genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.185.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57032357--57032417	21	3.0	20	76	9	61	32	3	1	62	1.21
57032425--57032462	20	1.9	20	89	10	60	39	5	5	50	1.48
57033005--57033134	61	2.1	60	83	7	154	46	16	2	34	1.59
57033372--57033413	19	2.2	19	87	8	59	69	4	2	23	1.20
57040943--57040987	23	2.0	23	95	4	83	4	0	24	71	1.05
57040936--57040987	23	2.2	25	89	6	81	5	0	25	69	1.10
57047040--57047231	104	1.8	105	82	4	251	23	18	11	46	1.81
57047705--57048851	44	26.2	44	77	5	1076	27	16	25	30	1.96
57047703--57048798	131	8.4	131	96	1	1937	28	15	25	30	1.96
57048834--57049029	97	2.0	95	94	1	338	30	18	21	29	1.97
57048999--57049194	46	4.3	46	67	14	154	26	18	23	31	1.97
57048929--57049253	136	2.4	136	92	1	537	27	19	23	29	1.98
57049303--57049454	40	3.8	40	80	6	171	30	22	21	26	1.99
57049305--57049455	82	1.8	82	88	0	230	30	22	21	25	1.99
57050365--57050397	11	3.0	11	95	0	57	0	48	0	51	1.00
57050858--57050928	3	23.3	3	71	8	54	30	2	5	60	1.34
57050871--57050931	23	2.8	22	85	5	70	32	3	8	55	1.45
57050894--57050939	23	2.0	23	83	8	58	30	2	10	56	1.46
57051171--57051207	19	1.9	19	88	0	56	40	2	5	51	1.39
57053596--57053691	43	2.3	43	94	1	167	35	5	11	47	1.62
57063467--57063503	17	2.1	19	90	10	60	32	0	0	67	0.91
57064461--57064548	46	1.9	46	83	4	115	38	18	20	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57064708--57064772	22	3.0	21	76	13	60	46	16	18	18	1.85
57064873--57064926	26	2.1	26	92	0	90	35	18	22	24	1.96
57065042--57065123	24	3.4	24	82	0	101	50	21	6	21	1.71
57065054--57065151	24	4.1	24	81	1	108	48	21	5	24	1.70
57065171--57065326	79	2.0	79	83	5	199	24	19	19	35	1.95
57065172--57065416	27	9.2	27	70	9	117	24	19	18	37	1.94
57065265--57065415	81	1.9	81	81	5	189	23	17	18	39	1.92
57079387--57079482	43	2.3	43	94	1	167	35	5	11	47	1.62
57089254--57089290	17	2.1	19	90	10	60	32	0	0	67	0.91
57090251--57090338	46	1.9	46	83	4	115	38	18	20	22	1.93
57090498--57090562	22	3.0	21	76	13	60	46	16	18	18	1.85
57090663--57090716	26	2.1	26	92	0	90	35	18	22	24	1.96
57090832--57090913	24	3.4	24	82	0	101	50	21	6	21	1.71
57090844--57090942	24	4.1	24	81	0	108	48	21	6	24	1.72
57090973--57091210	27	8.8	27	71	10	146	24	18	20	36	1.94
57090963--57091210	81	3.1	79	79	6	248	23	19	19	37	1.94
57096286--57096320	18	1.9	18	94	0	61	22	45	8	22	1.79
57097711--57097785	34	2.2	33	83	6	89	61	0	0	38	0.96
57097722--57097786	33	2.0	33	87	6	96	56	0	0	43	0.99
57103187--57103255	15	4.6	15	85	0	75	11	17	13	57	1.64
57103181--57103265	45	1.9	44	85	2	116	9	15	16	58	1.61
57103180--57103263	30	2.8	30	83	1	98	9	15	16	58	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57106021--57106070	17	2.8	18	85	8	59	34	4	4	58	1.36
57109124--57109159	16	2.3	15	90	4	54	61	0	5	33	1.19
57113149--57113189	21	2.0	21	90	0	64	46	12	2	39	1.54
57119546--57119586	21	2.0	21	95	0	73	43	9	2	43	1.50
57122320--57122387	30	2.4	28	81	16	77	54	4	0	41	1.20
57125647--57125682	16	2.4	14	86	13	54	30	5	8	55	1.52
57126239--57126267	14	2.1	14	100	0	58	55	13	6	24	1.63
57131482--57131578	32	3.0	32	88	7	142	53	0	8	38	1.31
57132350--57132406	29	2.0	29	86	13	82	47	0	5	47	1.24
57132357--57132419	30	2.1	31	85	8	85	46	3	4	46	1.40
57132395--57132552	43	3.6	43	74	14	153	47	8	3	40	1.51
57132384--57132573	43	4.3	44	71	18	146	47	7	4	40	1.52
57132382--57132582	88	2.3	89	91	3	327	47	6	4	40	1.52
57132558--57132652	32	3.0	32	93	4	165	48	0	8	43	1.33
57133381--57133656	33	8.0	33	84	5	291	27	33	14	23	1.94
57134372--57134460	45	2.0	45	95	0	160	25	28	16	29	1.97
57138642--57138670	6	4.8	6	100	0	58	48	0	17	34	1.47
57138642--57138677	18	2.0	18	88	0	54	50	0	19	30	1.48
57139572--57139615	3	14.7	3	100	0	88	0	31	0	68	0.90
57152034--57152063	13	2.3	13	94	0	51	80	0	10	10	0.92
57154804--57154838	9	3.9	9	88	0	52	25	8	17	48	1.75
57154804--57154841	18	2.1	18	95	0	67	26	7	15	50	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57154866--57154932	32	2.1	33	86	8	93	43	17	8	29	1.80
57156952--57157087	41	3.3	41	85	5	179	35	27	13	24	1.92
57161511--57161720	43	4.9	43	81	5	228	28	30	18	23	1.97
57162058--57162117	21	2.9	21	87	0	84	8	46	13	31	1.72
57162097--57162245	66	2.3	66	88	4	212	15	28	16	38	1.90
57162105--57162266	66	2.5	65	86	4	209	14	27	17	40	1.89
57167717--57168208	9	57.3	9	65	18	160	32	2	19	45	1.63
57167746--57167827	25	3.3	25	81	6	94	36	2	14	46	1.58
57167783--57167983	34	5.9	34	76	6	176	31	4	21	42	1.73
57167817--57167983	69	2.4	69	96	0	307	30	4	22	42	1.73
57168016--57168100	34	2.4	34	76	3	89	27	2	20	50	1.60
57168104--57168173	25	2.8	25	76	8	72	31	0	20	48	1.50
57168134--57168199	25	2.6	25	85	4	80	30	1	21	46	1.60
57168099--57168196	41	2.4	41	84	6	119	32	1	19	46	1.57
57168154--57168301	21	7.4	21	69	22	79	31	2	18	47	1.60
57168262--57168307	7	6.6	7	78	16	51	28	0	10	60	1.30
57168262--57168384	15	7.9	15	68	18	65	31	1	14	52	1.52
57168304--57168361	21	2.8	21	84	7	82	36	3	17	43	1.66
57168530--57168674	61	2.4	62	86	1	211	50	5	4	40	1.45
57168608--57168646	16	2.5	16	95	4	71	51	5	0	43	1.24
57168578--57168696	31	3.9	30	72	12	98	52	5	5	36	1.48
57173016--57173778	308	2.4	309	90	3	1199	31	11	7	50	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57174103--57174150	10	4.9	10	82	14	55	2	22	0	75	0.91
57174389--57175150	158	4.9	151	71	16	549	51	8	10	30	1.64
57174389--57175150	308	2.4	312	88	4	1174	51	8	10	30	1.64
57174521--57174982	149	3.0	148	66	23	378	51	7	10	29	1.65
57176369--57176420	25	2.0	28	88	11	83	51	3	11	32	1.56
57178323--57178467	41	3.5	41	88	0	218	25	20	28	24	1.99
57183755--57183791	10	3.6	10	89	7	56	0	27	0	72	0.84
57183874--57183970	27	3.6	27	83	8	99	22	25	31	19	1.98
57184307--57184378	31	2.4	30	84	11	85	41	8	6	43	1.62
57184552--57184610	29	2.0	30	90	3	93	49	15	8	27	1.73
57184733--57184810	26	3.0	27	79	9	90	26	3	0	69	1.06
57186287--57186731	222	2.0	222	98	0	863	36	14	11	37	1.83
57191218--57191283	33	2.0	33	93	0	114	36	19	40	3	1.67
57191697--57191813	42	2.7	43	84	5	139	29	21	23	26	1.99
57191710--57192020	42	7.4	42	85	5	353	26	19	22	31	1.98
57192769--57192877	40	2.8	40	87	4	150	37	25	20	16	1.93
57192916--57193073	41	3.8	40	84	3	199	23	22	24	30	1.99
57192916--57193068	82	1.9	82	87	2	227	24	20	23	31	1.98
57193167--57193217	26	2.0	26	88	0	75	60	5	9	23	1.50
57193568--57193700	70	1.9	69	83	4	169	28	1	26	43	1.64
57193681--57193724	20	2.2	20	88	12	63	18	0	45	36	1.49
57193681--57193748	34	2.0	34	82	0	82	25	0	39	35	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57193847--57193893	21	2.2	20	82	14	51	34	0	36	29	1.58
57199019--57199217	43	4.7	42	83	4	177	21	19	27	32	1.97
57199072--57199236	43	3.8	43	85	1	215	23	22	26	27	1.99
57199072--57199236	86	1.9	86	88	2	251	23	22	26	27	1.99
57199185--57199290	54	2.0	54	88	7	162	26	23	23	26	2.00
57199309--57199341	12	2.8	12	90	0	57	0	24	36	39	1.56
57201341--57201443	47	2.1	50	82	8	124	34	30	14	20	1.92
57206291--57206475	66	2.8	65	84	4	237	20	26	26	26	1.99
57217850--57217962	34	3.4	33	80	3	118	44	0	14	40	1.51
57219029--57219063	18	2.1	17	89	10	54	48	0	17	34	1.47

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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