genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.48.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16466857--16466954	33	2.9	35	73	19	91	50	0	3	46	1.17
16480635--16480713	41	1.9	41	81	0	95	32	24	18	24	1.97
16489006--16489036	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
16489193--16489231	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
16489974--16490003	15	2.0	15	93	0	51	23	6	46	23	1.75
16493365--16493395	15	2.1	15	100	0	62	38	6	32	22	1.80
16493552--16493590	18	2.3	17	86	8	53	38	5	12	43	1.65
16503112--16503153	6	7.0	6	88	0	57	52	2	26	19	1.58
16505744--16505845	40	2.5	40	88	0	150	15	22	32	29	1.95
16507678--16507735	27	2.1	28	87	3	82	34	25	8	31	1.86
16510209--16510276	16	4.2	16	88	0	109	29	0	32	38	1.58
16510492--16510546	15	3.4	16	80	16	53	50	1	0	47	1.11
16510512--16510546	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
16510632--16510666	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
16510527--16510717	61	3.2	60	67	20	155	48	5	2	43	1.38
16510490--16510773	120	2.4	120	90	2	446	48	4	1	44	1.34
16520747--16520819	36	2.0	36	100	0	146	5	26	5	63	1.38
16520798--16520849	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
16520843--16520881	18	2.2	18	85	0	51	12	23	2	61	1.43
16527176--16527242	34	1.9	35	84	3	91	44	11	10	32	1.75
16527353--16527398	12	3.8	12	82	2	56	10	8	2	78	1.05
16527359--16527427	30	2.3	30	82	7	79	15	5	2	75	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16527426--16527472	22	2.1	22	88	4	67	19	2	4	74	1.09
16527544--16527585	14	3.1	13	80	19	50	78	2	2	16	0.96
16527570--16527624	23	2.3	23	84	3	65	72	3	7	16	1.21
16527594--16527646	13	4.2	13	74	11	56	79	1	9	9	1.02
16528315--16528388	35	2.1	35	97	0	139	39	17	14	28	1.89
16530505--16530538	18	1.9	18	88	5	52	70	0	2	26	1.01
16538618--16538648	16	1.9	16	93	0	53	54	12	0	32	1.38
16538929--16538960	14	2.3	14	100	0	64	43	31	12	12	1.80
16539485--16539608	43	2.9	43	79	13	121	30	29	19	20	1.97
16542193--16542269	28	2.8	28	80	7	86	28	29	19	22	1.98
16542223--16542294	28	2.5	28	81	4	72	27	26	23	22	1.99
16542274--16542337	27	2.3	28	81	13	78	28	23	18	29	1.98
16542084--16542467	172	2.2	172	81	4	416	27	26	21	25	1.99
16542981--16543043	27	2.3	27	83	5	74	39	17	20	22	1.92
16544581--16544720	70	2.0	70	95	0	253	34	12	25	27	1.92
16545402--16545482	39	2.1	39	81	4	92	32	7	22	38	1.82
16550157--16550195	18	2.2	18	85	0	51	61	2	23	12	1.43
16550195--16550237	23	1.9	22	86	13	61	62	4	20	11	1.46
16566922--16566966	18	2.5	18	89	7	65	80	0	15	4	0.87
16578879--16578923	21	2.1	22	84	12	58	53	0	2	44	1.13
16583834--16583891	30	1.9	30	86	13	84	39	8	0	51	1.33
16587727--16587763	13	2.9	13	92	4	58	43	24	0	32	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16587755--16587794	13	3.1	13	88	0	62	40	22	7	30	1.81
16588470--16588522	25	2.2	24	89	3	79	73	1	1	22	1.03
16591033--16591068	18	2.0	18	88	0	54	16	0	5	77	0.94
16593533--16593557	7	3.6	7	100	0	50	84	0	0	16	0.63
16595239--16595344	26	4.3	24	81	8	99	35	25	22	16	1.94
16595268--16595342	26	2.9	26	90	2	116	37	24	22	16	1.93
16600345--16600383	14	2.8	14	84	0	51	23	5	2	69	1.21
16612473--16612641	51	3.4	51	72	12	172	37	15	15	31	1.89
16612474--16612710	96	2.5	95	86	0	321	37	15	17	29	1.91
16612473--16612710	51	4.9	51	69	14	171	36	15	17	29	1.91
16612618--16612776	44	3.6	44	83	5	205	33	18	20	27	1.96
16612788--16612896	50	2.2	50	83	0	128	31	17	17	33	1.93
16616655--16616750	40	2.4	40	98	0	183	19	23	27	29	1.99
16620449--16620479	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
16621941--16621996	24	2.3	24	90	0	85	39	5	7	48	1.54
16628011--16628060	16	3.1	16	82	8	57	62	2	2	34	1.18
16628192--16628222	15	2.0	16	93	6	55	58	0	0	41	0.98
16629752--16629816	11	5.8	12	76	18	68	27	30	1	40	1.66
16629776--16629875	51	2.0	51	86	4	139	28	25	3	44	1.69
16630032--16630062	15	2.1	15	93	0	53	29	3	6	61	1.37
16632255--16632303	14	3.6	14	74	20	50	40	34	0	24	1.55
16632255--16632324	33	2.1	35	86	5	99	41	31	1	25	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16632289--16632415	21	6.0	21	81	1	137	46	25	2	25	1.65
16632289--16632415	43	3.0	43	83	6	159	46	25	2	25	1.65
16635052--16635079	9	3.1	9	100	0	56	32	10	10	46	1.73
16635131--16635170	9	4.4	9	93	0	71	40	22	12	25	1.89
16636510--16637039	126	4.2	125	91	2	834	29	23	17	30	1.97
16636510--16637039	251	2.1	251	90	3	836	29	23	17	30	1.97
16637190--16637247	16	3.7	16	70	21	50	50	29	0	20	1.49
16637553--16637602	16	3.1	17	80	8	50	62	2	4	32	1.25
16637612--16637636	13	1.9	13	100	0	50	24	12	0	64	1.27
16640797--16640883	45	1.9	45	90	0	138	22	17	36	22	1.94
16643704--16643785	27	2.7	30	85	12	107	15	21	30	31	1.95
16643701--16643933	104	2.3	103	91	1	369	21	21	27	30	1.98
16643912--16644027	33	3.4	33	84	11	160	19	17	28	34	1.95
16643833--16644031	71	2.7	75	84	6	257	21	18	27	32	1.96
16645760--16645832	21	3.5	21	71	0	65	39	15	26	19	1.90
16645775--16645887	42	2.7	43	83	5	142	42	16	24	15	1.88
16654660--16654715	15	3.4	16	78	9	60	28	7	17	46	1.75
16654660--16654730	16	4.4	16	77	10	56	29	7	19	43	1.77
16660509--16660656	74	2.0	74	100	0	296	32	20	21	25	1.97
16663192--16663238	24	2.0	24	91	0	76	46	10	2	40	1.50
16664450--16664514	13	5.0	14	68	22	52	63	0	0	36	0.95
16664484--16664522	20	2.0	20	94	0	69	58	0	0	41	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16665828--16665892	16	4.1	16	91	0	94	33	0	35	30	1.58
16666125--16666159	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
16666245--16666279	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
16666105--16666400	59	5.0	57	67	15	197	48	5	2	43	1.36
16666105--16666437	120	2.8	120	98	0	632	48	5	2	43	1.38
16666363--16666399	16	2.2	17	86	13	51	54	0	2	43	1.14
16666419--16666456	18	2.1	19	85	14	53	47	5	5	42	1.48
16677450--16677497	21	2.3	21	96	0	87	22	37	10	29	1.88
16679276--16679321	24	1.9	24	100	0	92	52	26	4	17	1.63
16680027--16680197	41	4.2	41	90	0	252	21	26	20	30	1.98
16681968--16681992	13	1.9	13	100	0	50	40	24	4	32	1.73
16685090--16685147	30	1.9	30	89	0	89	29	24	5	41	1.76
16692085--16692325	49	4.8	50	88	2	360	20	30	23	25	1.99
16692085--16692325	99	2.4	99	90	2	376	20	30	23	25	1.99
16692662--16692719	30	1.9	30	86	6	82	29	24	5	41	1.76
16696759--16696819	18	3.4	19	68	23	51	44	14	8	32	1.75
16706073--16706105	11	3.0	11	100	0	66	9	27	0	63	1.24
16706393--16706436	23	1.9	23	90	0	70	59	9	2	29	1.41
16707587--16707629	22	2.0	22	81	9	52	39	13	2	44	1.57
16712361--16712428	34	2.0	34	85	0	91	35	0	14	50	1.44
16724153--16724351	52	3.9	52	83	5	239	25	16	28	30	1.96
16726590--16726624	13	2.7	13	100	0	70	42	8	0	48	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16730772--16730866	30	3.1	31	78	4	102	30	6	15	47	1.71
16730858--16731052	48	3.9	48	83	7	255	29	16	22	31	1.96
16730858--16731051	102	1.9	102	92	0	325	29	15	22	31	1.95
16737685--16737740	6	9.3	6	84	5	69	50	3	0	46	1.19
16737802--16737845	8	5.4	8	81	5	52	38	2	2	56	1.24
16737806--16737846	17	2.3	18	87	4	57	34	2	2	60	1.23
16738277--16738301	11	2.3	11	100	0	50	72	8	0	20	1.10
16738565--16738729	43	3.8	43	91	1	251	25	27	21	25	1.99
16739044--16739113	21	3.3	21	89	0	104	5	44	17	32	1.72
16739069--16739266	87	2.3	87	89	1	290	10	31	19	38	1.85

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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