genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.174.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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This is table  174  of  240  ( 28759 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53961135--53961258	42	3.0	41	84	2	140	20	22	37	20	1.95
53968182--53968223	21	2.0	21	90	4	68	30	2	0	66	1.04
53975192--53975234	22	2.0	22	100	0	86	62	13	9	13	1.53
53978408--53978458	14	3.6	14	74	12	50	78	1	13	5	1.02
53981674--53981856	93	2.0	93	95	0	330	47	12	15	24	1.80
53981931--53981967	17	2.2	16	90	4	56	48	8	21	21	1.76
53987932--53988007	4	19.0	4	71	20	52	72	2	22	2	1.10
53997994--53998035	16	2.8	15	80	19	52	50	2	4	42	1.36
54014673--54014783	54	2.1	54	94	0	195	46	2	9	40	1.51
54025306--54025403	22	4.5	22	76	18	80	16	17	21	44	1.86
54025345--54025418	22	3.6	19	81	15	69	14	16	22	45	1.84
54025893--54025952	28	2.1	28	87	6	86	41	15	20	23	1.89
54028587--54028615	12	2.3	13	94	5	51	44	0	0	55	0.99
54037037--54037144	15	7.2	15	69	12	87	25	23	7	43	1.79
54037027--54037150	30	4.1	30	95	1	212	25	25	6	42	1.78
54041731--54041838	15	7.2	15	69	12	87	25	23	7	43	1.79
54041721--54041844	30	4.1	30	95	1	212	25	25	6	42	1.78
54044459--54044503	17	2.6	18	77	22	51	57	0	6	35	1.25
54046829--54046879	27	2.0	26	92	7	86	58	3	5	31	1.40
54047342--54047369	9	3.1	9	100	0	56	75	0	0	25	0.81
54047640--54047771	19	6.8	19	89	3	210	36	15	9	38	1.80
54047633--54047770	59	2.4	59	90	4	212	36	14	9	39	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54047937--54048542	217	2.8	217	93	0	1023	27	23	20	29	1.99
54047956--54048544	44	13.6	43	71	11	325	27	22	20	28	1.99
54048530--54049182	132	4.9	132	96	0	1189	23	25	21	28	1.99
54048622--54049072	44	10.2	44	64	12	208	24	26	21	28	1.99
54050391--54050418	10	2.8	10	100	0	56	0	0	10	89	0.49
54051302--54051329	9	3.1	9	100	0	56	75	0	0	25	0.81
54051599--54051730	19	6.8	19	90	3	210	35	15	10	38	1.82
54051599--54051730	59	2.3	57	89	5	210	35	15	10	38	1.82
54052889--54053115	126	1.8	123	83	5	276	35	0	36	28	1.61
54055646--54055952	40	7.7	40	96	0	560	21	28	20	29	1.98
54063165--54063197	16	2.1	16	94	0	57	45	3	0	51	1.16
54063171--54063203	9	3.9	9	84	15	52	51	0	0	48	1.00
54063174--54063221	22	2.3	20	82	10	60	54	0	0	45	0.99
54063749--54063824	33	2.3	33	95	0	134	48	19	5	26	1.70
54064507--54064619	40	2.8	40	80	8	131	31	16	24	26	1.96
54064689--54064893	41	4.8	41	84	10	275	18	21	33	27	1.96
54064689--54064893	91	2.4	87	87	7	285	18	21	33	27	1.96
54064788--54064884	50	1.9	50	91	4	160	20	19	32	26	1.97
54065013--54065146	66	2.0	66	95	0	241	44	5	8	41	1.59
54065160--54065307	78	1.9	74	89	5	224	20	5	29	44	1.73
54065286--54065334	15	3.4	15	78	18	59	20	0	32	46	1.51
54065316--54065363	21	2.3	21	77	0	60	20	0	35	43	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54065382--54065420	20	1.9	20	89	5	60	23	0	25	51	1.49
54068874--54068916	21	2.0	21	100	0	86	27	13	34	23	1.93
54069788--54069854	35	1.9	35	81	6	82	38	2	2	55	1.31
54069972--54070225	42	6.0	42	88	1	312	22	18	32	26	1.97
54070318--54070667	124	2.8	124	96	0	628	29	17	21	32	1.96
54073774--54073919	65	2.2	65	85	8	190	47	6	8	37	1.60
54073837--54073863	10	2.7	10	100	0	54	51	0	7	40	1.30
54073885--54073919	18	1.9	18	94	0	61	51	2	8	37	1.47
54073782--54074095	121	2.6	121	96	0	574	46	5	10	37	1.62
54073958--54073984	10	2.7	10	100	0	54	51	0	7	40	1.30
54074006--54074040	18	1.9	18	100	0	70	51	2	11	34	1.53
54074013--54074149	55	2.5	55	97	0	256	43	6	13	36	1.70
54074156--54074197	18	2.3	18	91	0	66	33	0	19	47	1.49
54074175--54074256	29	2.8	29	90	0	137	28	1	25	45	1.61
54074144--54074520	47	7.5	48	74	18	227	27	0	26	45	1.57
54074147--54074607	76	6.1	76	85	4	522	26	0	26	46	1.58
54074233--54074321	18	5.3	18	75	22	104	26	0	25	47	1.53
54074461--54074502	18	2.3	18	100	0	84	26	0	26	47	1.52
54074328--54074531	47	4.1	47	80	13	237	25	0	27	46	1.57
54074298--54074484	29	6.8	29	76	19	179	25	0	29	45	1.54
54074508--54074625	47	2.5	47	87	0	182	27	0	26	45	1.59
54074537--54074632	18	5.7	18	72	16	80	27	0	25	47	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54074628--54074696	25	2.7	25	81	2	84	39	10	2	47	1.52
54075100--54075134	18	1.9	18	88	0	52	31	8	34	25	1.86
54076899--54076960	31	2.1	30	90	6	99	64	0	3	32	1.09
54076957--54077069	51	2.2	51	95	0	199	41	0	29	29	1.56
54077041--54077091	22	2.3	22	96	0	93	39	0	31	29	1.57
54078401--54078430	15	2.1	14	93	6	51	23	0	33	43	1.54
54078440--54078476	14	2.5	15	95	4	67	18	0	45	35	1.50
54078425--54078530	50	2.1	50	82	3	124	22	0	33	43	1.60
54078574--54078622	22	2.3	21	79	10	55	20	0	42	36	1.52
54078412--54078622	7	29.7	7	68	11	54	22	0	35	42	1.57
54078641--54078738	21	4.6	21	74	12	67	24	0	39	35	1.56
54078591--54078809	120	1.8	122	84	8	304	25	0	32	40	1.62
54078815--54078862	15	3.3	15	85	5	71	16	0	39	43	1.48
54078815--54078862	7	6.6	7	83	7	60	16	0	39	43	1.48
54079165--54079405	124	1.9	125	88	4	362	32	15	15	36	1.89
54082147--54082349	43	4.8	43	78	3	196	29	17	24	29	1.97
54082174--54082350	42	4.2	42	79	2	176	27	16	23	32	1.96
54082183--54082350	85	2.0	85	86	2	239	27	17	23	31	1.97
54082379--54082419	21	2.0	21	85	0	55	43	29	14	12	1.82
54098946--54099271	46	7.6	45	81	14	388	34	14	22	28	1.93
54099028--54099182	36	4.0	36	79	15	184	36	13	21	28	1.91
54098982--54099228	82	3.0	82	94	0	431	35	14	21	28	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54099982--54100137	84	1.8	85	83	6	210	28	21	22	27	1.99
54099982--54100354	44	8.6	44	73	10	252	28	21	23	26	1.99
54100061--54100391	85	3.8	85	76	9	294	28	21	23	26	1.99
54099982--54100302	129	2.5	128	81	4	396	28	22	23	26	1.99
54100064--54100398	173	1.9	173	83	6	428	28	21	23	26	1.99
54102142--54102178	20	1.9	18	89	10	56	16	8	5	70	1.30
54107513--54107644	54	2.4	53	88	7	194	14	18	43	24	1.87
54108274--54108317	18	2.3	19	84	11	54	36	0	4	59	1.18
54115111--54115135	12	2.1	12	100	0	50	24	16	16	44	1.86
54119267--54119396	65	2.0	65	92	3	217	19	12	13	54	1.70
54119425--54119450	13	2.0	13	100	0	52	30	15	0	53	1.42
54121660--54121699	12	3.3	12	89	0	62	25	7	0	67	1.16
54121660--54121699	3	13.3	3	83	0	53	25	7	0	67	1.16
54123619--54123658	17	2.5	16	84	11	55	57	0	7	35	1.27
54128265--54128316	24	2.2	24	85	0	68	55	7	3	32	1.46
54133186--54133212	6	4.5	6	100	0	54	14	29	18	37	1.91
54140973--54141052	25	3.2	25	87	0	106	21	27	17	33	1.96
54146835--54146893	26	2.3	26	90	0	91	37	11	13	37	1.82
54155012--54155047	18	1.9	19	94	5	65	61	5	8	25	1.46
54155094--54155137	13	3.5	13	87	6	72	77	6	2	13	1.07
54156126--54156229	12	8.4	12	73	12	68	73	1	18	6	1.15
54156146--54156187	18	2.3	18	83	0	57	73	4	14	7	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
54163047--54163093	18	2.6	18	100	0	94	40	4	17	38	1.69
54163790--54163905	25	4.6	25	82	4	135	24	26	19	29	1.99
54183354--54183389	11	3.2	12	88	11	58	47	0	52	0	1.00
54183494--54183528	17	2.1	17	88	0	52	14	2	0	82	0.77
54184202--54184227	13	2.0	13	100	0	52	7	0	30	61	1.24
54185217--54185245	15	1.9	15	100	0	58	44	6	6	41	1.58
54188929--54188961	17	1.9	17	93	0	57	33	12	15	39	1.84
54189402--54189437	6	6.0	6	93	0	63	33	0	2	63	1.08
54190795--54190856	25	2.5	24	81	2	79	22	16	24	37	1.94
54192978--54193094	58	2.0	58	96	0	216	23	17	1	57	1.49

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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