genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.27.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   

This is table  27  of  240  ( 28759 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9531215--9531254	18	2.2	19	86	13	57	40	2	2	55	1.27
9531092--9531290	95	2.0	99	88	6	300	47	4	4	44	1.40
9531428--9531466	15	2.7	15	81	18	55	51	17	0	30	1.46
9531753--9531804	24	2.2	24	82	6	61	57	0	26	15	1.38
9556916--9556940	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
9562949--9562996	19	2.5	19	77	16	53	12	8	10	68	1.39
9568927--9568981	26	2.1	26	100	0	110	36	23	3	36	1.73
9572217--9572275	30	1.9	31	89	3	93	54	16	5	23	1.62
9572263--9572325	30	2.1	29	82	8	74	42	19	11	26	1.84
9578359--9578467	37	3.0	37	91	2	168	25	22	15	36	1.93
9578431--9578555	52	2.6	46	81	14	160	28	24	14	33	1.94
9578442--9578541	52	1.9	52	91	0	164	28	23	15	34	1.94
9581528--9581561	16	2.1	16	88	0	50	41	5	2	50	1.42
9581631--9581678	25	1.9	25	100	0	96	47	8	4	39	1.53
9582459--9582495	9	4.1	9	92	0	65	10	40	13	35	1.80
9584940--9585073	13	10.2	13	76	10	103	52	4	3	38	1.39
9584908--9585007	27	3.7	27	80	5	105	54	5	4	37	1.41
9584940--9585035	40	2.4	40	87	3	131	54	4	4	37	1.39
9586709--9586825	38	3.1	38	86	3	148	55	23	6	14	1.63
9593946--9594020	33	2.2	36	79	11	86	44	2	2	50	1.30
9594253--9594281	14	2.0	15	93	6	51	44	0	0	55	0.99
9595369--9595415	21	2.2	22	84	3	60	40	6	2	51	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9595459--9595488	15	1.9	16	93	6	53	36	0	0	63	0.95
9596656--9596681	7	3.7	7	100	0	52	15	11	0	73	1.11
9604981--9605094	45	2.5	45	78	2	140	23	24	12	39	1.89
9607641--9607829	100	1.9	99	93	1	324	31	6	8	53	1.57
9608707--9608912	43	4.8	43	89	2	315	30	33	16	20	1.94
9609113--9609172	18	3.4	18	64	13	52	40	10	6	43	1.64
9613625--9613677	7	7.6	7	85	8	54	33	43	0	22	1.54
9613632--9613703	21	3.5	19	75	16	63	36	45	0	18	1.49
9613645--9613706	21	3.0	21	76	9	72	38	46	0	14	1.45
9613850--9613882	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
9614224--9614267	20	2.3	19	80	7	52	63	4	6	25	1.38
9614272--9614547	41	6.7	41	83	3	313	28	24	20	26	1.99
9614272--9614546	123	2.2	123	86	1	381	28	24	20	26	1.99
9614272--9614547	82	3.4	82	83	4	358	28	24	20	26	1.99
9614598--9614722	41	3.1	40	78	7	137	25	17	18	38	1.92
9614615--9614725	41	2.8	40	79	5	143	23	16	19	40	1.91
9619452--9619489	9	4.2	9	93	0	67	26	10	23	39	1.87
9620836--9621270	110	3.8	110	84	9	500	40	13	17	28	1.87
9620836--9621270	226	1.9	228	85	7	603	40	13	17	28	1.87
9620825--9621310	116	4.2	117	81	12	421	39	13	15	31	1.86
9621287--9621756	114	4.1	113	87	7	619	27	16	13	42	1.86
9621287--9621766	113	4.2	112	85	7	615	26	15	13	43	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9622143--9622183	19	2.2	19	95	0	73	34	2	0	63	1.08
9622149--9622223	27	2.6	29	83	12	100	32	4	0	64	1.12
9622143--9622256	46	2.5	45	84	9	133	30	3	0	65	1.09
9622196--9622250	26	2.0	28	82	10	69	27	3	0	69	1.05
9622150--9622246	37	2.6	37	80	9	117	29	3	0	67	1.06
9623537--9623590	23	2.5	22	73	8	56	44	0	1	53	1.11
9627405--9627442	13	3.0	13	82	17	53	39	0	15	44	1.47
9628167--9628211	9	4.7	10	78	15	51	62	0	0	37	0.96
9629010--9629113	49	2.1	49	85	1	138	29	8	10	50	1.66
9633115--9633161	18	2.6	18	86	6	60	40	0	2	57	1.11
9633126--9633207	28	2.9	27	73	10	67	40	0	2	57	1.12
9633320--9633412	46	2.1	44	89	4	141	36	30	4	29	1.77
9633328--9633426	46	2.2	44	83	7	119	39	31	6	23	1.79
9634093--9634157	30	2.1	30	82	2	76	49	0	20	30	1.49
9647641--9647699	3	19.7	3	100	0	118	67	0	0	32	0.91
9665881--9665918	15	2.5	15	91	4	58	42	0	2	55	1.14
9671462--9671535	23	3.2	23	88	0	112	27	8	21	43	1.80
9673844--9673882	19	2.0	20	90	10	62	46	7	0	46	1.31
9677817--9677859	18	2.4	18	88	7	61	25	6	0	67	1.15
9677952--9678213	90	3.0	90	89	3	381	34	8	18	38	1.82
9677955--9678254	90	3.4	90	86	5	290	34	8	18	39	1.81
9678364--9678452	30	3.0	29	81	8	90	32	7	12	47	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9678387--9678454	30	2.3	30	87	2	93	30	8	11	48	1.70
9680258--9680369	24	4.6	24	73	11	77	16	25	24	33	1.96
9680397--9680444	25	1.9	25	95	0	87	20	31	16	31	1.95
9680397--9680456	25	2.4	25	86	5	86	21	28	18	31	1.97
9681106--9681154	26	1.9	25	87	4	71	26	14	10	48	1.75
9681103--9681157	12	4.4	12	84	8	65	29	12	9	49	1.72
9686767--9686808	16	2.6	16	92	0	66	42	7	2	47	1.43
9686823--9686851	6	4.8	6	100	0	58	34	0	0	65	0.93
9687424--9687620	108	1.8	106	86	5	281	34	17	17	30	1.94
9687939--9687988	23	2.3	23	86	10	70	64	12	4	20	1.43
9688284--9688320	17	2.1	18	90	5	58	45	5	5	43	1.49
9688336--9688413	23	3.5	23	87	7	124	41	2	10	46	1.51
9688346--9688413	21	3.1	21	87	8	109	42	1	8	47	1.43
9688908--9688995	36	2.4	36	94	0	158	25	27	26	21	1.99
9692725--9692774	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
9697364--9697413	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
9713254--9713310	26	2.2	27	81	15	75	36	1	7	54	1.38
9713254--9713313	30	2.1	27	84	9	75	38	1	6	53	1.37
9714940--9714978	19	2.0	20	90	5	62	53	2	0	43	1.14
9714949--9715014	18	3.6	18	75	2	51	53	1	0	45	1.09
9718261--9718300	21	1.9	21	84	0	53	45	45	5	5	1.47
9721844--9721892	25	2.0	24	84	7	64	40	4	0	55	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9724069--9724096	4	7.0	4	100	0	56	25	0	50	25	1.50
9725236--9725390	50	3.0	50	65	15	116	35	17	20	26	1.95
9725397--9725601	107	1.9	110	82	10	258	34	18	15	32	1.91
9729289--9729329	19	2.2	19	100	0	82	53	19	4	21	1.63
9744994--9745025	3	10.7	3	93	0	55	71	0	28	0	0.86
9745534--9745564	16	1.9	16	100	0	62	61	0	19	19	1.35
9747114--9747318	111	1.8	113	86	2	297	33	23	11	31	1.91
9748468--9748526	6	9.0	7	79	20	58	72	0	3	23	0.99
9748463--9748523	25	2.5	24	92	7	104	75	0	3	21	0.94
9748464--9748513	15	3.7	15	72	25	56	74	0	4	22	0.99
9754343--9754417	31	2.4	31	88	0	114	48	4	16	32	1.64
9754363--9754428	31	2.1	31	88	0	96	50	4	13	31	1.62
9755392--9755418	13	2.1	13	100	0	54	33	22	22	22	1.97
9764120--9764171	15	3.4	16	75	25	58	59	0	0	40	0.97
9764112--9764164	24	2.1	26	86	10	74	56	0	0	43	0.99
9764112--9764176	30	2.3	27	86	7	85	58	0	0	41	0.98
9764396--9764443	22	2.2	22	85	14	64	70	8	20	0	1.12
9765338--9765424	44	2.0	41	82	6	102	19	21	21	36	1.95
9765338--9765424	21	4.1	20	75	10	66	19	21	21	36	1.95
9766600--9766663	33	2.0	32	90	3	101	39	25	9	26	1.86
9766876--9767031	41	3.8	41	97	0	285	26	22	21	29	1.99
9774246--9774309	33	2.0	32	90	3	101	39	25	9	26	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9774522--9774677	41	3.8	41	97	0	285	26	22	21	29	1.99
9777628--9777713	25	3.4	25	77	6	84	33	17	27	20	1.95
9777643--9777724	25	3.3	25	86	3	103	35	20	23	20	1.96
9779362--9780188	415	2.0	415	99	0	1618	33	13	20	32	1.91
9782737--9782770	13	2.6	13	90	0	50	50	2	0	47	1.16
9787016--9787056	21	2.0	21	90	0	64	19	29	21	29	1.98
9794696--9794733	20	1.9	20	88	0	58	78	0	18	2	0.86
9798108--9798132	13	1.9	13	100	0	50	48	0	0	52	1.00
9798663--9798704	18	2.3	18	83	0	57	52	9	0	38	1.34
9798784--9798809	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240