genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.216.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65144075--65144109	18	2.0	17	88	5	52	60	0	0	40	0.97
65144150--65144196	17	2.9	16	78	18	53	46	2	6	44	1.40
65144169--65144202	17	2.0	17	94	0	59	50	0	5	44	1.26
65152035--65152434	210	1.9	210	86	2	579	30	20	16	32	1.94
65162404--65162469	3	22.3	3	81	6	64	62	3	1	33	1.20
65162468--65162529	3	20.7	3	93	6	108	33	0	0	66	0.92
65166189--65166577	210	1.9	210	86	1	564	31	22	14	32	1.93
65167569--65167653	42	2.0	42	100	0	170	44	15	4	35	1.67
65176796--65176839	23	2.0	23	82	8	56	61	9	0	29	1.27
65182643--65182698	25	2.2	25	81	12	62	57	3	7	32	1.43
65186141--65186345	91	2.3	89	81	6	252	40	19	7	32	1.80
65186361--65186400	19	2.2	19	86	4	55	52	2	5	40	1.37
65186408--65186511	10	10.7	10	67	10	63	66	1	2	28	1.17
65188246--65188288	17	2.6	16	81	7	50	65	4	0	30	1.13
65189447--65189542	8	12.4	7	70	24	52	63	3	4	29	1.28
65189472--65189533	17	3.7	17	79	10	65	66	1	3	29	1.17
65189462--65189540	34	2.3	35	76	8	90	65	1	3	29	1.17
65191494--65191550	18	3.4	18	81	18	86	28	5	0	66	1.13
65191508--65191535	14	2.0	14	100	0	56	21	7	0	71	1.09
65194636--65194729	47	2.0	47	95	0	170	27	19	21	31	1.97
65201682--65201742	23	2.7	22	82	10	61	11	9	6	72	1.29
65203356--65203392	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65203446--65203476	9	3.4	9	90	0	53	38	22	12	25	1.90
65208809--65208938	65	2.0	65	96	0	242	12	16	27	43	1.84
65213003--65213027	13	1.9	13	100	0	50	80	20	0	0	0.72
65223483--65223527	22	2.0	22	82	8	54	48	11	0	40	1.39
65237619--65237652	17	1.9	17	88	5	50	2	29	0	67	1.05
65240771--65240836	25	2.6	25	100	0	132	46	9	0	43	1.35
65241812--65241871	28	2.1	28	81	0	66	21	1	30	46	1.61
65241824--65241877	14	3.9	14	77	0	54	18	1	33	46	1.60
65241925--65242026	7	14.7	7	75	10	75	15	0	34	49	1.52
65241959--65241990	15	2.1	15	94	0	55	12	0	34	53	1.39
65241925--65242024	49	2.0	49	83	7	123	15	1	34	50	1.51
65241925--65242026	34	3.2	33	75	13	104	15	0	34	49	1.52
65241865--65242178	156	2.1	150	91	4	506	19	5	26	49	1.69
65242074--65242264	7	27.0	7	70	13	88	19	1	35	43	1.60
65242663--65242740	41	2.0	39	87	7	113	55	5	3	35	1.40
65242838--65243236	125	3.2	124	83	3	482	33	16	19	30	1.94
65246155--65246184	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
65247898--65247949	27	1.9	27	100	0	104	34	11	11	42	1.77
65255473--65255557	24	3.3	24	68	17	71	27	0	23	49	1.50
65255457--65255625	54	2.9	54	81	14	203	30	1	21	46	1.62
65255509--65255677	65	2.6	65	88	1	250	28	1	25	43	1.65
65258708--65258741	17	1.9	17	88	5	50	2	29	0	67	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65260053--65260091	17	2.3	17	86	0	51	25	5	7	61	1.44
65274157--65274199	21	2.0	21	86	8	61	34	0	6	58	1.25
65274487--65274532	16	2.9	16	90	0	65	28	21	6	43	1.77
65285255--65285299	18	2.5	18	96	0	81	48	11	0	40	1.39
65285259--65285299	9	4.6	9	81	0	55	46	12	0	41	1.41
65285482--65285516	9	3.9	9	84	0	52	51	5	0	42	1.25
65285481--65285531	18	2.8	18	90	0	75	45	13	0	41	1.44
65285528--65285565	13	3.0	13	84	3	51	44	2	0	52	1.14
65285255--65285684	232	1.9	232	96	1	799	45	13	1	40	1.53
65285661--65286047	9	42.9	9	78	9	380	47	17	0	34	1.51
65285255--65285748	232	2.1	232	89	4	725	45	13	1	39	1.53
65287562--65287616	9	6.1	9	82	0	74	49	10	0	40	1.38
65287562--65287616	18	3.1	18	94	0	92	49	10	0	40	1.38
65287549--65287614	27	2.4	27	87	2	87	46	12	1	39	1.50
65287638--65287671	17	1.9	18	88	5	52	38	5	0	55	1.24
65287826--65287859	17	1.9	18	88	5	52	55	0	5	38	1.24
65287883--65287933	9	5.7	9	83	0	66	35	1	15	47	1.57
65287881--65287939	18	3.2	18	85	2	82	37	1	13	47	1.53
65290283--65290334	24	2.2	24	89	0	77	55	9	1	32	1.43
65290520--65290574	9	6.1	9	82	0	74	40	0	10	49	1.38
65290520--65290574	18	3.1	18	94	0	92	40	0	10	49	1.38
65290522--65290587	27	2.4	27	87	2	87	39	1	12	46	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65290702--65290736	9	3.9	9	84	0	52	37	0	14	48	1.44
65290700--65290744	18	2.5	18	96	0	81	40	0	11	48	1.39
65293904--65293941	14	2.5	15	87	12	60	52	26	0	21	1.47
65302260--65302313	26	2.1	26	96	0	99	25	7	20	46	1.77
65307058--65307146	18	4.9	18	87	0	115	30	22	14	32	1.94
65307057--65307146	36	2.5	36	87	0	135	30	22	14	33	1.93
65325315--65325361	12	3.9	12	76	17	53	23	6	0	70	1.10
65325298--65325353	17	3.4	17	83	11	64	19	5	0	75	1.00
65325297--65325353	22	2.6	21	76	15	62	19	5	0	75	0.99
65326211--65326401	103	1.9	101	85	8	269	25	17	26	30	1.97
65326390--65326446	19	3.1	18	78	14	62	77	3	0	19	0.92
65326390--65326446	6	9.2	6	81	7	60	77	3	0	19	0.92
65326390--65326446	25	2.3	25	81	6	71	77	3	0	19	0.92
65326392--65326449	13	4.5	13	77	12	57	77	3	0	18	0.91
65336211--65336246	18	1.9	19	94	5	65	16	5	11	66	1.40
65336211--65336253	18	2.3	18	88	4	59	20	4	9	65	1.40
65340617--65340650	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
65345256--65345289	17	2.0	17	94	0	59	44	50	0	5	1.26
65346700--65346726	6	4.5	6	100	0	54	33	0	29	37	1.58
65351247--65351289	21	2.0	21	95	0	77	18	16	23	41	1.89
65351608--65351635	9	3.1	9	100	0	56	21	0	0	78	0.75
65354326--65354480	41	3.8	41	77	8	129	16	16	28	39	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65354326--65354480	82	1.9	82	81	10	192	16	16	28	39	1.89
65354323--65354495	82	2.1	81	77	13	176	18	17	28	35	1.93
65355104--65355160	7	7.9	7	73	7	51	17	0	49	33	1.47
65355082--65355160	22	3.7	21	86	8	106	18	0	46	34	1.50
65356666--65356711	22	2.0	22	91	8	74	34	41	0	23	1.55
65357699--65357758	31	1.9	32	86	3	86	38	11	13	36	1.81
65361421--65361454	11	3.1	11	91	8	52	35	0	0	64	0.94
65361566--65361628	30	2.1	30	96	0	117	58	11	3	26	1.47
65368336--65368381	24	1.9	24	86	0	65	56	2	8	32	1.42
65368635--65368696	25	2.5	25	84	5	81	58	3	6	32	1.40
65368683--65368765	22	3.7	23	80	7	98	53	0	6	40	1.26
65368635--65368766	46	2.8	47	79	6	133	55	1	6	37	1.34
65377619--65377721	54	1.9	54	87	0	152	30	22	19	28	1.98
65382164--65382270	52	2.1	52	96	0	196	36	17	11	34	1.86
65382915--65383130	108	2.0	108	97	0	405	26	14	20	37	1.92
65384447--65384493	20	2.3	20	89	7	69	29	0	4	65	1.11
65385216--65385250	18	1.9	18	94	0	61	11	8	0	80	0.92
65385300--65385359	20	3.0	21	72	22	65	41	0	0	58	0.98
65392276--65392322	21	2.2	22	92	3	78	21	19	38	21	1.94
65399759--65399866	57	1.9	57	82	3	137	37	5	15	41	1.71
65427609--65427658	23	2.3	22	80	12	59	40	2	2	56	1.22
65428351--65428384	17	2.0	17	88	11	52	41	0	2	55	1.15
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65432706--65432758	23	2.3	23	96	0	97	26	24	1	47	1.62
65432699--65432760	23	2.4	26	74	20	67	25	25	3	45	1.69
65433132--65433361	46	5.0	46	96	0	408	30	21	15	33	1.94
65438023--65438061	21	1.9	20	84	5	51	53	5	2	38	1.37
65440498--65440667	40	4.3	40	85	0	207	24	28	21	24	1.99
65440540--65440720	80	2.3	80	81	3	195	24	28	22	24	2.00
65453440--65453521	28	3.0	27	74	13	78	34	8	2	54	1.44
65454420--65454457	20	2.0	20	89	5	60	44	0	2	52	1.14
65454421--65454466	19	2.3	20	85	3	58	47	0	2	50	1.13
65454808--65454854	24	2.0	25	87	8	71	48	0	6	44	1.28

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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