genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.84.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26587939--26587985	23	2.0	23	95	0	85	40	10	17	31	1.83
26588251--26588401	77	2.0	77	83	0	194	37	15	15	31	1.89
26591509--26591725	107	2.0	108	93	0	373	29	19	19	31	1.96
26592796--26592836	12	3.3	13	80	13	50	73	0	14	12	1.11
26592788--26592842	18	3.2	18	72	10	53	70	0	16	12	1.16
26597209--26597267	19	2.8	21	78	17	61	42	0	3	54	1.17
26597232--26597274	19	2.3	18	80	4	50	34	0	2	62	1.08
26597667--26597771	51	2.0	52	88	1	158	28	19	10	41	1.84
26604866--26604966	50	2.0	50	90	0	157	37	12	16	32	1.87
26619002--26619138	40	3.4	40	85	2	186	12	22	22	42	1.87
26619014--26619129	20	5.8	20	70	9	85	13	23	21	41	1.89
26619002--26619138	20	6.8	20	66	11	75	12	22	22	42	1.87
26622328--26622425	28	3.5	28	83	6	110	32	15	24	27	1.95
26626997--26627029	17	1.9	17	88	11	50	60	0	12	27	1.32
26629941--26629990	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
26634580--26634629	17	2.7	20	78	18	70	10	0	44	46	1.37
26637288--26637370	41	2.0	41	100	0	166	21	14	13	50	1.77
26637714--26637872	33	4.7	34	69	11	94	33	15	22	28	1.94
26637705--26637888	101	1.8	101	87	0	278	34	14	21	29	1.93
26640191--26640239	3	16.3	3	100	0	98	67	0	32	0	0.91
26640732--26641009	102	2.7	101	90	6	409	29	0	15	53	1.48
26640831--26640989	50	3.1	50	66	10	142	28	0	15	54	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26641379--26641409	3	10.3	3	100	0	62	64	0	0	35	0.94
26643081--26643165	33	2.6	33	79	7	100	18	47	8	25	1.77
26643368--26643674	75	4.0	75	90	5	416	27	8	10	54	1.63
26643355--26643674	155	2.1	153	86	3	455	28	8	10	53	1.64
26646457--26646502	21	2.3	20	78	14	51	45	17	6	30	1.73
26648537--26648590	27	2.0	27	82	7	65	22	37	24	16	1.94
26651509--26651560	21	2.5	21	83	0	68	1	40	19	38	1.63
26653690--26653734	23	2.0	23	95	0	81	37	0	35	26	1.57
26653805--26653915	41	2.6	42	80	10	120	22	17	25	35	1.95
26653811--26653915	43	2.5	41	81	6	122	23	17	22	36	1.95
26661116--26661193	29	2.7	28	80	11	95	25	14	30	29	1.94
26669088--26669165	29	2.7	28	80	11	95	25	14	30	29	1.94
26687855--26687889	18	1.9	18	100	0	70	40	28	14	17	1.88
26688278--26688321	22	2.0	23	81	4	54	40	15	0	43	1.47
26696580--26696672	27	3.4	27	84	8	127	35	21	21	21	1.96
26701763--26701941	51	3.5	51	82	3	191	24	17	28	29	1.97
26701766--26701901	50	2.7	51	90	1	202	23	18	27	30	1.98
26704452--26704504	18	2.9	18	80	2	61	41	45	1	11	1.51
26704602--26704641	9	4.4	9	83	0	53	27	10	17	45	1.80
26704801--26704825	12	2.1	12	100	0	50	16	24	36	24	1.94
26713862--26713914	12	4.2	12	77	13	52	45	3	7	43	1.50
26714578--26714686	41	2.6	41	91	1	164	23	22	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26715706--26715765	21	2.9	21	85	2	77	11	36	26	25	1.90
26721518--26721571	25	2.2	25	89	0	81	20	29	20	29	1.98
26726130--26726173	2	22.0	2	95	0	79	2	50	0	47	1.13
26726130--26726181	10	5.2	10	95	0	68	5	50	0	44	1.26
26727876--26727921	20	2.3	20	88	3	67	26	17	15	41	1.88
26727883--26727922	20	2.0	20	95	0	71	25	15	12	47	1.80
26731067--26731143	27	2.9	27	82	3	86	36	23	19	20	1.95
26731216--26731456	27	9.0	27	80	2	225	32	20	21	25	1.97
26731216--26731451	54	4.4	54	81	4	269	33	20	21	25	1.97
26731200--26731451	81	3.1	80	80	5	274	33	20	21	25	1.97
26731499--26731557	24	2.5	24	80	5	75	22	6	23	47	1.75
26731628--26731683	27	2.1	27	83	12	71	23	26	17	32	1.97
26731729--26731874	32	4.5	31	81	3	157	22	19	20	37	1.94
26731729--26731882	64	2.4	64	83	6	188	23	18	20	38	1.93
26731729--26731904	96	1.8	96	81	2	219	23	18	19	37	1.94
26731923--26731969	22	2.1	22	84	0	58	19	17	17	46	1.84
26737079--26737108	13	2.4	13	94	5	53	20	16	26	36	1.93
26737496--26737532	9	4.1	9	85	0	56	48	13	8	29	1.71
26737897--26737935	20	1.9	21	89	5	62	23	20	0	56	1.42
26745901--26745971	23	3.0	24	84	10	94	39	15	21	23	1.91
26746277--26746308	16	1.9	17	93	6	57	25	21	0	53	1.46
26746976--26747010	17	2.1	17	94	0	61	2	14	5	77	1.07
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26748937--26748963	10	2.7	10	100	0	54	22	29	18	29	1.97
26754460--26754539	21	3.8	20	81	5	70	40	21	20	18	1.92
26754460--26754569	23	5.1	21	76	13	98	38	20	20	20	1.94
26754874--26754905	16	1.9	17	93	6	57	25	21	0	53	1.46
26755569--26755603	17	2.1	17	94	0	61	2	14	5	77	1.07
26755776--26755846	28	2.5	29	80	10	76	46	2	0	50	1.16
26755782--26755846	30	2.3	27	84	7	76	44	3	0	52	1.16
26755812--26755848	16	2.3	17	81	13	51	48	0	0	51	1.00
26759117--26759189	37	2.0	37	86	2	103	31	24	0	43	1.54
26759895--26759934	13	3.1	13	79	13	55	0	27	0	72	0.85
26759893--26759934	9	4.7	9	85	8	59	0	26	0	73	0.83
26760097--26760142	24	1.9	24	81	0	56	30	23	4	41	1.74
26760286--26760372	31	3.0	28	75	8	75	44	3	0	51	1.18
26760286--26760368	19	4.2	19	69	26	57	44	3	0	51	1.18
26768161--26768529	184	2.0	184	97	0	702	27	24	11	36	1.90
26773014--26773064	11	4.6	11	80	4	59	19	31	1	47	1.61
26774940--26774977	18	2.1	18	95	0	67	23	28	7	39	1.83
26775235--26775283	21	2.3	21	79	6	55	32	36	28	2	1.69
26775391--26775474	44	1.9	44	95	0	150	39	0	10	50	1.37
26775452--26775499	25	1.9	25	100	0	96	45	0	14	39	1.45
26775502--26775534	9	3.7	9	84	15	50	33	0	9	57	1.30
26775569--26776376	23	36.2	23	79	12	726	47	25	0	26	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26775569--26776343	44	17.4	44	85	6	933	46	25	0	26	1.57
26776371--26776612	115	2.1	115	94	1	423	41	9	7	42	1.64
26779609--26779981	124	3.0	125	93	1	615	32	22	15	28	1.95
26783050--26783100	18	2.7	19	76	11	52	68	3	1	25	1.17
26786618--26786659	21	2.0	21	100	0	84	66	9	9	14	1.44
26788293--26788323	15	2.1	15	100	0	62	35	19	12	32	1.90
26789027--26789065	2	19.5	2	100	0	78	51	48	0	0	1.00
26791549--26791593	21	2.1	22	83	4	56	13	0	31	55	1.38
26794379--26794434	22	2.5	23	82	2	69	12	14	16	57	1.66
26800276--26800440	46	3.2	52	80	11	216	36	13	22	27	1.92
26800404--26800512	37	3.0	37	90	2	177	35	16	22	24	1.95
26811134--26811185	25	2.1	25	88	0	77	13	28	19	38	1.89
26811100--26811188	25	3.6	25	75	0	70	16	29	17	35	1.93
26811177--26811237	25	2.4	25	75	8	61	19	26	21	32	1.97
26816946--26816977	16	2.0	16	93	0	55	40	25	12	21	1.88
26819278--26819381	55	1.9	55	82	4	129	44	19	11	25	1.84
26821366--26821543	73	2.4	71	74	10	160	34	21	24	19	1.96
26821424--26821543	25	4.8	25	78	7	111	34	22	25	18	1.96
26821457--26821504	23	2.1	23	92	0	78	35	22	25	16	1.95
26821423--26821565	26	5.7	27	70	14	85	34	21	25	18	1.96
26821974--26822012	5	7.6	5	82	5	51	41	17	0	41	1.50
26822107--26822153	22	2.1	22	100	0	94	27	17	12	42	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26823446--26823530	45	1.9	44	95	2	152	48	7	4	40	1.51
26827404--26827443	20	2.0	20	85	0	53	27	17	20	35	1.95
26827865--26827908	21	2.1	21	95	0	79	38	27	2	31	1.69
26841088--26841163	38	2.0	40	87	10	113	52	5	3	38	1.43
26847687--26847730	3	14.7	3	100	0	88	0	31	0	68	0.90
26849252--26849277	4	6.5	4	100	0	52	73	0	0	26	0.84
26853015--26853047	11	3.1	11	86	4	50	18	33	3	45	1.65
26853025--26853124	51	2.0	51	86	11	143	25	25	3	47	1.66
26853076--26853100	11	2.3	11	100	0	50	16	28	8	48	1.74
26853080--26853116	11	3.2	12	88	7	51	27	18	5	48	1.70

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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