genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.121.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37584158--37584206	16	3.1	17	80	14	59	55	4	2	38	1.31
37584202--37584281	27	3.2	26	73	23	73	45	7	5	42	1.54
37586385--37586433	18	2.7	18	75	15	55	42	14	0	42	1.45
37587233--37587275	14	2.8	15	82	10	52	67	2	2	27	1.15
37587231--37587289	31	1.9	30	83	10	75	67	3	1	27	1.16
37592053--37592100	22	2.1	23	88	3	71	47	12	20	18	1.81
37610232--37610287	15	3.7	15	79	13	53	33	21	3	41	1.70
37614792--37614969	27	6.6	26	82	6	178	26	16	28	28	1.97
37614793--37614948	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
37614789--37614969	82	2.2	81	82	2	220	27	16	27	28	1.97
37614874--37614980	27	3.9	27	83	1	79	26	15	28	29	1.96
37618061--37618097	18	2.1	19	85	10	51	21	2	18	56	1.54
37625851--37625875	5	5.0	5	100	0	50	80	0	0	20	0.72
37626478--37626529	3	17.3	3	81	15	63	61	0	1	36	1.07
37626484--37626528	11	3.8	11	78	16	54	62	0	2	35	1.08
37626478--37626529	14	3.8	13	82	12	68	61	0	1	36	1.07
37626480--37626529	25	2.0	25	96	0	91	62	0	2	36	1.07
37629295--37629428	50	2.7	50	91	0	214	24	15	24	35	1.94
37632390--37632432	18	2.4	18	77	14	52	46	6	9	37	1.63
37632902--37633053	28	5.5	28	95	0	252	26	13	28	31	1.94
37636851--37637114	137	1.9	137	92	0	438	33	21	8	35	1.84
37638440--37638490	20	2.6	19	84	9	66	45	13	11	29	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37640672--37640711	20	2.0	20	90	0	62	32	12	12	42	1.80
37643902--37644147	50	4.8	50	80	3	188	23	30	20	26	1.99
37654900--37654943	21	2.0	22	86	4	63	40	4	0	54	1.21
37657449--37657507	31	1.9	31	96	0	109	37	3	15	44	1.63
37658631--37658718	27	3.3	27	79	9	99	44	14	15	25	1.85
37658766--37658923	24	6.6	24	84	2	158	27	6	20	45	1.76
37658766--37658911	72	2.0	72	86	0	202	27	6	19	45	1.76
37659007--37659065	26	2.3	25	85	2	82	18	23	22	35	1.96
37659074--37659248	64	2.7	64	85	3	210	24	18	20	37	1.94
37659074--37659230	32	4.9	32	82	6	192	23	17	21	37	1.94
37659663--37659887	112	2.0	112	100	0	450	29	8	14	48	1.72
37661752--37661936	79	2.3	81	84	7	236	25	27	22	24	2.00
37661752--37661936	40	4.7	40	83	7	234	25	27	22	24	2.00
37665133--37665184	27	1.9	27	88	0	77	46	23	13	17	1.83
37665228--37665386	24	6.6	24	83	5	196	26	8	19	45	1.78
37665296--37665386	13	7.5	13	69	14	59	24	7	19	48	1.75
37665499--37665564	26	2.5	26	85	0	78	19	22	22	34	1.96
37665560--37665757	96	2.1	95	86	2	272	23	20	19	36	1.95
37665558--37665757	32	6.3	32	84	0	231	23	20	19	37	1.95
37667204--37667268	33	2.0	33	100	0	130	35	9	15	40	1.79
37668453--37668540	27	3.3	27	83	0	95	40	13	18	27	1.88
37668504--37668569	27	2.4	27	94	0	114	33	12	27	27	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37668589--37668707	24	5.0	24	82	4	89	29	9	18	42	1.81
37668608--37668709	24	4.2	24	87	0	123	27	8	20	43	1.81
37668803--37668855	27	2.0	27	88	7	81	20	26	20	32	1.98
37668896--37669082	32	5.8	32	83	0	203	24	17	19	38	1.93
37668892--37669082	96	2.0	96	84	2	249	24	17	18	38	1.92
37669087--37669160	22	3.3	21	75	5	67	14	21	20	43	1.88
37670792--37670816	10	2.5	10	100	0	50	40	12	8	40	1.72
37678690--37678742	9	6.0	9	88	2	81	67	0	11	20	1.21
37678964--37679175	40	5.3	40	86	1	275	16	25	18	40	1.90
37685881--37685946	34	1.9	34	93	0	114	27	10	34	27	1.90
37692112--37692209	27	3.5	28	90	2	135	26	13	28	31	1.94
37692140--37692222	27	3.0	27	87	5	96	30	12	25	32	1.92
37692112--37692223	28	4.0	27	83	6	98	28	12	25	33	1.92
37707441--37707514	29	2.6	29	89	4	105	25	16	32	25	1.96
37707826--37707982	40	3.9	40	80	6	140	23	24	27	24	2.00
37711330--37711742	47	8.6	47	89	5	628	32	8	29	29	1.87
37711330--37711731	145	2.8	145	91	3	623	32	8	29	29	1.87
37711330--37711742	192	2.1	193	94	0	720	32	8	29	29	1.87
37711861--37711939	37	2.1	37	88	4	115	25	18	30	25	1.98
37714538--37714729	50	3.8	50	89	3	289	19	30	23	26	1.98
37714538--37714729	99	1.9	101	89	6	302	19	30	23	26	1.98
37714824--37714853	13	2.3	13	94	0	51	50	13	3	33	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37725915--37725989	33	2.2	34	90	2	116	42	12	6	38	1.68
37727668--37727717	18	2.6	19	87	9	66	4	20	2	74	1.08
37727674--37727717	19	2.4	17	82	14	52	4	18	2	75	1.09
37734330--37734405	25	3.1	25	74	12	68	26	17	6	50	1.70
37735348--37735382	18	1.9	18	88	0	52	42	20	0	37	1.52
37740624--37740664	21	1.9	22	90	5	66	2	21	0	75	0.92
37740622--37740671	21	2.4	20	80	9	64	2	22	0	76	0.89
37749065--37749110	20	2.2	21	96	3	85	39	8	17	34	1.80
37753519--37753592	33	2.2	34	85	7	98	44	12	5	37	1.65
37756863--37756924	31	2.0	31	100	0	124	35	16	19	29	1.93
37761157--37761193	18	2.0	19	89	5	58	75	2	16	5	1.10
37762929--37763000	33	2.1	34	87	7	103	40	6	13	38	1.72
37769030--37769068	18	2.2	17	82	13	51	5	17	2	74	1.12
37774423--37774600	27	6.6	27	84	3	205	29	28	15	26	1.96
37774444--37774599	82	1.9	81	88	3	233	29	28	15	26	1.96
37789285--37789324	18	2.2	18	95	0	71	40	7	30	22	1.81
37792762--37792798	18	2.0	19	89	5	58	75	2	16	5	1.10
37794555--37794626	33	2.1	34	92	2	119	38	6	12	41	1.70
37799372--37799594	40	5.6	39	78	7	171	24	21	27	26	1.99
37799454--37799629	79	2.2	80	81	2	203	25	21	28	24	1.99
37807308--37807362	28	2.0	28	85	7	76	49	10	7	32	1.65
37812100--37812153	28	1.9	29	88	7	85	51	11	9	27	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37818654--37818721	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
37818828--37818895	29	2.3	29	89	0	100	26	27	14	30	1.95
37819002--37819069	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
37819171--37819249	29	2.7	30	82	13	110	30	30	13	25	1.94
37818543--37819218	174	3.9	174	97	0	1280	31	24	14	30	1.94
37827278--37827345	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
37827452--37827519	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
37827001--37827841	173	4.9	174	97	1	1556	31	25	14	29	1.94
37827001--37827841	347	2.4	344	96	1	1557	31	25	14	29	1.94
37827625--37827692	29	2.3	29	85	5	93	27	30	13	27	1.94
37827794--37827872	29	2.7	30	82	13	110	29	30	15	25	1.96
37832332--37832414	34	2.4	34	78	13	89	32	18	21	27	1.96
37838996--37839022	12	2.2	12	100	0	54	51	7	0	40	1.30
37839474--37839624	28	5.4	28	91	1	214	25	12	28	33	1.92
37841183--37841393	27	7.9	27	81	1	246	20	18	19	41	1.91
37841175--37841383	54	3.9	54	84	2	271	21	18	19	41	1.90
37841187--37841393	81	2.6	81	86	2	274	20	17	19	41	1.90
37843112--37843289	27	6.6	27	83	3	205	26	15	28	29	1.96
37843113--37843268	82	1.9	81	88	3	233	26	15	28	29	1.96
37843109--37843289	82	2.2	81	83	2	229	27	15	27	29	1.96
37858499--37858549	20	2.7	19	80	17	61	43	0	1	54	1.11
37859543--37859783	32	7.2	33	82	8	290	17	22	17	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37859543--37859780	67	3.6	67	95	0	413	18	22	18	41	1.90
37860368--37860458	17	5.3	18	70	27	58	53	3	3	39	1.33
37866851--37866937	10	9.2	9	71	21	54	60	5	1	32	1.27
37866894--37866937	19	2.3	19	84	7	54	65	4	0	29	1.12
37877950--37878025	29	2.6	29	74	0	89	25	36	21	17	1.94
37877950--37878035	29	3.0	28	71	6	73	25	37	20	16	1.93
37880759--37880798	16	2.5	16	100	0	80	30	22	27	20	1.98
37886057--37886095	17	2.3	17	86	8	53	51	2	0	46	1.14
37900966--37901201	41	5.7	41	79	2	204	24	20	26	28	1.99
37901850--37901892	21	2.0	21	86	0	59	23	0	39	37	1.55

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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