genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.198.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60160916--60160999	33	2.6	32	76	14	91	46	17	9	26	1.79
60160993--60161032	20	2.0	20	95	0	71	45	7	10	37	1.66
60172468--60173268	69	11.6	69	79	4	639	34	24	20	19	1.96
60172468--60173268	138	5.8	138	79	1	737	34	24	20	19	1.96
60172452--60173268	207	3.9	207	80	4	822	34	25	20	19	1.96
60175527--60175581	26	2.0	28	86	6	78	40	5	10	43	1.63
60175781--60175805	3	8.3	3	100	0	50	64	0	0	36	0.94
60183573--60183597	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
60203296--60203335	18	2.2	18	86	8	55	62	5	0	32	1.17
60206099--60206145	21	2.2	22	92	3	78	21	38	19	21	1.94
60210776--60210885	41	2.7	41	80	2	114	28	17	21	32	1.96
60210811--60210896	41	2.1	41	84	4	111	30	17	25	26	1.97
60211894--60211937	6	7.2	6	84	5	61	45	15	20	18	1.85
60211917--60212021	45	2.3	45	81	12	126	42	15	17	24	1.87
60213833--60213938	31	3.4	31	71	12	99	28	10	15	46	1.78
60213827--60213954	63	2.0	63	87	3	186	29	8	14	46	1.75
60214292--60214347	28	2.0	28	100	0	112	39	17	10	32	1.84
60219466--60219518	21	2.5	21	78	6	63	39	7	18	33	1.79
60221339--60221433	40	2.4	40	92	1	156	42	30	16	10	1.82
60222034--60222076	22	2.0	21	81	9	50	30	18	9	41	1.82
60222753--60222782	14	2.1	14	93	0	51	30	10	6	53	1.60
60231930--60231969	18	2.2	18	86	0	53	25	20	10	45	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60232346--60232464	60	2.0	60	96	0	220	32	2	8	56	1.43
60234470--60234503	17	1.9	18	88	5	52	0	29	11	58	1.33
60234610--60234646	18	2.2	18	90	9	60	5	5	32	56	1.45
60241747--60241782	14	2.6	14	90	0	54	58	33	0	8	1.28
60246082--60246117	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
60251673--60251697	13	1.9	13	100	0	50	64	8	8	20	1.46
60251849--60251878	14	2.1	14	93	0	51	23	23	6	46	1.75
60252241--60252268	14	2.0	14	100	0	56	7	28	0	64	1.20
60252221--60252265	19	2.5	18	83	16	58	6	26	0	66	1.16
60252817--60252849	16	2.1	16	100	0	66	18	27	6	48	1.71
60253910--60253982	30	2.3	32	77	11	80	30	2	2	64	1.21
60255922--60256090	61	2.8	61	83	10	190	39	5	5	49	1.50
60259396--60259445	22	2.3	22	96	0	91	16	10	22	52	1.73
60259425--60259698	124	2.2	124	91	2	433	25	17	15	41	1.89
60259784--60259838	28	1.9	29	85	3	76	43	12	1	41	1.53
60259820--60259889	34	2.1	34	91	2	115	42	11	0	45	1.40
60261471--60261521	17	2.8	18	76	11	59	58	0	0	41	0.98
60261584--60261629	19	2.3	20	78	14	51	65	2	4	28	1.23
60264029--60264066	19	2.0	19	89	0	58	57	0	0	42	0.98
60264010--60264080	27	2.7	27	82	6	74	52	0	0	47	1.00
60264035--60264080	19	2.5	19	85	3	58	58	0	0	41	0.98
60264040--60264083	22	2.0	22	82	8	54	56	0	0	43	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60264454--60264825	185	2.0	187	94	1	649	55	4	7	32	1.49
60269594--60269628	2	17.5	2	100	0	70	0	48	0	51	1.00
60282149--60282201	19	2.9	18	73	13	54	67	0	0	32	0.91
60282778--60282891	59	1.9	59	96	0	210	40	13	14	32	1.84
60282913--60283098	69	2.7	69	85	1	248	18	22	26	32	1.97
60288685--60288722	17	2.2	17	86	9	51	0	21	0	78	0.74
60288941--60288974	10	3.4	10	87	0	50	76	2	0	20	0.92
60300538--60300751	104	2.1	104	93	0	365	31	11	22	34	1.90
60303204--60303244	13	3.0	14	85	7	57	0	21	0	78	0.76
60303208--60303245	9	4.2	9	87	9	51	0	18	0	81	0.69
60323251--60323278	12	2.3	12	100	0	56	89	0	10	0	0.49
60328233--60328270	18	2.2	18	85	4	51	13	26	5	55	1.59
60330107--60330147	21	1.9	22	85	14	59	2	17	4	75	1.08
60338195--60338227	16	1.9	18	88	11	52	60	24	3	12	1.46
60350915--60350977	25	2.6	24	80	5	72	17	26	20	34	1.95
60351143--60351248	25	4.3	25	75	16	73	19	27	20	32	1.97
60351180--60351279	50	2.0	52	84	7	134	21	23	23	33	1.98
60351179--60351260	25	3.3	25	80	10	96	20	24	20	34	1.97
60352471--60352506	16	2.2	16	100	0	72	25	0	36	38	1.56
60352725--60353298	120	4.8	120	96	0	1051	48	6	1	43	1.39
60352850--60352884	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
60352970--60353004	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60353090--60353124	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
60353211--60353245	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
60353299--60353380	26	3.0	27	75	12	87	52	2	1	43	1.22
60353197--60353383	102	1.8	102	83	7	247	49	4	1	44	1.30
60356424--60356526	51	2.0	51	98	0	197	29	7	16	46	1.75
60370359--60370482	30	4.1	30	89	3	178	42	5	24	27	1.77
60370398--60370472	15	5.0	15	68	12	64	42	6	24	26	1.79
60375059--60375166	15	7.2	15	67	12	78	44	7	22	25	1.79
60375053--60375176	30	4.1	30	93	1	203	43	6	24	25	1.78
60392177--60392248	36	2.0	36	91	0	117	26	23	22	27	1.99
60399450--60399632	101	1.8	100	87	1	276	31	16	25	26	1.97
60399615--60399756	43	3.3	42	88	3	194	28	15	26	29	1.96
60402207--60402249	20	2.2	20	86	0	59	48	0	6	44	1.29
60409860--60409983	43	2.9	43	83	5	153	30	27	17	24	1.97
60416125--60416272	43	3.5	43	77	8	149	29	27	16	27	1.97
60421382--60421424	22	1.9	23	85	4	61	39	2	2	55	1.25
60429034--60429091	29	2.0	29	96	0	107	37	5	17	39	1.72
60436831--60436874	16	2.8	16	78	0	52	70	6	13	9	1.33
60446290--60446356	14	5.2	13	70	22	52	34	5	0	59	1.22
60446984--60447017	17	2.0	17	88	0	50	52	0	0	47	1.00
60460613--60460675	20	3.2	20	70	17	69	47	11	9	31	1.71
60465822--60465852	3	10.3	3	100	0	62	67	0	32	0	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60470654--60470683	14	2.1	14	93	0	51	40	0	43	16	1.48
60471202--60471249	22	2.3	22	85	7	64	60	8	4	27	1.44
60471264--60471305	18	2.3	19	83	8	59	42	2	0	54	1.13
60476447--60476771	30	10.8	30	86	0	416	42	16	9	31	1.80
60476437--60476771	90	3.7	90	86	2	460	42	15	9	31	1.80
60479388--60479446	27	2.0	29	87	12	86	40	10	27	22	1.85
60492627--60492670	24	2.0	22	86	13	63	70	4	2	22	1.17
60494862--60494910	24	2.0	24	84	7	64	24	16	0	59	1.37
60494931--60494975	3	15.0	3	100	0	90	33	0	0	66	0.92
60502992--60503277	54	5.4	52	70	9	175	31	20	15	32	1.94
60503030--60503323	108	2.7	107	79	7	292	32	18	15	33	1.92
60505607--60505641	18	1.9	18	88	0	52	14	5	14	65	1.44
60518524--60518556	17	1.9	17	93	0	57	66	9	0	24	1.20
60532969--60533002	9	3.7	9	88	4	50	23	0	2	73	0.97
60534036--60534093	30	1.9	30	85	0	80	10	29	41	18	1.84
60536570--60536602	14	2.4	14	100	0	66	36	33	0	30	1.58
60538158--60538200	3	14.3	3	90	0	68	2	0	27	69	1.00
60538650--60538839	25	7.5	26	72	11	81	28	14	23	32	1.94
60538751--60538858	25	4.3	26	72	9	71	27	12	25	34	1.92
60538642--60538962	76	4.2	75	86	3	401	27	14	24	33	1.94
60546871--60546935	33	1.9	34	84	3	87	24	1	24	49	1.59
60554208--60554251	23	2.0	21	87	12	63	70	4	2	22	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
60555462--60555517	23	2.4	23	82	11	71	66	0	0	33	0.92
60560906--60560961	15	3.7	15	76	9	60	50	0	17	32	1.47
60576103--60576158	29	1.9	29	88	0	85	25	12	12	50	1.75
60576274--60576319	16	2.9	16	79	17	51	52	0	2	45	1.13
60590175--60590207	15	2.2	15	94	0	57	75	3	6	15	1.11
60593893--60593933	11	3.7	11	80	0	55	19	14	9	56	1.66
60594357--60594720	118	3.2	115	79	9	420	28	15	19	36	1.93
60594886--60595252	191	1.9	186	84	5	486	34	18	18	28	1.94
60595085--60595285	110	1.8	109	83	3	269	35	17	16	30	1.93
60600240--60600484	128	1.9	128	86	0	346	36	13	21	29	1.91

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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