	25	91	0	130	36	19	21	22	1.95
62560547--62560586	13	3.2	13	85	7	55	0	30	0	70	0.88
62560697--62560743	23	2.0	23	91	0	76	42	10	4	42	1.59
62563829--62563899	31	2.3	31	78	9	74	26	7	19	46	1.75
62564466--62564551	38	2.3	38	82	8	104	48	2	4	44	1.36
62564578--62564653	25	3.1	23	76	12	71	68	1	25	5	1.18
62564598--62564651	21	2.5	22	85	8	76	66	1	25	5	1.23
62564928--62564963	18	1.9	19	88	5	56	44	0	22	33	1.53
62565540--62565662	40	3.1	40	70	8	117	26	15	22	35	1.94
62565829--62565870	22	2.0	22	85	4	59	42	4	28	23	1.74
62574090--62574115	7	3.7	7	100	0	52	26	15	46	11	1.80
62582249--62582277	15	1.9	15	100	0	58	48	0	6	44	1.29
62582249--62582298	15	3.2	15	82	5	55	50	6	4	40	1.46
62583006--62583052	20	2.3	20	74	0	58	46	0	0	53	1.00
62598589--62598626	19	2.0	19	94	0	67	34	15	13	36	1.87
62601925--62601994	27	2.6	27	88	0	86	34	15	17	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62610377--62610411	18	1.9	18	88	0	52	40	2	2	54	1.30
62616793--62616841	14	3.3	16	72	18	52	40	4	6	48	1.47
62616781--62616841	28	2.2	27	88	8	88	40	4	4	49	1.46
62626760--62626851	37	2.5	37	98	0	175	26	18	18	36	1.94
62626815--62627083	46	5.6	46	84	10	349	28	21	14	36	1.92
62626858--62627077	52	4.3	52	85	8	299	27	21	14	36	1.92
62626832--62627083	98	2.6	98	94	0	441	28	21	15	34	1.93
62630707--62630783	36	2.2	35	88	4	111	31	7	27	33	1.85
62634807--62634831	12	2.1	12	100	0	50	68	8	0	24	1.16
62636843--62636919	4	19.2	4	91	0	127	50	28	0	20	1.48
62641999--62642037	20	1.9	21	89	5	62	30	20	5	43	1.73
62642940--62642980	17	2.4	17	87	0	64	43	4	0	51	1.23
62651907--62651947	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
62658012--62658404	133	3.0	129	79	5	394	21	18	20	39	1.92
62659849--62659888	20	2.0	20	85	0	53	67	0	2	30	1.04
62662286--62662315	16	1.9	16	93	6	53	43	0	0	56	0.99
62662462--62662532	32	2.3	30	78	9	72	47	14	0	38	1.44
62663047--62663093	3	15.7	3	81	0	58	0	42	25	31	1.55
62663047--62663093	15	3.1	15	96	0	85	0	42	25	31	1.55
62665862--62665908	19	2.6	19	83	6	53	38	2	2	57	1.23
62675222--62675278	28	2.0	28	96	0	105	42	12	7	38	1.70
62692269--62692295	14	1.9	14	100	0	54	44	25	0	29	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62694080--62694126	25	1.9	25	86	4	69	44	4	10	40	1.59
62694568--62694625	29	1.9	31	82	6	75	41	8	5	44	1.57
62696098--62696135	20	1.9	20	88	0	58	15	26	26	31	1.96
62701077--62701117	14	2.8	15	82	17	59	53	2	0	43	1.13
62708433--62708486	27	2.0	27	82	3	65	42	0	3	53	1.18
62708445--62708514	28	2.6	25	79	18	79	38	0	2	58	1.13
62708434--62708530	26	3.6	27	70	16	65	43	0	2	54	1.11
62709155--62709204	21	2.4	21	80	6	57	64	0	0	36	0.94
62710171--62710200	12	2.5	12	100	0	60	30	13	13	43	1.82
62711737--62711795	20	3.0	19	78	7	64	55	3	0	40	1.16
62713690--62713731	16	2.6	16	85	10	59	59	7	7	26	1.50
62714009--62714058	6	8.2	6	80	10	57	34	2	46	18	1.60
62717355--62717456	22	4.8	21	72	17	68	63	0	3	31	1.19
62717471--62717505	17	2.0	18	94	5	63	74	2	0	22	0.95
62735260--62735605	61	5.7	61	90	0	494	28	19	19	32	1.96
62736458--62736496	20	2.0	20	84	0	51	17	20	23	38	1.93
62742680--62742797	33	3.6	33	97	0	218	15	18	27	38	1.91
62750978--62751014	19	1.9	19	88	0	56	5	27	16	51	1.66
62750966--62751029	21	3.1	21	73	8	69	4	31	15	48	1.66
62753549--62753635	6	14.2	6	84	9	113	34	1	45	18	1.57
62753549--62753635	31	2.8	31	92	1	140	34	1	45	18	1.57
62753549--62753635	25	3.5	24	86	7	113	34	1	45	18	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62753632--62753702	23	3.2	23	69	18	78	28	5	59	7	1.47
62753617--62753737	43	2.8	43	98	0	233	30	5	53	9	1.57
62753851--62754075	29	7.6	30	83	10	293	51	0	9	37	1.41
62753851--62754074	60	3.8	60	86	6	330	51	0	9	37	1.41
62753953--62754005	25	2.2	24	96	3	97	45	0	11	43	1.40
62757930--62757982	21	2.5	21	90	0	79	30	37	9	22	1.86
62758478--62758526	21	2.3	21	96	0	89	34	28	10	26	1.89
62766342--62766416	39	1.9	39	91	0	123	65	1	8	25	1.28
62769223--62769251	12	2.3	13	94	5	51	27	0	17	55	1.42
62770378--62770604	115	2.0	115	93	0	391	39	18	25	16	1.91
62771456--62771795	46	7.5	46	96	1	614	29	22	15	33	1.94
62774863--62774926	28	2.4	27	94	5	112	43	9	0	46	1.35
62775020--62775106	37	2.4	37	98	0	165	49	0	12	37	1.41
62775020--62775106	18	4.7	19	80	5	106	49	0	12	37	1.41
62775674--62775725	27	1.9	27	96	0	95	13	32	23	30	1.93
62775676--62775734	27	2.2	27	87	0	82	13	28	27	30	1.94
62775785--62775849	28	2.4	28	94	2	114	47	0	10	41	1.38
62781503--62781594	45	2.0	45	97	0	175	28	41	4	26	1.74
62792598--62792645	25	2.0	24	88	12	71	47	2	20	29	1.61
62812371--62812411	2	20.5	2	94	0	73	2	0	46	51	1.14
62823537--62823595	30	1.9	31	86	6	84	45	0	0	54	0.99
62828416--62828454	20	2.0	19	95	5	69	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62828416--62828465	11	4.5	11	80	14	59	40	0	0	60	0.97
62828431--62828468	13	3.1	13	85	7	53	42	0	0	57	0.98
62828431--62828480	24	2.1	24	81	7	57	46	0	2	52	1.12
62828474--62828506	15	2.2	15	100	0	66	81	0	0	18	0.68
62828868--62828901	10	3.4	10	91	0	50	14	47	20	17	1.83
62828864--62828893	15	2.0	15	93	0	51	10	50	20	20	1.76
62830873--62830934	22	2.8	22	92	4	99	24	56	6	12	1.60
62831017--62831064	23	2.2	21	85	7	60	12	2	29	56	1.48
62831017--62831082	21	3.0	21	82	8	62	10	3	30	56	1.49
62831410--62831494	3	28.3	3	71	21	56	30	3	1	64	1.17

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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