genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.63.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20545591--20545622	4	8.2	4	93	6	57	46	0	0	53	1.00
20547866--20547905	12	3.1	13	89	10	64	62	0	22	15	1.32
20547868--20547905	6	6.0	6	96	3	58	63	0	21	15	1.31
20563952--20564012	24	2.5	25	78	5	61	42	16	24	16	1.88
20564026--20564085	26	2.3	25	83	8	75	41	21	20	16	1.90
20564539--20564604	11	6.4	11	75	16	61	46	12	0	40	1.41
20564539--20564598	30	2.0	30	96	0	111	48	11	0	40	1.40
20568760--20568882	63	2.0	63	85	6	169	32	26	17	23	1.96
20568973--20569073	40	2.5	41	85	6	125	40	15	11	31	1.84
20574380--20574431	27	1.9	27	88	0	77	23	26	19	30	1.98
20574416--20574480	25	2.6	25	95	0	112	21	20	26	32	1.97
20577756--20577948	43	4.5	42	86	6	253	26	15	24	34	1.94
20582833--20582897	25	2.6	25	85	0	85	24	16	23	35	1.95
20586266--20586342	23	3.2	23	71	12	66	32	23	27	16	1.96
20588821--20588865	18	2.2	22	85	14	62	60	0	0	40	0.97
20589790--20589845	29	2.0	28	82	6	69	62	1	1	33	1.16
20596316--20596356	9	4.6	9	93	0	64	39	24	9	26	1.86
20596522--20596551	13	2.3	13	100	0	60	16	0	43	40	1.48
20598875--20598935	30	2.0	30	93	0	104	36	13	14	36	1.85
20599962--20599996	5	7.2	5	93	6	63	60	0	0	40	0.97
20599966--20599995	9	3.2	9	95	4	51	60	0	0	40	0.97
20600754--20600848	3	32.7	3	93	6	169	68	0	31	0	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20600758--20600848	23	4.0	23	92	5	157	68	0	31	0	0.90
20600753--20600848	26	3.8	25	90	9	160	68	0	31	0	0.90
20604695--20604773	31	2.6	31	88	6	108	37	10	10	41	1.73
20604698--20604773	29	2.5	29	87	6	98	38	10	10	40	1.74
20610526--20610593	28	2.4	28	87	0	91	38	19	22	20	1.94
20613751--20613814	13	4.9	13	90	0	101	23	10	26	39	1.88
20614379--20614420	22	2.0	21	90	4	66	38	4	14	42	1.66
20617447--20617538	46	2.0	46	100	0	184	34	34	13	17	1.88
20627778--20627876	28	3.5	28	93	4	146	39	10	0	50	1.36
20627954--20628074	27	4.5	27	94	0	188	28	28	27	15	1.96
20628319--20628362	3	14.7	3	95	0	79	0	2	31	65	1.05
20628537--20628600	26	2.4	26	82	7	76	39	1	9	50	1.44
20629189--20629223	18	1.9	18	88	0	52	37	5	40	17	1.73
20634899--20634923	10	2.5	10	100	0	50	0	32	0	68	0.90
20634911--20635004	32	3.0	31	77	18	97	0	31	0	68	0.90
20634941--20635041	33	3.1	32	80	9	114	0	30	0	69	0.89
20634968--20635082	22	5.6	21	75	17	100	0	33	0	66	0.92
20634938--20635013	26	2.9	27	81	13	86	0	30	0	69	0.88
20634999--20635084	18	4.7	18	80	16	97	0	34	0	65	0.93
20634968--20635084	40	2.9	40	82	12	143	0	34	0	65	0.93
20634959--20635094	18	7.4	18	73	17	95	0	33	0	66	0.92
20635249--20635351	28	3.7	28	88	6	147	47	0	11	40	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20636789--20636839	20	2.5	20	81	18	61	72	3	0	23	1.01
20642328--20642462	43	3.1	44	76	6	134	18	17	32	31	1.94
20642320--20642496	86	2.1	86	88	2	257	20	16	31	32	1.95
20642341--20642502	43	3.8	42	74	9	123	22	17	30	29	1.96
20642499--20642648	43	3.5	43	84	1	176	26	30	20	23	1.98
20642509--20642680	86	2.0	86	80	2	193	27	27	19	25	1.99
20643005--20643063	21	2.8	21	84	5	84	3	40	16	38	1.66
20643093--20643234	66	2.2	66	87	5	198	14	27	18	40	1.89
20643114--20643257	66	2.2	66	83	5	184	15	25	18	40	1.89
20648129--20648389	9	28.3	9	65	22	55	39	1	11	47	1.49
20648154--20648186	16	2.1	16	100	0	66	30	0	24	45	1.53
20648178--20648403	56	4.0	56	94	0	389	40	2	10	46	1.52
20648212--20648257	22	2.1	22	95	0	83	41	0	10	47	1.38
20648268--20648318	22	2.4	22	90	3	86	41	0	9	49	1.36
20648324--20648369	22	2.1	22	95	0	83	41	0	10	47	1.38
20649152--20649207	24	2.2	26	78	12	64	64	12	10	12	1.51
20649264--20649293	12	2.5	12	94	0	51	56	3	10	30	1.48
20649700--20649732	14	2.3	15	94	5	59	60	12	21	6	1.53
20649955--20649991	11	3.4	11	92	0	56	56	2	2	37	1.28
20651293--20651331	10	3.7	10	80	12	51	43	12	0	43	1.42
20651292--20651331	12	3.5	12	86	13	66	42	12	0	45	1.42
20651295--20651345	22	2.3	22	83	6	59	47	11	1	39	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20651990--20652026	10	3.7	10	92	0	65	43	13	0	43	1.44
20652838--20652917	40	2.0	40	97	0	151	35	11	17	36	1.86
20654504--20654764	41	6.3	43	78	8	258	39	22	22	15	1.91
20654504--20654765	82	3.2	82	89	2	384	39	22	22	15	1.91
20666422--20666453	4	8.0	4	92	0	55	71	0	3	25	1.00
20676321--20676430	44	2.5	44	77	2	105	11	19	22	46	1.82
20676376--20676430	22	2.5	22	78	0	65	12	20	21	45	1.84
20682108--20682285	72	2.4	74	75	5	175	35	21	24	18	1.96
20683323--20683374	5	10.4	5	100	0	104	59	0	0	40	0.97
20684262--20684415	45	3.4	45	93	0	254	25	20	18	36	1.95
20686124--20686163	20	2.0	21	90	5	64	30	20	30	20	1.97
20692903--20692949	23	2.0	24	84	12	62	48	8	0	42	1.33
20693853--20693895	11	4.0	10	77	16	50	37	0	2	60	1.10
20694416--20694459	17	2.6	16	82	7	52	72	2	2	22	1.07
20702474--20702525	20	2.6	19	82	8	59	55	7	5	30	1.52
20704120--20704159	21	1.9	21	85	10	55	47	0	30	22	1.52
20704099--20704154	29	1.9	29	85	0	76	48	0	30	21	1.51
20704197--20704224	9	3.1	9	100	0	56	32	10	10	46	1.73
20718058--20718214	85	1.8	85	80	2	190	30	20	20	28	1.97
20718145--20718235	44	2.1	44	82	0	110	31	17	19	30	1.95
20718516--20718595	42	1.9	42	94	0	142	16	22	32	28	1.95
20725403--20725465	27	2.3	27	88	0	99	30	9	17	42	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20734320--20734367	17	2.9	17	90	3	71	27	0	18	54	1.44
20735568--20735752	46	4.0	46	91	1	291	36	9	25	29	1.87
20743579--20743691	42	2.7	42	81	0	127	19	22	15	42	1.89
20743627--20743698	21	3.4	21	66	0	63	15	20	16	47	1.83
20743622--20743734	42	2.7	42	82	2	131	15	21	18	45	1.86
20751330--20751472	66	2.2	66	97	0	268	44	25	8	20	1.80
20755863--20756095	51	4.6	50	80	5	263	23	18	27	31	1.97
20755810--20756095	101	2.8	101	92	1	457	23	17	27	31	1.97
20756017--20756097	26	3.2	26	66	22	71	22	14	28	34	1.94
20756105--20756231	43	3.0	42	72	14	134	24	16	22	36	1.94
20757694--20757783	25	3.6	25	79	5	74	20	28	16	34	1.94
20762858--20763511	335	2.0	334	93	0	1130	37	25	11	25	1.89
20768903--20769014	41	2.7	41	90	0	161	21	22	24	32	1.98
20771980--20772010	16	1.9	16	93	0	53	70	9	9	9	1.33
20777531--20777592	32	1.9	32	83	6	81	29	14	14	41	1.85
20782667--20782700	14	2.4	14	85	0	50	41	0	17	41	1.50
20783162--20783409	119	2.1	119	97	0	469	45	2	5	46	1.38
20783389--20783430	23	1.9	23	85	9	61	42	0	2	54	1.13
20795648--20795685	20	1.9	20	89	10	60	55	10	10	23	1.65
20808188--20808221	14	2.5	13	86	9	50	41	0	0	58	0.98
20812195--20812250	22	2.5	22	97	2	103	28	32	0	39	1.57
20814100--20814134	18	1.9	18	94	0	61	25	31	8	34	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20814557--20814692	50	3.0	45	85	9	152	38	0	13	47	1.43
20814610--20814772	25	6.7	25	79	9	185	42	0	12	44	1.47
20814610--20814772	70	2.2	72	87	9	226	42	0	12	44	1.47
20814768--20815053	23	11.7	23	71	20	110	45	25	0	27	1.58
20814795--20815105	29	11.1	29	70	22	202	45	25	0	27	1.60
20814768--20815107	73	4.5	76	74	20	263	45	25	0	27	1.59
20814987--20815060	25	3.1	24	76	16	64	44	27	1	27	1.62
20815112--20815465	116	3.1	116	94	0	618	37	10	9	42	1.70
20818498--20818871	126	3.0	125	91	1	606	32	21	16	29	1.95
20827233--20827317	25	3.5	24	68	16	66	16	9	9	64	1.48

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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