genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.7.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2786459--2786496	18	2.1	18	90	0	58	13	36	5	44	1.66
2793118--2793168	21	2.6	19	74	20	59	43	0	3	52	1.19
2793214--2793262	13	3.7	13	81	5	62	38	0	0	61	0.96
2793232--2793280	19	2.9	18	80	20	61	38	0	2	59	1.09
2793191--2793292	14	7.1	14	73	12	57	41	0	0	57	1.05
2793357--2793542	89	2.1	89	95	1	338	31	10	9	48	1.69
2798270--2798598	87	3.8	84	78	8	254	44	15	24	14	1.85
2798243--2798821	45	13.2	45	77	9	466	42	15	26	14	1.86
2798310--2798553	126	1.9	126	83	6	316	45	14	23	15	1.83
2798262--2798821	132	4.3	133	78	9	458	42	15	26	15	1.86
2807031--2807229	104	1.9	106	85	5	278	53	8	6	32	1.54
2808765--2808813	22	2.3	22	82	10	66	40	0	2	57	1.10
2814261--2814322	23	2.7	23	73	12	63	46	1	6	45	1.38
2814290--2814336	18	2.6	18	86	3	58	51	0	2	46	1.13
2814403--2814437	17	2.1	16	89	5	52	54	8	2	34	1.46
2819083--2819112	13	2.3	13	94	0	51	30	13	6	50	1.67
2821237--2821289	16	3.3	15	82	12	61	54	1	5	37	1.35
2827466--2827508	21	2.0	21	82	8	52	55	9	4	30	1.52
2833115--2833321	95	2.1	101	93	6	363	41	2	8	48	1.46
2838088--2838284	101	2.0	101	90	0	313	36	3	10	49	1.55
2841288--2841429	72	2.0	71	90	1	221	33	16	19	31	1.93
2842242--2842375	72	1.9	72	85	6	191	32	18	17	31	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2851063--2851102	19	2.0	21	85	9	57	30	10	2	57	1.45
2865223--2865297	23	3.6	23	62	23	56	28	1	5	65	1.22
2868615--2868640	12	2.2	12	100	0	52	0	57	0	42	0.98
2876610--2876648	17	2.3	17	86	8	53	30	0	20	48	1.50
2876786--2876833	21	2.4	21	89	6	73	12	18	18	50	1.78
2882009--2882079	32	2.2	32	80	11	83	64	1	2	30	1.16
2887720--2887798	34	2.2	36	93	6	144	51	5	5	37	1.46
2891175--2891214	19	2.0	20	85	9	55	50	5	0	45	1.23
2891541--2891591	23	2.2	24	82	10	61	37	7	3	50	1.50
2896259--2896559	153	2.0	152	84	5	394	46	5	5	42	1.51
2897762--2897832	30	2.4	30	85	4	90	22	8	9	59	1.56
2897824--2897865	16	2.7	16	79	13	52	23	0	2	73	0.94
2898030--2898064	17	2.1	17	94	0	61	74	5	5	14	1.19
2898042--2898517	147	3.1	157	83	11	620	55	9	6	28	1.57
2899225--2899259	3	11.7	3	100	0	70	65	0	0	34	0.93
2899268--2899408	76	1.9	76	86	3	203	49	13	7	29	1.68
2900012--2900051	16	2.5	16	80	12	55	45	2	0	52	1.14
2900037--2900072	19	1.9	19	88	5	56	61	2	0	36	1.11
2901073--2901124	22	2.3	22	83	3	68	40	5	3	50	1.45
2902802--2902855	22	2.5	22	78	6	56	53	3	1	40	1.29
2902795--2902856	28	2.2	28	82	8	72	51	3	3	41	1.34
2907621--2907674	15	3.6	15	81	16	67	42	0	3	53	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2907633--2907692	17	3.6	16	72	18	52	48	0	5	46	1.24
2909774--2909810	14	2.6	14	91	8	58	13	13	0	72	1.11
2913320--2913367	18	2.6	19	74	12	55	41	0	0	58	0.98
2913330--2913392	17	3.8	17	68	4	56	33	1	0	65	1.03
2913341--2913427	40	2.2	39	91	2	138	36	2	0	60	1.09
2913398--2913437	21	1.9	21	84	0	53	40	2	0	57	1.12
2917754--2917787	16	2.1	16	88	0	50	26	2	0	70	1.01
2924304--2924350	19	2.3	21	89	7	71	46	0	12	40	1.42
2924596--2924709	46	2.5	46	98	0	219	35	12	22	29	1.91
2924685--2924734	25	2.0	25	100	0	100	36	8	24	32	1.84
2924639--2924940	71	4.0	72	82	13	374	35	12	23	29	1.91
2924841--2925125	46	6.3	46	95	1	486	32	14	22	29	1.94
2924795--2925125	138	2.5	136	90	5	523	33	14	22	29	1.94
2929746--2929903	33	4.7	33	72	25	125	20	18	27	32	1.96
2929822--2929872	27	1.9	26	96	4	93	15	23	31	29	1.95
2929717--2929948	102	2.3	103	90	1	360	21	18	26	32	1.97
2932798--2932866	18	3.8	17	74	20	59	39	1	4	55	1.29
2932829--2932866	18	2.2	18	90	4	60	39	2	2	55	1.28
2932816--2932881	21	3.2	21	77	16	75	39	1	3	56	1.24
2932803--2932880	41	2.0	40	85	10	106	37	1	3	57	1.25
2932848--2932889	21	2.0	21	86	4	59	35	2	2	59	1.23
2932975--2933079	44	2.5	40	78	16	131	35	31	3	29	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2932992--2933081	44	2.0	44	93	2	153	37	31	4	26	1.76
2933061--2933113	16	3.3	16	91	0	88	22	32	5	39	1.78
2935212--2935261	19	2.6	21	78	12	54	56	2	4	38	1.30
2936327--2936647	110	2.9	110	91	0	518	35	17	15	31	1.91
2944271--2944404	60	2.3	61	82	11	163	27	16	13	42	1.85
2946203--2946231	15	2.0	15	93	6	51	37	6	6	48	1.57
2947376--2947672	62	4.9	63	76	7	283	18	17	33	30	1.94
2950455--2950494	21	1.9	21	84	0	53	37	7	5	50	1.53
2959001--2959194	63	3.1	62	82	5	232	19	15	35	30	1.92
2959001--2959287	60	4.7	58	75	12	229	20	17	31	29	1.96
2959001--2959287	123	2.4	120	81	8	325	20	17	31	29	1.96
2966271--2966624	173	2.0	173	99	0	699	25	12	17	44	1.84
2969382--2969426	22	2.0	22	86	4	63	73	0	0	26	0.84
2969382--2969429	23	2.0	23	84	4	60	72	0	0	27	0.84
2969383--2969441	10	5.8	10	78	11	57	72	1	0	25	0.93
2969535--2969599	29	2.1	31	83	8	80	35	1	9	53	1.42
2973114--2973237	59	2.1	58	97	2	239	42	16	14	26	1.86
2975618--2975939	176	1.8	176	86	0	473	27	22	24	25	2.00
2976422--2976505	39	2.2	39	89	4	125	28	1	19	51	1.54
2976788--2976843	14	3.9	14	76	19	53	28	1	32	37	1.68
2976793--2976843	21	2.4	21	86	3	75	29	1	33	35	1.69
2976795--2976843	7	6.9	7	81	11	55	30	2	30	36	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2981194--2981227	12	2.8	12	90	0	50	50	2	2	44	1.32
2981637--2981992	9	40.4	9	75	11	319	46	18	0	34	1.54
2986091--2986140	22	2.4	21	80	9	66	52	4	4	40	1.39
2988193--2988256	28	2.3	28	83	0	83	21	12	29	35	1.91
2994154--2994209	22	2.5	23	82	2	69	51	1	1	44	1.22
2994185--2994224	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
2994213--2994423	68	3.1	68	91	5	315	40	5	8	45	1.58
2994244--2994471	68	3.3	68	87	7	295	37	6	8	47	1.60
2994662--2994808	65	2.6	54	71	22	154	56	4	10	27	1.54
2994786--2994820	15	2.2	15	90	10	52	57	2	0	40	1.14
3013374--3013398	13	1.9	13	100	0	50	64	8	8	20	1.46
3015706--3015749	18	2.4	18	76	0	52	34	13	38	13	1.84
3024967--3024998	6	5.7	6	92	7	50	84	0	15	0	0.63
3024968--3024998	16	1.9	16	100	0	62	83	0	16	0	0.64
3029099--3029283	33	5.6	33	90	0	280	11	24	43	20	1.84
3029259--3029328	33	2.1	33	86	0	95	18	15	44	21	1.87
3029701--3029862	81	2.0	81	87	2	236	22	6	48	23	1.73
3029613--3030399	198	3.9	199	81	7	835	26	7	45	20	1.76
3029900--3030024	39	3.1	39	74	12	119	20	4	52	22	1.66
3029897--3030028	42	3.2	42	78	10	164	21	4	52	21	1.65
3029897--3030062	81	2.0	81	91	0	269	22	5	50	22	1.69
3029897--3030056	42	3.9	42	75	4	146	21	5	50	23	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
3030022--3030471	216	2.1	216	83	1	553	29	8	44	18	1.78
3030477--3030756	84	3.3	85	87	4	347	30	5	43	19	1.74
3030565--3030709	42	3.5	42	67	11	125	28	5	46	19	1.72
3030608--3030740	42	3.2	42	64	12	110	31	5	43	19	1.73
3030607--3030872	84	3.1	83	80	6	239	28	4	46	19	1.71
3030746--3030887	45	3.2	45	87	0	203	28	4	49	17	1.67
3032377--3032488	54	2.1	54	89	0	170	24	19	18	37	1.94
3033127--3033407	93	3.0	93	90	0	463	20	27	15	36	1.93
3033389--3033453	21	3.1	21	84	0	85	23	44	7	24	1.79
3038544--3038626	42	2.0	42	83	9	107	31	9	25	33	1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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