genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.226.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67931309--67931353	22	2.0	22	82	0	54	28	4	17	48	1.66
67932042--67932088	22	2.1	22	96	0	85	27	8	23	40	1.83
67932266--67932367	54	1.9	53	90	6	161	27	2	19	50	1.62
67932569--67932598	14	2.1	14	100	0	60	26	13	6	53	1.64
67938456--67938539	45	1.9	43	80	4	96	38	14	2	45	1.58
67939223--67939637	9	49.2	9	67	17	142	45	19	4	30	1.70
67939236--67939308	37	2.0	37	97	0	137	50	15	2	31	1.58
67939282--67939638	25	14.0	25	68	11	104	45	19	5	30	1.71
67939323--67939577	16	16.6	16	65	21	118	46	18	5	29	1.72
67939303--67939574	49	5.9	49	75	13	288	45	18	5	29	1.72
67939302--67939576	90	3.1	90	97	0	514	46	18	5	29	1.72
67942496--67942564	21	3.3	21	85	0	84	37	18	40	2	1.66
67942559--67942588	12	2.5	12	94	0	51	43	13	33	10	1.77
67943009--67943294	42	6.7	43	87	5	257	26	19	20	33	1.97
67943052--67943321	84	3.2	85	89	2	416	25	19	21	33	1.97
67943052--67943321	85	3.2	84	89	2	405	25	19	21	33	1.97
67944919--67945012	19	4.8	19	85	5	134	38	9	14	37	1.79
67944919--67945012	40	2.4	38	89	3	134	38	9	14	37	1.79
67946501--67946693	98	2.0	98	96	0	359	26	10	25	36	1.89
67949776--67949961	73	2.5	73	98	0	354	40	24	6	28	1.79
67949962--67949993	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
67958371--67958414	23	1.9	24	90	9	74	22	20	2	54	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67959270--67959302	3	11.0	3	87	12	50	63	0	0	36	0.95
67960115--67960170	20	2.6	21	83	8	60	64	5	1	28	1.26
67962310--67962357	16	2.9	16	81	12	53	22	20	0	56	1.43
67962322--67962347	8	3.2	8	100	0	52	11	23	0	65	1.25
67962331--67962403	38	1.9	37	86	8	103	31	21	1	45	1.61
67962391--67962434	23	1.9	22	82	17	54	38	22	0	38	1.55
67962533--67962631	23	4.3	23	96	0	171	31	28	20	20	1.97
67963476--67963528	22	2.3	24	75	24	60	43	1	1	52	1.23
67964384--67964489	52	2.0	53	83	5	135	35	16	10	36	1.83
67965806--67965836	14	2.1	15	94	5	55	48	0	25	25	1.52
67968375--67968416	22	2.0	21	85	4	57	52	7	0	40	1.29
67968433--67968476	20	2.3	18	88	7	61	63	0	2	34	1.07
67969813--67969885	3	24.3	3	97	0	137	31	0	1	67	1.00
67974353--67974383	14	2.1	15	94	5	55	48	0	25	25	1.52
67979033--67979092	30	2.0	30	93	3	104	28	3	6	61	1.37
67988175--67988212	3	12.3	3	88	5	58	65	0	2	31	1.06
67988211--67988245	3	11.3	3	93	6	61	31	0	0	68	0.90
67988211--67988248	13	3.0	13	96	3	69	31	0	0	68	0.90
67994282--67994306	13	1.9	13	100	0	50	88	0	12	0	0.53
67997134--67997172	20	1.9	21	89	5	62	58	2	2	35	1.25
67998840--67999327	163	3.0	162	82	5	560	25	19	21	33	1.97
68000100--68000141	21	2.0	21	85	0	57	35	2	2	59	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68005426--68005458	15	2.2	15	89	10	50	75	6	9	9	1.18
68006803--68006862	29	2.1	28	84	3	75	61	5	8	25	1.44
68015020--68015046	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
68015600--68015690	30	3.0	30	85	9	87	61	0	2	36	1.08
68015617--68015692	30	2.5	30	89	8	111	61	0	2	35	1.10
68015600--68015682	41	2.0	42	88	9	125	60	0	2	37	1.10
68015638--68015704	30	2.2	29	86	5	98	68	0	1	29	0.98
68017914--68017995	41	2.0	41	97	0	155	41	6	4	47	1.50
68019722--68019754	3	11.0	3	100	0	66	0	33	0	66	0.92
68022853--68022952	49	2.0	49	98	0	191	26	25	3	46	1.67
68025291--68025339	23	2.1	23	100	0	98	20	24	10	44	1.82
68026937--68026966	14	2.1	14	93	0	51	70	6	0	23	1.11
68027737--68027773	18	2.0	19	89	5	58	51	0	0	48	1.00
68033698--68033731	17	1.9	18	88	5	52	55	0	0	44	0.99
68033692--68033738	18	2.6	19	80	10	62	57	0	0	42	0.98
68036908--68036972	31	2.1	31	100	0	130	15	18	10	55	1.68
68044936--68044992	16	3.6	16	95	0	87	29	0	36	33	1.58
68045238--68045272	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
68045372--68045413	15	2.7	16	82	14	52	52	2	0	45	1.13
68045125--68045438	154	2.0	156	95	1	569	44	3	5	46	1.41
68045381--68045422	15	2.9	15	82	10	52	52	0	0	47	1.00
68045370--68045666	120	2.5	121	90	6	462	50	5	2	41	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68045491--68045542	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
68045468--68045558	44	2.1	43	81	6	103	53	3	2	40	1.29
68045410--68045593	59	3.1	59	65	21	148	49	7	2	41	1.42
68045627--68045665	17	2.5	15	80	15	51	51	0	5	43	1.24
68045632--68045665	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
68045698--68045892	93	2.1	92	87	4	277	46	4	4	44	1.44
68047289--68047315	11	2.5	11	100	0	54	51	18	7	22	1.70
68052330--68052375	15	3.0	15	84	6	65	43	0	10	45	1.39
68052427--68052482	28	2.0	28	83	13	71	62	1	1	33	1.16
68052508--68052534	5	5.4	5	100	0	54	22	0	0	77	0.76
68058224--68058283	29	2.0	30	81	9	70	25	20	3	51	1.62
68061513--68061916	18	23.2	17	68	15	73	45	11	12	30	1.77
68061534--68061920	35	11.0	34	72	13	225	45	11	12	29	1.78
68061650--68061920	18	15.3	17	74	16	214	45	10	13	30	1.78
68061928--68061973	20	2.3	19	85	11	56	45	8	10	34	1.70
68062135--68062184	22	2.3	22	85	0	73	70	0	0	30	0.88
68062500--68062535	18	2.0	18	94	0	63	2	11	22	63	1.39
68062545--68062598	5	10.6	5	76	11	56	1	24	53	20	1.55
68062626--68062665	15	2.8	14	88	7	62	0	20	0	80	0.72
68063143--68063271	30	4.4	30	66	18	74	37	1	23	37	1.64
68063158--68063270	30	3.9	29	78	12	115	40	0	20	38	1.59
68063617--68063650	16	2.1	16	88	0	50	35	20	2	41	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68064493--68064541	26	1.9	25	83	4	62	36	4	2	57	1.30
68064551--68064613	29	2.1	30	82	8	76	41	4	0	53	1.22
68065457--68065502	24	2.0	24	91	4	76	45	2	0	52	1.13
68065820--68065866	12	3.8	12	86	13	69	48	0	4	46	1.21
68074702--68074732	15	2.0	15	93	6	53	25	0	6	67	1.14
68074999--68075035	15	2.5	15	90	0	56	21	16	10	51	1.74
68077147--68077171	10	2.5	10	100	0	50	0	60	0	40	0.97
68081551--68081617	32	2.1	33	86	8	93	43	1	1	53	1.19
68084506--68084562	30	1.9	30	89	7	89	26	12	12	49	1.75
68094634--68094847	105	2.0	105	100	0	428	31	14	23	29	1.95
68102235--68102275	18	2.3	18	95	0	73	31	19	26	21	1.97
68102310--68102408	39	2.5	40	85	4	139	49	29	2	19	1.59
68106761--68106801	16	2.4	17	84	12	57	31	2	0	65	1.05
68117240--68117303	29	2.1	29	83	11	76	35	15	18	29	1.92
68120133--68120326	92	2.1	91	81	4	221	30	28	20	21	1.98
68132248--68132314	15	3.9	16	74	25	66	8	1	44	44	1.44
68132249--68132326	37	2.1	37	100	0	156	10	2	44	42	1.52
68132863--68133312	43	10.5	43	71	13	245	26	21	21	30	1.98
68132887--68133180	86	3.4	87	85	4	346	24	22	21	30	1.99
68132863--68133312	44	10.5	42	71	14	273	26	21	21	30	1.98
68145791--68145836	12	3.6	12	78	16	56	65	0	0	34	0.93
68145791--68145853	27	2.4	26	79	10	74	60	0	3	36	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
68158107--68158140	12	2.8	13	91	8	54	70	0	5	23	1.09
68158114--68158157	17	2.7	15	82	10	52	72	0	6	20	1.07
68166715--68166768	27	2.0	27	96	0	99	46	7	12	33	1.70
68168169--68168199	14	2.1	15	94	5	55	25	25	0	48	1.52
68179911--68180077	87	1.9	87	92	2	282	31	21	16	30	1.96
68181541--68181581	20	2.0	21	90	4	66	19	29	4	46	1.71
68181720--68181792	36	2.0	36	100	0	146	19	19	10	50	1.76
68182211--68182241	14	2.1	15	94	5	55	25	25	0	48	1.52
68196149--68196177	14	2.0	15	93	6	51	27	24	0	48	1.51
68199786--68199865	35	2.3	34	78	20	85	40	2	5	52	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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