genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.21.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7528539--7528589	22	2.3	22	89	0	75	33	1	15	49	1.56
7533146--7533190	22	2.0	22	91	0	72	33	2	15	48	1.57
7540807--7540844	20	1.9	20	89	10	60	65	0	10	23	1.23
7560975--7561000	12	2.2	12	100	0	52	7	7	53	30	1.57
7571709--7571778	25	2.7	25	84	4	77	41	0	4	54	1.20
7571735--7571778	18	2.5	18	82	13	56	43	0	4	52	1.22
7579307--7579355	19	2.5	19	80	3	53	46	2	6	44	1.39
7593631--7593665	14	2.5	14	90	0	52	54	0	0	45	0.99
7596250--7596293	21	2.1	21	83	8	54	25	6	2	65	1.28
7600644--7600682	18	2.2	18	85	0	51	28	2	2	66	1.18
7603353--7603392	3	13.3	3	94	0	71	35	0	0	65	0.93
7604943--7604980	16	2.4	16	90	0	67	31	5	0	63	1.17
7606613--7606663	5	10.2	5	100	0	102	41	0	0	58	0.98
7607593--7607716	40	3.2	38	73	11	108	23	19	25	31	1.98
7607593--7607686	37	2.4	40	77	8	97	23	18	28	29	1.97
7608862--7608897	19	1.9	18	88	5	54	27	2	0	69	1.02
7612025--7612098	38	1.9	38	94	0	130	35	24	12	28	1.91
7614008--7614049	18	2.4	17	84	7	57	30	0	2	66	1.04
7614126--7614161	19	1.9	19	88	5	56	77	0	13	8	0.98
7617147--7617832	284	2.4	282	90	2	1078	29	10	17	43	1.82
7623306--7623351	21	2.2	21	84	0	56	50	0	0	50	1.00
7627318--7627505	61	3.1	61	70	14	208	42	1	7	48	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7627370--7627421	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
7627280--7627542	120	2.2	121	95	2	476	41	2	6	50	1.40
7627499--7627540	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
7627490--7627531	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
7634372--7634399	6	4.7	6	100	0	56	35	14	14	35	1.86
7641644--7641668	13	1.9	13	100	0	50	40	16	0	44	1.47
7654545--7654629	42	2.0	42	90	4	136	29	38	3	28	1.73
7667132--7667166	18	1.9	18	94	0	61	11	22	37	28	1.89
7675619--7675703	42	2.0	42	88	0	125	28	40	3	28	1.73
7675709--7675966	126	2.0	126	91	1	419	27	27	17	27	1.98
7691053--7691096	18	2.4	19	88	3	63	36	0	4	59	1.18
7698455--7698772	161	2.0	162	93	1	548	43	15	11	29	1.81
7700795--7700854	9	6.2	9	83	9	66	6	11	1	80	0.98
7700795--7700854	10	6.1	10	78	7	52	6	11	1	80	0.98
7708170--7708394	33	6.5	33	70	23	158	32	27	20	20	1.97
7708197--7708398	101	2.0	102	93	2	345	32	26	20	20	1.97
7708276--7708434	76	2.2	69	87	8	221	32	26	18	22	1.97
7712226--7712304	37	2.1	37	90	0	122	25	31	18	24	1.98
7712423--7712959	47	10.9	47	83	10	609	29	29	8	32	1.86
7712423--7712790	96	3.9	95	94	2	605	29	30	8	32	1.86
7712773--7712805	15	2.2	15	100	0	66	27	36	0	36	1.57
7712726--7712854	62	2.0	63	95	2	233	29	30	6	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7712677--7712901	111	2.0	111	98	0	432	29	29	7	33	1.84
7712731--7712829	31	3.2	31	66	25	91	28	31	8	32	1.86
7712630--7712948	158	2.0	157	96	2	586	29	29	7	33	1.85
7712788--7712959	96	1.8	94	94	2	308	29	29	8	33	1.86
7716621--7716760	74	1.9	74	89	0	217	52	17	12	17	1.75
7730579--7730762	90	2.1	90	92	1	307	50	8	6	34	1.59
7740022--7740053	2	16.5	2	93	6	57	0	50	0	50	1.00
7747858--7747886	6	4.8	6	100	0	58	13	51	0	34	1.42
7752841--7752966	63	2.0	63	93	0	216	35	15	12	36	1.85
7753345--7753449	52	2.0	52	98	0	201	51	17	7	23	1.71
7757925--7758030	53	2.0	53	92	1	178	50	16	5	27	1.67
7759373--7759412	16	2.5	16	87	0	62	25	27	10	37	1.88
7763960--7764036	32	2.4	31	77	16	77	24	0	7	67	1.17
7764493--7764566	35	2.1	35	97	0	139	40	36	4	18	1.70
7765689--7765822	24	5.5	24	71	20	107	29	5	6	58	1.46
7765794--7765837	22	2.0	23	86	4	63	29	9	0	61	1.27
7765837--7765917	33	2.5	33	95	2	146	30	3	4	60	1.35
7766000--7766045	17	2.7	16	83	12	56	26	10	0	63	1.27
7766000--7766046	16	2.8	17	87	6	60	25	10	0	63	1.26
7766482--7766511	13	2.3	13	100	0	60	56	0	0	43	0.99
7767005--7767070	19	3.3	19	75	17	62	37	3	4	54	1.36
7767568--7767855	125	2.3	125	91	1	461	31	19	20	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7770952--7771072	49	2.5	49	94	0	206	44	8	3	43	1.50
7773352--7773397	11	4.2	11	83	8	58	47	0	26	26	1.52
7780077--7780241	61	2.7	61	93	0	267	43	11	4	40	1.62
7780128--7780224	31	3.2	31	68	8	90	44	12	3	40	1.58
7781432--7781597	83	2.0	83	97	0	314	31	16	18	33	1.94
7811554--7811590	18	2.0	20	84	10	51	51	5	2	40	1.39
7811576--7811633	31	1.9	30	85	3	80	53	1	1	43	1.21
7811960--7812006	24	2.0	24	84	8	62	25	14	10	48	1.76
7819208--7819255	18	2.7	18	93	0	78	41	16	12	29	1.85
7825124--7825155	15	2.1	15	94	0	55	25	12	9	53	1.68
7830674--7830801	24	5.2	24	73	13	82	35	20	26	17	1.95
7830753--7830844	26	3.6	26	77	12	100	32	25	23	18	1.97
7830891--7830972	24	3.4	24	68	9	58	31	18	29	20	1.96
7833190--7833329	46	3.0	46	92	0	226	30	26	7	35	1.85
7838127--7838180	24	2.3	24	96	3	101	50	7	0	42	1.30
7840924--7840964	16	2.5	17	80	15	50	53	0	2	43	1.13
7847874--7847918	21	2.1	21	83	0	54	37	6	6	48	1.56
7852711--7852751	21	1.9	22	90	5	66	53	2	0	43	1.13
7852720--7852754	18	1.9	18	88	11	54	51	2	0	45	1.16
7853490--7853553	30	2.2	29	82	2	74	34	12	3	50	1.56
7862728--7862758	15	2.1	15	100	0	62	48	0	12	38	1.42
7862929--7862975	19	2.2	20	82	14	51	57	6	0	36	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7875693--7875745	18	2.9	19	77	8	65	41	3	1	52	1.30
7876254--7876299	23	2.0	23	86	0	65	13	10	10	65	1.48
7876763--7876808	23	2.0	23	100	0	92	39	21	8	30	1.84
7877291--7877315	8	3.1	8	100	0	50	24	0	0	76	0.80
7878543--7878603	22	2.7	22	87	2	77	49	1	1	47	1.21
7878579--7878618	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
7878607--7878760	59	2.4	66	83	14	241	40	4	7	46	1.53
7878641--7878789	59	2.8	50	80	16	190	42	5	8	44	1.56
7878629--7878759	59	2.2	59	97	0	244	40	4	8	46	1.55
7883459--7883675	84	2.5	87	80	6	190	41	13	7	36	1.74
7883509--7883676	84	2.0	88	84	7	229	39	14	8	37	1.77
7883774--7883841	26	2.6	26	79	9	84	70	0	1	27	0.96
7883774--7883861	27	3.2	26	80	11	79	69	1	1	28	1.03
7884028--7884083	10	5.6	10	78	6	60	23	5	0	71	1.06
7884023--7884063	19	2.2	19	95	0	73	29	7	0	63	1.21
7884030--7884092	29	2.2	29	82	5	74	26	6	1	65	1.26
7884117--7884158	19	2.2	19	86	0	57	35	2	2	59	1.23
7884117--7884179	10	6.4	10	71	10	58	33	3	3	60	1.28
7884197--7884252	28	1.9	28	92	7	94	37	0	1	60	1.07
7890828--7890891	23	2.6	24	87	9	85	79	4	0	15	0.89
7890848--7890891	17	2.6	17	85	3	54	84	4	0	11	0.77
7891156--7891188	15	2.2	15	94	0	57	69	0	30	0	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7891549--7891620	36	2.0	36	97	0	135	18	11	23	47	1.80
7894181--7894288	44	2.4	44	87	3	144	29	23	13	33	1.93
7895226--7895267	19	2.2	20	86	4	59	4	23	7	64	1.38
7895283--7895355	5	14.6	5	76	20	64	54	4	1	39	1.28
7895284--7895326	19	2.3	19	92	8	70	55	0	2	41	1.12
7895290--7895354	24	2.7	24	80	9	69	56	4	1	36	1.29
7895934--7896114	99	1.8	99	89	4	283	49	16	7	27	1.72
7898048--7898178	62	2.1	62	91	1	210	48	21	6	22	1.73
7898437--7898494	6	9.7	6	88	0	80	62	13	5	18	1.50
7898410--7898581	18	9.4	18	69	11	100	58	12	7	22	1.59

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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