genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.92.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28971081--28971278	59	3.3	59	67	21	162	50	4	4	41	1.40
28970864--28971280	120	3.5	120	95	1	721	48	5	2	43	1.39
28977329--28977423	48	2.0	48	91	0	154	25	11	18	44	1.84
28977465--28977505	21	2.0	21	95	0	73	31	7	0	60	1.24
28981496--28981539	21	2.2	21	84	8	56	63	4	22	9	1.42
28981496--28981550	21	2.5	22	78	21	53	67	3	21	7	1.31
28983921--28983977	18	3.1	19	80	10	64	57	3	0	38	1.16
28989637--28989688	24	2.2	24	92	0	86	36	1	9	51	1.46
28989654--28989700	24	2.0	24	83	8	60	36	8	6	48	1.59
28994950--28995058	42	2.6	43	91	2	177	10	20	17	52	1.73
29001771--29001966	96	2.0	96	91	0	311	26	9	24	39	1.85
29004098--29005665	782	2.0	782	99	0	3109	33	14	16	35	1.89
29010158--29010186	14	2.0	15	93	6	51	27	3	6	62	1.37
29010377--29010421	23	2.0	23	81	0	54	42	0	2	55	1.12
29017554--29017935	133	2.8	137	88	4	594	55	14	2	28	1.50
29017957--29018213	114	2.2	114	82	3	293	59	17	2	19	1.49
29018229--29018294	34	1.9	35	87	9	100	56	7	0	36	1.28
29029287--29029311	13	1.9	13	100	0	50	20	0	24	56	1.43
29031026--29031079	23	2.3	23	96	0	99	22	51	3	22	1.63
29052567--29052610	23	1.9	23	95	0	79	13	27	25	34	1.93
29057841--29057896	28	2.0	28	89	3	85	50	7	10	32	1.64
29058423--29058481	23	2.4	25	83	5	77	64	15	6	13	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29062439--29062685	50	4.8	50	81	6	212	28	21	26	23	1.99
29065004--29065113	43	2.6	43	81	4	125	27	17	26	29	1.97
29065612--29065659	23	2.1	23	96	0	87	22	4	14	58	1.54
29071532--29071570	11	3.5	11	78	0	51	56	10	0	33	1.33
29078695--29078750	8	6.8	9	78	17	52	71	0	0	28	0.86
29078707--29078757	23	2.2	24	92	3	86	76	0	0	23	0.79
29082689--29082842	61	2.5	61	87	5	215	42	1	3	52	1.28
29083167--29083193	3	9.0	3	100	0	54	33	66	0	0	0.92
29085251--29085329	28	2.8	28	84	5	88	20	22	17	39	1.92
29085402--29085530	60	2.2	60	82	0	150	30	24	14	31	1.95
29085651--29085753	53	1.9	53	86	0	143	29	26	11	33	1.91
29092183--29092249	12	5.6	12	70	5	55	64	2	5	26	1.31
29092840--29092895	23	2.4	24	84	3	69	69	7	17	5	1.31
29093733--29093765	17	2.1	16	88	11	50	42	0	18	39	1.50
29094121--29094224	40	2.6	40	87	3	129	43	2	18	35	1.65
29094146--29094225	13	6.0	13	73	13	65	43	2	17	36	1.63
29094320--29094401	40	2.0	40	85	0	110	47	2	14	35	1.58
29094506--29095089	50	11.7	50	68	1	353	25	18	23	32	1.97
29094450--29095119	100	6.7	100	86	1	799	25	19	23	31	1.98
29096595--29096656	6	10.7	6	79	10	58	14	4	9	70	1.29
29097342--29097381	7	5.7	7	88	11	64	15	15	0	70	1.18
29097342--29097414	14	5.5	14	73	14	57	13	13	2	69	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29097392--29097437	22	2.1	22	84	8	58	10	2	8	78	1.05
29102487--29102552	25	2.8	24	77	6	71	65	4	6	24	1.35
29104407--29104488	40	2.0	40	88	0	119	46	2	14	36	1.58
29104472--29104538	27	2.4	27	82	7	82	46	2	19	31	1.65
29104453--29104538	13	6.5	13	71	16	61	47	2	17	32	1.60
29121123--29121226	51	2.0	51	98	0	199	40	17	11	30	1.85
29125743--29125822	26	3.0	26	78	14	83	50	2	6	41	1.41
29125743--29125840	28	3.5	28	76	14	87	50	2	6	41	1.39
29125846--29125954	56	1.9	56	83	7	139	48	4	10	36	1.57
29127651--29127958	44	7.2	44	68	14	185	23	20	22	34	1.97
29127641--29128068	128	3.3	128	94	1	732	24	18	21	34	1.96
29127731--29128064	44	7.8	44	67	12	192	25	18	21	34	1.96
29128080--29128261	45	4.0	45	89	0	265	32	26	15	25	1.95
29129275--29129308	16	2.1	16	89	10	52	0	14	2	82	0.79
29129744--29129776	17	1.9	17	93	0	57	6	0	6	87	0.65
29133831--29133894	26	2.5	26	81	0	74	51	1	4	42	1.32
29133852--29133903	26	2.1	25	85	7	70	50	1	5	42	1.37
29141662--29141686	11	2.3	11	100	0	50	68	0	0	32	0.90
29144819--29144872	20	2.7	20	80	5	65	46	11	5	37	1.63
29144810--29144904	40	2.4	40	82	7	104	47	11	6	34	1.65
29144846--29144904	19	2.9	21	71	19	61	44	11	5	38	1.63
29151423--29151474	16	3.2	16	91	0	77	28	0	34	36	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29151455--29151549	45	2.1	44	86	1	127	34	5	26	33	1.79
29151711--29151745	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
29151669--29151741	27	2.7	27	76	8	76	52	2	0	45	1.15
29151858--29151892	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
29151630--29151904	147	1.9	149	96	1	509	46	3	2	47	1.33
29151873--29152060	61	3.1	61	68	19	185	49	5	2	42	1.41
29151836--29152133	120	2.5	120	92	3	492	50	4	3	42	1.37
29151957--29152002	15	3.0	16	78	9	60	58	0	0	41	0.98
29151951--29152144	54	3.4	54	68	22	144	53	3	3	40	1.32
29153968--29154015	24	2.0	24	84	8	62	62	10	6	20	1.49
29160399--29160458	30	2.0	31	86	3	86	20	40	0	40	1.52
29161100--29161125	5	5.2	5	100	0	52	23	19	19	38	1.93
29162511--29162552	14	2.8	15	89	7	59	47	0	0	52	1.00
29162684--29162752	29	2.3	29	85	5	84	49	11	15	23	1.77
29173951--29174027	40	1.9	40	94	0	136	29	11	16	41	1.84
29177532--29177580	24	2.0	24	100	0	98	32	8	28	30	1.86
29180260--29180286	11	2.5	11	100	0	54	92	0	7	0	0.38
29182354--29182428	23	3.3	22	66	17	55	52	4	4	40	1.39
29187215--29187471	113	2.3	110	78	8	272	27	17	19	35	1.94
29187180--29187421	110	2.2	110	80	8	258	28	18	19	33	1.95
29190692--29190760	22	3.1	22	64	15	61	46	13	5	34	1.67
29190659--29190916	44	5.9	44	92	0	399	48	10	3	37	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29191700--29191735	16	2.2	16	90	0	54	72	8	5	13	1.27
29191805--29191839	3	11.7	3	87	0	52	62	0	5	31	1.18
29192020--29192093	27	2.7	27	87	0	94	24	21	36	17	1.95
29192350--29192391	22	1.9	22	95	0	75	71	11	0	16	1.14
29192467--29192579	28	4.0	26	70	17	75	32	2	7	56	1.42
29193441--29193483	18	2.4	18	92	0	68	30	4	48	16	1.66
29193449--29193485	18	2.1	18	100	0	74	35	5	48	10	1.61
29195824--29195866	14	3.1	14	96	0	77	53	0	9	37	1.33
29196260--29196312	12	4.4	12	74	9	54	1	26	43	28	1.65
29199257--29199413	4	36.8	4	75	22	101	1	28	0	70	0.98
29199252--29199332	23	3.7	21	75	16	67	1	28	0	70	0.95
29199226--29199392	39	4.2	40	77	13	141	1	29	0	68	0.99
29199220--29199412	38	5.2	35	76	18	144	1	28	0	69	0.97
29199251--29199413	41	4.1	39	80	13	149	1	28	0	69	0.98
29201273--29201367	39	2.4	40	78	1	102	41	20	21	17	1.91
29201405--29201667	41	6.4	41	81	2	287	16	24	23	35	1.95
29201406--29201667	82	3.2	82	87	1	337	16	24	23	35	1.94
29201404--29201667	123	2.1	123	81	4	318	16	24	23	35	1.95
29202182--29202216	15	2.3	15	90	0	61	25	0	37	37	1.57
29203465--29203543	7	10.4	7	70	15	50	21	1	46	30	1.59
29206214--29206306	21	4.8	18	71	20	55	44	11	0	44	1.41
29206213--29206333	38	3.0	39	82	10	129	44	10	0	44	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29206862--29206926	34	1.9	34	96	0	121	46	10	0	43	1.38
29206898--29206948	22	2.4	22	90	3	86	49	9	0	41	1.36
29206869--29206982	56	2.0	56	98	0	219	47	11	0	41	1.39
29206935--29207186	9	30.2	9	67	20	102	44	15	1	38	1.55
29206974--29207006	16	2.1	16	100	0	66	45	24	0	30	1.53
29207028--29207167	25	5.7	25	74	9	117	44	16	1	37	1.57
29206990--29207078	34	2.6	34	80	3	90	42	15	0	41	1.47
29206931--29207088	84	1.9	84	84	5	212	44	15	0	40	1.46
29207146--29207181	16	2.2	16	95	0	63	52	16	0	30	1.44
29212648--29212739	21	4.2	21	75	8	76	38	17	42	2	1.61

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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