genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.93.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29212697--29212736	12	3.3	12	92	0	62	42	15	40	2	1.60
29213157--29213249	42	2.2	42	83	7	109	22	20	22	34	1.97
29214326--29214359	15	2.2	16	89	5	52	73	0	11	14	1.10
29214368--29214440	5	13.6	5	85	8	92	58	0	23	17	1.38
29214369--29214440	27	2.6	27	87	8	101	58	0	23	18	1.39
29214368--29214437	22	3.2	22	91	2	115	57	0	24	18	1.41
29214927--29214980	25	2.1	26	86	3	74	50	0	11	38	1.38
29215148--29215199	21	2.5	21	93	3	88	61	0	13	25	1.32
29221384--29221432	20	2.5	20	100	0	98	0	10	16	73	1.09
29221629--29221663	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
29221963--29222024	31	2.0	31	100	0	124	41	16	9	32	1.80
29223247--29223575	90	3.7	89	84	6	416	52	13	6	27	1.65
29224231--29224560	112	2.9	111	82	7	380	31	21	19	27	1.97
29225581--29225623	9	4.8	9	80	8	52	74	2	2	20	1.04
29225579--29225623	19	2.5	18	79	10	56	75	2	2	20	1.01
29226836--29226875	20	2.0	20	85	9	55	67	2	0	30	1.04
29231016--29231072	27	2.2	26	81	6	69	64	5	1	28	1.25
29243967--29244018	22	2.4	22	83	3	61	30	42	0	26	1.56
29255834--29255875	21	1.9	23	85	9	61	16	23	35	23	1.95
29259472--29259609	42	3.3	42	91	0	204	31	26	14	28	1.95
29259430--29259608	84	2.1	84	82	8	213	30	24	15	29	1.95
29268035--29268112	29	2.6	30	82	11	81	64	0	23	12	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29272601--29272668	31	2.3	30	87	5	102	48	10	5	35	1.61
29278215--29278268	26	2.2	23	83	9	63	57	5	5	31	1.45
29279932--29279986	2	27.5	2	100	0	110	0	0	49	50	1.00
29281334--29281376	21	2.0	21	82	8	52	74	2	13	9	1.16
29290646--29290684	18	2.2	18	90	9	62	71	2	20	5	1.17
29292455--29292529	33	2.2	34	85	2	107	36	8	12	44	1.71
29308477--29308522	21	2.3	19	82	14	56	58	4	6	30	1.43
29308483--29308531	21	2.3	21	89	6	73	55	4	8	32	1.48
29308602--29308651	18	2.7	19	76	14	50	58	4	8	30	1.45
29308875--29308909	18	1.9	18	88	0	52	34	8	0	57	1.29
29309254--29309315	19	3.3	18	69	10	52	38	4	1	54	1.31
29309175--29309415	133	1.8	133	81	4	299	43	7	4	43	1.54
29311129--29311175	3	15.7	3	86	0	67	34	0	6	59	1.23
29311129--29311175	12	3.9	12	97	0	85	34	0	6	59	1.23
29316217--29316247	4	7.5	4	92	7	53	51	0	0	48	1.00
29323917--29323985	29	2.4	29	82	0	75	40	10	5	43	1.62
29324522--29324565	21	2.0	22	83	12	56	50	9	2	38	1.47
29325610--29325655	24	1.9	24	86	8	67	50	8	10	30	1.68
29325767--29325811	18	2.4	19	81	11	56	26	0	2	71	0.98
29332625--29332670	21	2.1	22	84	11	60	45	4	0	50	1.21
29344230--29344276	20	2.4	21	79	13	55	46	2	0	51	1.13
29346132--29346247	31	3.6	31	71	17	94	55	3	0	40	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29349371--29349418	23	2.1	23	96	0	87	2	10	18	68	1.28
29349548--29349701	25	6.2	26	82	8	176	29	17	33	18	1.94
29349542--29349701	50	3.2	50	83	1	205	29	17	34	18	1.94
29350480--29350616	39	3.5	37	77	16	127	10	52	2	34	1.50
29351972--29352054	30	2.7	32	78	17	104	39	0	6	54	1.25
29351972--29352054	31	2.7	31	83	12	109	39	0	6	54	1.25
29352887--29352967	22	3.7	22	88	0	99	46	11	11	30	1.74
29352887--29352974	44	2.0	44	84	0	113	46	12	10	30	1.75
29365299--29365345	16	2.9	16	83	3	58	55	8	0	36	1.31
29369096--29369239	76	1.9	76	88	4	220	40	7	9	43	1.65
29369079--29369259	75	2.4	75	83	3	238	42	6	9	41	1.63
29370322--29370385	27	2.4	27	91	0	110	42	7	0	50	1.31
29370392--29370423	16	1.9	17	93	6	57	68	18	6	6	1.32
29370900--29370971	19	3.2	23	65	31	64	41	15	0	43	1.46
29370885--29370973	45	2.0	45	100	0	178	40	15	0	43	1.47
29370979--29371028	15	3.1	15	85	8	64	42	0	14	44	1.44
29370997--29371034	18	2.1	18	90	0	58	47	0	13	39	1.42
29371338--29371399	26	2.4	26	100	0	124	48	0	9	41	1.36
29374031--29374097	34	1.9	35	88	8	102	44	11	8	34	1.73
29375360--29375454	48	2.0	48	95	0	172	41	23	17	17	1.90
29375659--29375729	36	2.0	36	91	0	115	47	14	11	26	1.77
29380500--29380593	48	2.0	48	91	0	152	41	22	17	19	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29380797--29380857	17	3.5	17	72	16	61	47	14	9	27	1.76
29380798--29380868	36	2.0	36	91	0	115	47	14	11	26	1.77
29383480--29383517	13	3.1	12	85	14	51	52	0	0	47	1.00
29384330--29384408	7	11.6	7	80	12	69	74	0	24	1	0.89
29384330--29384409	16	5.1	17	73	13	64	75	0	23	1	0.88
29384332--29384411	21	3.5	23	78	14	85	76	0	22	1	0.86
29384334--29384402	28	2.4	28	84	13	88	73	0	24	1	0.91
29385174--29385221	17	2.8	17	81	12	62	27	14	12	45	1.81
29385279--29385551	18	15.1	17	67	23	91	26	14	10	47	1.77
29385279--29385330	15	3.1	16	79	15	61	26	15	11	46	1.80
29385297--29385516	62	3.6	63	89	2	331	25	13	11	49	1.76
29385474--29385551	17	4.5	17	80	1	93	30	14	10	44	1.78
29386641--29386791	25	6.1	25	70	6	92	35	19	26	19	1.95
29395088--29395146	30	1.9	32	83	10	79	50	8	6	33	1.59
29395138--29395231	43	2.2	43	98	1	181	38	6	8	46	1.60
29398893--29398943	20	2.5	20	75	12	59	25	13	19	41	1.88
29416688--29416725	13	3.1	12	85	14	51	52	0	0	47	1.00
29417541--29417616	7	11.1	7	79	10	61	75	0	23	1	0.89
29417541--29417620	17	4.9	17	82	13	89	76	0	22	1	0.86
29417541--29417619	11	6.6	12	68	20	58	75	0	22	1	0.87
29417541--29417611	10	7.1	10	72	15	58	74	0	23	1	0.90
29418385--29418430	16	2.7	18	77	16	62	28	15	13	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29418499--29418739	17	12.8	18	67	22	97	27	14	11	45	1.80
29418498--29418698	58	3.5	58	84	6	257	25	13	12	47	1.78
29418556--29418633	40	1.9	41	86	2	113	26	12	11	48	1.75
29419816--29419966	25	6.1	25	70	6	92	35	19	26	19	1.95
29428238--29428296	30	1.9	32	83	10	79	50	8	6	33	1.59
29428288--29428381	43	2.2	43	98	1	181	38	6	8	46	1.60
29432178--29432232	20	2.8	20	91	0	83	32	9	9	49	1.66
29442307--29442343	17	2.1	18	90	5	58	0	29	0	70	0.88
29445213--29445330	62	1.9	59	89	5	182	27	14	29	27	1.95
29453896--29453942	23	2.1	22	84	7	60	42	8	2	46	1.46
29461158--29461205	2	24.0	2	100	0	96	0	0	50	50	1.00
29469571--29469932	164	2.2	164	93	0	634	19	17	17	45	1.86
29481456--29481620	47	3.6	45	68	21	121	46	3	3	47	1.35
29481504--29481561	25	2.3	24	82	8	62	46	0	3	50	1.18
29481382--29481586	88	2.3	91	88	3	299	46	3	3	46	1.38
29481504--29481629	47	2.6	49	72	11	123	44	2	3	50	1.31
29481736--29481777	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
29481727--29481768	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
29481991--29482028	16	2.4	16	90	0	58	34	34	0	31	1.58
29486100--29486136	19	1.9	19	94	0	65	64	5	10	18	1.43
29488914--29489035	38	3.2	39	76	13	112	42	16	7	33	1.76
29495414--29495454	19	2.1	19	86	9	55	78	7	4	9	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29498078--29498132	21	2.8	21	81	8	71	36	0	27	36	1.57
29500731--29500761	16	1.9	16	93	0	53	45	22	6	25	1.76
29501490--29501540	18	2.9	17	75	18	50	52	1	1	43	1.23
29501495--29501539	18	2.5	19	79	17	51	55	2	2	40	1.24
29524449--29524483	3	11.7	3	100	0	70	0	65	0	34	0.93
29531363--29531478	61	1.9	58	89	5	178	41	3	4	50	1.39
29531365--29531498	58	2.2	60	84	8	168	41	2	5	49	1.42
29535076--29535336	53	4.9	53	81	3	283	37	12	22	27	1.90
29539890--29539930	14	2.9	14	92	3	64	46	0	9	43	1.36
29541068--29541151	20	4.1	20	72	16	57	70	2	3	23	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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