genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.58.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19299330--19299394	11	6.0	10	80	16	67	0	20	0	80	0.72
19299330--19299394	22	3.0	21	80	10	78	0	20	0	80	0.72
19299446--19299475	14	2.2	13	94	5	51	6	30	36	26	1.82
19299667--19299726	24	2.5	24	86	7	79	0	33	0	66	0.92
19299655--19299726	3	24.0	3	78	16	62	0	30	0	69	0.89
19299678--19299726	13	3.9	13	75	24	52	0	36	0	63	0.95
19299695--19299723	10	2.9	10	100	0	58	0	37	0	62	0.96
19299782--19299831	10	5.2	10	80	7	59	0	30	0	70	0.88
19299786--19299828	19	2.3	19	88	11	63	0	30	0	69	0.88
19300080--19300196	30	3.9	29	77	11	94	44	3	22	29	1.69
19300095--19300196	30	3.4	30	84	2	134	44	3	22	29	1.71
19300467--19300684	54	4.1	55	88	8	324	37	17	16	28	1.92
19300663--19300697	14	2.5	14	90	0	52	60	2	17	20	1.49
19300785--19301032	85	2.8	87	81	10	308	36	18	18	26	1.94
19300945--19300978	16	2.1	16	88	0	50	64	5	11	17	1.45
19300785--19301039	91	2.9	88	83	9	324	36	18	18	26	1.94
19300962--19301297	123	2.7	123	92	1	539	38	20	13	27	1.90
19301175--19301369	72	2.7	70	80	8	214	36	20	13	29	1.91
19301438--19301664	122	1.9	122	82	3	287	35	21	13	30	1.91
19301120--19301927	192	4.2	193	98	0	1541	35	20	13	30	1.91
19301120--19301927	385	2.1	384	97	1	1537	35	20	13	30	1.91
19310053--19310090	20	2.0	20	94	5	69	36	0	7	55	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19310082--19310599	17	29.9	17	68	16	171	42	11	12	33	1.78
19310081--19310193	33	3.4	33	82	3	138	43	14	10	31	1.79
19310082--19310598	34	14.9	34	70	14	229	42	11	12	33	1.78
19310227--19310395	89	1.9	88	81	12	204	42	11	12	33	1.79
19310215--19310433	106	2.1	105	80	10	243	42	11	13	32	1.80
19310227--19310463	54	4.4	56	70	16	148	40	11	12	35	1.80
19310227--19310541	74	4.4	73	75	12	199	41	10	12	34	1.78
19310215--19310516	88	3.4	92	77	12	233	42	10	12	34	1.79
19310932--19310995	9	6.8	9	77	11	58	0	20	0	79	0.73
19310933--19310997	11	6.0	10	80	16	67	0	20	0	80	0.72
19310933--19310997	22	3.0	21	80	10	78	0	20	0	80	0.72
19311128--19311183	24	2.3	25	81	12	71	0	8	10	80	0.91
19311256--19311317	21	2.9	22	83	7	65	0	27	0	72	0.85
19311269--19311315	24	2.0	24	87	8	69	0	31	0	68	0.90
19311257--19311318	3	21.0	3	78	15	51	0	29	0	70	0.87
19311256--19311318	14	4.8	13	78	14	58	0	28	0	71	0.86
19311374--19311423	10	5.2	10	80	7	59	0	30	0	70	0.88
19311378--19311420	19	2.3	19	88	11	63	0	30	0	69	0.88
19311687--19311788	30	3.4	29	82	5	123	46	3	20	29	1.69
19311784--19311816	17	1.9	17	93	0	57	36	0	0	63	0.95
19317042--19317100	26	2.3	27	80	11	79	44	0	0	55	0.99
19317050--19317098	25	2.0	25	88	8	73	40	0	0	59	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19336477--19336518	6	7.0	6	94	0	75	47	16	2	33	1.60
19339380--19339411	3	10.7	3	100	0	64	68	31	0	0	0.90
19348456--19348535	27	3.0	27	74	7	81	23	22	13	40	1.90
19348522--19348596	27	2.8	27	87	0	96	18	25	21	34	1.96
19357841--19357899	29	2.1	27	84	12	75	42	1	10	45	1.48
19360378--19360411	17	2.0	17	100	0	68	29	35	0	35	1.58
19365911--19365949	18	2.2	18	85	0	51	23	10	58	7	1.56
19370288--19370325	6	6.3	6	100	0	76	15	0	52	31	1.43
19370337--19370363	6	4.5	6	100	0	54	18	0	29	51	1.46
19373109--19373264	42	3.7	42	77	16	169	30	26	18	24	1.98
19375828--19375858	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
19376292--19376319	12	2.3	12	100	0	56	35	25	0	39	1.56
19384515--19384553	6	6.5	6	100	0	78	0	17	15	66	1.25
19384884--19384913	15	1.9	16	93	6	53	56	0	3	40	1.16
19387170--19387233	31	2.1	31	100	0	128	29	18	12	39	1.88
19391301--19391501	95	2.1	97	84	7	255	34	24	17	23	1.96
19404095--19404130	15	2.4	15	95	0	63	61	0	8	30	1.26
19405003--19405069	31	2.1	32	86	8	93	20	55	0	23	1.44
19410415--19410442	14	2.0	14	100	0	56	21	0	0	78	0.75
19413930--19414125	41	4.8	41	91	2	313	16	17	27	38	1.91
19413930--19414190	123	2.1	123	79	6	271	18	18	24	38	1.93
19414565--19414634	16	4.4	16	67	16	56	27	1	21	50	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19414567--19414647	23	3.5	23	72	22	80	23	1	24	50	1.56
19414658--19414698	22	1.9	21	85	14	57	19	0	24	56	1.42
19418037--19418172	66	2.1	66	92	0	227	40	18	27	13	1.89
19418472--19418609	43	3.2	43	84	4	163	27	17	26	28	1.97
19419121--19419188	29	2.3	29	84	5	91	36	8	13	41	1.75
19419648--19419672	7	3.6	7	100	0	50	84	0	0	16	0.63
19421023--19421060	18	2.1	19	90	5	60	50	0	0	50	1.00
19421234--19421267	15	2.2	16	89	5	52	35	5	0	58	1.22
19432960--19433026	34	1.9	35	87	3	100	31	8	14	44	1.76
19446898--19446995	15	6.7	14	68	20	58	21	1	27	50	1.56
19446898--19446995	7	13.4	7	69	19	58	21	1	27	50	1.56
19446877--19446943	29	2.3	29	82	7	82	25	1	28	44	1.63
19446884--19447149	44	6.2	43	72	13	115	20	1	26	52	1.54
19446910--19446988	22	3.6	22	92	0	140	18	0	29	51	1.46
19446910--19447181	66	4.2	66	74	13	255	19	0	26	53	1.50
19446921--19447164	51	5.1	51	69	15	148	19	0	25	54	1.49
19446927--19447046	58	2.1	59	90	1	188	18	0	27	53	1.50
19446999--19447171	22	7.8	22	71	15	117	18	0	24	56	1.46
19446986--19447181	44	4.5	44	77	8	186	19	1	24	55	1.50
19446986--19447180	22	8.8	23	73	15	105	18	1	24	55	1.49
19447790--19447827	18	2.1	18	90	0	58	42	7	28	21	1.81
19449582--19449625	11	3.8	12	80	19	58	43	0	31	25	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19450566--19450600	17	2.1	18	89	10	56	48	0	0	51	1.00
19458714--19458770	23	2.5	23	72	13	64	38	8	1	50	1.44
19458786--19458815	13	2.3	13	94	0	51	33	0	3	63	1.11
19459270--19459674	110	3.7	110	92	1	627	31	16	19	33	1.93
19460210--19460247	12	3.2	12	85	7	51	42	26	0	31	1.56
19462499--19462552	19	2.9	19	69	15	51	55	5	3	35	1.41
19462589--19462744	71	2.2	71	87	9	226	38	0	33	27	1.57
19472246--19472414	42	4.0	41	80	3	151	19	23	17	40	1.91
19472274--19472429	84	1.9	84	80	2	188	17	25	17	39	1.91
19474166--19474301	38	3.6	38	77	7	132	30	25	17	25	1.97
19474166--19474310	74	2.0	72	85	10	195	31	25	17	25	1.97
19477356--19477438	21	4.0	21	91	0	130	38	19	26	15	1.91
19485360--19485433	21	3.5	21	87	3	87	36	9	32	21	1.86
19486743--19486835	48	1.9	48	95	4	170	48	12	3	35	1.58
19491229--19491278	23	2.2	24	82	10	68	38	0	10	52	1.35
19491237--19491280	23	1.9	23	95	0	79	36	0	13	50	1.42
19493516--19493642	43	2.9	43	82	6	166	23	18	27	30	1.97
19497141--19497263	45	2.7	45	92	2	194	36	18	21	23	1.95
19497235--19497357	45	2.6	47	87	5	169	43	16	21	17	1.87
19505220--19505686	199	2.3	200	93	1	785	34	20	18	27	1.96
19510027--19510056	15	2.0	15	100	0	60	40	13	13	33	1.83
19510307--19510354	19	2.5	20	89	3	71	58	8	0	33	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19510307--19510376	19	3.5	19	80	11	70	58	8	0	32	1.28
19510356--19510405	25	1.9	25	84	8	64	56	2	2	40	1.22
19511793--19511842	17	2.7	19	70	20	52	38	2	2	58	1.21
19516469--19516498	15	1.9	15	93	6	51	63	3	33	0	1.11
19520082--19520116	18	1.9	18	100	0	70	40	51	0	8	1.33
19520056--19520115	23	2.6	23	89	2	84	41	48	1	8	1.43
19522686--19522752	9	7.4	9	84	0	89	43	25	7	23	1.80
19522684--19522752	18	3.8	18	96	0	111	43	26	7	23	1.79
19522676--19522752	27	2.9	27	84	0	82	45	23	6	24	1.76
19524684--19524721	20	1.9	20	89	10	60	60	2	0	36	1.11

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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