genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.3.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
999626--999689	32	2.0	32	87	6	94	7	15	20	56	1.64
999639--1000067	218	2.0	218	94	0	750	24	16	16	42	1.88
1007349--1007373	13	1.9	13	100	0	50	32	8	20	40	1.81
1008035--1008060	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
1028343--1028400	31	1.9	30	82	3	71	41	18	12	27	1.86
1032720--1032763	19	2.4	18	77	7	52	47	0	2	50	1.13
1037321--1037370	25	2.0	25	100	0	100	24	16	8	52	1.70
1061027--1061092	33	2.0	33	100	0	132	42	12	15	30	1.83
1061028--1061082	17	3.3	17	72	23	62	40	10	12	36	1.79
1063916--1063943	10	2.8	10	100	0	56	50	10	0	39	1.37
1067637--1067674	14	2.6	15	83	8	51	68	2	0	28	1.03
1070731--1070790	24	2.5	24	84	7	70	56	3	1	38	1.26
1076805--1076847	22	2.0	22	86	9	61	37	0	20	41	1.53
1077936--1077980	17	2.6	17	85	3	63	35	2	0	62	1.08
1077946--1078015	33	2.2	31	80	10	79	34	1	1	62	1.13
1080693--1080788	47	2.0	47	100	0	192	27	9	8	55	1.60
1081453--1081519	22	2.9	23	75	16	57	41	19	17	20	1.90
1081453--1081494	22	1.9	22	85	9	59	42	19	19	19	1.89
1081475--1081532	25	2.3	25	81	0	71	43	17	18	20	1.89
1085105--1085156	18	2.8	19	85	5	54	50	0	1	48	1.12
1088794--1088840	19	2.5	19	80	13	53	74	6	4	14	1.17
1089086--1089144	20	3.1	20	77	15	54	47	0	8	44	1.33
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1089109--1089148	19	2.1	19	86	9	55	55	0	5	40	1.22
1090388--1090417	15	1.9	16	93	6	53	6	0	46	46	1.29
1090972--1091133	87	1.9	87	85	2	227	25	24	20	29	1.99
1090984--1091352	44	8.5	43	72	12	213	27	21	20	31	1.98
1103581--1103641	20	3.1	20	77	9	54	47	0	8	44	1.33
1103594--1103641	16	3.0	16	82	8	53	52	0	6	41	1.27
1103595--1103645	20	2.6	21	81	9	63	54	0	3	41	1.19
1104875--1104904	15	1.9	16	93	6	53	6	0	46	46	1.29
1106432--1106474	22	1.9	22	85	4	59	48	0	2	48	1.14
1118626--1118666	20	2.1	20	86	13	59	39	9	0	51	1.35
1120082--1120133	25	2.1	25	82	3	61	26	13	9	50	1.72
1128226--1128265	21	2.0	20	95	5	71	20	2	20	57	1.52
1128226--1128267	9	4.3	9	83	16	57	19	2	21	57	1.52
1134298--1134335	20	1.9	20	89	10	60	42	2	0	55	1.14
1177446--1177488	19	2.3	19	80	19	54	23	11	0	65	1.25
1183631--1183676	19	2.4	19	85	7	58	34	0	6	58	1.24
1199931--1199996	30	2.2	30	78	7	73	59	4	4	31	1.38
1205002--1205047	23	2.0	24	86	4	67	39	4	4	52	1.41
1221214--1221300	9	10.4	8	72	16	52	65	2	4	27	1.24
1221205--1221300	17	5.6	17	72	10	63	65	2	5	27	1.25
1221643--1221834	88	2.2	87	83	3	233	30	6	22	40	1.79
1221752--1221945	92	2.1	93	86	5	268	29	6	20	44	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1226043--1226094	19	2.7	21	77	16	60	32	7	1	57	1.38
1238322--1238428	33	3.2	33	85	0	133	14	16	45	22	1.84
1238737--1238772	13	2.7	14	87	12	58	30	5	0	63	1.17
1238737--1238778	13	3.1	14	83	10	52	28	4	0	66	1.12
1238892--1238923	12	2.8	12	95	4	57	71	9	18	0	1.12
1238946--1239040	5	17.6	5	75	14	73	17	21	0	61	1.35
1238945--1239040	17	5.9	16	72	9	70	17	20	0	61	1.35
1239050--1239098	21	2.2	22	80	16	57	22	10	0	67	1.20
1241024--1241205	91	2.0	91	100	0	364	28	17	10	42	1.83
1242060--1242125	12	5.7	12	94	3	109	59	7	18	15	1.59
1242058--1242119	11	5.5	11	92	7	106	58	8	16	17	1.62
1242060--1242131	23	3.1	23	82	7	92	62	6	16	13	1.52
1244744--1244887	50	2.9	50	78	7	148	21	27	17	34	1.96
1249723--1249785	8	8.1	8	76	16	53	79	0	1	19	0.82
1249717--1249767	26	2.0	25	88	7	75	70	0	1	27	0.98
1249750--1249785	7	5.1	7	90	9	56	86	0	0	13	0.58
1249722--1249787	32	2.1	32	82	5	80	77	0	1	21	0.85
1253643--1253697	24	2.4	22	75	19	58	63	3	0	32	1.12
1263035--1263079	16	2.8	17	80	10	58	62	6	2	28	1.33
1269225--1269431	112	1.8	113	86	5	303	23	25	26	24	2.00
1270059--1270154	31	3.1	31	90	3	156	31	10	14	43	1.79
1277950--1277990	12	3.4	12	86	0	55	53	4	0	41	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1278713--1278752	19	2.2	19	90	4	64	15	12	0	72	1.12
1278904--1278955	5	10.0	5	75	8	50	55	3	0	40	1.18
1278902--1278956	27	2.0	27	89	0	83	52	3	0	43	1.18
1278903--1278958	17	3.4	17	76	16	64	55	3	0	41	1.17
1279320--1279370	20	2.5	20	84	6	68	60	7	0	31	1.25
1280913--1280948	6	6.0	6	93	0	63	33	0	2	63	1.08
1280913--1280947	18	1.9	18	100	0	70	34	0	2	62	1.10
1283948--1284005	27	2.2	27	93	3	100	12	24	10	53	1.68
1284652--1284694	21	2.0	21	95	0	77	23	13	25	37	1.92
1287049--1287103	28	1.9	29	85	3	76	45	1	0	52	1.11
1287049--1287110	28	2.1	29	82	5	72	43	3	0	53	1.17
1288236--1288261	13	2.0	13	100	0	52	76	7	0	15	0.99
1295644--1295684	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
1310935--1310978	15	3.1	14	83	12	54	34	4	0	61	1.16
1316336--1317000	236	2.8	232	82	5	736	40	19	16	22	1.91
1317725--1317770	12	3.8	13	77	13	53	80	2	6	10	0.98
1326071--1326097	10	2.7	10	100	0	54	55	0	0	44	0.99
1326897--1326926	12	2.6	11	90	10	51	53	0	3	43	1.17
1328019--1328061	18	2.4	18	85	11	54	62	0	0	37	0.95
1328025--1328062	15	2.4	17	82	8	53	63	0	0	36	0.95
1328475--1328602	26	5.2	26	83	12	180	38	4	22	34	1.75
1328477--1328633	71	2.2	71	100	0	314	38	5	21	34	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1328476--1328633	45	3.3	46	74	19	148	39	5	20	34	1.77
1333331--1333494	43	3.9	41	79	9	161	30	16	25	28	1.97
1338406--1338438	11	2.9	11	95	4	57	21	33	0	45	1.52
1343800--1343842	14	3.0	15	80	10	54	34	6	16	41	1.75
1343823--1343862	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
1344797--1344861	31	2.0	32	88	5	96	36	3	46	13	1.60
1348631--1348671	18	2.3	18	91	0	64	29	19	31	19	1.96
1348639--1348680	18	2.3	18	91	0	66	28	14	33	23	1.94
1357123--1357163	18	2.3	18	86	0	55	29	17	34	19	1.94
1357131--1357193	18	3.5	18	76	8	56	26	14	41	17	1.88
1365813--1365863	17	3.1	16	75	10	50	47	0	1	50	1.12
1367847--1367919	4	18.0	4	76	16	62	2	21	2	72	1.10
1367847--1367921	14	5.0	15	70	27	52	2	21	2	73	1.08
1367859--1367921	33	2.0	31	87	6	90	3	19	3	74	1.09
1367848--1367919	37	1.9	38	85	2	101	2	20	2	73	1.08
1369099--1369125	14	1.9	14	100	0	54	37	0	0	62	0.95
1375249--1375314	29	2.2	29	78	7	71	45	13	4	36	1.64
1378996--1379028	16	2.1	16	94	0	57	24	27	0	48	1.51
1388578--1388620	18	2.3	18	80	4	50	62	2	0	34	1.08
1388794--1388825	16	2.0	16	93	0	55	46	6	0	46	1.27
1393406--1393442	17	2.1	18	85	14	51	75	0	21	2	0.92
1399959--1400029	29	2.4	28	80	17	74	46	5	8	39	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1408095--1408123	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
1408093--1408188	38	2.5	40	80	10	110	52	9	4	34	1.53
1416880--1416932	25	2.0	27	85	7	74	52	1	0	45	1.11
1421652--1421710	19	2.9	19	73	9	55	50	6	3	38	1.45
1434290--1434331	20	2.1	20	86	8	59	59	4	0	35	1.19
1435059--1435083	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
1447328--1447370	19	2.3	19	80	19	54	23	11	0	65	1.25
1453521--1453563	19	2.3	19	84	8	52	32	0	6	60	1.23
1484303--1484336	16	2.1	16	88	0	50	70	0	0	29	0.87
1491049--1491111	27	2.3	27	83	13	83	55	1	0	42	1.09

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