genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.194.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59096026--59096052	6	4.5	6	100	0	54	51	0	33	14	1.43
59096505--59096530	3	8.7	3	100	0	52	30	34	0	34	1.58
59096797--59096821	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
59097136--59097179	3	14.7	3	80	0	52	9	65	0	25	1.21
59097137--59097177	6	6.8	6	97	0	64	9	68	0	21	1.18
59116161--59116304	75	1.9	75	84	5	193	43	12	9	34	1.74
59120624--59120678	22	2.5	22	87	0	83	9	10	16	63	1.51
59133200--59133229	15	1.9	16	93	6	53	26	3	0	70	1.03
59133360--59133397	20	1.9	20	89	10	60	34	7	7	50	1.61
59136066--59136095	6	4.8	6	92	8	51	83	0	16	0	0.65
59147569--59147606	2	19.0	2	100	0	76	50	0	50	0	1.00
59152069--59152126	27	2.1	27	90	0	89	50	20	1	27	1.58
59152517--59152573	25	2.3	25	87	3	89	38	7	0	54	1.28
59152532--59152578	25	1.9	25	91	4	78	38	8	0	53	1.32
59153151--59153230	31	2.6	30	76	9	83	41	3	17	37	1.68
59155211--59155278	29	2.3	29	80	5	75	27	27	13	30	1.94
59155100--59155427	174	1.9	174	96	1	613	31	24	14	30	1.94
59155387--59155458	29	2.5	30	82	13	96	30	29	12	27	1.93
59163363--59163430	29	2.3	29	82	5	84	27	29	13	29	1.94
59163252--59163579	174	1.9	174	98	0	638	31	24	14	30	1.94
59163539--59163609	29	2.5	30	80	15	87	30	29	11	28	1.91
59165545--59165612	30	2.2	31	86	2	93	52	13	1	32	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59176176--59176279	32	3.5	27	84	12	82	28	3	16	50	1.62
59176188--59176280	32	2.9	32	95	0	159	30	4	15	50	1.63
59183709--59183751	18	2.4	18	96	0	77	51	0	2	46	1.13
59183827--59183864	19	2.0	19	94	0	67	44	18	10	26	1.82
59185409--59185447	17	2.4	16	83	8	53	46	5	0	48	1.24
59186079--59186141	30	2.1	30	93	0	108	55	12	4	26	1.57
59186172--59186202	14	2.2	14	94	0	53	61	12	6	19	1.53
59186738--59186787	23	2.2	23	85	7	66	24	0	8	68	1.16
59188439--59188488	25	2.0	26	88	4	75	40	2	0	58	1.10
59189348--59189377	14	2.1	14	100	0	60	40	13	16	30	1.87
59189659--59189957	90	3.3	90	83	5	354	29	6	12	51	1.63
59192699--59192739	5	8.2	5	100	0	82	80	19	0	0	0.71
59193974--59194077	42	2.5	41	84	4	145	18	32	27	21	1.96
59193803--59194042	104	2.3	104	79	3	250	23	27	22	25	2.00
59199786--59199925	51	2.8	52	86	4	205	30	11	10	47	1.74
59200554--59200640	40	2.3	38	86	7	115	33	4	10	51	1.56
59200433--59200640	76	2.6	76	77	11	215	34	4	10	50	1.58
59203800--59203830	10	3.2	10	90	9	55	29	0	0	70	0.87
59203571--59204440	153	5.7	154	82	9	1020	31	10	7	51	1.63
59203569--59204440	305	2.9	300	86	7	1208	31	10	7	51	1.63
59204759--59204826	19	3.9	18	74	18	63	0	33	1	64	1.02
59204780--59204848	14	4.6	14	74	12	66	2	28	0	68	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59204769--59204852	33	2.6	32	85	9	107	2	29	1	66	1.11
59204795--59204843	19	2.6	19	80	6	55	4	26	0	69	1.06
59205000--59205034	16	2.1	17	89	5	54	14	0	8	77	0.99
59205403--59205510	50	2.1	50	93	1	180	46	9	15	28	1.77
59206467--59206541	15	4.9	15	72	16	55	16	1	40	42	1.56
59206467--59206552	7	11.4	7	74	14	57	18	1	37	43	1.58
59206824--59206865	21	1.9	21	85	9	57	61	4	9	23	1.45
59206990--59207446	115	4.0	112	79	8	402	25	14	19	40	1.90
59207585--59207671	40	2.3	38	86	7	115	33	4	10	51	1.56
59210831--59210861	10	3.2	10	90	9	55	29	0	0	70	0.87
59210600--59211470	304	2.9	300	87	7	1201	31	10	7	51	1.63
59210602--59211470	458	1.9	453	83	8	1111	31	10	7	51	1.63
59211786--59211853	19	3.9	18	74	18	63	0	33	1	64	1.02
59211807--59211875	14	4.6	14	74	12	66	2	28	0	68	1.04
59211796--59211879	33	2.6	32	85	9	107	2	29	1	66	1.11
59211822--59211870	19	2.6	19	80	6	55	4	26	0	69	1.06
59212028--59212063	17	2.1	18	89	5	56	13	0	8	77	0.98
59212433--59212540	50	2.1	50	93	1	180	46	9	15	28	1.77
59213497--59213571	15	4.9	15	72	16	55	16	1	40	42	1.56
59213497--59213582	7	11.4	7	74	14	57	18	1	37	43	1.58
59213854--59213895	21	1.9	21	85	9	57	61	4	9	23	1.45
59214020--59214476	115	4.0	112	79	8	402	25	14	19	40	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59216186--59216227	21	2.0	21	85	0	57	40	23	11	23	1.88
59216459--59216535	17	4.1	18	71	20	59	38	5	5	50	1.47
59216536--59216629	15	6.2	15	72	14	68	39	3	7	50	1.47
59216517--59216614	43	2.2	46	85	5	130	39	4	7	48	1.49
59216459--59216642	61	3.1	60	81	13	177	39	4	6	50	1.48
59216645--59216670	12	2.2	12	100	0	52	38	7	7	46	1.61
59216685--59217355	9	78.7	9	71	17	374	46	19	1	32	1.58
59216748--59216824	8	10.5	8	71	19	53	55	12	0	31	1.38
59216682--59217164	34	14.8	32	71	17	157	48	19	1	31	1.56
59216842--59216866	12	2.1	12	100	0	50	52	16	0	32	1.44
59216856--59217205	16	20.6	17	72	16	106	47	20	0	31	1.55
59216894--59217171	25	11.0	25	70	17	116	48	19	0	31	1.54
59217188--59217253	25	2.6	25	85	4	80	43	19	1	34	1.60
59217253--59217281	14	2.1	14	100	0	58	27	20	6	44	1.77
59219946--59220803	229	3.8	222	77	10	752	31	21	21	25	1.98
59220251--59220610	115	3.1	112	65	14	257	31	22	20	25	1.98
59220619--59221013	188	2.1	191	81	6	464	32	20	21	25	1.98
59221460--59221496	14	2.4	16	78	17	51	16	0	35	48	1.46
59221589--59221622	15	2.3	15	89	0	50	8	0	35	55	1.31
59224339--59224492	78	2.0	77	89	3	238	45	11	3	39	1.57
59224450--59224505	9	6.8	9	73	19	59	48	16	0	35	1.46
59224394--59224686	93	3.2	93	90	3	491	46	12	2	38	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59224394--59225029	43	13.4	48	67	23	264	46	12	3	38	1.58
59224645--59224838	93	2.1	90	89	5	309	45	11	4	38	1.60
59224567--59225039	245	1.9	251	90	8	760	45	12	3	37	1.59
59224734--59224923	78	2.4	78	92	2	312	45	13	3	37	1.59
59224881--59224936	9	6.8	9	69	19	50	46	17	0	35	1.49
59224812--59225039	93	2.5	93	90	4	379	46	14	3	36	1.60
59224459--59225024	16	36.7	15	64	27	144	45	12	3	38	1.59
59225241--59225305	9	7.2	9	85	0	85	52	13	0	33	1.41
59225231--59225298	18	3.8	18	88	0	91	57	10	0	32	1.32
59225231--59225305	27	2.8	27	91	0	123	54	12	0	33	1.37
59230826--59230872	21	2.2	21	88	0	67	36	19	42	2	1.63
59231348--59231514	42	4.0	42	85	4	212	25	21	19	33	1.97
59231348--59231501	83	1.9	83	86	2	220	27	22	19	30	1.98
59236524--59236595	29	2.4	29	81	4	81	27	9	13	48	1.74
59236644--59236774	64	2.1	64	95	1	237	32	15	9	42	1.78
59236794--59236843	26	1.9	26	83	0	64	14	12	2	72	1.22
59236783--59236846	21	3.0	21	71	11	58	12	12	1	73	1.17
59243246--59243270	6	4.2	6	100	0	50	84	0	0	16	0.63
59249480--59249505	7	3.7	7	100	0	52	26	0	15	57	1.38
59250269--59250301	7	4.7	7	96	0	57	45	33	0	21	1.52
59250174--59250396	110	2.0	108	87	5	315	41	20	1	36	1.61
59250279--59250480	93	2.2	94	85	4	266	41	17	0	40	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59250075--59250473	203	1.9	208	88	2	601	40	17	1	40	1.60
59250467--59250496	15	2.0	15	93	0	51	56	16	0	26	1.40
59250732--59250784	8	6.1	8	79	14	52	30	0	5	64	1.17
59250732--59250774	17	2.4	19	85	14	56	25	0	6	67	1.15
59253573--59254134	293	1.9	293	82	7	714	37	14	8	39	1.77
59266702--59266803	29	3.5	29	69	9	73	21	15	22	40	1.91
59272194--59272282	46	2.0	45	97	2	169	4	11	40	43	1.61
59272840--59273137	87	3.4	87	85	4	354	25	21	21	31	1.98
59272881--59273264	44	8.8	45	72	11	245	25	21	20	31	1.98
59286891--59286925	3	12.0	3	93	6	63	65	0	0	34	0.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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