genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.16.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6021698--6021955	132	2.0	132	85	3	349	29	17	21	31	1.96
6021830--6022165	150	2.2	150	83	3	399	28	18	19	33	1.96
6028392--6028499	44	2.4	45	84	3	137	29	22	13	34	1.93
6028907--6028940	9	3.9	9	84	7	52	2	17	0	79	0.86
6028907--6028940	17	2.0	17	94	0	59	2	17	0	79	0.86
6028949--6029018	5	13.6	5	77	15	63	55	4	0	40	1.19
6028956--6029017	21	3.0	21	77	11	56	58	4	0	37	1.20
6032147--6032211	33	1.9	34	90	9	107	47	10	7	33	1.67
6036033--6036093	18	3.4	18	68	14	54	54	3	0	42	1.17
6036076--6036122	19	2.4	19	85	3	58	63	4	0	31	1.13
6036087--6036128	19	2.2	19	83	8	50	64	4	2	28	1.26
6044843--6044901	18	3.3	18	100	0	118	33	28	5	32	1.79
6045312--6045341	12	2.5	12	94	0	51	36	10	0	53	1.35
6046479--6046543	33	2.0	33	82	11	80	43	1	4	50	1.32
6053194--6053229	18	2.1	18	89	5	56	11	8	5	75	1.19
6053699--6053740	21	2.0	21	100	0	84	28	23	19	28	1.98
6057328--6057368	13	3.0	14	82	7	57	31	0	2	65	1.05
6057328--6057373	13	3.5	13	84	3	56	36	0	2	60	1.09
6064455--6064480	6	4.3	6	100	0	52	15	0	0	84	0.62
6068290--6068359	35	2.0	35	97	0	131	27	22	15	34	1.95
6068725--6068999	136	2.0	136	96	0	505	25	22	17	34	1.95
6080446--6080495	25	2.0	25	88	0	73	6	36	2	56	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6083400--6083452	21	2.5	21	90	0	79	30	35	9	24	1.87
6088578--6088771	96	2.0	96	87	0	280	23	15	36	24	1.94
6092743--6092783	17	2.6	16	85	11	57	12	7	4	75	1.16
6095468--6095519	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
6097438--6097489	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
6097643--6097696	25	2.1	26	86	3	74	44	9	3	42	1.54
6100630--6100747	58	2.0	58	100	0	236	32	15	13	38	1.86
6102205--6102289	29	2.9	29	72	10	82	57	3	1	37	1.23
6102268--6102345	39	2.0	39	100	0	156	43	15	7	33	1.75
6104349--6104387	11	3.5	11	83	13	53	10	7	17	64	1.48
6104339--6104399	22	2.8	22	78	9	61	11	9	18	60	1.57
6104364--6104407	22	2.0	22	81	0	52	13	11	15	59	1.62
6105742--6105805	31	2.1	30	88	5	94	35	17	9	37	1.82
6114260--6114320	30	2.0	30	100	0	122	31	13	16	39	1.87
6125393--6126048	335	1.9	341	85	5	920	35	11	14	37	1.83
6131328--6131360	13	2.4	14	90	5	50	54	3	0	42	1.15
6131311--6131351	16	2.4	17	84	12	57	58	2	0	39	1.11
6134098--6134207	20	5.5	20	75	6	80	43	12	4	39	1.63
6134249--6134329	20	4.1	19	78	13	74	50	7	7	34	1.58
6134250--6134328	40	2.0	40	82	9	99	49	7	7	35	1.60
6134672--6134705	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
6142712--6142758	20	2.2	23	85	11	64	38	6	2	53	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6160722--6161010	126	2.3	126	92	0	488	33	19	20	25	1.96
6160930--6162610	840	2.0	839	95	0	3020	29	17	23	29	1.97
6163256--6163311	29	1.9	29	89	7	87	50	3	7	39	1.47
6163307--6163347	11	3.7	11	83	0	55	41	0	29	29	1.56
6163305--6163369	22	3.0	22	75	6	62	44	0	29	26	1.54
6165292--6165347	20	2.9	19	73	23	55	46	3	0	50	1.19
6169535--6169573	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
6169799--6169874	23	3.3	23	81	7	100	23	18	26	31	1.97
6172729--6172795	11	6.2	11	76	8	57	68	5	7	17	1.34
6172718--6172785	33	2.1	33	88	0	100	64	7	7	20	1.43
6172729--6172796	33	2.1	33	85	0	91	69	5	7	17	1.33
6179197--6179265	32	2.2	32	100	0	138	42	18	11	27	1.85
6183828--6184396	126	4.5	125	90	1	847	30	17	23	29	1.97
6183828--6184392	253	2.3	249	90	2	882	30	17	23	29	1.97
6187063--6187111	13	3.7	13	72	5	53	28	0	0	71	0.86
6187916--6188042	21	6.0	21	78	9	132	25	3	26	44	1.69
6187916--6188042	43	3.0	42	82	2	155	25	3	26	44	1.69
6187919--6188042	64	2.0	63	83	4	160	25	3	27	43	1.70
6188010--6188063	27	2.0	27	85	0	72	20	1	37	40	1.63
6189491--6189528	20	1.9	20	84	10	51	55	7	2	34	1.43
6190464--6190563	51	2.0	51	80	4	112	45	2	25	28	1.65
6190523--6190577	22	2.5	22	77	16	60	38	1	34	25	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6193952--6193997	23	2.0	24	91	4	76	58	8	2	30	1.40
6195930--6195964	18	1.9	18	88	0	52	31	28	14	25	1.95
6199583--6199636	22	2.5	22	81	0	54	57	1	3	37	1.27
6203250--6203305	18	2.9	18	81	7	67	32	26	1	39	1.67
6203251--6203311	27	2.1	29	91	8	99	29	29	3	37	1.73
6205057--6205094	18	2.1	18	90	0	58	23	28	10	36	1.88
6208605--6208872	125	2.1	126	90	0	421	29	14	19	36	1.91
6208928--6209040	33	3.5	31	81	12	147	44	13	0	41	1.49
6209086--6209165	42	1.9	41	89	2	124	46	25	1	27	1.61
6215368--6215468	46	2.2	46	90	0	157	32	26	5	34	1.81
6215444--6215493	25	2.0	25	92	0	82	30	26	6	38	1.80
6215401--6215539	71	2.0	71	89	0	215	30	27	5	35	1.80
6215469--6215619	46	3.3	46	88	0	230	29	23	7	40	1.81
6215368--6215585	117	1.9	117	86	1	312	31	24	6	38	1.81
6223199--6223254	21	2.7	19	75	24	51	48	10	3	37	1.56
6224849--6224908	23	2.5	23	82	12	68	63	0	0	36	0.95
6224856--6224900	18	2.5	19	75	13	51	66	0	0	33	0.92
6225314--6225365	25	2.1	24	85	3	68	26	7	1	63	1.32
6235799--6235843	23	1.9	24	81	4	56	48	2	4	44	1.35
6236520--6236552	17	1.9	17	88	11	50	42	0	3	54	1.15
6242556--6242597	18	2.3	18	80	8	50	14	9	7	69	1.37
6252694--6252738	22	2.0	22	87	8	65	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6253569--6253599	7	4.4	7	100	0	62	12	41	29	16	1.85
6257840--6257907	27	2.6	26	86	6	93	16	0	69	14	1.20
6257894--6257933	21	1.9	21	89	0	62	27	2	60	10	1.42
6272987--6273035	16	3.1	16	81	0	62	42	6	28	22	1.77
6273268--6273302	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
6273393--6273507	26	4.3	26	68	8	95	53	3	0	42	1.17
6273413--6273529	18	7.0	17	65	21	59	56	2	0	40	1.19
6273189--6273478	145	2.0	145	88	5	435	48	3	2	45	1.32
6273429--6273616	59	3.1	61	71	12	201	52	4	1	42	1.30
6280826--6280877	24	2.2	24	86	6	70	42	1	3	51	1.31
6281147--6281182	18	2.0	18	94	0	63	22	19	13	44	1.86
6281436--6281467	17	1.9	17	93	6	57	43	0	0	56	0.99
6281681--6281737	29	2.0	30	86	6	82	47	5	0	47	1.24
6282000--6282027	4	7.0	4	100	0	56	25	0	25	50	1.50
6302459--6302491	13	2.4	14	90	5	50	30	3	0	66	1.06
6303645--6303686	23	1.9	21	85	9	57	54	7	0	38	1.28
6303521--6303690	81	2.1	81	78	10	179	50	4	1	44	1.31
6306180--6306219	11	3.6	11	79	0	53	20	20	7	52	1.70
6306257--6306318	30	2.1	30	90	0	97	27	6	9	56	1.56
6318026--6318050	6	4.2	6	100	0	50	16	32	0	52	1.44
6329884--6329937	21	2.7	19	72	13	54	40	0	0	59	0.98
6330383--6330456	29	2.5	30	73	18	73	45	12	6	35	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6337394--6337423	5	6.0	5	100	0	60	40	0	0	60	0.97
6342265--6342289	6	4.2	6	100	0	50	48	0	0	52	1.00
6352023--6352053	15	2.0	15	93	6	53	58	0	19	22	1.40
6354823--6354896	27	2.7	27	89	0	112	31	22	31	14	1.94
6354971--6355040	19	3.7	19	82	3	97	37	10	0	52	1.35
6354976--6355046	37	1.9	37	100	0	142	39	11	0	49	1.39
6355250--6355288	19	2.1	19	85	4	53	35	7	0	56	1.28
6355052--6355542	254	1.9	254	96	0	903	32	13	10	43	1.78
6355504--6355564	19	3.3	19	79	4	79	34	11	0	54	1.37
6355564--6355645	37	2.2	37	100	0	164	47	0	13	39	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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