genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.59.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19531237--19531315	39	2.0	39	95	0	140	46	12	10	30	1.75
19531749--19531779	16	1.9	16	93	0	53	54	0	6	38	1.26
19532566--19532605	3	13.7	3	94	5	73	70	0	30	0	0.88
19539281--19539317	17	2.2	17	100	0	74	10	13	43	32	1.79
19543225--19543269	21	2.1	21	83	0	54	46	2	0	51	1.13
19544871--19544905	17	2.1	17	89	5	54	25	5	2	65	1.28
19549732--19549865	48	2.8	48	89	0	187	32	14	39	13	1.85
19550300--19550343	20	2.2	20	84	4	54	20	6	6	65	1.39
19551517--19551586	27	2.7	26	84	6	97	40	2	0	57	1.14
19554613--19554659	21	2.2	22	88	3	69	21	36	19	23	1.95
19563555--19563595	20	2.0	20	85	0	55	48	7	9	34	1.64
19565411--19565519	34	3.3	34	79	7	100	42	13	12	31	1.82
19565807--19565957	27	5.4	27	74	14	119	55	3	18	21	1.59
19569538--19569584	22	2.1	22	88	0	67	38	6	2	53	1.39
19579699--19579933	117	2.0	117	94	0	407	27	13	19	40	1.88
19585381--19585434	27	2.0	27	82	7	65	62	1	3	31	1.23
19589464--19589792	43	7.7	43	76	2	311	31	24	17	27	1.97
19589498--19589792	86	3.4	86	87	1	387	31	24	16	27	1.96
19589435--19589802	129	2.9	129	85	1	443	30	23	16	29	1.96
19592001--19592037	18	2.0	19	89	5	58	24	5	0	70	1.08
19622243--19622312	36	1.9	36	88	0	104	35	31	4	28	1.77
19624733--19624776	20	2.2	20	80	4	54	18	4	6	70	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19626061--19626127	27	2.5	27	90	0	98	25	28	29	16	1.97
19626174--19626353	19	10.0	18	69	16	83	66	0	32	1	0.99
19626176--19626328	10	15.1	10	69	15	73	67	0	30	1	0.98
19626176--19626354	24	7.7	23	68	15	77	67	0	31	1	0.98
19626191--19626320	34	3.7	35	80	13	133	66	0	31	1	1.01
19626176--19626353	34	5.1	34	73	19	107	67	0	31	1	0.98
19626197--19626354	38	4.1	39	74	17	116	67	0	31	1	0.98
19627045--19627069	8	3.1	8	100	0	50	36	0	0	64	0.94
19627121--19627189	27	2.5	28	93	6	115	40	10	0	49	1.37
19629435--19629463	14	2.1	14	100	0	58	37	6	0	55	1.27
19629706--19629750	14	3.2	14	87	0	63	0	31	0	68	0.89
19629674--19629756	38	2.2	36	85	8	103	0	33	0	66	0.92
19629681--19629751	33	2.2	33	80	7	83	0	35	0	64	0.94
19629693--19629770	38	2.1	38	80	4	86	0	38	0	61	0.96
19629805--19629871	27	2.5	27	92	0	107	16	31	28	23	1.96
19629805--19629881	27	2.9	27	86	3	93	14	32	25	27	1.94
19629914--19629953	16	2.4	17	91	4	64	2	2	7	87	0.71
19629912--19629963	24	2.2	24	83	10	63	7	1	7	82	0.91
19629953--19630024	27	2.6	27	82	6	81	50	1	8	40	1.41
19631905--19631964	30	2.0	31	86	3	86	40	0	40	20	1.52
19635328--19635699	23	16.7	23	83	7	462	26	6	20	45	1.77
19635328--19635699	46	8.3	46	86	6	523	26	6	20	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19635443--19635519	37	2.1	37	100	0	154	24	7	18	49	1.74
19635328--19635699	69	5.6	69	85	6	523	26	6	20	45	1.77
19635701--19635793	25	3.7	25	91	0	150	39	12	0	47	1.42
19638196--19638248	22	2.3	23	77	3	63	45	0	30	24	1.54
19638104--19638228	51	2.5	51	85	5	173	46	2	22	28	1.64
19638203--19638245	11	3.8	11	87	3	59	48	0	32	18	1.48
19651415--19651467	24	2.2	24	86	0	70	50	5	1	41	1.36
19655800--19655852	24	2.2	24	93	0	88	50	7	1	39	1.41
19657243--19657309	35	1.9	35	82	11	84	56	4	5	32	1.43
19662223--19662274	19	2.7	19	77	17	54	44	0	3	51	1.19
19664242--19664298	29	2.0	29	82	6	71	36	5	0	57	1.21
19674677--19674716	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
19674685--19674751	35	1.9	35	87	3	100	31	10	13	44	1.77
19674700--19674739	20	2.0	20	85	0	53	27	12	12	47	1.77
19679710--19679735	13	2.0	13	100	0	52	46	15	15	23	1.83
19679835--19679866	16	2.0	16	100	0	64	56	6	31	6	1.49
19682766--19682841	30	2.6	30	87	4	102	25	26	23	25	2.00
19684791--19684819	14	2.0	15	93	6	51	55	0	0	44	0.99
19685386--19685414	14	2.1	14	93	6	51	41	13	6	37	1.72
19687644--19687720	29	2.6	29	81	12	84	35	5	7	51	1.53
19691330--19691377	2	24.0	2	100	0	96	0	50	0	50	1.00
19696211--19696363	63	2.4	63	82	4	175	28	6	30	34	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19697176--19697216	22	1.9	21	85	5	55	46	7	9	36	1.65
19699084--19699190	45	2.4	44	83	7	119	29	5	27	37	1.80
19699314--19699539	61	3.9	54	72	19	163	50	4	0	43	1.28
19699366--19699437	37	1.9	37	83	10	94	47	5	1	45	1.34
19699403--19699449	23	2.0	24	84	15	64	53	4	2	40	1.32
19699468--19699516	10	4.9	10	82	0	62	55	4	0	40	1.19
19699430--19699479	26	2.0	26	92	4	84	56	0	0	44	0.99
19699468--19699516	20	2.5	20	100	0	98	55	4	0	40	1.19
19699329--19699564	119	2.0	119	92	4	395	51	4	0	42	1.28
19700952--19701056	49	2.1	49	94	0	183	50	10	7	31	1.65
19703172--19703242	27	2.5	28	77	20	69	45	2	5	46	1.41
19703995--19704047	25	2.2	23	83	6	61	60	5	3	30	1.37
19704794--19704845	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
19706741--19706792	24	2.2	24	92	0	86	55	11	1	30	1.46
19712038--19712083	17	2.7	17	82	0	56	56	6	0	36	1.25
19713592--19713629	16	2.2	17	86	9	51	23	5	2	68	1.23
19714215--19714253	21	1.9	20	89	5	60	53	5	0	41	1.23
19720504--19720553	25	2.0	25	84	4	64	44	18	0	38	1.50
19732345--19732428	31	2.7	31	74	5	80	29	5	10	53	1.59
19732610--19732634	11	2.3	11	100	0	50	64	0	0	36	0.94
19732560--19732665	55	1.9	54	80	12	119	57	1	5	34	1.33
19732611--19732693	19	4.3	20	74	15	70	56	1	6	36	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19732971--19733074	8	12.0	8	67	15	55	55	0	5	37	1.30
19732979--19733067	18	4.9	18	72	14	58	55	1	6	37	1.34
19732970--19733072	26	3.9	25	70	8	80	56	0	5	36	1.30
19736815--19736841	14	1.9	14	100	0	54	59	14	0	25	1.36
19737771--19737808	14	2.7	14	84	8	51	7	2	60	28	1.38
19737912--19737969	29	2.1	29	87	6	84	50	0	6	43	1.29
19741773--19741866	47	2.0	47	100	0	188	31	23	12	31	1.92
19744547--19744603	28	2.0	28	86	0	78	66	14	0	19	1.25
19744677--19744717	21	2.0	21	85	9	57	60	0	2	36	1.10
19750225--19750298	37	2.0	37	97	0	139	27	17	10	44	1.82
19750225--19750286	20	3.2	20	64	13	58	25	17	12	43	1.85
19754550--19754594	18	2.5	18	92	7	74	31	22	15	31	1.95
19757658--19757690	7	4.7	7	100	0	66	72	0	0	27	0.85
19761731--19761873	40	3.7	38	72	11	119	32	22	16	28	1.96
19762730--19762805	10	7.8	10	78	11	59	2	22	3	71	1.16
19762731--19762805	15	4.7	16	76	11	64	2	21	4	72	1.14
19762820--19762888	9	8.3	9	73	16	53	53	2	1	42	1.24
19763661--19763842	42	4.3	43	80	5	192	32	29	18	20	1.96
19769390--19769558	88	1.9	88	87	4	250	40	28	1	28	1.67
19769645--19769677	14	2.3	15	94	5	59	36	33	0	30	1.58
19769902--19769992	30	3.1	30	72	20	100	29	4	4	61	1.35
19769900--19769992	29	3.2	28	71	19	91	30	4	4	61	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19770088--19770201	41	2.8	40	82	6	131	25	30	21	21	1.99
19770292--19770368	40	1.9	40	86	0	109	25	19	22	32	1.97
19778616--19778650	8	4.4	8	92	0	52	68	0	2	28	1.04
19778744--19778774	4	7.8	4	100	0	62	77	0	0	22	0.77
19778737--19778808	6	11.8	6	71	14	58	76	1	0	22	0.86
19778845--19778898	26	2.2	25	87	12	76	53	1	5	38	1.35
19779072--19779119	23	2.0	25	88	8	73	56	2	8	33	1.41
19795832--19795874	21	2.0	22	82	13	54	62	2	0	34	1.08
19800415--19801051	70	9.1	69	90	2	891	42	16	16	25	1.88
19800415--19801051	210	3.0	210	89	0	1006	42	16	16	25	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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