genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.35.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   

This is table  35  of  240  ( 28759 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12358825--12359007	61	2.9	58	77	17	163	49	5	4	40	1.46
12358982--12359025	18	2.6	17	78	7	54	45	0	4	50	1.22
12360710--12360743	4	8.5	4	93	0	59	23	2	0	73	0.97
12365204--12365258	11	5.2	11	75	14	53	45	0	1	52	1.11
12365204--12365258	22	2.6	21	83	11	60	45	0	1	52	1.11
12372231--12372277	18	2.6	18	89	0	67	25	8	27	38	1.85
12379179--12379225	22	2.1	22	100	0	94	34	17	14	34	1.90
12400729--12400755	11	2.5	11	100	0	54	25	0	0	74	0.83
12405588--12405641	3	19.0	3	74	11	51	64	3	1	29	1.21
12408496--12408536	19	2.0	21	86	9	59	12	26	17	43	1.84
12409135--12409168	18	1.9	17	88	5	50	32	0	14	52	1.42
12409418--12409643	123	1.9	123	85	3	323	41	14	18	26	1.88
12411337--12411392	3	18.3	3	85	3	76	28	1	0	69	0.98
12411613--12411673	26	2.2	27	82	11	79	27	3	6	62	1.36
12411846--12411878	15	2.2	15	94	0	57	24	0	12	63	1.28
12412152--12412348	98	2.0	98	96	0	367	28	10	23	37	1.88
12413201--12413246	22	2.1	22	83	0	56	28	28	23	19	1.98
12414179--12414538	126	2.9	126	89	2	492	39	14	16	29	1.89
12415648--12416106	227	2.0	227	99	0	909	27	16	21	33	1.95
12417681--12417737	25	2.3	24	77	11	62	54	5	0	40	1.23
12417685--12417876	93	2.1	92	92	4	318	57	5	3	34	1.37
12419828--12419867	18	2.1	20	86	9	57	67	2	5	25	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12421807--12421840	10	3.4	10	91	0	50	5	47	0	47	1.26
12432961--12433322	190	2.0	180	83	7	458	37	0	35	26	1.57
12446309--12446478	40	4.3	40	89	0	225	26	27	21	24	1.99
12446307--12446531	80	2.8	79	82	3	245	27	27	20	24	1.99
12454141--12454363	40	5.6	40	85	3	236	26	27	21	24	1.99
12454295--12454372	40	1.9	41	82	10	97	26	28	21	23	1.99
12458975--12459026	16	3.2	16	86	0	68	42	3	28	25	1.72
12459012--12459103	44	2.0	46	89	4	143	31	4	29	34	1.77
12459360--12459457	49	2.0	49	88	4	144	50	12	7	30	1.67
12473899--12473938	3	13.3	3	100	0	80	65	0	35	0	0.93
12483812--12483866	13	4.2	13	79	4	56	30	0	0	69	0.89
12483816--12483867	7	8.0	6	89	8	50	32	0	0	67	0.91
12483826--12483868	7	6.1	7	97	0	68	39	0	0	60	0.97
12488395--12488434	20	2.0	20	85	0	53	45	5	2	47	1.38
12492846--12492991	54	2.7	54	81	1	168	35	26	21	17	1.95
12492866--12493012	27	5.4	27	79	2	143	34	24	21	19	1.96
12497307--12497356	26	1.9	26	83	0	64	22	22	30	26	1.99
12533893--12533930	17	2.2	17	90	0	58	31	15	7	44	1.75
12534288--12534352	27	2.4	28	82	7	89	30	23	30	15	1.95
12534473--12534529	17	3.4	17	78	9	62	71	0	28	0	0.86
12534657--12534845	19	9.2	19	69	21	114	31	0	14	53	1.45
12534658--12534863	61	3.3	58	75	16	139	31	0	13	54	1.43
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12534738--12534799	21	3.0	21	93	4	101	27	0	16	56	1.40
12534838--12534959	60	2.0	60	87	3	174	31	0	13	54	1.46
12535077--12535113	16	2.4	15	90	4	56	35	2	2	59	1.26
12540189--12540241	24	2.2	24	80	6	63	3	30	1	64	1.22
12540297--12540374	27	2.9	27	82	3	95	21	32	23	23	1.98
12540553--12540630	30	2.7	29	86	4	102	34	19	6	39	1.77
12543389--12543433	3	16.0	3	80	13	51	71	2	0	26	0.98
12543397--12543433	11	3.4	11	96	0	65	75	0	0	24	0.80
12543389--12543433	8	5.3	9	79	12	51	71	2	0	26	0.98
12543389--12543425	14	2.6	14	86	0	56	70	2	0	27	1.01
12545620--12545680	17	3.7	16	80	4	59	29	1	0	68	0.99
12545622--12545660	16	2.4	17	86	4	53	33	0	0	66	0.92
12547142--12547234	49	1.9	49	91	2	152	63	0	3	33	1.10
12549544--12549625	24	3.4	23	75	17	69	31	23	29	15	1.95
12555605--12555797	50	3.7	50	83	6	226	26	20	27	24	1.99
12555610--12555797	100	1.8	103	85	6	265	27	19	28	24	1.99
12556046--12556084	12	3.2	12	85	0	51	51	5	23	20	1.67
12557043--12557081	19	2.0	19	90	5	60	35	2	0	61	1.10
12558451--12558513	31	2.0	31	93	0	108	36	14	20	28	1.92
12561062--12561100	18	2.2	18	100	0	78	69	10	20	0	1.17
12561989--12562124	40	3.5	39	74	10	125	24	17	26	31	1.97
12569070--12569118	13	3.4	13	75	24	53	6	57	0	36	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12569083--12569126	18	2.4	18	88	7	63	4	56	0	38	1.20
12569043--12569126	37	2.3	36	79	4	87	5	53	0	40	1.25
12570425--12570482	30	1.9	30	89	0	89	39	22	12	25	1.89
12571598--12571664	34	1.9	35	87	3	100	44	13	8	32	1.75
12571960--12572018	29	2.0	30	93	3	102	52	13	3	30	1.57
12574175--12574241	21	3.3	19	72	17	55	38	5	1	53	1.34
12574329--12574374	21	2.2	20	84	3	56	39	2	0	58	1.10
12583564--12583652	46	1.9	46	88	4	135	30	25	8	34	1.87
12593268--12593306	16	2.4	16	82	0	51	46	2	7	43	1.46
12593240--12593294	22	2.5	22	81	0	65	50	1	1	45	1.22
12593320--12593489	59	2.9	59	98	0	322	40	5	9	44	1.59
12593559--12593602	23	1.9	23	85	0	61	63	2	0	34	1.07
12594603--12594672	21	3.3	22	78	11	74	62	4	0	32	1.14
12595495--12595547	20	2.7	21	75	18	51	22	7	7	62	1.47
12598055--12598116	30	2.1	30	90	0	97	45	8	8	38	1.63
12602247--12602284	20	2.0	20	89	5	60	63	0	5	31	1.17
12603396--12603435	21	2.0	21	85	5	55	60	5	2	32	1.32
12607242--12607342	30	3.3	31	79	8	109	41	3	1	52	1.31
12613400--12613464	21	3.1	21	95	0	112	30	20	23	26	1.98
12620743--12620791	24	2.0	24	92	0	80	30	24	12	32	1.92
12630197--12630238	7	6.0	7	81	10	50	35	0	0	64	0.94
12635217--12635267	25	2.2	24	86	10	70	80	0	13	5	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12635227--12635267	19	2.2	18	87	12	57	80	0	17	2	0.82
12635228--12635274	18	2.6	18	78	18	53	76	0	19	4	0.95
12636464--12637019	88	6.3	88	89	1	767	27	26	24	21	1.99
12636464--12637007	264	2.1	265	90	2	846	27	27	24	21	1.99
12637087--12637417	44	7.6	44	69	5	242	31	22	22	23	1.99
12637087--12637424	87	3.9	87	90	0	525	31	22	22	23	1.98
12637129--12637370	43	5.6	43	69	5	182	30	25	22	22	1.99
12639076--12639117	7	6.0	7	81	10	50	35	0	0	64	0.94
12647853--12647887	2	17.5	2	100	0	70	48	0	51	0	1.00
12648927--12648964	19	2.0	19	94	0	67	50	0	7	42	1.31
12649081--12649216	68	2.0	68	95	0	245	28	17	16	36	1.92
12664630--12664661	7	4.6	7	100	0	64	31	40	0	28	1.57
12669329--12669363	19	1.9	17	88	11	52	65	11	2	20	1.37
12678851--12678928	15	5.2	15	67	11	61	44	7	21	25	1.79
12678847--12678928	30	2.7	30	94	0	137	46	7	21	24	1.77
12683516--12683623	15	7.2	15	67	12	78	44	7	22	25	1.79
12683510--12683633	30	4.1	30	93	1	203	43	6	24	25	1.78
12689202--12689229	2	14.0	2	100	0	56	0	50	0	50	1.00
12696094--12696253	79	2.0	79	100	0	320	34	15	21	28	1.94
12703586--12703618	12	2.8	12	90	4	50	87	0	12	0	0.53
12703586--12703618	11	2.9	11	95	4	57	87	0	12	0	0.53
12707947--12707974	5	5.6	5	100	0	56	0	17	0	82	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12720300--12720541	125	1.9	125	94	0	421	30	15	22	31	1.95
12723700--12723809	56	1.9	57	89	5	170	42	9	12	35	1.75
12723837--12724087	23	10.3	23	84	12	322	33	0	19	46	1.53
12723822--12724087	51	5.3	50	85	11	368	33	0	19	46	1.55
12723837--12724087	74	3.4	74	96	0	457	33	0	19	46	1.53
12726485--12726542	30	2.0	29	89	3	89	34	0	36	29	1.58
12726514--12726576	22	2.9	22	92	0	108	38	0	28	33	1.58
12727597--12727642	24	2.0	24	91	4	76	34	0	0	65	0.93
12727593--12727661	31	2.2	31	84	7	86	34	0	1	63	1.03
12753183--12753234	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240