genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.138.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
42984722--42984869	54	2.7	54	78	4	154	21	25	27	26	1.99
42988355--42988418	33	1.9	33	83	0	83	29	12	43	14	1.81
42988372--42988443	33	2.2	33	89	0	108	27	11	43	18	1.83
42992451--42992491	22	2.0	20	85	9	55	68	2	0	29	1.03
42992458--42992492	18	1.9	18	94	0	61	71	2	0	25	1.00
42992459--42992500	18	2.4	18	88	4	59	76	2	0	21	0.90
42992634--42992752	60	2.0	60	93	0	202	54	11	0	33	1.37
42992814--42992839	7	3.7	7	100	0	52	61	0	0	38	0.96
42992913--42992993	8	10.4	8	75	18	57	0	28	1	70	0.95
42992913--42992993	11	6.9	11	72	19	58	0	28	1	70	0.95
42992918--42992994	13	6.0	13	78	17	74	0	29	1	68	0.97
42993020--42993063	20	2.2	20	91	0	70	38	20	27	13	1.90
42995059--42995244	40	4.7	40	80	11	211	25	26	22	25	2.00
43004567--43004752	40	4.7	40	81	11	220	25	26	22	24	2.00
43006641--43006688	23	2.1	23	92	0	78	31	20	10	37	1.87
43022102--43022133	16	2.0	16	100	0	64	31	25	6	37	1.81
43022421--43022481	28	2.2	28	87	0	86	11	21	13	54	1.70
43032840--43032895	6	8.8	6	76	18	51	26	1	1	69	1.08
43032840--43032896	14	4.5	13	79	16	66	26	1	1	70	1.07
43035649--43035691	17	2.5	17	80	0	50	18	25	27	27	1.98
43035849--43035893	16	2.8	16	83	9	56	15	8	2	73	1.18
43038981--43039144	75	2.2	75	83	5	206	31	23	20	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43039602--43039693	14	6.4	14	82	5	103	32	26	23	17	1.97
43040222--43040285	27	2.2	29	81	8	69	4	18	3	73	1.14
43040251--43040309	18	3.2	19	75	18	52	3	23	1	71	1.11
43040328--43040371	22	2.0	21	86	4	61	25	29	11	34	1.91
43044797--43045019	119	1.9	120	83	6	292	24	27	22	24	2.00
43044795--43045019	40	5.7	40	84	6	278	24	28	22	24	2.00
43052837--43053059	119	1.9	120	82	6	283	24	27	22	25	2.00
43052835--43053059	40	5.7	40	84	6	269	24	27	22	24	2.00
43065095--43065157	28	2.3	28	86	2	83	31	23	20	23	1.98
43065324--43065388	26	2.5	26	84	0	94	35	23	20	21	1.96
43065533--43065729	27	7.4	26	73	16	104	19	18	19	43	1.89
43065534--43065720	53	3.5	54	75	10	179	18	18	20	42	1.90
43065534--43065701	27	6.3	26	75	9	126	19	18	19	42	1.89
43070045--43070086	21	2.0	20	82	13	50	35	21	2	40	1.66
43070083--43070128	19	2.5	19	82	10	60	34	4	2	58	1.30
43072692--43072859	76	2.2	76	84	0	219	30	23	19	26	1.98
43076926--43076964	16	2.5	16	87	4	53	35	7	2	53	1.43
43077505--43077545	20	2.1	19	86	4	55	14	12	0	73	1.11
43079566--43079619	21	2.6	21	87	0	81	27	7	35	29	1.84
43083698--43083740	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
43084210--43084335	28	4.5	28	93	1	200	26	13	27	31	1.94
43091850--43091892	18	2.4	18	81	14	61	46	4	9	39	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43092362--43092487	28	4.5	28	95	1	209	26	13	28	31	1.94
43096603--43096635	15	2.3	15	89	5	50	54	18	0	27	1.44
43109551--43109575	13	1.9	13	100	0	50	32	16	12	40	1.84
43110056--43110119	13	4.9	13	83	7	85	37	25	6	31	1.81
43111984--43112066	9	9.2	9	86	0	103	31	3	34	30	1.75
43111984--43112066	6	13.8	6	87	0	103	31	3	34	30	1.75
43112739--43112849	52	2.1	53	94	1	197	30	16	10	42	1.82
43125715--43125802	27	3.3	27	80	0	95	28	23	9	38	1.85
43128981--43129069	25	3.6	25	80	4	83	31	17	26	23	1.97
43134045--43134545	47	10.6	47	89	5	710	27	29	9	33	1.88
43135989--43136108	56	2.1	56	98	0	231	22	23	9	45	1.81
43138636--43139082	47	9.6	47	90	3	672	31	8	30	29	1.87
43138807--43139077	88	3.0	88	87	6	389	30	9	31	29	1.88
43145994--43146129	50	2.6	52	79	8	159	25	30	18	25	1.98
43152027--43152082	26	2.1	27	78	15	64	51	16	0	32	1.44
43153889--43154231	29	11.8	29	70	9	126	21	26	13	37	1.91
43153919--43154172	87	2.9	87	88	0	373	20	27	14	37	1.91
43154131--43154252	58	2.1	58	90	0	190	27	23	10	38	1.88
43154131--43154252	29	4.2	29	90	0	172	27	23	10	38	1.88
43156564--43156656	29	3.2	30	87	4	145	21	27	11	38	1.89
43156641--43156823	29	6.3	30	76	6	148	23	25	12	38	1.90
43156609--43156796	87	2.2	85	84	2	232	23	25	12	38	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43156609--43156822	86	2.5	87	80	5	202	23	25	12	38	1.90
43167568--43167600	17	2.0	17	88	5	50	33	0	15	51	1.43
43176585--43176639	26	2.1	26	100	0	110	38	14	18	29	1.90
43176829--43176972	27	5.3	26	80	6	117	18	20	20	40	1.92
43176831--43176964	54	2.5	54	83	0	178	17	20	22	39	1.92
43178951--43178997	19	2.4	18	83	13	58	72	6	4	17	1.22
43178951--43179002	20	2.6	19	85	11	61	71	7	3	17	1.25
43199211--43199290	40	2.0	40	87	0	115	36	16	28	18	1.93
43201176--43201265	28	3.2	28	90	1	137	31	24	21	23	1.98
43201366--43201416	26	2.0	26	92	0	84	43	23	17	15	1.88
43201589--43201810	27	8.2	27	82	5	236	22	15	17	44	1.86
43201617--43201815	107	1.9	107	85	4	276	23	15	16	44	1.86
43201821--43201920	27	3.7	27	84	0	128	18	17	21	44	1.87
43208071--43208097	12	2.2	12	100	0	54	7	22	40	29	1.81
43208231--43208293	29	2.2	29	85	0	90	33	23	11	31	1.90
43209707--43209742	12	3.0	12	87	0	54	58	0	2	38	1.13
43210502--43210541	20	2.0	20	85	9	55	0	27	0	72	0.85
43215544--43215579	12	3.0	12	87	0	54	58	0	2	38	1.13
43220209--43220407	30	6.7	30	74	8	138	23	26	13	36	1.91
43220201--43220398	90	2.2	88	83	3	243	23	26	13	36	1.92
43222313--43222350	18	2.1	19	85	5	51	44	18	0	36	1.50
43229467--43229589	41	3.0	41	80	8	133	31	26	21	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43229479--43229589	42	2.7	41	83	5	134	32	27	20	19	1.97
43233890--43233983	49	1.9	49	93	0	161	27	25	3	43	1.70
43234439--43234467	13	2.2	13	100	0	58	6	27	31	34	1.83
43236500--43236557	8	6.9	8	78	9	53	3	18	0	77	0.91
43236508--43236556	4	11.8	4	82	8	62	4	18	0	77	0.92
43239745--43240049	27	11.4	25	75	16	158	19	15	20	44	1.86
43239741--43240033	54	5.5	53	78	8	265	18	15	21	44	1.86
43239811--43240041	53	4.3	53	80	4	207	18	14	22	45	1.85
43243059--43243268	27	7.8	27	84	4	237	20	16	20	42	1.89
43243061--43243268	81	2.6	81	86	0	274	20	16	20	42	1.89
43246647--43246675	10	2.9	10	100	0	58	31	37	10	20	1.86
43247531--43247574	17	2.6	17	81	0	61	15	34	27	22	1.95
43249178--43249253	30	2.6	29	89	4	118	30	25	25	19	1.98
43250606--43250962	27	13.3	27	79	5	357	41	17	14	26	1.88
43251070--43251122	26	2.0	26	88	0	79	15	18	24	41	1.89
43251080--43251130	26	2.0	26	88	0	75	19	17	21	41	1.91
43253153--43253237	35	2.5	35	82	5	93	27	8	20	44	1.79
43253191--43253261	34	2.1	35	84	7	92	22	12	21	43	1.86
43253251--43253379	69	1.9	69	83	3	170	25	17	17	39	1.91
43258245--43258270	6	4.3	6	100	0	52	50	0	34	15	1.45
43259908--43260039	40	3.3	40	81	5	149	25	15	27	31	1.96
43259923--43260059	41	3.4	41	83	6	163	26	16	26	31	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43260742--43260808	34	1.9	35	82	8	84	16	11	25	46	1.81
43269997--43270087	24	3.8	24	77	11	96	28	18	25	27	1.98
43271165--43271215	15	3.4	15	75	20	61	23	23	35	17	1.95
43271170--43271220	13	3.6	13	76	19	57	21	25	35	17	1.95
43271160--43271226	30	2.2	30	100	0	134	17	22	37	22	1.94
43272613--43272667	20	2.8	20	74	0	65	40	20	25	14	1.90
43272836--43272869	17	2.1	16	88	5	50	52	5	0	41	1.25
43283044--43283102	26	2.3	26	90	0	91	44	16	15	23	1.86
43283273--43283331	27	2.2	27	87	0	82	23	16	23	35	1.95
43283282--43283558	27	10.3	27	79	7	190	19	19	21	38	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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