genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.188.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57644258--57644431	73	2.4	73	91	1	269	25	27	22	24	2.00
57644331--57644657	114	2.9	114	86	1	415	26	26	22	24	2.00
57644726--57644751	12	2.2	12	100	0	52	46	30	15	7	1.74
57647250--57647307	29	2.0	29	82	3	71	29	5	10	55	1.55
57655266--57655300	7	5.0	7	100	0	70	85	0	0	14	0.59
57658076--57658113	20	1.9	20	89	10	60	44	0	7	47	1.32
57664827--57665043	45	4.9	45	84	3	260	25	21	11	41	1.87
57664827--57665046	87	2.5	89	86	2	291	25	21	11	40	1.87
57666445--57666484	20	2.0	21	90	9	66	47	0	22	30	1.52
57668066--57668097	17	2.0	17	88	11	50	21	0	21	56	1.43
57673864--57674416	113	4.9	113	92	2	892	26	20	26	26	1.99
57674316--57674474	73	2.2	73	88	0	228	25	20	24	29	1.99
57674828--57674871	17	2.7	17	89	6	65	29	0	27	43	1.55
57675152--57675189	14	2.7	15	84	12	53	26	0	28	44	1.54
57675219--57675267	14	3.4	14	81	13	64	24	2	40	32	1.67
57675209--57675280	29	2.5	30	71	15	78	25	1	37	36	1.65
57675686--57675781	45	2.1	45	92	1	156	47	8	0	43	1.33
57678889--57678918	14	2.1	14	100	0	60	23	43	0	33	1.54
57680344--57680377	16	2.1	16	88	0	50	35	0	2	61	1.11
57680449--57680632	43	4.3	43	85	3	199	25	18	27	28	1.98
57680788--57680829	10	4.3	10	81	6	50	69	2	0	28	1.01
57680919--57680982	28	2.2	28	83	8	76	70	1	4	23	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57681028--57681096	21	3.4	20	67	16	52	65	1	2	30	1.16
57681292--57681354	18	3.6	17	78	14	58	31	3	1	63	1.19
57694177--57694208	14	2.4	14	94	5	57	59	18	9	12	1.59
57695103--57695163	19	3.3	19	72	6	54	70	3	4	21	1.21
57695122--57695177	29	2.0	28	82	3	67	71	5	3	19	1.21
57695629--57695684	28	2.0	28	89	0	85	48	5	1	44	1.36
57702597--57702710	43	2.7	43	82	5	126	26	29	17	26	1.97
57715729--57715774	24	1.9	24	95	0	83	32	13	26	28	1.93
57718075--57718123	20	2.5	20	83	3	64	22	28	10	38	1.87
57718361--57718470	56	2.0	56	91	7	179	30	8	21	39	1.83
57718549--57718585	17	2.2	17	95	0	65	81	0	13	5	0.86
57721555--57721594	20	2.0	20	95	0	71	42	10	17	30	1.82
57725699--57725729	15	2.1	15	93	0	53	80	0	9	9	0.90
57726701--57726832	66	2.0	66	92	0	219	26	18	20	34	1.96
57743662--57743695	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
57746236--57746279	18	2.4	18	80	0	52	40	2	2	54	1.25
57747418--57747505	45	2.0	45	81	4	106	50	3	5	40	1.43
57748672--57748716	22	2.0	22	83	8	56	13	31	0	55	1.38
57750052--57750231	50	3.6	50	83	0	216	28	15	21	35	1.93
57751559--57751605	24	2.0	24	86	0	67	27	38	17	17	1.91
57751569--57751611	12	3.6	12	74	0	50	23	39	18	18	1.92
57753946--57753979	6	5.7	6	96	0	59	11	0	2	85	0.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57760959--57761001	20	2.2	20	83	8	52	44	2	0	53	1.13
57763093--57763127	16	2.1	17	89	5	54	65	8	0	25	1.21
57764895--57764988	42	2.2	42	92	0	152	30	9	26	32	1.88
57767972--57768032	29	2.1	29	81	6	70	27	8	26	37	1.85
57768811--57768932	43	2.8	43	87	0	163	27	29	18	24	1.98
57771034--57771063	15	2.0	15	93	0	51	43	10	0	46	1.37
57772467--57772760	150	2.0	151	94	0	518	31	13	15	39	1.86
57772777--57773084	103	3.0	103	82	10	380	28	12	12	46	1.77
57773742--57773812	14	4.9	14	75	11	63	33	43	0	22	1.54
57773757--57773808	7	7.3	7	78	4	59	30	50	0	19	1.48
57773768--57773813	22	2.1	22	87	0	65	36	45	0	17	1.49
57773767--57773805	15	2.7	15	88	4	53	35	46	0	17	1.49
57774056--57774125	15	4.7	15	77	13	56	31	45	2	20	1.65
57774070--57774108	8	5.1	8	81	12	55	28	48	0	23	1.51
57774071--57774139	7	9.6	7	74	12	50	33	44	0	21	1.53
57774308--57774731	114	3.7	114	91	0	688	25	27	20	26	1.99
57774636--57774775	73	1.9	73	91	0	226	25	24	20	29	1.99
57775739--57775769	16	1.9	16	93	0	53	29	3	19	48	1.64
57780228--57780270	21	2.0	22	86	4	61	32	0	2	65	1.06
57785963--57786030	34	2.0	34	97	0	127	26	13	14	45	1.82
57788350--57788452	51	2.0	50	80	12	113	27	5	4	62	1.39
57790454--57790578	50	2.5	51	83	12	147	52	4	0	41	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57795088--57795142	28	2.0	28	100	0	110	32	3	21	41	1.71
57795084--57795149	28	2.4	28	87	10	107	33	3	22	40	1.69
57799388--57799424	17	2.1	18	90	5	58	78	0	18	2	0.87
57802966--57803067	24	4.2	24	73	13	75	37	18	26	17	1.93
57804621--57804677	30	1.9	30	96	0	105	35	26	24	14	1.93
57804724--57804781	30	1.9	30	89	0	89	29	25	29	15	1.96
57804603--57804822	103	2.1	103	88	0	323	30	28	27	14	1.95
57806444--57806500	29	1.9	29	85	3	78	29	10	14	45	1.78
57816614--57816751	34	4.2	34	65	17	103	13	15	9	60	1.57
57822777--57822853	35	2.2	36	90	4	129	27	3	16	51	1.62
57823809--57823908	43	2.3	43	92	0	164	25	9	22	44	1.81
57824237--57824274	20	1.9	20	88	0	58	50	13	5	31	1.63
57824258--57824295	14	2.7	14	87	0	58	39	18	7	34	1.80
57825634--57825770	40	3.4	41	80	8	133	39	22	16	21	1.92
57825810--57825964	41	3.8	41	98	0	292	19	23	27	29	1.98
57826241--57826290	14	3.6	14	74	15	50	22	0	40	38	1.54
57826227--57826287	28	2.2	27	85	5	77	19	0	36	44	1.51
57826260--57826300	21	2.0	20	85	4	55	19	0	41	39	1.52
57826558--57826586	15	1.9	15	100	0	58	13	0	51	34	1.42
57826537--57826622	36	2.4	36	84	3	111	24	0	38	37	1.56
57827614--57827652	21	1.9	20	89	5	60	28	38	5	28	1.78
57831022--57831214	42	4.6	41	79	8	178	21	15	28	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57832170--57832291	40	3.0	40	82	11	149	16	22	31	29	1.95
57832452--57832507	29	1.9	29	82	7	69	55	3	5	35	1.40
57836809--57837384	50	11.5	50	70	2	402	32	22	21	22	1.98
57836778--57837388	100	6.1	100	92	1	929	32	23	21	23	1.98
57856684--57856733	26	1.9	26	91	0	82	58	2	8	32	1.39
57857258--57857388	43	3.0	43	77	8	115	24	16	26	32	1.96
57857553--57857603	21	2.4	21	96	0	93	37	17	29	15	1.91
57857579--57857637	29	2.0	29	96	0	109	42	16	27	13	1.86
57858898--57859002	47	2.2	47	96	0	192	27	30	7	34	1.85
57859620--57859659	20	2.0	21	85	5	55	40	5	5	50	1.46
57860121--57860255	39	3.5	39	79	11	134	39	22	17	20	1.92
57860295--57860448	41	3.8	41	97	0	283	18	24	27	29	1.98
57860725--57860774	14	3.6	14	74	15	50	22	0	40	38	1.54
57860711--57860771	28	2.2	27	85	5	77	19	0	36	44	1.51
57860744--57860784	21	2.0	20	85	4	55	19	0	41	39	1.52
57861028--57861085	28	2.1	28	87	6	82	24	0	41	34	1.55
57862087--57862125	21	1.9	20	89	5	60	28	38	5	28	1.78
57865504--57865685	42	4.3	43	79	10	180	21	16	29	32	1.95
57865960--57866094	18	8.0	17	69	19	86	39	0	2	57	1.19
57866326--57866395	16	4.4	16	92	0	104	25	32	2	38	1.71
57867108--57867162	28	2.0	28	89	3	85	27	29	12	30	1.93
57868244--57868282	6	6.5	6	100	0	78	66	0	0	33	0.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
57873068--57873100	17	1.9	17	93	0	57	66	0	0	33	0.92
57893435--57893479	20	2.2	20	88	0	63	22	31	13	33	1.92
57897271--57897315	23	2.0	23	82	8	56	48	0	0	51	1.00
57898114--57898171	30	2.0	30	89	3	91	36	6	15	41	1.74
57902578--57902611	5	6.8	5	100	0	68	58	0	0	41	0.98
57907173--57907365	50	3.8	50	86	2	253	19	30	23	26	1.98
57907173--57907353	100	1.8	101	90	3	294	19	30	23	25	1.98
57907703--57907760	30	1.9	30	85	0	80	31	22	3	43	1.70
57909189--57909229	21	2.0	21	85	0	55	19	26	21	31	1.97
57918270--57918307	16	2.4	16	83	12	51	42	2	5	50	1.39

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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