genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.53.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17852619--17852764	37	4.0	37	93	1	242	24	21	16	36	1.94
17852728--17852996	46	5.6	46	84	10	331	28	21	14	35	1.93
17852771--17852982	52	4.2	52	85	7	292	28	22	13	35	1.92
17852728--17852996	98	2.7	98	92	0	448	28	21	14	35	1.93
17858863--17858915	21	2.5	21	84	6	63	43	3	16	35	1.67
17861225--17861284	29	2.1	28	84	12	77	55	3	0	41	1.16
17867857--17867898	12	3.5	12	75	12	50	9	11	0	78	0.96
17868736--17868763	13	2.2	13	100	0	56	50	7	0	42	1.30
17869641--17869693	25	2.1	25	83	13	65	28	35	0	35	1.58
17888875--17888919	10	4.4	10	80	2	54	33	2	0	64	1.06
17888884--17888924	20	2.0	20	95	0	73	39	2	0	58	1.11
17888949--17888998	20	2.6	19	84	6	73	38	0	10	52	1.35
17888929--17888998	20	3.5	20	80	7	72	37	0	8	54	1.31
17891141--17891208	33	2.1	33	100	0	136	17	29	17	35	1.93
17896222--17896328	30	3.3	30	72	18	97	42	14	2	40	1.59
17897367--17897412	10	4.6	10	84	10	67	10	13	0	76	1.03
17899957--17900074	36	3.3	36	93	0	200	20	46	5	27	1.73
17900026--17900213	45	4.2	45	91	0	259	17	50	9	23	1.74
17908889--17908923	2	17.5	2	100	0	70	51	0	48	0	1.00
17909185--17909226	13	3.2	13	74	12	50	11	9	11	66	1.44
17913350--17913418	9	7.4	9	72	22	54	72	0	1	26	0.93
17913311--17913400	39	2.5	35	84	13	121	65	0	2	32	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17913318--17913390	39	1.9	39	91	5	123	65	0	2	31	1.06
17913417--17913441	11	2.3	11	100	0	50	52	0	8	40	1.31
17921194--17921222	12	2.3	13	94	5	51	68	13	0	17	1.20
17921417--17921529	3	38.7	3	81	7	108	61	0	7	30	1.28
17923077--17923781	99	7.1	97	84	5	813	24	20	21	32	1.98
17923091--17923769	50	13.7	50	67	6	333	24	21	22	31	1.98
17923077--17923781	199	3.6	198	85	2	912	24	20	21	32	1.98
17936216--17936329	3	38.0	3	85	3	158	64	0	4	31	1.13
17937564--17937608	23	2.0	23	82	4	56	64	6	0	28	1.19
17940837--17941181	107	3.2	107	88	5	509	40	14	17	28	1.88
17941996--17942649	217	3.0	214	87	5	875	38	13	15	32	1.87
17942577--17942726	83	1.8	79	84	8	203	44	16	10	29	1.79
17942806--17943030	108	2.1	107	91	3	360	28	16	13	41	1.85
17943023--17943054	16	2.0	16	93	0	55	0	21	0	78	0.76
17943616--17943704	44	2.0	45	93	2	153	24	21	16	37	1.94
17944563--17944948	109	3.6	105	80	12	428	39	11	15	33	1.83
17944577--17944948	108	3.5	107	80	10	427	39	11	15	33	1.84
17948680--17948718	18	2.2	18	85	0	51	46	0	2	51	1.14
17955471--17955505	17	1.9	19	88	11	56	42	5	14	37	1.69
17956156--17956188	2	16.5	2	100	0	66	0	0	48	51	1.00
17960390--17960442	18	2.9	18	80	2	61	43	45	0	11	1.40
17960563--17960612	9	5.6	9	87	0	73	22	12	26	40	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17960563--17960612	18	2.8	18	93	0	82	22	12	26	40	1.88
17960561--17960612	27	1.9	27	92	0	86	21	11	26	40	1.87
17960654--17960696	14	3.1	14	90	3	61	51	18	6	23	1.70
17965680--17965711	16	2.0	16	100	0	64	43	0	0	56	0.99
17965615--17965757	11	13.9	11	74	20	107	41	1	0	57	1.07
17965669--17965719	26	1.9	27	96	4	95	43	0	0	56	0.99
17969877--17969946	33	2.1	33	86	0	95	24	4	24	47	1.70
17982892--17982974	42	2.0	42	97	0	157	34	16	16	31	1.92
17997457--17997555	28	3.5	29	91	5	150	39	13	0	47	1.42
17997589--17997672	27	3.1	27	91	1	134	25	29	27	17	1.98
17998163--17998223	19	3.3	19	77	9	63	49	0	8	42	1.32
17998312--17998381	36	2.0	35	83	8	88	45	11	1	41	1.49
17998721--17998777	27	2.2	26	90	3	87	17	26	29	26	1.97
17998820--17998920	29	3.5	29	90	6	161	49	0	11	38	1.40
18003582--18003606	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
18004909--18005612	88	7.9	88	90	2	1038	29	18	25	26	1.98
18004954--18005611	43	14.9	45	64	13	215	29	18	25	27	1.98
18007732--18007788	16	3.6	16	90	0	78	29	0	35	35	1.58
18007759--18007801	16	2.7	16	85	0	59	37	2	32	27	1.70
18007732--18007801	32	2.2	32	84	0	86	31	1	32	34	1.67
18008034--18008068	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
18008133--18008173	15	2.8	15	82	10	50	53	2	0	43	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18008017--18008311	122	2.4	122	92	3	499	49	5	2	42	1.41
18008308--18008539	91	2.5	92	84	4	276	48	5	2	44	1.37
18008352--18008412	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
18008359--18008502	47	3.1	46	65	23	113	49	4	1	44	1.32
18008327--18008532	91	2.3	91	91	0	331	47	4	2	45	1.37
18008352--18008494	44	3.2	43	68	16	119	48	4	1	46	1.30
18008377--18008515	47	3.0	47	68	17	137	49	5	1	43	1.33
18016620--18016652	15	2.2	15	94	0	57	0	27	0	72	0.85
18021416--18021604	101	1.9	101	100	0	378	26	15	16	41	1.88
18021829--18021873	24	1.9	23	81	4	54	15	11	13	60	1.60
18023451--18023523	21	3.6	21	68	7	69	42	0	26	31	1.56
18033101--18033142	17	2.4	18	92	4	68	26	23	9	40	1.85
18040883--18040963	36	2.2	37	78	14	87	50	2	8	38	1.46
18041490--18041536	23	2.0	24	87	4	69	38	17	6	38	1.75
18041513--18041567	19	2.7	21	83	11	87	36	14	9	40	1.78
18041490--18041555	23	3.0	21	75	20	55	37	16	6	39	1.74
18043402--18043611	46	4.6	46	89	4	302	28	22	15	33	1.95
18046802--18046840	19	2.1	19	100	0	78	35	25	7	30	1.84
18049273--18049400	43	3.0	42	84	2	157	32	25	17	25	1.97
18058018--18058163	37	4.0	37	93	1	251	24	22	16	36	1.94
18058127--18058395	52	5.2	52	86	6	370	27	22	14	35	1.93
18058229--18058401	46	3.7	46	84	9	231	28	22	14	34	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18058127--18058401	98	2.7	98	89	3	397	28	22	14	35	1.93
18060318--18060521	49	4.0	50	83	10	241	32	29	13	24	1.94
18060402--18060520	58	2.0	59	98	1	231	31	31	13	23	1.93
18060411--18060501	28	3.2	28	66	22	80	27	31	15	25	1.95
18061774--18061919	37	4.0	37	93	1	251	24	22	16	36	1.94
18061883--18062151	52	5.2	52	86	6	370	27	22	14	35	1.93
18061985--18062157	46	3.7	46	84	9	231	28	22	14	34	1.93
18061883--18062157	98	2.7	98	89	3	397	28	22	14	35	1.93
18064713--18064750	15	2.5	15	100	0	76	15	42	31	10	1.81
18067825--18067876	21	2.5	21	80	0	68	40	26	5	26	1.79
18068269--18068305	10	3.5	11	85	14	51	56	0	2	40	1.13
18086950--18086985	17	2.2	17	95	5	65	11	5	33	50	1.61
18087103--18087160	27	2.1	27	87	6	82	10	5	13	70	1.31
18088504--18088547	10	4.5	10	77	5	54	63	0	2	34	1.07
18088884--18088922	21	1.9	21	89	5	62	33	0	2	64	1.08
18088883--18088926	20	2.3	19	81	14	54	34	0	2	63	1.07
18092092--18092143	26	2.0	26	100	0	104	53	15	11	19	1.71
18092592--18092633	18	2.3	18	83	0	57	7	33	11	47	1.68
18092836--18092861	5	5.2	5	100	0	52	19	0	0	80	0.71
18095789--18095932	43	3.5	40	78	12	123	41	21	15	20	1.90
18095867--18095953	43	2.0	43	93	0	147	42	21	17	18	1.89
18095899--18096009	56	2.0	56	85	3	152	41	23	14	20	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18096786--18096837	16	3.2	16	94	0	86	28	0	36	34	1.58
18096818--18096912	45	2.1	44	88	1	136	34	5	27	32	1.79
18097050--18097104	25	2.2	25	84	9	69	52	1	0	45	1.11
18097235--18097395	47	3.6	46	69	18	140	48	3	3	45	1.34
18102928--18103138	107	2.0	105	89	1	323	36	18	15	30	1.92
18103344--18103385	22	2.0	22	85	4	59	71	0	2	26	0.98
18110311--18110512	101	2.0	100	90	0	314	26	29	11	32	1.92
18116368--18116448	41	2.0	41	90	0	126	40	2	13	43	1.57
18119501--18120154	100	6.5	100	89	0	923	22	26	22	28	1.99
18119525--18120097	50	11.5	50	67	2	317	22	26	22	27	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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