genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.4.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1491103--1491142	17	2.3	18	86	4	55	75	2	2	20	1.04
1491092--1491264	55	3.1	55	77	10	149	60	1	6	31	1.32
1491204--1491248	21	2.1	21	84	8	56	57	2	11	28	1.45
1491173--1491249	21	4.0	20	69	17	54	59	1	9	29	1.36
1491579--1491767	86	2.2	85	82	4	218	31	6	23	39	1.80
1491686--1491877	91	2.1	92	86	5	264	29	6	20	43	1.76
1496466--1496517	19	2.7	21	77	16	60	32	7	1	57	1.38
1511659--1511840	101	1.8	100	80	7	224	41	18	6	33	1.77
1516446--1516471	12	2.2	12	100	0	52	53	7	30	7	1.57
1529841--1530085	121	2.0	122	99	0	483	29	25	17	27	1.98
1533577--1533630	27	2.0	27	92	0	90	51	7	0	40	1.30
1533682--1533787	27	3.9	27	89	0	158	29	21	32	16	1.96
1534104--1534167	19	3.4	19	78	4	85	35	10	1	51	1.47
1534395--1534490	37	2.6	37	96	0	174	47	0	14	37	1.44
1534395--1534490	19	5.2	19	79	5	115	47	0	14	37	1.44
1535063--1535114	27	1.9	27	92	0	86	13	30	23	32	1.93
1535065--1535123	27	2.2	27	84	0	73	13	27	27	32	1.94
1535174--1535237	27	2.4	27	91	0	110	48	0	9	42	1.35
1536690--1536739	14	3.6	14	74	15	50	68	14	8	10	1.40
1537412--1537450	18	2.2	17	95	4	69	28	2	10	58	1.44
1538661--1538686	7	3.7	7	100	0	52	46	26	11	15	1.80
1541195--1541244	22	2.3	22	96	0	91	38	14	20	28	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1550888--1550914	6	4.5	6	100	0	54	29	37	33	0	1.58
1551178--1551215	20	1.9	20	88	0	58	34	2	2	60	1.24
1555255--1555305	14	3.6	14	82	10	59	66	0	0	33	0.92
1555260--1555327	34	2.0	34	86	11	95	61	2	0	35	1.11
1561415--1561459	15	2.9	16	79	20	51	60	0	0	40	0.97
1564480--1564541	31	2.0	31	81	12	74	37	4	9	48	1.57
1584269--1584327	24	2.5	24	78	10	75	30	22	27	20	1.98
1584409--1584487	24	3.3	24	85	0	104	27	22	36	12	1.91
1584551--1584630	24	3.3	24	75	6	81	30	25	28	16	1.96
1584712--1584897	24	7.8	24	82	0	201	28	23	33	13	1.93
1584712--1584897	72	2.6	72	81	3	248	28	23	33	13	1.93
1587131--1587209	17	4.8	17	77	10	83	43	3	3	49	1.38
1593618--1593677	23	2.9	20	75	15	50	73	1	1	23	1.01
1593808--1593847	20	2.0	21	95	5	73	32	40	10	17	1.83
1598277--1598323	24	1.9	25	83	12	62	57	6	8	27	1.53
1601934--1601973	19	2.0	19	85	9	53	37	5	0	57	1.21
1601955--1602063	56	2.0	55	92	1	182	49	9	0	40	1.41
1602359--1602394	16	2.2	17	90	5	56	52	0	2	44	1.15
1614294--1614328	11	3.2	11	95	0	61	17	5	25	51	1.67
1614307--1614354	9	5.2	9	85	10	62	20	10	29	39	1.86
1614319--1614353	17	2.1	17	94	0	61	22	11	31	34	1.90
1615863--1615903	21	2.0	21	85	0	55	9	34	0	56	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1616151--1616212	29	2.1	29	82	5	81	37	17	4	40	1.71
1616583--1616654	11	6.9	11	74	16	64	80	0	19	0	0.71
1616594--1616653	16	3.6	17	77	6	61	81	0	18	0	0.69
1616589--1616660	28	2.6	26	81	12	90	83	0	16	0	0.65
1616810--1616870	24	2.5	25	86	5	88	29	40	24	4	1.76
1616960--1616992	8	3.9	9	84	15	52	81	0	18	0	0.68
1616961--1617014	7	7.3	7	82	14	56	81	0	18	0	0.69
1616960--1617013	16	3.5	16	87	7	85	81	0	18	0	0.69
1616971--1617014	21	2.1	21	91	0	70	81	0	18	0	0.68
1616958--1617011	9	6.9	8	76	19	60	81	0	18	0	0.69
1617401--1617492	41	2.3	39	81	9	96	40	9	8	41	1.69
1617448--1617498	22	2.4	21	87	6	75	45	7	5	41	1.57
1617459--1617508	22	2.3	22	89	6	75	36	10	8	46	1.67
1617474--1617581	35	2.9	37	79	18	118	31	8	10	50	1.66
1617548--1617604	21	2.8	20	80	17	71	35	10	8	45	1.70
1623695--1623738	23	2.0	22	90	4	70	45	4	6	43	1.51
1634251--1634321	30	2.5	28	78	14	81	61	4	1	32	1.23
1634239--1634321	9	8.6	10	78	12	68	60	3	1	34	1.22
1639101--1639237	69	2.0	69	97	0	256	51	5	8	34	1.57
1639711--1639753	3	14.3	3	90	0	68	34	37	0	27	1.57
1646835--1646859	6	4.2	6	100	0	50	0	52	0	48	1.00
1652719--1652811	18	5.2	18	90	0	150	32	17	23	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1652719--1652811	36	2.6	36	96	0	168	32	17	23	26	1.96
1658660--1658728	32	2.1	33	94	2	122	30	10	14	44	1.78
1662960--1662999	16	2.5	16	84	8	55	42	0	2	55	1.13
1662986--1663036	26	2.0	26	96	0	93	60	1	0	37	1.08
1663645--1663679	14	2.3	16	90	9	56	40	0	0	60	0.97
1670845--1670871	14	1.9	14	100	0	54	62	0	0	37	0.95
1675149--1675277	40	3.3	39	70	11	102	24	17	26	31	1.97
1676958--1677073	60	2.0	58	82	3	142	41	10	11	37	1.75
1677780--1677804	6	4.2	6	100	0	50	0	52	48	0	1.00
1679876--1679977	41	2.5	41	85	3	125	40	20	13	25	1.89
1683312--1683345	17	1.9	18	88	5	52	58	2	0	38	1.13
1684607--1684644	16	2.3	17	81	9	51	2	31	0	65	1.06
1691165--1691208	21	2.2	20	84	8	54	63	4	4	27	1.33
1693005--1693036	13	2.4	14	85	15	50	62	6	0	31	1.20
1695233--1695353	44	2.7	45	83	3	154	36	13	22	28	1.91
1701593--1701726	44	3.0	45	83	4	162	35	13	23	27	1.93
1706496--1706948	150	3.0	150	96	0	818	31	11	29	26	1.92
1713149--1713173	10	2.5	10	100	0	50	8	0	0	92	0.40
1713145--1713180	18	2.0	18	88	0	54	16	0	0	83	0.65
1716546--1716586	21	2.0	20	85	9	55	14	19	21	43	1.87
1724511--1724835	162	2.0	162	96	0	596	32	24	16	27	1.96
1735765--1735790	11	2.4	11	100	0	52	38	0	0	61	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1735752--1735803	18	2.8	18	77	11	52	34	1	0	63	1.06
1741461--1741501	21	2.0	21	95	0	73	31	21	26	19	1.97
1744288--1744321	18	1.9	18	88	5	52	41	0	8	50	1.34
1745010--1745052	22	2.0	22	85	0	59	6	16	11	65	1.46
1746093--1746128	18	1.9	19	88	5	56	75	2	0	22	0.94
1750249--1750314	33	2.0	33	93	0	114	27	10	34	27	1.90
1768547--1768571	8	3.1	8	100	0	50	84	0	0	16	0.63
1774737--1774805	33	2.1	33	100	0	138	23	23	21	31	1.98
1779959--1779992	17	2.1	17	88	5	52	26	2	2	67	1.19
1783836--1783860	12	2.1	12	100	0	50	44	0	0	56	0.99
1783947--1784167	110	2.0	110	98	0	424	31	13	14	41	1.83
1794462--1794529	33	2.1	33	91	0	109	29	23	16	30	1.96
1797464--1797499	18	2.0	18	100	0	72	27	22	16	33	1.95
1799310--1799360	15	3.4	15	94	0	93	29	37	27	5	1.80
1802748--1802779	3	10.7	3	93	0	55	65	31	3	0	1.08
1817073--1817435	124	2.9	123	84	5	464	31	16	19	32	1.94
1820543--1820775	44	5.2	44	79	9	256	25	3	25	45	1.69
1820560--1820891	23	14.8	23	77	11	305	25	4	24	45	1.72
1820564--1820894	44	7.4	45	81	5	223	25	4	24	45	1.72
1820699--1820842	67	2.1	67	92	0	243	25	5	25	43	1.76
1820587--1820887	111	2.7	110	87	5	410	25	3	25	45	1.70
1820893--1821060	25	6.9	25	77	14	181	42	16	0	40	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1821486--1821523	18	2.1	18	90	0	58	39	5	31	23	1.77
1822174--1822205	7	4.6	7	96	0	55	62	12	0	25	1.30
1822168--1822205	14	2.7	14	87	0	58	60	13	0	26	1.33
1822348--1822385	20	1.9	20	89	10	60	55	5	2	36	1.37
1823320--1823443	51	2.4	51	88	5	180	45	0	24	29	1.59
1823419--1823469	11	4.6	11	87	4	68	49	0	31	19	1.49
1823419--1823469	22	2.3	22	93	6	86	49	0	31	19	1.49
1823426--1823470	11	4.0	11	91	2	72	53	0	28	17	1.44
1837301--1837347	24	1.9	25	91	4	78	25	6	19	48	1.72
1837713--1837742	14	2.1	14	100	0	60	56	13	0	30	1.37

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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