genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.54.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18121408--18121450	21	2.0	21	90	0	68	4	32	0	62	1.15
18121424--18121456	15	2.1	16	88	11	50	3	24	0	72	0.98
18129244--18129282	16	2.2	19	86	13	57	61	0	5	33	1.18
18130174--18130199	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
18130838--18130991	41	3.8	41	98	0	290	24	21	28	25	1.99
18130838--18131019	41	4.4	41	94	0	283	24	21	27	26	1.99
18137014--18137052	16	2.2	19	86	13	57	61	0	5	33	1.18
18137946--18137996	2	26.0	2	78	11	52	49	1	3	45	1.32
18137943--18137968	12	2.2	12	100	0	52	42	0	7	50	1.31
18138609--18138762	41	3.8	41	98	0	290	24	21	28	25	1.99
18138609--18138780	82	2.1	82	92	0	281	25	20	27	25	1.99
18166023--18166065	13	3.1	14	84	12	54	60	0	0	39	0.97
18168826--18168991	54	3.1	54	91	0	260	25	12	13	48	1.76
18169301--18169355	25	2.2	25	96	3	103	25	21	29	23	1.99
18175251--18175808	91	6.1	91	94	1	924	46	3	3	46	1.38
18175557--18175606	18	3.0	17	85	8	59	42	0	2	56	1.11
18175563--18175611	18	3.1	16	85	11	57	44	0	0	55	0.99
18175806--18175904	28	3.6	28	72	10	96	46	1	1	51	1.14
18175841--18176138	120	2.5	121	92	1	492	43	3	4	48	1.39
18175911--18176101	61	3.2	60	69	16	169	41	4	5	48	1.46
18176082--18176116	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
18176548--18176597	22	2.4	21	81	15	59	10	10	8	72	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18177242--18177315	33	2.5	26	72	27	76	45	9	18	25	1.80
18177254--18177319	33	2.0	33	100	0	132	45	9	15	30	1.77
18178225--18178277	22	2.4	23	78	9	56	28	20	1	49	1.60
18178253--18178357	51	2.1	50	83	5	131	27	22	1	47	1.62
18178354--18178393	17	2.4	17	86	0	53	30	0	0	70	0.88
18178366--18178397	9	3.7	9	95	4	57	25	0	0	75	0.81
18180435--18180480	21	2.2	21	84	0	56	39	34	21	4	1.73
18180722--18181928	22	55.9	21	77	11	897	45	29	1	24	1.61
18180722--18181932	43	28.0	43	78	8	1087	45	28	1	24	1.61
18180744--18181932	21	55.1	21	80	6	1150	45	28	1	24	1.61
18185105--18185670	126	4.5	124	82	4	679	30	22	16	30	1.96
18185105--18185670	250	2.3	250	86	2	771	30	22	16	30	1.96
18186161--18186248	45	2.0	45	83	0	113	61	4	13	20	1.50
18189661--18189699	20	2.0	20	89	0	60	64	0	2	33	1.08
18190676--18190807	39	3.4	39	77	15	146	60	0	2	37	1.09
18190733--18190793	11	5.9	11	73	19	51	55	0	3	40	1.16
18192666--18192702	18	2.1	18	90	5	58	54	16	5	24	1.63
18193484--18193688	109	1.9	106	85	3	284	37	18	14	29	1.91
18194452--18194546	3	30.7	3	76	8	75	62	4	6	27	1.38
18196050--18196252	110	1.8	111	87	3	300	30	19	18	32	1.96
18196279--18196680	128	3.1	128	89	0	635	25	21	20	31	1.98
18196683--18197698	88	11.6	88	89	1	1482	24	24	24	27	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18196855--18197346	44	11.2	43	63	19	133	23	24	23	27	2.00
18198931--18198971	7	6.0	7	88	5	57	14	9	0	75	1.04
18202087--18202129	19	2.3	17	78	21	50	41	11	23	23	1.87
18204225--18204285	27	2.3	27	80	8	72	49	4	8	37	1.54
18204493--18204602	3	35.7	3	79	7	105	62	3	5	28	1.34
18206585--18206804	94	2.3	94	81	6	255	40	3	12	43	1.58
18208951--18209175	72	3.1	72	67	16	201	36	21	16	25	1.94
18208894--18209188	146	2.0	146	94	0	518	40	20	14	24	1.90
18209730--18209774	14	3.2	14	83	0	54	48	42	0	8	1.34
18209960--18210008	14	3.6	13	81	15	55	51	26	2	20	1.59
18209972--18210008	13	2.8	13	87	4	56	51	27	0	21	1.48
18210392--18210911	114	4.6	114	89	1	747	26	21	17	34	1.95
18210395--18210911	229	2.3	228	88	0	622	26	21	17	34	1.95
18212083--18212123	8	5.0	8	94	5	73	39	0	0	60	0.96
18213065--18213127	22	2.6	24	85	14	94	17	25	17	39	1.91
18233603--18233639	18	2.1	18	90	10	58	32	0	5	62	1.18
18237174--18237249	38	2.0	38	89	0	116	32	11	28	26	1.92
18240308--18240383	25	3.1	25	73	7	84	38	17	22	22	1.93
18247720--18247758	20	2.0	20	89	0	60	64	0	7	28	1.21
18247683--18247752	29	2.4	28	76	9	70	60	2	2	34	1.26
18248868--18248991	30	4.1	30	93	1	203	25	24	6	43	1.78
18248878--18248985	15	7.2	15	67	12	78	25	22	7	44	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18251009--18251067	20	3.0	21	81	13	65	57	1	5	35	1.31
18252245--18252293	23	2.1	23	84	0	62	8	8	10	73	1.25
18256743--18256812	29	2.4	28	76	9	70	60	2	2	34	1.26
18273082--18273118	18	2.0	19	89	5	58	56	2	0	40	1.13
18274897--18274946	15	3.1	16	78	16	50	48	2	0	50	1.12
18274910--18274957	22	2.0	25	84	11	66	47	2	2	47	1.25
18277518--18277578	31	1.9	33	90	6	99	27	1	18	52	1.54
18278525--18278573	24	2.0	24	85	14	66	73	4	0	22	1.00
18291119--18291300	92	2.1	83	82	11	204	39	18	9	32	1.83
18291459--18291507	19	2.6	19	87	6	64	67	0	2	30	1.02
18291592--18291644	20	2.7	20	88	2	81	69	0	3	26	1.05
18291855--18291913	9	6.4	9	77	16	59	23	1	1	72	1.02
18291856--18291969	19	6.3	17	73	18	63	27	0	3	68	1.11
18291856--18291969	10	12.5	10	70	18	52	27	0	3	68	1.11
18291875--18291970	18	5.3	18	75	10	70	27	1	3	68	1.11
18292074--18292302	87	2.6	87	79	10	225	34	9	19	36	1.84
18314002--18314051	13	3.2	16	72	18	52	52	0	0	48	1.00
18313994--18314051	29	2.0	30	82	3	73	50	1	0	48	1.11
18314094--18314160	21	3.0	22	78	14	66	44	2	4	47	1.38
18318525--18318569	22	2.0	22	95	0	81	46	0	11	42	1.39
18318737--18318808	28	2.6	28	84	8	85	44	0	4	51	1.20
18318970--18319004	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18318974--18319046	28	2.7	27	76	8	76	45	0	2	52	1.15
18319166--18319260	45	2.1	45	88	1	138	32	27	5	34	1.79
18319241--18319292	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
18329451--18329480	16	1.9	16	93	6	53	66	0	3	30	1.07
18330377--18330406	10	3.0	10	100	0	60	40	40	10	10	1.72
18331027--18331288	129	2.0	129	85	1	346	30	24	18	27	1.98
18331252--18331377	44	2.9	43	78	7	121	23	25	22	29	1.99
18331557--18331819	87	3.0	87	91	0	427	26	24	20	28	1.99
18331629--18331765	43	3.2	43	64	20	104	25	23	24	27	2.00
18333394--18333434	20	2.0	20	85	9	55	7	17	0	75	1.02
18340270--18340295	13	2.0	13	100	0	52	15	38	15	30	1.88
18345614--18345717	49	2.1	49	89	0	154	31	7	9	50	1.63
18347198--18347332	18	7.9	18	71	17	99	40	0	2	57	1.17
18347118--18347314	59	3.3	58	69	14	177	42	1	3	52	1.27
18347565--18347600	16	2.2	16	95	0	63	22	30	5	41	1.76
18350301--18350436	69	2.0	69	85	7	188	22	9	13	55	1.66
18355396--18355445	20	2.5	20	93	0	82	26	6	36	32	1.81
18356384--18356558	91	1.9	90	81	5	210	39	15	10	34	1.81
18356679--18356713	7	4.9	7	96	3	61	85	0	0	14	0.59
18356697--18356773	28	2.8	26	79	14	84	64	0	1	33	1.01
18356697--18356760	28	2.3	29	86	5	87	65	0	0	34	0.93
18356800--18356883	29	2.8	30	73	16	77	57	2	8	32	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18356843--18356893	19	2.6	20	84	3	68	66	0	3	29	1.09
18380242--18380280	19	2.1	18	85	4	51	51	7	15	25	1.70
18385581--18385658	40	2.0	40	100	0	156	38	15	10	35	1.81
18394097--18394195	27	3.7	27	78	8	112	38	20	11	30	1.87
18394596--18394700	27	3.9	26	70	15	79	23	21	18	36	1.95
18395747--18395952	37	5.6	37	86	2	265	19	12	28	38	1.89
18400587--18400700	41	2.8	41	89	1	165	24	27	21	26	2.00
18408219--18408332	41	2.8	41	86	1	156	24	26	21	27	2.00
18417438--18417488	22	2.4	20	79	20	59	50	5	0	43	1.26
18436179--18436220	22	1.9	21	85	9	57	54	0	4	40	1.21

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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