genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.182.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56176088--56176120	15	2.3	14	94	5	57	15	3	51	30	1.58
56177298--56177343	22	2.1	22	95	0	83	15	23	30	30	1.95
56179934--56180105	43	4.0	42	83	7	186	20	19	25	34	1.96
56183173--56183199	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
56183284--56183327	23	2.0	21	83	16	54	31	2	4	61	1.28
56195988--56196054	14	4.9	14	74	9	57	82	10	7	0	0.85
56195988--56196052	20	3.5	19	76	19	66	84	7	7	0	0.77
56196455--56196492	9	4.2	9	80	12	51	84	2	10	2	0.83
56197359--56197720	86	4.3	85	81	9	393	29	15	27	28	1.96
56197330--56197720	43	9.2	42	71	12	250	28	15	26	29	1.96
56198176--56198488	97	3.3	97	70	18	266	29	23	22	25	1.99
56198528--56199129	149	3.9	155	83	12	667	33	24	20	21	1.97
56198625--56199129	82	6.5	80	86	10	644	32	24	20	22	1.97
56198672--56199128	40	11.7	40	73	16	340	32	24	19	22	1.98
56200959--56201001	20	2.2	21	80	16	56	32	9	2	55	1.44
56202983--56203154	58	2.9	60	86	5	228	41	21	7	29	1.81
56204857--56204895	20	2.0	19	85	14	53	82	2	12	2	0.89
56205844--56206160	42	7.9	42	67	20	182	30	16	25	27	1.97
56205969--56206170	76	2.6	79	84	12	267	32	15	25	26	1.96
56206479--56206998	50	10.6	49	65	10	206	30	22	22	25	1.99
56206311--56206997	99	7.2	98	77	9	658	31	22	22	24	1.99
56206261--56207010	199	4.0	194	87	7	1018	31	22	22	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56207019--56207862	82	10.4	81	91	4	1062	32	25	20	21	1.98
56207002--56207862	122	7.1	124	83	9	1001	32	25	20	21	1.97
56213001--56213079	26	3.1	26	81	1	97	59	10	6	24	1.53
56213260--56213294	5	7.0	5	100	0	70	80	0	0	20	0.72
56214467--56214730	44	6.0	45	75	9	159	30	20	18	31	1.96
56214790--56215128	44	7.6	44	70	14	187	29	22	18	29	1.98
56214630--56215127	182	2.8	180	81	8	489	30	21	17	30	1.96
56220222--56220937	356	2.0	356	97	0	1351	31	13	19	35	1.90
56224066--56224105	11	3.1	14	76	23	52	22	22	5	50	1.68
56226592--56226639	17	2.8	17	77	3	51	45	8	12	33	1.72
56226437--56226871	165	2.6	168	89	5	645	42	14	12	30	1.83
56249379--56249418	11	3.1	14	76	23	52	22	22	5	50	1.68
56250883--56250931	18	2.7	19	75	9	57	40	0	4	55	1.19
56251771--56252217	171	2.6	171	92	1	727	41	14	12	31	1.83
56252097--56252140	18	2.5	18	81	3	54	40	9	13	36	1.76
56261147--56261333	62	3.0	61	88	1	257	41	19	8	31	1.81
56263107--56263140	13	2.7	13	90	4	52	82	0	11	5	0.83
56263109--56263151	22	2.0	22	86	9	61	81	2	11	4	0.93
56264174--56264579	44	9.2	44	77	5	401	28	15	26	30	1.96
56264174--56264579	88	4.6	88	87	2	521	28	15	26	30	1.96
56264202--56264579	175	2.1	176	87	2	535	28	14	26	29	1.95
56264624--56265423	199	4.0	198	92	2	1259	30	21	21	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56264695--56265419	50	14.6	50	66	5	250	30	21	21	26	1.98
56265427--56266251	82	10.0	82	94	1	1377	32	25	19	22	1.97
56270351--56270537	62	3.0	62	91	0	284	39	20	8	31	1.83
56272311--56272353	22	2.0	22	86	9	61	81	2	13	2	0.89
56273376--56273781	44	9.2	44	76	5	392	27	15	26	30	1.96
56273376--56273781	88	4.6	88	87	2	521	27	15	26	30	1.96
56273448--56273781	175	1.9	177	90	2	530	28	14	27	29	1.95
56273829--56274621	99	8.0	100	81	3	922	29	21	22	26	1.99
56273838--56274621	199	3.9	199	94	1	1360	29	21	22	26	1.99
56273836--56274621	50	15.8	50	67	6	362	29	21	22	26	1.99
56273838--56274621	397	2.0	398	93	1	1360	29	21	22	26	1.99
56274643--56275495	82	10.4	82	92	2	1185	32	25	20	22	1.98
56280685--56280763	26	3.1	26	81	1	97	59	10	6	24	1.53
56280825--56280874	21	2.3	22	79	3	57	60	4	6	30	1.39
56280938--56280972	5	7.0	5	100	0	70	80	0	0	20	0.72
56282302--56282749	181	2.5	178	81	9	484	30	22	16	30	1.96
56282157--56282803	44	14.5	45	69	15	179	30	20	18	30	1.96
56287877--56288590	355	2.0	355	96	0	1331	31	13	19	35	1.90
56291719--56291758	11	3.1	14	76	23	52	22	22	5	50	1.68
56293207--56293255	18	2.7	19	75	9	57	38	0	6	55	1.25
56294086--56294531	170	2.6	170	91	2	716	41	14	12	31	1.83
56307441--56307484	24	1.9	22	90	9	70	36	40	0	22	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56308557--56308614	26	2.2	26	93	0	98	39	17	3	39	1.66
56309080--56309110	16	1.9	16	100	0	62	38	3	6	51	1.44
56309891--56309974	9	10.0	9	75	22	85	45	22	0	32	1.53
56309887--56309964	16	4.8	16	84	12	113	48	20	0	30	1.50
56309893--56309974	25	3.3	24	77	16	87	45	23	0	31	1.53
56315838--56316196	43	8.3	43	85	5	447	18	18	32	31	1.95
56317828--56318283	125	3.7	124	85	1	624	31	23	19	25	1.98
56318276--56318576	166	1.8	168	85	4	430	33	20	19	26	1.97
56318970--56319014	23	2.0	24	86	8	67	24	6	28	40	1.80
56318969--56319020	23	2.2	24	80	10	63	23	5	26	44	1.76
56319100--56319144	13	3.4	13	84	6	63	13	2	33	51	1.53
56319163--56319256	21	4.4	21	74	14	75	18	5	43	32	1.72
56319232--56319264	14	2.3	15	89	5	50	18	0	45	36	1.49
56319323--56319406	14	6.1	14	70	13	57	27	4	27	40	1.76
56319445--56319497	21	2.5	21	74	17	56	24	0	24	50	1.49
56319881--56319980	23	4.3	23	75	11	87	25	34	3	38	1.71
56321646--56321703	30	1.9	31	92	3	100	43	13	1	41	1.55
56321802--56321913	12	10.1	12	69	23	52	48	16	1	33	1.57
56321814--56322299	9	54.9	9	71	18	276	45	18	2	33	1.62
56321856--56321894	20	2.0	19	95	5	69	53	15	0	30	1.42
56321792--56321920	54	2.4	53	80	11	140	46	17	2	33	1.61
56321868--56322279	34	12.4	34	68	21	111	45	18	2	33	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56321949--56322303	71	4.8	71	78	11	308	45	18	2	33	1.62
56322206--56322286	32	2.5	31	82	11	92	50	18	2	28	1.60
56321855--56322269	16	24.8	16	71	19	164	46	19	1	33	1.61
56321849--56322286	25	16.8	25	71	18	171	45	18	2	32	1.62
56327875--56327925	21	2.4	21	90	6	77	37	13	43	5	1.69
56328276--56328628	43	8.2	42	77	4	319	27	18	27	26	1.98
56328277--56328620	129	2.7	128	82	3	386	27	18	27	26	1.98
56329243--56329298	16	3.5	16	87	0	85	35	5	30	28	1.80
56329280--56329373	44	2.1	46	84	7	122	32	3	25	38	1.72
56329491--56329588	37	2.7	37	82	7	103	46	6	1	45	1.34
56329571--56329613	21	2.0	21	86	8	61	55	6	2	34	1.39
56330248--56330298	24	2.1	24	96	0	93	39	21	9	29	1.85
56334392--56334454	24	2.5	24	82	5	72	23	4	1	69	1.16
56334393--56334439	18	2.6	18	86	6	69	23	2	2	72	1.06
56334393--56334457	6	10.7	6	75	9	60	23	3	1	72	1.07
56334427--56334453	14	1.9	14	100	0	54	22	3	0	74	0.98
56336880--56336936	22	2.5	22	78	13	62	17	1	1	78	0.91
56336895--56336934	15	2.7	15	82	17	57	20	0	2	77	0.88
56336884--56336932	10	5.1	9	80	7	53	16	2	2	79	0.92
56336875--56336966	36	2.6	35	79	6	96	20	3	2	73	1.07
56341543--56341587	16	2.8	16	96	0	81	15	26	26	31	1.96
56341563--56341669	41	2.6	41	83	0	133	18	19	27	34	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56343732--56343777	23	2.1	22	92	8	76	30	6	4	58	1.43
56343712--56343823	53	2.2	51	80	7	127	33	5	3	57	1.39
56344984--56345184	24	8.7	23	65	7	75	26	9	19	44	1.82
56344978--56345210	69	3.4	69	90	0	367	24	12	19	43	1.85
56346251--56346292	15	2.7	15	82	10	50	16	0	4	78	0.91
56346481--56346519	6	6.5	6	81	0	51	17	2	2	76	1.01
56352501--56352679	27	6.6	27	84	7	238	20	20	20	38	1.94
56352500--56352679	81	2.2	81	90	3	274	20	20	21	38	1.94
56357149--56357196	25	2.0	24	84	12	62	60	4	2	33	1.27
56374520--56374558	19	2.2	18	86	9	53	33	23	10	33	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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