genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.171.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53080243--53080299	22	2.8	20	71	21	55	71	8	3	15	1.24
53080549--53080583	16	2.2	16	89	0	52	57	17	5	20	1.60
53085260--53085305	19	2.3	20	75	17	51	13	2	4	80	0.95
53088685--53088815	63	2.1	61	85	12	171	43	3	6	46	1.45
53088691--53088815	59	2.1	55	81	14	135	44	2	7	45	1.44
53092698--53092749	23	2.3	23	83	12	63	69	0	1	28	0.99
53094601--53094631	16	1.9	16	93	0	53	54	9	0	35	1.33
53104236--53104274	20	2.0	20	85	9	55	43	7	15	33	1.75
53121729--53121761	11	2.9	12	86	13	52	33	0	0	66	0.92
53134042--53134306	103	2.6	103	90	4	408	29	29	20	20	1.98
53134634--53134698	30	2.2	29	81	8	76	30	27	6	35	1.81
53134641--53134698	30	1.9	30	85	0	80	31	24	6	37	1.82
53146714--53146758	16	2.8	16	89	0	63	35	26	24	13	1.92
53147749--53147820	36	2.0	36	81	5	83	63	1	2	31	1.17
53150830--53150897	3	22.7	3	85	5	93	63	1	4	30	1.23
53152457--53152707	43	5.4	42	68	22	155	29	23	17	28	1.97
53152455--53152727	95	2.9	94	95	1	501	30	23	18	28	1.98
53152885--53153028	44	3.3	42	70	10	110	26	22	25	25	2.00
53153167--53153300	44	3.1	43	63	19	105	26	23	23	26	2.00
53153047--53153434	88	4.5	88	89	1	536	24	24	22	27	2.00
53155528--53155557	9	3.3	9	100	0	60	10	0	10	80	0.92
53158091--53158139	19	2.5	20	80	6	57	42	12	18	26	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53160633--53160697	3	21.7	3	84	6	87	63	1	4	30	1.24
53164211--53164242	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
53164359--53164409	19	2.7	20	78	9	61	33	0	5	60	1.21
53171458--53171502	21	2.2	21	84	4	56	17	40	17	24	1.91
53172587--53172618	9	3.6	9	91	0	55	46	15	9	28	1.77
53172586--53172626	18	2.3	18	82	0	55	46	19	7	26	1.76
53172665--53172755	21	4.2	20	63	26	51	28	3	5	62	1.33
53182914--53182944	16	1.9	16	100	0	62	32	12	25	29	1.93
53189341--53189739	4	99.8	4	85	2	361	18	4	30	46	1.70
53192135--53192357	88	2.6	84	81	8	247	36	19	11	32	1.88
53192482--53192557	29	2.6	29	85	2	98	63	0	3	32	1.13
53198751--53198880	9	13.9	9	72	19	79	25	2	14	57	1.49
53198749--53198959	30	7.4	28	76	16	202	26	2	13	57	1.50
53198760--53198952	16	12.2	16	66	21	52	26	3	12	57	1.50
53198804--53198960	15	10.5	15	65	23	64	26	3	12	57	1.51
53198749--53198960	60	3.7	60	85	6	278	26	2	13	57	1.50
53202949--53203116	27	6.3	27	84	7	209	18	17	20	43	1.88
53202949--53203094	51	2.8	53	89	6	217	19	18	20	41	1.90
53202970--53203117	78	1.9	78	91	0	242	18	17	20	43	1.88
53205430--53205585	9	15.7	9	69	18	87	28	2	10	57	1.46
53205424--53205585	21	8.0	21	68	13	97	29	2	11	57	1.46
53205430--53205585	30	5.2	30	81	6	199	28	2	10	57	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53205430--53205585	60	2.6	60	88	0	222	28	2	10	57	1.46
53205945--53205977	17	1.9	17	100	0	66	30	9	18	42	1.81
53207887--53208032	70	2.1	69	94	1	256	40	13	6	39	1.72
53209179--53209331	61	2.5	61	81	7	168	41	3	11	43	1.58
53214642--53214698	22	2.6	21	78	13	53	43	3	1	50	1.29
53226279--53226335	30	1.9	30	85	7	80	33	8	14	43	1.76
53237089--53237145	27	2.1	27	100	0	114	22	17	17	42	1.89
53239933--53239982	20	2.4	22	80	6	59	54	16	2	28	1.53
53243226--53243275	20	2.4	22	80	6	59	54	16	2	28	1.53
53246855--53246888	11	3.2	11	91	4	52	8	14	2	73	1.19
53247091--53247128	16	2.2	18	86	9	53	23	0	5	71	1.07
53247602--53247653	22	2.3	23	83	3	61	32	15	1	50	1.55
53247612--53247659	22	2.2	22	85	7	62	31	14	2	52	1.54
53247758--53247817	27	2.2	27	79	5	68	46	5	8	40	1.56
53248486--53248539	28	1.9	28	85	7	74	35	0	3	61	1.14
53261496--53261542	16	3.1	16	87	6	71	55	0	2	42	1.12
53265889--53265981	41	2.3	41	84	3	116	23	26	18	31	1.97
53265957--53266006	25	2.0	25	96	0	91	22	32	20	26	1.98
53265912--53266047	66	2.1	66	91	2	220	22	28	19	28	1.98
53265975--53266175	41	4.9	41	90	0	312	21	25	21	30	1.99
53265882--53266085	107	1.9	107	87	0	300	23	26	20	30	1.98
53265975--53266198	123	1.8	122	87	3	333	24	25	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53272961--53273141	41	4.4	41	85	1	211	22	25	20	31	1.98
53275528--53275617	41	2.2	41	78	4	92	31	20	22	26	1.98
53281167--53281195	7	4.1	7	100	0	58	27	27	13	31	1.94
53284459--53284505	21	2.2	21	92	0	76	31	4	27	36	1.76
53288152--53288187	17	2.1	18	89	5	56	63	0	2	33	1.08
53289700--53289742	21	2.0	21	90	0	68	23	11	20	44	1.84
53291890--53291929	11	3.5	11	83	12	53	42	0	0	57	0.98
53291890--53291923	13	2.8	13	91	8	54	41	0	0	58	0.98
53293256--53293377	9	11.9	9	68	22	55	40	1	1	55	1.19
53293241--53293385	31	4.5	34	79	11	155	40	2	1	55	1.23
53317364--53317806	231	1.9	231	81	7	542	26	31	6	35	1.81
53318316--53318352	7	5.3	7	100	0	74	72	0	0	27	0.84
53318385--53318420	18	1.9	19	88	5	56	38	8	47	5	1.57
53319770--53319802	16	2.0	17	94	5	59	18	33	0	48	1.48
53319883--53319913	16	1.9	16	100	0	62	45	6	3	45	1.45
53319884--53319921	18	2.2	18	86	9	53	50	2	5	42	1.39
53321525--53321576	24	2.2	24	86	6	70	42	13	9	34	1.77
53330220--53330429	40	5.3	40	92	0	314	24	20	28	26	1.99
53330167--53330429	80	3.3	80	85	2	316	24	20	27	26	1.99
53330167--53330429	120	2.2	120	83	3	325	24	20	27	26	1.99
53330220--53330464	80	3.1	80	85	2	253	25	20	28	25	1.99
53338166--53338375	40	5.3	40	92	0	305	23	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53338113--53338375	80	3.3	80	84	2	307	24	20	28	26	1.99
53338166--53338410	80	3.1	80	84	2	244	24	20	28	25	1.99
53343957--53344016	30	2.0	30	86	0	84	40	8	21	30	1.83
53363790--53363828	16	2.4	17	91	4	62	51	38	2	7	1.44
53365106--53365150	16	2.9	15	81	12	54	51	20	17	11	1.75
53367829--53367938	29	3.9	28	81	2	112	28	15	29	27	1.96
53381005--53381046	22	2.1	19	86	13	57	45	0	0	54	0.99
53381005--53381043	16	2.5	15	83	8	51	46	0	0	53	1.00
53381736--53381784	25	1.9	25	87	4	71	40	4	2	53	1.32
53382686--53382713	14	2.0	14	100	0	56	71	0	28	0	0.86
53387356--53387392	20	1.9	18	89	10	56	35	2	8	54	1.44
53388405--53388477	20	3.6	21	71	15	64	36	1	12	49	1.49
53388407--53388484	40	2.0	40	97	0	147	35	1	11	51	1.46
53403981--53404052	37	2.0	35	92	7	119	43	15	4	37	1.66
53405080--53405180	27	3.7	27	77	7	98	38	18	18	23	1.93
53405119--53405197	27	2.9	27	84	0	95	36	16	20	26	1.93
53405850--53405901	27	2.0	26	84	3	68	17	26	21	34	1.95
53416121--53416206	44	2.0	44	88	0	127	36	12	25	25	1.92
53416210--53416416	47	4.4	48	77	9	135	37	19	22	20	1.94
53416344--53416460	47	2.5	47	91	0	180	38	12	23	25	1.90
53416472--53416640	55	3.1	54	84	7	227	34	18	24	22	1.96
53416453--53416640	55	3.5	54	82	7	222	35	18	23	22	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53424319--53424349	15	2.1	15	100	0	62	12	32	0	54	1.38
53430008--53430071	32	2.0	32	100	0	128	31	15	18	34	1.93
53432914--53433099	40	4.7	40	88	5	252	24	22	27	26	2.00
53432967--53433132	80	2.1	79	86	5	228	25	20	27	26	1.99
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53442225--53442284	27	2.3	26	82	2	66	35	20	21	23	1.96
53445906--53445943	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
53452661--53452869	46	4.5	46	82	12	266	21	20	29	29	1.98
53453099--53453136	19	2.0	20	85	15	53	36	0	23	39	1.55
53458277--53458420	40	3.5	40	84	9	186	25	27	23	23	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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