genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.51.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17341793--17342616	141	6.0	140	82	7	909	31	23	19	26	1.98
17341667--17342593	266	3.4	267	81	7	1034	31	22	18	26	1.97
17344137--17344165	13	2.3	13	94	5	51	58	0	3	37	1.15
17345452--17345494	17	2.6	16	82	7	59	32	0	2	65	1.06
17345465--17345511	22	2.1	22	84	11	60	36	2	2	59	1.21
17345964--17346003	21	2.0	20	85	5	53	65	2	0	32	1.06
17346588--17346653	14	4.5	15	77	9	73	56	0	0	43	0.99
17346579--17346653	28	2.6	29	83	14	100	56	0	0	44	0.99
17346828--17346886	19	3.2	18	75	17	59	54	1	6	37	1.37
17350034--17350128	46	2.1	46	91	0	154	40	24	14	21	1.90
17352355--17352662	167	1.8	167	90	0	499	34	20	6	38	1.79
17358171--17358254	42	2.0	42	85	0	114	23	39	16	20	1.92
17361827--17361937	55	2.0	56	85	1	152	45	5	19	29	1.73
17362286--17362310	13	1.9	13	100	0	50	48	20	0	32	1.50
17363833--17364849	307	3.3	301	90	4	1494	52	6	9	31	1.59
17364846--17365073	76	2.9	76	89	8	366	40	10	9	39	1.71
17366958--17367503	272	2.0	271	95	0	984	28	22	18	31	1.97
17368232--17368324	37	2.5	38	83	10	104	53	11	5	29	1.59
17368313--17368357	23	2.0	23	82	8	56	57	15	2	24	1.49
17368335--17368449	42	2.8	40	76	17	119	46	12	4	36	1.61
17368672--17368718	3	16.3	3	82	4	53	0	29	0	70	0.88
17369288--17369355	30	2.3	30	82	12	86	29	8	22	39	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17375691--17375737	17	2.7	17	77	9	51	38	0	4	57	1.18
17375728--17375790	17	3.7	16	79	12	63	60	1	0	38	1.07
17375922--17375981	16	3.2	19	70	18	54	26	3	1	68	1.15
17375919--17375987	37	1.9	34	83	13	86	27	2	1	68	1.13
17378544--17378583	19	2.2	18	90	4	62	55	0	2	42	1.13
17385803--17385850	25	2.0	24	87	4	69	29	6	2	62	1.31
17389024--17389054	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
17389108--17389144	9	4.1	9	85	0	56	45	10	10	32	1.74
17389357--17389415	30	2.0	31	86	6	86	20	35	0	44	1.52
17393629--17393684	29	1.9	29	82	7	69	57	10	3	28	1.49
17394376--17394684	46	7.2	46	82	14	381	28	21	15	34	1.93
17394494--17394648	36	4.0	36	81	15	184	28	20	13	37	1.91
17394450--17394684	82	2.9	82	95	0	407	28	21	13	36	1.91
17394362--17394684	128	2.5	133	80	14	392	28	21	14	35	1.93
17400733--17400761	14	2.1	14	100	0	58	58	0	27	13	1.36
17404564--17404672	57	1.9	57	90	3	175	29	21	27	22	1.99
17410503--17410542	20	1.9	21	85	10	55	22	22	0	55	1.44
17418182--17418246	22	3.0	22	84	10	80	56	4	1	36	1.29
17424269--17424363	27	3.7	27	75	16	103	29	14	15	40	1.88
17424270--17424361	48	1.9	48	90	0	148	29	15	16	39	1.89
17424317--17424370	27	2.0	27	88	0	81	27	18	20	33	1.96
17425105--17425153	22	2.3	22	86	10	66	44	10	12	32	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17426873--17426911	20	2.0	20	90	5	62	61	12	0	25	1.31
17427190--17427216	7	3.9	7	100	0	54	85	0	0	14	0.61
17427320--17427396	22	3.4	22	67	19	68	35	2	25	36	1.70
17427315--17427410	46	2.1	46	100	0	192	34	2	22	40	1.66
17431884--17431977	46	2.1	46	95	2	172	32	1	23	42	1.61
17433971--17434055	40	2.0	41	84	6	109	18	35	7	38	1.78
17435882--17435920	20	2.0	20	84	0	51	38	12	25	23	1.90
17436708--17436952	121	2.0	120	90	3	386	31	18	9	40	1.83
17444896--17444952	30	1.9	30	88	0	87	43	1	35	19	1.61
17448428--17448493	12	4.5	15	73	22	50	74	6	15	4	1.18
17448437--17448498	16	4.3	14	75	18	56	72	6	17	3	1.19
17449313--17449446	37	3.4	38	72	11	119	25	14	25	34	1.94
17455257--17455352	30	3.3	29	66	29	78	25	12	12	50	1.75
17455269--17455359	27	3.3	27	66	29	73	23	12	12	52	1.71
17455259--17455372	57	2.0	57	98	0	219	26	12	11	50	1.74
17457009--17457066	28	2.3	24	78	21	66	44	22	6	25	1.77
17457018--17457074	28	2.0	28	100	0	114	45	22	7	24	1.77
17457109--17457293	43	4.3	43	80	4	187	24	14	28	32	1.94
17459362--17459386	7	3.6	7	100	0	50	24	0	60	16	1.36
17461347--17461408	28	2.2	28	91	0	97	41	11	37	9	1.74
17462562--17462600	20	2.0	20	95	5	71	51	2	5	41	1.38
17462652--17462700	14	3.6	14	84	13	66	71	0	18	10	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17462651--17462693	19	2.3	19	100	0	86	67	0	20	11	1.22
17462651--17462707	19	2.9	19	89	7	71	70	1	17	10	1.24
17463898--17463970	21	3.5	22	73	17	73	15	21	26	36	1.93
17467020--17467072	16	3.2	16	94	5	97	24	0	37	37	1.56
17467053--17467143	45	2.0	45	85	2	121	27	6	28	37	1.82
17467308--17467342	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
17467291--17469110	120	15.2	120	97	0	3412	47	5	2	44	1.40
17467669--17467844	53	3.1	53	69	21	167	46	6	1	46	1.35
17467921--17468217	39	7.5	38	65	21	110	46	5	3	45	1.41
17472185--17472293	53	2.1	53	91	0	173	39	16	21	22	1.92
17485647--17485678	6	5.5	6	92	7	57	84	0	0	15	0.63
17502502--17502549	3	16.0	3	100	0	96	66	0	0	33	0.92
17507911--17507935	12	2.1	12	100	0	50	32	8	16	44	1.76
17510959--17510998	18	2.1	19	90	9	64	50	2	0	47	1.14
17510947--17511004	20	2.6	23	74	23	61	50	1	0	48	1.11
17519871--17519895	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
17528399--17528464	26	2.6	26	83	4	91	36	9	10	43	1.71
17528514--17528549	18	2.0	18	88	0	54	61	0	0	38	0.96
17529023--17529087	19	3.6	17	71	15	51	26	6	0	67	1.13
17533207--17533245	20	2.0	20	85	5	53	20	2	10	66	1.33
17533238--17533269	16	2.1	16	94	5	57	59	0	0	40	0.97
17538676--17538802	45	2.8	44	80	10	141	28	21	17	33	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17538864--17539359	262	1.9	262	91	0	823	29	18	20	32	1.96
17546744--17546837	41	2.3	41	94	0	134	28	26	18	26	1.98
17547242--17547452	78	2.8	76	78	9	214	43	18	3	34	1.68
17547247--17547487	76	3.1	76	76	5	173	43	18	4	34	1.69
17550217--17550255	17	2.2	18	90	4	62	69	2	0	28	1.02
17550449--17550506	26	2.3	26	85	5	84	41	3	27	27	1.72
17553151--17553223	29	2.4	30	73	13	78	53	2	2	41	1.29
17556334--17556394	27	2.3	27	86	10	83	14	11	4	68	1.35
17559958--17560018	32	2.0	32	84	12	83	34	8	6	50	1.58
17560026--17560090	14	4.7	14	71	17	64	43	33	3	20	1.67
17560186--17560268	7	12.0	7	71	12	55	44	33	1	20	1.59
17560275--17560338	28	2.3	28	80	0	74	32	3	26	37	1.72
17564709--17564880	42	4.1	42	78	6	145	42	17	20	19	1.89
17564787--17564860	21	3.5	21	69	7	60	45	17	17	18	1.85
17572559--17572747	104	1.8	104	84	5	258	50	8	10	30	1.68
17579965--17580043	40	2.0	40	97	0	149	49	21	10	18	1.77
17583992--17584070	40	2.0	40	94	0	140	18	11	21	48	1.80
17584395--17584460	33	2.0	33	100	0	132	39	0	36	24	1.56
17584502--17584759	115	2.2	115	85	4	333	32	20	19	27	1.97
17584741--17584818	40	2.0	40	84	5	104	28	20	16	34	1.94
17584702--17584955	141	1.8	140	87	0	382	30	20	19	29	1.97
17585057--17585108	21	2.5	21	84	6	61	23	1	21	53	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17585360--17585433	20	3.6	20	76	8	69	28	0	25	45	1.53
17585477--17585519	22	2.0	22	85	0	59	30	4	30	34	1.78
17585379--17585575	7	27.9	7	72	4	81	21	2	30	45	1.64
17586267--17586313	24	2.0	23	95	4	85	19	4	8	68	1.33
17587739--17587812	28	2.6	28	93	2	121	37	5	10	45	1.62
17587740--17587824	28	3.2	25	79	15	84	36	5	11	45	1.65
17588232--17588277	19	2.3	21	85	10	62	41	6	2	50	1.40
17588426--17588654	9	25.9	9	74	15	158	45	16	0	36	1.54
17588426--17588654	17	12.9	18	70	16	158	45	16	0	36	1.54
17588426--17588478	24	2.1	25	86	6	72	50	13	0	35	1.41

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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