genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25476921--25477036	28	4.2	27	78	12	89	51	0	18	30	1.46
25476920--25477071	35	4.3	35	71	15	118	53	0	15	30	1.43
25476926--25477036	23	4.7	23	75	11	91	51	0	18	30	1.46
25477058--25477104	17	2.7	18	80	6	62	63	4	10	21	1.43
25477087--25477145	20	2.9	21	80	14	70	64	0	10	25	1.25
25477130--25477192	6	11.6	5	86	9	54	57	1	20	20	1.50
25477140--25477184	6	7.8	6	87	7	67	53	0	26	20	1.46
25477135--25477184	17	2.9	17	91	5	75	54	0	24	22	1.45
25477430--25477477	20	2.4	20	100	0	96	43	18	0	37	1.51
25482206--25482617	90	4.6	86	75	10	210	55	13	5	25	1.61
25482399--25482628	90	2.6	90	90	1	363	55	12	6	26	1.59
25488957--25489011	22	2.4	22	84	9	65	34	5	5	54	1.46
25490124--25490175	19	2.9	18	76	23	56	23	1	5	69	1.20
25490238--25490275	17	2.2	18	85	4	51	26	0	5	68	1.11
25490272--25490305	15	2.3	15	94	0	59	14	14	11	58	1.63
25492187--25492310	62	2.0	62	88	0	185	37	22	8	31	1.83
25493589--25493621	12	2.7	12	95	4	57	81	9	9	0	0.87
25493591--25493656	23	3.0	22	72	16	64	78	6	12	3	1.04
25493592--25493654	33	1.9	33	87	6	92	77	6	12	3	1.07
25493590--25493656	11	5.8	11	74	10	62	79	5	11	2	1.03
25493590--25493656	13	5.7	12	72	12	50	79	5	11	2	1.03
25493588--25493666	11	6.8	11	74	18	54	75	8	11	3	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25494086--25494143	6	9.0	6	80	17	55	81	1	13	3	0.91
25494082--25494142	7	8.9	7	76	16	65	81	1	13	3	0.88
25494082--25494136	15	3.9	15	72	18	55	81	1	12	3	0.89
25494086--25494143	13	4.5	12	75	23	55	81	1	13	3	0.91
25495187--25495383	46	4.4	46	66	10	145	24	21	23	29	1.99
25495080--25495459	134	2.8	134	93	0	625	26	21	23	28	1.99
25495467--25496546	44	24.5	45	77	4	961	27	16	26	29	1.97
25495467--25496546	132	8.2	132	88	2	1298	27	16	26	29	1.97
25495467--25496421	219	4.3	220	81	5	862	28	16	25	29	1.97
25496529--25496907	95	4.0	95	87	6	556	29	19	21	29	1.98
25496509--25496890	185	2.1	183	92	1	638	28	20	21	28	1.99
25496809--25497103	134	2.2	134	96	0	545	27	21	23	28	1.99
25498677--25498731	22	2.4	22	84	9	65	34	5	5	54	1.46
25499730--25499758	14	2.1	14	100	0	58	44	6	13	34	1.71
25499859--25499910	19	2.9	18	76	23	56	23	1	5	69	1.20
25500004--25500037	15	2.3	15	94	0	59	14	14	11	58	1.63
25502748--25502779	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
25503549--25503591	14	3.1	14	76	6	52	44	0	2	53	1.13
25505069--25505105	13	2.9	13	88	4	58	29	8	21	40	1.82
25505332--25505378	20	2.5	19	75	6	51	55	2	2	40	1.24
25506520--25506556	14	2.4	17	86	13	53	48	0	0	51	1.00
25506706--25506756	14	3.6	14	74	7	50	68	0	13	17	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25506745--25506778	16	2.1	16	88	5	50	76	5	14	2	1.09
25507606--25507639	17	1.9	18	88	5	52	35	0	26	38	1.57
25515716--25515792	20	3.8	21	78	10	79	59	1	6	32	1.31
25515714--25515794	18	4.5	18	77	8	76	59	1	6	33	1.30
25516370--25516394	13	1.9	13	100	0	50	0	52	0	48	1.00
25519798--25519836	20	2.1	18	85	9	51	43	15	2	38	1.60
25523954--25524004	21	2.4	21	100	0	102	23	13	9	52	1.70
25524261--25524347	21	4.0	24	78	13	75	36	14	9	39	1.79
25524284--25524359	21	3.7	21	84	7	111	35	11	11	40	1.79
25524297--25524360	19	3.3	19	89	8	101	35	14	10	39	1.81
25524672--25524784	44	2.6	44	81	12	126	28	21	21	29	1.98
25524752--25525129	44	8.8	43	71	10	204	28	23	20	27	1.99
25524713--25525140	217	2.0	217	90	0	685	28	23	19	27	1.99
25525096--25525699	132	4.6	132	89	3	943	23	25	21	29	1.99
25525134--25525699	257	2.2	257	93	2	952	23	24	21	30	1.99
25525465--25525649	44	4.2	44	64	13	110	25	23	20	30	1.98
25526925--25526977	22	2.4	23	84	12	67	0	18	0	81	0.70
25526926--25526970	15	2.9	15	90	3	63	0	22	0	77	0.76
25526938--25526974	19	1.9	19	89	10	58	0	18	0	81	0.70
25532218--25532261	21	2.1	21	100	0	88	22	15	9	52	1.71
25532753--25532821	34	2.0	34	97	0	129	30	13	8	47	1.72
25535650--25535686	20	1.9	18	89	10	56	54	8	0	37	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25537244--25537284	22	1.9	21	85	5	55	0	21	0	78	0.76
25537246--25537289	19	2.4	18	88	3	61	0	20	0	79	0.73
25537249--25537289	13	3.0	14	86	13	59	0	19	0	80	0.71
25539486--25539540	25	2.2	25	80	9	67	63	3	1	30	1.22
25540280--25540312	15	2.2	15	89	10	50	57	0	0	42	0.98
25545864--25546130	40	6.7	40	94	0	462	21	28	20	29	1.98
25549645--25549845	71	2.8	70	80	5	217	29	22	18	29	1.98
25554004--25554061	28	2.1	28	86	0	80	37	13	1	46	1.54
25560338--25560387	25	2.0	26	88	4	75	6	22	6	66	1.36
25563668--25563743	38	2.0	39	92	2	127	32	11	1	53	1.45
25567787--25567823	19	1.9	19	94	0	65	64	0	5	29	1.15
25572129--25572170	21	2.0	21	100	0	84	33	28	14	23	1.94
25577696--25577741	20	2.3	20	88	7	67	17	4	30	47	1.67
25577694--25577743	14	3.8	13	80	12	57	18	6	28	48	1.71
25580895--25580933	19	2.1	19	95	0	69	20	7	25	46	1.77
25590641--25590694	25	2.1	26	96	3	101	22	31	7	38	1.82
25590647--25590700	25	2.2	25	93	0	90	24	27	9	38	1.86
25591892--25591928	19	1.9	19	88	0	56	59	8	10	21	1.56
25597739--25597787	14	3.7	13	81	13	55	26	2	0	71	0.97
25603801--25603864	32	2.0	32	93	0	110	29	21	9	39	1.85
25608633--25608680	18	2.7	18	78	9	53	37	14	4	43	1.65
25619369--25619412	22	2.0	22	82	8	54	27	15	31	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25625578--25625616	19	2.1	19	95	0	69	58	10	0	30	1.31
25634466--25634535	20	3.3	20	68	27	63	67	4	7	21	1.33
25634468--25634556	44	2.0	44	100	0	178	64	4	8	22	1.41
25635286--25635800	147	3.5	145	86	4	737	45	9	4	40	1.57
25635997--25636580	146	4.0	145	86	4	807	43	9	4	41	1.59
25635099--25636523	710	2.0	710	98	0	2780	39	13	7	39	1.72
25636908--25636983	3	25.0	3	86	2	62	53	0	10	35	1.35
25637437--25637604	42	4.0	42	87	0	237	34	22	19	23	1.97
25638006--25638039	2	17.0	2	87	0	50	0	44	2	52	1.16
25637996--25638043	14	3.4	14	85	5	62	0	41	4	54	1.20
25638043--25638076	15	2.2	16	94	5	61	0	0	14	85	0.60
25639381--25639417	18	2.1	18	100	0	74	21	32	10	35	1.88
25648998--25649035	16	2.5	15	91	4	58	0	10	5	84	0.77
25653686--25653755	23	3.0	23	74	14	72	41	11	0	47	1.40
25668690--25668715	13	2.0	13	100	0	52	23	23	15	38	1.92
25669392--25669418	14	1.9	14	100	0	54	51	0	7	40	1.30
25671177--25671247	35	2.0	35	94	0	124	43	4	4	47	1.42
25680554--25680583	12	2.5	12	88	0	51	0	10	0	90	0.47
25683347--25683446	9	10.6	9	69	18	51	66	1	2	31	1.10
25683346--25683445	10	10.4	10	71	16	77	67	1	2	30	1.09
25683334--25683379	21	2.2	21	88	3	67	73	2	2	21	1.04
25683334--25683386	19	2.7	20	79	5	63	69	1	3	24	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25683970--25684010	20	2.1	20	86	4	57	60	2	0	36	1.10
25688675--25688750	20	3.8	20	80	0	89	42	21	25	11	1.86
25688669--25688747	40	2.0	40	84	0	104	43	20	24	12	1.86
25689232--25689283	21	2.5	21	81	6	70	28	21	1	48	1.61
25689933--25689961	9	3.2	9	100	0	58	20	0	10	68	1.18
25696112--25696157	23	2.0	23	91	0	74	17	21	15	45	1.85
25696325--25696395	31	2.2	32	90	2	108	33	22	11	32	1.90
25705824--25705869	16	2.8	17	83	9	69	28	0	4	67	1.10
25705904--25705991	26	3.3	26	82	3	104	29	3	7	59	1.42
25705962--25705996	16	2.2	17	90	10	56	42	0	2	54	1.15

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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