genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.71.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  71  of  240  ( 28759 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22744556--22744620	24	2.7	24	100	0	130	0	20	0	80	0.72
22752936--22753007	31	2.3	31	83	4	92	30	16	5	47	1.70
22754420--22754550	69	1.9	69	91	0	217	27	12	11	48	1.75
22756361--22756451	44	2.1	44	91	0	146	27	13	13	46	1.80
22758479--22758547	18	3.8	18	84	0	93	14	43	2	39	1.60
22761976--22762052	14	5.0	15	73	17	52	45	15	5	33	1.69
22762015--22762052	14	2.7	14	87	0	58	47	15	0	36	1.46
22762230--22762281	23	2.4	23	87	12	76	40	5	1	51	1.37
22763000--22763057	18	3.1	19	85	12	75	36	0	5	58	1.20
22763226--22763279	26	2.1	25	82	3	63	38	16	9	35	1.81
22763658--22763701	22	2.0	21	86	4	61	11	15	27	45	1.81
22763794--22764021	43	5.3	43	85	2	289	30	30	16	22	1.96
22763794--22764021	86	2.6	87	89	2	327	30	30	16	22	1.96
22764292--22764382	43	2.1	43	84	9	116	43	9	9	36	1.71
22768122--22768146	13	1.9	13	100	0	50	32	8	4	56	1.47
22768608--22768659	7	7.4	7	82	0	68	32	46	0	21	1.52
22768595--22768659	21	3.1	20	77	16	69	33	43	0	23	1.54
22768649--22768789	74	1.9	75	88	4	214	43	27	1	27	1.64
22768923--22768992	21	3.3	20	76	9	68	34	42	0	22	1.54
22768941--22768992	7	7.4	7	82	0	59	34	44	0	21	1.52
22768941--22768992	14	3.7	14	84	0	68	34	44	0	21	1.52
22768471--22769459	333	3.0	339	95	2	1792	41	28	1	28	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22769262--22769331	21	3.3	20	76	9	68	34	42	0	22	1.54
22769280--22769331	7	7.4	7	82	0	59	34	44	0	21	1.52
22769280--22769331	14	3.7	14	84	0	68	34	44	0	21	1.52
22769321--22769459	74	1.9	74	88	5	210	43	28	1	27	1.64
22769442--22769466	7	3.6	7	100	0	50	44	40	0	16	1.47
22770005--22770206	41	5.0	41	94	1	352	27	31	24	16	1.96
22770249--22770375	40	3.2	39	84	5	166	22	19	22	36	1.95
22770266--22770392	40	3.2	39	80	5	141	19	22	23	33	1.97
22781444--22781495	27	1.9	27	96	0	95	13	25	32	28	1.93
22781366--22781631	103	2.6	103	90	1	417	19	20	29	29	1.97
22784029--22784083	21	2.6	21	88	0	83	10	27	34	27	1.90
22785993--22786037	14	3.1	15	81	15	58	62	0	2	35	1.08
22787572--22787689	40	3.0	40	88	0	164	27	19	24	28	1.99
22787586--22787946	154	2.3	154	87	2	492	28	17	22	31	1.97
22787740--22787849	40	2.8	40	85	0	157	27	21	22	28	1.99
22788405--22788589	7	25.9	7	75	10	79	20	1	34	43	1.62
22788400--22788588	14	13.2	14	71	8	94	21	1	33	43	1.62
22788400--22788589	21	8.9	21	72	11	89	21	1	33	43	1.62
22794805--22794915	25	4.4	25	79	3	98	18	27	20	32	1.97
22800712--22800776	16	3.9	16	69	15	60	29	1	0	69	0.98
22808270--22808303	12	2.8	12	90	0	50	67	0	0	32	0.91
22809024--22809067	3	14.7	3	100	0	88	31	0	0	68	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22812064--22812103	20	1.9	22	90	10	66	37	5	15	42	1.68
22812266--22812328	20	3.1	20	79	2	72	33	9	12	44	1.75
22813708--22813764	3	19.0	3	100	0	114	66	0	33	0	0.92
22821085--22821170	24	3.5	23	71	15	66	53	6	6	32	1.55
22821589--22821622	14	2.5	14	95	4	61	50	35	0	14	1.44
22821722--22821751	9	3.3	9	100	0	60	76	0	13	10	1.01
22822130--22822161	5	6.4	5	100	0	64	0	0	62	37	0.95
22822245--22822273	14	2.1	14	100	0	58	37	0	62	0	0.96
22822987--22823013	12	2.2	12	100	0	54	59	0	0	40	0.98
22826464--22826738	51	5.3	53	82	8	257	2	46	5	45	1.41
22826459--22826732	27	10.6	27	74	9	203	2	45	6	44	1.43
22826491--22826789	78	3.8	78	76	11	242	2	44	6	47	1.39
22826695--22826771	30	2.5	31	79	12	79	0	41	7	50	1.31
22826602--22826756	51	3.0	49	84	5	141	1	42	7	48	1.40
22826725--22826849	51	2.4	53	81	9	143	0	42	6	50	1.33
22826464--22826850	27	14.7	27	69	13	121	2	45	6	46	1.40
22826557--22826842	132	2.2	132	81	7	314	1	43	6	48	1.39
22833174--22833204	3	10.0	3	93	6	53	67	0	32	0	0.91
22833175--22833208	10	3.5	10	96	4	61	70	0	29	0	0.87
22836277--22836683	114	3.6	114	92	0	654	33	23	16	26	1.95
22841991--22842161	41	4.2	41	90	0	270	29	19	27	23	1.98
22841991--22842160	82	2.1	82	100	0	340	30	18	27	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22849643--22849813	41	4.2	41	90	0	261	29	19	28	23	1.98
22849643--22849812	82	2.1	82	98	0	331	29	18	28	23	1.98
22852342--22852508	21	8.2	21	75	7	148	43	15	22	18	1.87
22852353--22852509	42	3.8	42	85	5	205	43	15	21	19	1.87
22855582--22855615	16	2.2	15	89	5	50	64	0	0	35	0.94
22856100--22856124	12	2.1	12	100	0	50	24	8	8	60	1.52
22856412--22856473	13	4.9	13	74	21	60	33	1	0	64	1.03
22856411--22856473	25	2.5	25	92	0	99	34	1	0	63	1.04
22857656--22857699	24	1.9	22	81	9	52	40	2	4	52	1.34
22858983--22859067	33	2.7	29	74	22	73	64	0	0	35	0.94
22862565--22862650	43	2.0	43	93	2	147	66	13	8	11	1.45
22862566--22862633	20	3.2	22	64	24	56	70	10	7	11	1.33
22869470--22869517	24	2.0	24	95	0	87	27	20	31	20	1.98
22875240--22875490	27	9.3	27	77	10	203	46	19	17	16	1.85
22875240--22875492	54	4.7	54	80	4	240	45	19	18	16	1.85
22875240--22875435	81	2.4	82	85	3	254	46	19	17	15	1.83
22875249--22875486	81	2.9	79	79	7	246	46	19	18	15	1.85
22875823--22875902	28	2.9	28	90	0	115	20	23	27	28	1.99
22881405--22881429	13	1.9	13	100	0	50	40	32	4	24	1.73
22881969--22882143	40	4.4	40	78	1	163	33	26	20	20	1.97
22881958--22882141	80	2.3	80	81	1	208	32	27	20	20	1.97
22882825--22882859	16	2.2	16	90	10	54	28	17	2	51	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22884552--22884612	30	2.0	30	100	0	122	29	13	13	44	1.81
22889336--22889456	57	2.1	59	86	6	167	26	19	6	47	1.74
22892508--22892554	22	2.1	22	84	0	58	46	17	14	21	1.83
22892546--22892676	32	4.1	31	71	10	95	39	19	20	20	1.92
22892856--22892961	24	4.4	24	89	0	131	45	23	8	22	1.80
22892982--22893209	27	8.5	27	82	2	167	22	22	20	35	1.96
22893009--22893288	27	10.4	27	80	8	225	22	19	20	38	1.94
22893397--22893649	27	9.4	27	85	2	321	43	19	16	20	1.88
22893397--22893649	81	3.1	81	87	2	357	43	19	16	20	1.88
22898139--22898205	34	2.0	34	96	0	125	58	8	13	19	1.61
22901723--22901773	23	2.2	23	92	0	84	31	25	17	25	1.97
22906886--22907070	79	2.3	82	83	7	229	24	27	22	24	2.00
22906867--22907070	40	5.1	40	81	8	229	24	27	22	25	2.00
22927951--22927985	18	1.9	18	94	0	61	42	2	37	17	1.64
22927942--22927996	24	2.3	24	83	0	65	41	3	36	18	1.68
22933703--22933950	43	5.9	43	82	7	294	38	22	17	20	1.93
22933747--22933899	81	1.9	81	90	2	245	35	24	17	21	1.95
22933717--22933942	124	1.8	124	87	3	339	38	23	17	20	1.93
22937186--22937252	34	2.0	34	88	2	100	23	22	17	35	1.95
22938617--22938665	19	2.5	20	78	15	59	20	51	0	28	1.48
22945995--22946123	50	2.6	49	75	3	125	29	23	24	22	1.99
22953492--22953628	50	2.7	50	91	4	206	23	21	33	21	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22953604--22953726	49	2.5	49	81	6	142	30	19	26	24	1.98
22953938--22953976	20	2.0	20	90	10	62	56	5	23	15	1.59
22959764--22959832	20	3.4	20	67	11	50	43	4	13	39	1.63
22974842--22974904	22	2.9	21	71	15	56	11	19	22	47	1.80
22975006--22975088	37	2.2	37	97	0	157	13	16	32	37	1.88
22978385--22978677	117	2.5	118	82	5	333	24	6	18	50	1.69
22986291--22986349	28	2.1	27	93	3	100	13	15	6	64	1.48
22987331--22987355	13	1.9	13	100	0	50	0	16	0	84	0.63
22989752--22989787	9	4.0	9	88	0	54	33	11	44	11	1.75
22990306--22990367	22	3.0	21	81	6	72	35	1	0	62	1.05

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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