genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.40.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   

This is table  40  of  240  ( 28759 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14040270--14040419	78	1.9	78	93	0	255	36	14	11	38	1.81
14053978--14054316	125	2.7	126	97	0	626	29	15	22	32	1.95
14057428--14057452	10	2.5	10	100	0	50	48	0	8	44	1.32
14057435--14057576	55	2.5	55	76	14	146	47	7	9	35	1.64
14057548--14057628	26	3.1	26	94	0	144	60	6	6	27	1.45
14057691--14057779	29	3.3	24	68	26	70	20	0	24	55	1.44
14057627--14058608	9	104.1	10	61	32	151	26	0	22	50	1.51
14057848--14057931	38	2.2	38	93	2	143	29	0	19	51	1.47
14057627--14058779	226	5.1	226	92	3	1853	26	0	22	50	1.52
14057627--14058779	28	40.4	28	88	4	1639	26	0	22	50	1.52
14059016--14059071	24	2.3	24	90	0	85	5	23	28	42	1.76
14061116--14061178	29	2.2	29	88	0	90	65	0	0	34	0.93
14061224--14061274	22	2.3	22	93	0	84	41	0	31	27	1.56
14068280--14068337	28	2.1	28	93	0	98	17	13	34	34	1.89
14069877--14070129	125	2.0	125	91	0	407	30	15	21	33	1.94
14071001--14071056	24	2.3	24	90	3	85	46	12	21	19	1.83
14072421--14072458	18	2.1	18	100	0	76	36	21	21	21	1.95
14073377--14073842	23	20.9	23	78	11	447	27	0	25	46	1.57
14073371--14073846	68	7.1	68	82	8	513	27	0	25	46	1.57
14073377--14073846	45	10.5	44	83	7	529	27	0	25	46	1.57
14073903--14074021	25	5.0	25	68	10	104	41	13	0	44	1.49
14073915--14074027	35	3.2	35	67	14	97	45	14	0	39	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14074147--14074193	21	2.2	21	84	0	58	4	27	36	31	1.76
14083853--14083882	3	10.0	3	100	0	60	66	0	0	33	0.92
14089548--14089732	26	7.3	26	71	9	87	38	20	19	21	1.93
14090901--14090962	30	2.0	31	85	14	85	22	16	0	61	1.34
14095591--14095623	16	2.1	16	88	11	50	63	0	3	33	1.10
14102277--14102430	25	6.2	25	78	13	167	50	5	7	37	1.52
14102270--14102404	48	2.8	48	100	0	270	50	5	7	36	1.55
14102270--14102387	23	5.0	23	78	13	132	50	6	8	33	1.59
14105942--14105989	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
14106068--14106278	66	3.4	63	68	21	183	41	3	6	48	1.45
14106030--14106322	120	2.4	120	93	3	493	42	2	5	49	1.39
14106155--14106196	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
14106284--14106325	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
14106275--14106316	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
14106372--14106759	83	4.5	84	68	17	267	49	7	2	40	1.44
14106460--14106494	16	2.2	16	100	0	70	57	11	0	31	1.34
14106531--14106565	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
14106259--14106910	260	2.5	260	97	0	1241	48	5	2	42	1.42
14106720--14106754	16	2.2	16	100	0	70	57	11	0	31	1.34
14106791--14106825	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
14107062--14107103	16	2.6	16	96	3	75	35	38	0	26	1.57
14118335--14118380	24	2.0	23	87	12	67	36	2	4	56	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14123831--14124271	220	2.0	221	96	0	821	32	19	14	33	1.92
14126850--14126886	19	1.9	19	88	0	56	54	5	5	35	1.47
14129577--14129620	24	1.9	23	82	17	56	22	9	2	65	1.32
14130367--14130391	3	8.3	3	100	0	50	36	32	0	32	1.58
14133171--14133452	50	5.5	50	78	4	228	23	26	21	28	1.99
14133217--14133449	100	2.3	103	81	4	256	23	28	21	26	1.99
14144844--14144964	49	2.5	49	98	0	233	42	9	2	44	1.51
14145384--14145426	18	2.4	18	88	0	59	44	9	27	18	1.80
14147204--14147240	11	3.2	12	85	11	51	48	0	24	27	1.51
14147220--14147303	11	8.0	11	65	19	54	42	1	30	25	1.62
14147196--14147295	51	2.0	51	86	4	139	45	1	28	26	1.60
14147257--14147303	22	2.1	22	88	7	69	40	2	31	25	1.68
14147255--14147318	34	1.9	33	84	9	85	43	1	29	25	1.64
14149200--14149232	18	1.9	17	88	11	50	66	0	9	24	1.20
14151811--14151866	29	1.9	29	82	7	69	48	7	5	39	1.54
14153523--14153563	3	13.7	3	100	0	82	65	0	0	34	0.93
14154984--14155092	37	3.0	37	93	2	177	24	22	16	36	1.94
14155056--14155323	52	5.2	52	87	6	379	26	23	14	34	1.94
14155056--14155323	98	2.7	98	90	4	403	26	23	14	34	1.94
14155204--14155329	51	2.6	44	75	21	128	26	25	15	33	1.95
14165846--14166016	45	3.8	45	81	1	182	22	21	13	42	1.87
14165848--14166019	90	1.9	90	84	2	229	22	21	13	43	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14166622--14166662	20	2.0	21	85	4	57	39	12	4	43	1.63
14168841--14168887	23	2.0	23	84	8	60	65	4	4	25	1.29
14174186--14174215	15	1.9	16	93	6	53	60	3	0	36	1.14
14176722--14177034	159	2.0	159	92	1	520	31	17	20	30	1.95
14179011--14179040	15	2.0	15	100	0	60	53	13	0	33	1.40
14179383--14179439	30	1.9	30	92	0	96	33	14	7	45	1.71
14190612--14190789	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
14190613--14190768	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
14190609--14190789	82	2.2	81	82	2	220	26	16	28	28	1.97
14196658--14196835	27	6.6	26	80	6	169	26	16	28	28	1.97
14196659--14196814	82	1.9	81	86	3	224	26	16	28	28	1.97
14196656--14196835	82	2.2	81	82	3	218	26	16	28	28	1.97
14198817--14199029	106	2.0	106	95	0	381	40	18	13	28	1.88
14202004--14202067	33	2.0	32	90	3	101	39	25	9	26	1.86
14202286--14202482	41	4.8	41	91	5	308	27	21	20	29	1.98
14204020--14204044	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
14205294--14205406	41	2.8	41	88	0	163	36	26	20	16	1.94
14206275--14206328	28	1.9	28	85	7	74	46	5	0	48	1.25
14210425--14210451	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
14211715--14211847	41	3.2	40	87	2	176	30	24	20	24	1.98
14213482--14213533	28	1.9	26	92	7	86	46	7	0	46	1.31
14218579--14218793	41	5.2	41	91	0	340	29	24	20	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14220424--14220475	28	1.9	26	92	7	86	46	7	0	46	1.31
14223840--14223976	51	2.7	51	75	0	157	39	6	14	39	1.72
14226862--14226998	51	2.7	51	75	0	157	39	6	14	39	1.72
14228416--14228455	3	13.3	3	94	0	71	32	2	0	65	1.06
14232391--14232431	19	2.1	20	90	4	66	68	7	9	14	1.39
14235222--14235391	40	4.3	40	87	3	227	24	28	21	24	1.99
14245860--14245898	19	1.9	19	85	10	51	69	10	0	20	1.17
14245813--14246138	89	3.7	87	72	9	230	57	14	3	24	1.53
14248809--14248893	19	4.5	19	72	19	63	25	2	5	65	1.27
14257586--14257619	5	6.8	5	86	0	50	26	0	32	41	1.56
14257586--14257619	10	3.4	10	91	0	59	26	0	32	41	1.56
14258042--14258070	14	2.0	15	93	6	51	55	0	3	41	1.17
14262113--14262384	136	1.9	142	87	7	403	30	16	17	34	1.92
14269186--14269231	11	4.1	11	81	15	58	63	2	2	32	1.19
14274769--14274812	3	14.7	3	85	0	61	63	2	0	34	1.07
14274753--14274815	24	2.9	21	76	15	65	60	3	0	36	1.13
14275630--14275689	5	12.2	5	79	10	61	61	5	0	33	1.17
14283051--14283150	48	2.1	48	94	0	173	42	11	19	28	1.85
14285327--14285389	30	2.1	30	90	0	99	57	12	3	26	1.51
14295993--14296030	20	1.9	20	88	0	58	50	2	2	44	1.30
14296489--14296564	40	1.9	40	83	0	98	34	22	3	39	1.73
14302048--14302098	26	1.9	27	84	11	70	45	3	3	47	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14307808--14307844	15	2.5	15	86	0	56	51	5	5	37	1.48
14307922--14307950	10	2.9	10	100	0	58	37	0	0	62	0.96
14309980--14310025	19	2.4	19	85	0	65	45	15	23	15	1.84
14310535--14310582	17	2.8	16	75	12	51	43	16	0	39	1.48
14316864--14316897	16	2.1	17	88	5	52	52	2	0	44	1.16
14326584--14326622	19	2.0	20	85	9	55	41	2	7	48	1.45
14326999--14327023	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
14327938--14327980	19	2.4	17	88	7	59	9	13	4	72	1.26
14328752--14328790	4	9.8	4	100	0	78	25	0	23	51	1.49
14333321--14333363	22	2.0	22	86	4	61	32	6	2	58	1.38

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240