genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.17.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6355564--6355645	18	4.4	19	78	6	96	47	0	13	39	1.43
6355840--6355910	37	1.9	37	97	0	133	49	1	9	39	1.45
6355840--6355914	18	4.1	19	81	6	93	52	1	9	37	1.42
6355846--6355914	19	3.7	19	82	5	88	52	1	8	37	1.42
6355846--6355924	19	4.2	19	81	4	61	51	1	10	36	1.44
6356112--6356176	29	2.4	26	87	7	94	50	1	6	41	1.36
6366416--6366459	16	2.8	16	82	6	54	31	6	9	52	1.59
6367862--6367905	13	3.6	12	82	14	54	63	0	0	36	0.95
6367862--6367905	6	7.2	6	80	14	54	63	0	0	36	0.95
6368170--6368212	21	2.0	21	91	8	70	58	0	9	32	1.30
6369713--6369991	50	5.6	50	73	3	256	26	24	20	29	1.99
6369680--6370002	100	3.2	99	90	2	470	26	23	20	29	1.99
6372114--6372162	21	2.3	22	86	10	66	14	16	0	69	1.19
6372114--6372174	7	8.3	7	73	22	54	14	16	0	68	1.21
6372648--6372699	18	2.8	17	80	13	59	0	9	9	80	0.90
6372649--6372693	21	2.3	19	84	7	54	0	8	8	82	0.85
6372766--6372799	14	2.4	14	90	0	50	35	29	5	29	1.81
6376729--6376801	18	3.9	19	72	15	64	61	1	1	35	1.13
6376771--6376849	29	2.8	28	78	5	86	56	1	8	32	1.38
6389052--6389109	24	2.4	24	81	13	66	32	5	3	58	1.37
6393756--6393812	3	19.0	3	100	0	114	66	0	33	0	0.92
6408998--6409060	30	2.1	30	96	0	117	23	3	15	57	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6411201--6411277	38	2.0	38	100	0	154	41	23	7	27	1.81
6413056--6413089	6	5.7	6	85	0	50	70	0	14	14	1.17
6413055--6413089	18	1.9	18	94	0	61	71	0	14	14	1.15
6433932--6434043	24	4.7	24	83	2	127	47	4	25	23	1.70
6434785--6434842	9	6.4	9	81	0	71	43	20	8	27	1.81
6434785--6434842	18	3.2	18	90	0	80	43	20	8	27	1.81
6434785--6434842	27	2.1	27	90	0	89	43	20	8	27	1.81
6438318--6438358	20	2.0	20	95	0	73	31	9	0	58	1.31
6438416--6438486	27	2.6	27	86	8	92	19	25	32	22	1.98
6441646--6441715	21	3.2	21	78	11	79	0	31	0	68	0.90
6441626--6441778	35	4.5	34	74	18	104	0	32	0	67	0.90
6441646--6441810	39	4.4	36	77	15	140	0	31	0	68	0.90
6441682--6441811	4	32.0	4	73	21	94	0	30	0	69	0.89
6441650--6441734	22	4.0	21	72	18	61	0	30	0	69	0.89
6441647--6441781	40	3.4	40	83	8	152	0	31	0	68	0.89
6441648--6441805	21	7.3	22	67	23	70	0	31	0	68	0.90
6441622--6441820	74	2.8	73	84	13	231	0	33	0	66	0.92
6441675--6441810	40	3.3	42	78	12	131	0	30	0	69	0.89
6441682--6441820	30	4.5	30	77	19	119	0	32	0	67	0.91
6441958--6442012	28	2.0	28	100	0	110	36	0	7	56	1.27
6442757--6442807	13	3.9	13	77	10	59	60	1	0	37	1.08
6445081--6445130	23	2.3	23	86	6	68	30	0	2	68	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6445262--6445313	16	3.1	16	77	5	59	57	1	1	38	1.21
6445414--6445461	21	2.2	21	85	7	60	70	2	0	27	0.98
6445698--6445746	13	3.8	13	86	0	62	36	2	6	55	1.37
6460760--6460813	24	2.2	24	96	0	99	35	3	7	53	1.47
6462850--6462896	24	2.0	24	91	0	76	36	19	25	19	1.95
6462941--6463006	26	2.5	26	85	7	89	34	19	25	19	1.96
6464231--6464297	21	3.2	21	73	0	71	46	14	20	17	1.84
6466164--6466216	27	2.0	26	81	3	61	41	0	3	54	1.18
6468452--6469504	529	2.0	529	99	0	2081	25	13	11	48	1.77
6476431--6476483	22	2.5	21	76	14	54	18	5	7	67	1.35
6477513--6477580	18	3.9	17	70	19	50	42	0	2	54	1.15
6477723--6477764	12	3.4	12	90	3	66	45	0	0	54	0.99
6488808--6488849	21	2.0	21	85	0	57	54	4	0	40	1.21
6517607--6517664	25	2.2	26	85	11	75	39	1	3	55	1.27
6517607--6517665	27	2.3	25	82	11	66	38	1	3	55	1.26
6518502--6518564	30	2.1	30	82	5	74	41	22	14	22	1.89
6532195--6532253	27	2.2	27	81	6	66	37	0	10	52	1.35
6532432--6532800	44	8.4	43	67	16	161	29	24	19	26	1.98
6532428--6532832	131	3.1	131	94	0	693	29	25	18	26	1.98
6532487--6532833	44	8.0	43	68	15	162	30	23	18	26	1.98
6532847--6533140	44	6.7	44	68	13	169	30	24	18	26	1.98
6532735--6532936	102	2.0	102	99	0	395	32	25	16	24	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6532604--6533069	233	2.0	233	97	0	889	31	25	18	25	1.97
6532837--6533140	131	2.3	131	95	1	538	30	24	18	26	1.97
6534590--6534637	23	2.0	24	92	4	80	14	18	0	66	1.25
6534609--6534641	15	2.2	15	89	10	50	12	12	0	75	1.04
6535114--6535229	1	116.0	1	72	0	88	1	5	6	86	0.77
6535114--6535228	18	6.4	18	80	10	110	1	5	6	86	0.78
6535113--6535228	45	2.6	45	80	5	144	1	5	7	85	0.80
6539431--6539489	3	19.7	3	73	13	50	67	1	1	28	1.10
6539444--6539483	17	2.4	17	87	8	55	67	2	0	30	1.04
6539431--6539490	30	2.1	27	84	12	75	68	1	1	28	1.09
6539455--6539489	17	2.1	16	89	5	52	71	2	0	25	1.00
6543099--6543141	20	2.2	20	100	0	86	62	13	9	13	1.53
6544856--6544909	27	2.0	27	88	0	81	31	18	27	22	1.97
6561564--6561604	19	2.1	20	90	4	66	36	2	0	60	1.10
6566682--6566729	3	16.0	3	100	0	96	33	0	0	66	0.92
6566831--6566911	42	2.0	42	87	2	119	46	16	6	30	1.71
6568688--6568796	37	3.0	37	93	2	177	24	22	16	36	1.94
6568760--6569011	52	5.3	46	86	7	292	28	21	14	35	1.93
6568760--6569011	98	2.6	94	81	11	296	28	21	14	35	1.93
6568908--6569011	46	2.3	44	85	8	131	27	21	14	36	1.92
6570235--6570453	45	4.9	45	93	0	330	25	19	15	39	1.91
6570567--6570598	16	2.0	16	100	0	64	50	25	12	12	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6572349--6572395	19	2.3	20	85	7	60	31	4	2	61	1.27
6578190--6578237	3	16.3	3	95	4	89	31	0	0	68	0.90
6578333--6578414	42	2.0	42	90	2	130	47	15	7	29	1.73
6579611--6579651	19	2.1	20	86	4	57	34	4	0	60	1.18
6580126--6580157	16	2.0	16	100	0	64	0	18	12	68	1.20
6582624--6582787	82	2.0	82	92	2	276	40	12	9	37	1.74
6586716--6586836	18	6.7	18	76	16	110	43	9	11	34	1.74
6586793--6586920	43	3.1	41	77	16	122	50	10	12	25	1.72
6586903--6586993	18	5.1	18	70	14	64	43	10	6	38	1.66
6586881--6586980	52	1.9	53	87	2	148	42	10	10	38	1.72
6587952--6588007	24	2.4	24	84	3	87	1	8	16	73	1.17
6588226--6588276	23	2.2	23	82	3	57	3	13	15	66	1.39
6588767--6588811	23	1.9	24	86	4	65	44	0	2	53	1.13
6589822--6589881	31	1.9	31	96	0	111	20	1	25	53	1.55
6595509--6595566	21	2.7	21	86	5	71	51	8	25	13	1.70
6599865--6599928	33	1.9	33	87	0	92	15	9	46	28	1.77
6627272--6627310	14	2.8	14	80	0	51	25	0	2	71	0.98
6628827--6629274	224	2.0	222	95	0	806	44	12	12	31	1.79
6640209--6640299	18	5.1	18	93	0	146	31	14	23	30	1.94
6642708--6642737	14	2.1	15	93	6	53	66	3	0	30	1.07
6645145--6645228	5	17.4	5	77	20	90	59	0	0	40	0.97
6645149--6645228	29	2.8	28	82	15	94	60	0	0	40	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6650050--6650098	18	2.7	18	78	12	55	65	2	4	28	1.22
6650066--6650162	10	10.4	9	78	6	70	62	2	4	30	1.25
6649981--6650117	72	1.9	72	81	14	167	62	3	2	32	1.25
6650085--6650171	29	3.1	27	75	14	88	60	1	3	34	1.21
6650066--6650209	57	2.5	55	78	12	159	60	2	5	31	1.34
6650431--6650483	19	2.8	20	83	8	58	41	1	1	54	1.22
6650510--6650683	88	2.0	86	85	7	235	32	9	21	36	1.85
6651444--6651473	14	2.1	15	93	6	53	66	3	0	30	1.07
6652002--6652073	18	4.0	17	73	15	56	37	1	0	61	1.05
6652018--6652098	11	7.9	11	76	20	79	41	2	0	55	1.13

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