genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.33.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11593896--11593929	12	2.7	13	90	9	61	61	0	0	38	0.96
11593910--11593962	27	2.0	27	89	7	83	49	3	3	43	1.38
11594255--11594305	22	2.3	22	100	0	102	27	33	0	39	1.57
11594277--11594388	51	2.2	51	93	0	188	28	27	0	43	1.55
11594404--11594454	10	5.1	10	76	6	50	31	0	0	68	0.90
11594391--11594454	30	2.1	31	94	2	112	34	0	1	64	1.03
11596472--11596521	21	2.4	21	86	0	64	40	32	24	4	1.73
11596617--11596686	25	2.7	25	80	4	77	44	2	14	38	1.60
11596689--11596807	29	3.9	29	83	8	130	45	23	0	30	1.59
11596747--11596973	18	12.3	18	77	16	234	48	22	0	28	1.54
11596801--11596857	29	2.0	28	93	3	96	45	26	0	28	1.54
11596950--11597100	35	4.7	35	77	20	193	44	29	0	26	1.55
11596950--11597100	64	2.4	63	96	1	275	44	29	0	26	1.55
11596689--11596955	131	1.9	144	79	12	278	47	23	0	28	1.57
11596971--11597100	29	4.3	29	85	12	190	44	29	0	26	1.54
11597077--11597153	18	4.7	18	68	21	69	46	24	0	28	1.53
11597049--11597153	47	2.3	46	93	1	174	46	24	0	28	1.53
11597069--11597153	23	3.7	22	76	16	91	47	25	0	27	1.53
11597164--11597255	26	3.4	26	67	14	78	40	11	7	40	1.71
11597292--11597746	18	23.2	18	64	20	112	36	7	4	51	1.52
11597176--11597650	55	8.4	56	83	13	536	37	8	5	48	1.58
11597305--11597602	56	5.0	64	85	11	354	36	7	5	50	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11597406--11597442	10	3.7	10	96	0	65	37	10	0	51	1.37
11597520--11597564	10	4.7	10	81	10	58	37	8	2	51	1.46
11597464--11597612	66	2.3	66	96	2	273	36	8	5	50	1.55
11597548--11597660	48	2.4	48	96	0	208	36	7	4	51	1.51
11597634--11597688	10	5.7	10	82	8	69	38	7	1	52	1.40
11597520--11597791	124	2.1	126	88	7	397	37	7	4	50	1.51
11597654--11597783	56	2.3	57	89	4	192	36	6	5	51	1.50
11600900--11601248	124	2.8	124	94	1	594	32	20	15	30	1.94
11602332--11602386	25	2.2	25	83	6	67	45	7	1	45	1.41
11602388--11602423	18	2.0	18	88	0	54	44	0	0	55	0.99
11605549--11605892	172	2.0	172	99	0	679	29	11	22	36	1.90
11607507--11607663	37	4.0	37	82	14	199	26	21	15	36	1.93
11607580--11607946	46	7.6	46	86	7	437	28	22	14	34	1.93
11607623--11607940	52	6.3	52	86	7	408	28	22	14	35	1.93
11607580--11607932	196	1.8	196	91	0	589	28	22	14	35	1.93
11607580--11607946	98	3.7	97	83	9	483	28	22	14	34	1.93
11611983--11612036	24	2.2	24	86	3	72	7	16	22	53	1.67
11613155--11613232	34	2.3	32	77	12	84	58	10	20	10	1.59
11613173--11613239	34	1.9	35	93	3	118	53	10	19	16	1.71
11613896--11613947	21	2.5	21	90	0	77	30	34	9	25	1.88
11624724--11624759	17	2.1	17	90	10	56	22	0	2	75	0.94
11637750--11637899	59	2.6	58	84	3	203	21	19	22	36	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11637941--11637996	26	2.2	26	83	6	69	23	12	8	55	1.65
11638384--11639203	120	6.8	120	96	0	1428	43	2	5	48	1.38
11639152--11639193	18	2.6	16	82	17	52	45	0	0	54	0.99
11639152--11639186	18	2.0	18	88	5	54	45	0	0	54	0.99
11639422--11639474	16	3.2	16	97	2	97	37	37	0	24	1.56
11642341--11642490	59	2.6	58	85	3	212	21	18	22	38	1.94
11642532--11642587	26	2.2	26	83	6	69	23	12	8	55	1.65
11642977--11643796	120	6.8	120	96	0	1419	43	2	5	48	1.38
11643745--11643779	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
11646820--11646956	40	3.5	40	75	12	140	44	5	7	43	1.54
11654731--11654767	14	2.6	15	83	12	51	40	5	5	48	1.49
11657949--11658028	29	2.7	28	80	16	90	58	2	1	37	1.19
11657988--11658031	21	2.1	21	87	8	63	54	2	0	43	1.12
11662211--11662250	16	2.5	17	84	11	50	55	35	5	5	1.44
11684397--11684638	44	5.5	43	71	12	152	30	18	21	30	1.97
11685200--11685239	16	2.5	17	84	11	50	55	35	5	5	1.44
11695906--11695957	23	2.3	22	75	21	54	9	23	1	65	1.32
11695915--11695969	12	4.6	12	73	15	51	12	23	0	63	1.29
11695951--11695988	17	2.2	18	85	4	51	10	23	2	63	1.39
11700545--11700569	2	12.5	2	100	0	50	52	0	48	0	1.00
11705801--11705851	18	2.7	19	78	3	59	35	0	0	64	0.94
11705805--11705855	25	2.1	24	81	3	57	41	0	0	58	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11709160--11709208	11	4.6	11	82	17	59	22	0	8	69	1.14
11709163--11709207	20	2.2	21	88	7	67	22	0	8	68	1.16
11718736--11718797	31	2.0	31	100	0	124	29	12	22	35	1.91
11734816--11735035	115	1.9	115	82	2	273	31	7	11	49	1.67
11738251--11738306	27	2.1	27	96	0	103	37	8	14	39	1.77
11740411--11740522	44	2.5	45	80	5	122	26	27	16	29	1.97
11740498--11741330	87	9.6	87	91	0	1256	22	22	24	30	1.99
11740529--11740927	43	9.2	44	62	15	130	22	21	25	29	1.99
11740833--11740971	44	3.2	44	67	11	131	25	24	25	23	2.00
11742520--11742574	14	4.0	14	81	9	60	14	21	0	63	1.30
11742531--11742575	7	6.4	7	82	7	56	13	20	0	66	1.24
11742960--11742998	6	6.7	6	91	2	62	12	0	12	74	1.08
11742931--11742998	12	5.9	12	73	14	63	14	4	11	69	1.34
11745555--11745600	19	2.4	19	85	7	58	45	10	21	21	1.82
11749673--11749713	16	2.5	16	88	4	64	65	9	0	24	1.22
11758829--11758880	24	2.2	24	89	0	77	51	9	5	32	1.58
11760415--11760546	47	2.7	49	82	3	160	28	18	31	21	1.97
11760644--11760763	45	2.7	44	81	11	145	25	15	23	35	1.94
11763736--11763788	24	2.2	24	82	0	61	54	7	3	33	1.46
11764185--11764248	33	1.9	34	90	3	103	48	4	4	42	1.45
11765703--11765733	3	10.3	3	100	0	62	32	32	0	35	1.58
11766585--11766679	49	2.0	47	89	4	145	23	12	6	57	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11775629--11775654	12	2.2	12	100	0	52	42	0	50	7	1.31
11795531--11795568	18	2.1	18	95	0	67	31	0	0	68	0.90
11798662--11798723	22	2.7	22	80	5	61	37	3	1	58	1.24
11800615--11800655	21	2.0	21	81	18	50	24	26	17	31	1.97
11807726--11807768	2	21.5	2	100	0	86	0	48	0	51	1.00
11812035--11812065	3	10.3	3	100	0	62	0	32	0	67	0.91
11814186--11814228	19	2.3	19	95	0	77	41	6	11	39	1.68
11814197--11814251	19	3.1	18	80	17	53	36	3	14	45	1.63
11814750--11814800	25	2.0	25	81	7	59	17	3	3	74	1.12
11814874--11814927	21	2.8	20	78	10	67	29	1	3	64	1.21
11814867--11814919	27	2.0	27	82	14	65	32	1	3	62	1.24
11816640--11816688	17	2.9	17	76	11	55	16	24	26	32	1.96
11820610--11820685	23	3.3	23	80	12	93	32	23	18	25	1.97
11826942--11826996	23	2.4	24	81	9	69	7	20	30	41	1.79
11830800--11830830	12	2.6	12	94	0	53	22	41	29	6	1.78
11832468--11832584	23	5.1	23	85	2	155	24	21	23	30	1.99
11847050--11847089	21	1.9	21	85	10	55	45	2	0	52	1.14
11847118--11847279	55	3.1	51	76	12	134	33	4	4	57	1.40
11847338--11847418	29	2.8	30	76	14	80	35	6	2	55	1.38
11856508--11856595	42	2.2	40	76	15	90	22	29	22	25	1.99
11856582--11856662	29	2.8	29	88	0	117	19	33	30	16	1.94
11870275--11870679	106	3.8	105	85	9	539	31	14	13	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11874581--11874607	12	2.2	12	100	0	54	18	14	66	0	1.25
11874575--11874645	30	2.4	29	86	9	90	16	16	57	8	1.63
11877661--11877715	9	6.2	9	95	2	85	21	10	25	41	1.86
11877876--11877900	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
11880253--11880289	2	18.5	2	100	0	74	51	0	48	0	1.00
11887462--11887547	37	2.3	37	91	0	145	29	12	23	34	1.92
11887412--11887596	88	2.1	86	91	2	298	30	14	23	32	1.94
11887499--11887660	50	3.2	50	87	2	236	31	13	24	30	1.94
11889260--11889394	41	3.3	40	83	11	175	27	21	28	22	1.99
11889562--11889641	38	2.1	38	83	4	99	33	8	18	38	1.82

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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