genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.208.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63085097--63085137	12	3.4	12	82	0	55	17	26	46	9	1.79
63086233--63086280	11	4.7	10	82	10	53	60	0	37	2	1.09
63090303--63090728	228	1.8	233	82	7	544	35	19	21	23	1.96
63092647--63092686	21	1.9	21	84	0	53	22	7	27	42	1.80
63093226--63093273	24	1.9	26	83	8	64	50	4	2	43	1.33
63094497--63094584	43	2.0	43	93	0	149	44	9	12	34	1.74
63103038--63103106	29	2.3	29	77	5	75	49	13	14	23	1.78
63107099--63107219	63	1.9	63	89	0	188	19	29	20	29	1.97
63109872--63109905	7	4.9	7	100	0	68	14	55	29	0	1.40
63113990--63114029	20	2.0	20	85	0	53	47	0	0	52	1.00
63114619--63114662	22	2.0	22	86	4	63	36	0	0	63	0.95
63115420--63115452	16	2.1	16	88	11	50	39	0	0	60	0.97
63116927--63116986	31	1.9	32	86	3	86	35	3	0	61	1.12
63123885--63123932	13	3.1	16	80	20	66	54	0	4	41	1.20
63123873--63123939	30	2.2	29	84	10	91	52	1	5	40	1.35
63126832--63126893	24	2.8	22	76	9	63	41	0	4	53	1.22
63127306--63127336	16	2.0	16	93	6	55	35	0	0	64	0.94
63149420--63149467	13	3.8	13	79	15	57	37	0	10	52	1.36
63150373--63150428	23	2.4	23	91	5	87	28	5	3	62	1.34
63154251--63154287	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
63154341--63154371	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
63166186--63166218	5	6.6	5	96	0	57	39	3	0	57	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63167185--63167230	23	2.0	23	100	0	92	26	13	21	39	1.90
63170395--63170428	10	3.4	10	87	0	50	20	2	23	52	1.60
63177518--63177548	3	10.3	3	92	0	53	70	0	29	0	0.87
63187000--63187034	14	2.3	16	85	14	56	34	2	17	45	1.63
63187263--63187300	18	2.2	17	86	9	51	44	15	7	31	1.75
63187923--63187977	21	2.6	21	82	0	65	41	3	27	27	1.72
63193692--63193745	26	2.1	26	96	0	99	40	20	18	20	1.91
63196304--63196349	18	2.8	18	84	15	64	0	30	41	28	1.56
63199555--63199601	24	2.0	23	84	12	60	57	14	14	12	1.66
63199955--63200017	21	3.0	21	80	0	81	4	44	17	33	1.70
63199991--63200178	87	2.2	87	93	0	313	12	28	18	40	1.87
63201909--63202067	41	3.9	40	78	8	151	33	28	18	19	1.96
63202002--63202081	41	2.0	41	82	0	97	31	30	18	20	1.96
63201909--63202067	82	1.9	82	83	5	205	33	28	18	19	1.96
63202322--63202396	37	2.0	37	97	0	141	38	4	32	25	1.74
63204948--63205019	36	2.0	36	100	0	144	38	11	22	27	1.88
63205589--63205642	23	2.3	23	78	15	58	33	9	18	38	1.83
63207731--63207770	21	1.9	21	89	0	62	25	12	30	32	1.92
63212067--63212160	26	3.6	26	72	16	77	58	5	7	28	1.47
63212994--63213024	15	2.1	15	94	5	55	77	0	12	9	0.99
63232594--63232639	14	3.4	14	77	22	53	76	0	0	23	0.79
63236350--63236788	69	6.6	69	73	9	295	32	26	15	25	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63236608--63236733	62	2.0	62	82	0	153	31	26	16	25	1.96
63239028--63239072	22	2.0	22	86	0	63	33	6	4	55	1.46
63245051--63245137	33	2.7	33	78	8	97	35	3	20	40	1.70
63245746--63245779	14	2.5	13	90	4	50	79	0	0	20	0.73
63247249--63247293	17	2.6	17	85	3	54	64	0	0	35	0.94
63247654--63247697	14	3.0	14	78	21	54	34	0	2	63	1.07
63258226--63258261	10	3.6	10	88	0	54	22	22	19	36	1.95
63258783--63258817	18	1.9	18	88	0	52	34	0	25	40	1.56
63260764--63260852	33	2.7	33	77	8	101	32	3	24	39	1.72
63261038--63261110	19	3.8	19	92	0	119	38	10	15	35	1.82
63262172--63262366	98	2.0	98	95	0	354	27	10	25	36	1.89
63265879--63265915	19	1.9	19	89	10	58	81	18	0	0	0.70
63265879--63265916	13	3.0	13	84	3	51	81	18	0	0	0.69
63267165--63268081	132	6.9	132	90	2	1430	27	17	24	29	1.98
63267551--63267730	44	4.1	44	65	5	103	26	20	25	27	1.99
63267165--63268081	265	3.5	263	91	1	1428	27	17	24	29	1.98
63267790--63267977	44	4.3	44	69	17	156	29	15	23	31	1.96
63268312--63268384	19	3.8	19	90	0	119	38	10	15	35	1.82
63269455--63269649	98	2.0	98	95	0	354	27	10	25	36	1.89
63271169--63271198	13	2.2	14	94	5	53	0	16	0	83	0.65
63272012--63272058	15	3.0	15	84	12	51	38	0	2	59	1.09
63283334--63283455	40	3.0	43	82	9	173	30	27	21	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63283511--63283602	40	2.3	38	85	7	121	25	21	18	34	1.96
63285970--63286186	69	3.1	68	84	5	294	32	29	14	23	1.94
63286065--63286294	126	1.8	126	82	0	298	31	27	16	25	1.96
63292236--63292292	30	1.9	30	88	0	87	31	19	14	35	1.91
63307644--63307765	40	3.0	43	82	9	173	30	27	21	20	1.98
63307822--63307913	40	2.3	38	85	7	121	25	21	18	34	1.96
63310282--63310498	69	3.1	68	84	5	294	32	29	14	23	1.94
63310377--63310606	126	1.8	126	82	0	298	31	27	16	25	1.96
63316553--63316609	30	1.9	30	88	0	87	31	19	14	35	1.91
63329205--63329235	5	6.0	5	96	3	53	3	58	38	0	1.15
63329303--63329330	13	2.2	13	100	0	56	82	0	0	17	0.68
63329371--63329425	26	2.1	26	100	0	110	30	36	25	7	1.83
63330098--63330150	20	2.6	21	82	11	65	56	7	0	35	1.28
63353626--63353781	42	3.7	42	77	5	120	16	23	16	42	1.88
63362037--63362074	19	1.9	19	89	5	58	28	7	0	63	1.23
63362239--63362307	34	2.0	34	97	0	129	33	5	17	43	1.73
63367279--63367335	27	2.1	28	86	3	80	29	3	3	63	1.28
63367865--63367902	18	2.2	16	90	9	58	68	2	0	28	1.03
63368227--63368288	31	2.1	30	87	6	90	41	4	8	45	1.55
63368221--63368296	29	2.6	29	79	8	84	43	6	9	40	1.63
63369130--63369696	125	4.5	125	84	3	728	29	18	22	29	1.97
63369131--63369696	251	2.3	249	89	0	862	29	18	22	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63372857--63373006	22	6.7	22	67	20	69	24	0	29	46	1.53
63372850--63372919	28	2.5	28	81	6	88	25	0	34	40	1.56
63372945--63373004	29	2.1	29	84	3	77	25	0	25	50	1.50
63373036--63373079	21	2.2	20	83	4	52	20	0	27	52	1.47
63373140--63373265	7	17.6	7	76	4	72	22	2	30	44	1.65
63373250--63373346	33	2.9	34	87	4	135	28	0	27	43	1.55
63373330--63373381	21	2.5	21	75	9	54	17	0	28	53	1.44
63373421--63373489	7	9.7	7	73	9	59	31	1	23	43	1.63
63373553--63373637	22	3.8	22	72	17	77	20	0	22	57	1.41
63373622--63373950	7	46.4	7	67	15	63	21	0	28	50	1.49
63373599--63373681	43	2.0	42	85	2	112	21	0	26	51	1.48
63373720--63373794	29	2.6	29	81	12	82	28	0	24	48	1.52
63373699--63373806	36	3.0	36	80	11	105	25	0	25	48	1.52
63373592--63373801	21	9.8	21	69	18	87	23	0	25	50	1.49
63373814--63373880	21	3.1	21	82	6	82	17	0	31	50	1.47
63373888--63374061	22	8.0	21	72	16	106	19	0	27	53	1.45
63373888--63373950	21	3.0	20	83	6	72	14	0	31	53	1.41
63373883--63374001	42	2.8	43	77	13	120	18	0	27	53	1.44
63373981--63374072	22	4.2	21	68	18	62	22	0	25	52	1.48
63374043--63374119	33	2.3	34	80	15	97	28	0	27	44	1.55
63374114--63374266	7	21.1	7	68	11	67	23	0	28	47	1.52
63374116--63374162	22	2.1	23	88	4	69	14	0	29	55	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63374122--63374284	22	7.5	22	66	23	76	25	0	26	47	1.52
63374209--63374263	15	3.7	15	75	4	58	25	0	27	47	1.52
63374233--63374290	21	2.8	21	84	7	73	29	0	25	44	1.54
63374293--63374360	21	3.2	22	80	12	79	19	0	29	51	1.47
63374047--63374311	36	7.6	34	69	16	100	26	0	27	46	1.53
63374329--63374432	29	3.6	27	75	16	84	24	0	25	50	1.56
63374295--63374368	22	3.4	22	70	20	66	18	0	27	54	1.44
63374325--63374403	36	2.3	35	80	10	90	20	0	24	55	1.43
63374322--63374476	58	2.7	57	79	10	154	26	1	22	49	1.57
63374385--63374457	29	2.5	29	86	0	92	30	2	24	42	1.69

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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