genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.212.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64101014--64101162	41	3.7	41	88	0	201	19	21	26	32	1.97
64101165--64101230	34	2.0	34	96	3	125	31	3	12	53	1.53
64101902--64101950	14	3.4	14	77	2	53	18	0	42	38	1.50
64101889--64101950	28	2.2	29	85	8	83	17	1	38	41	1.59
64102239--64102272	14	2.4	14	95	0	59	23	0	47	29	1.52
64103006--64103048	21	2.0	21	86	8	61	30	44	2	23	1.66
64105701--64105744	22	2.0	22	95	0	79	15	22	25	36	1.94
64105723--64105835	42	2.7	43	90	1	174	19	19	31	29	1.96
64105723--64105839	43	2.8	42	90	1	180	18	18	31	30	1.96
64112944--64112981	17	2.2	17	90	9	60	26	0	2	71	1.00
64112943--64112984	18	2.4	18	81	18	61	28	0	2	69	1.01
64114974--64115013	20	2.0	20	95	0	71	47	42	0	10	1.37
64119588--64119627	20	2.0	20	95	0	71	47	42	0	10	1.37
64128093--64128130	20	1.9	20	84	10	51	31	5	5	57	1.43
64138198--64138271	21	3.5	21	88	0	103	31	35	9	24	1.87
64139949--64139973	7	3.6	7	100	0	50	0	40	16	44	1.47
64141754--64141807	16	3.4	16	68	27	51	20	33	22	24	1.97
64143217--64143277	17	3.8	17	79	16	67	47	0	0	52	1.00
64145763--64145882	58	2.1	58	88	3	179	40	7	15	35	1.76
64149332--64149371	21	1.9	21	84	0	53	35	0	2	62	1.09
64160074--64160192	59	2.0	59	100	0	238	46	18	5	30	1.70
64165265--64165314	22	2.3	21	82	3	64	64	0	4	32	1.12
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64167411--64167487	15	5.1	15	74	13	68	59	2	1	36	1.19
64167650--64167707	8	6.8	8	77	11	53	0	18	0	81	0.70
64167652--64167709	12	4.8	12	80	14	57	0	18	0	81	0.70
64167650--64167709	20	3.0	20	74	13	61	0	20	0	80	0.72
64167650--64167707	25	2.2	27	87	6	84	0	18	0	81	0.70
64167989--64168017	9	3.0	10	90	10	51	10	0	0	89	0.48
64168142--64168174	10	3.3	10	88	12	50	0	36	0	63	0.95
64168125--64168174	21	2.4	22	83	9	61	0	38	0	62	0.96
64168400--64168556	59	2.6	59	83	10	187	41	1	21	35	1.62
64168400--64168540	30	4.8	28	74	14	124	40	0	23	35	1.60
64168403--64168556	30	5.2	29	70	17	102	42	1	21	35	1.61
64168728--64169126	77	5.1	76	82	9	391	35	19	17	28	1.94
64168761--64169126	78	4.7	78	83	7	367	35	19	16	28	1.93
64171901--64171966	34	1.9	34	93	0	114	21	21	25	31	1.98
64174940--64175094	39	3.8	39	87	5	177	37	18	21	21	1.94
64174933--64175077	45	3.3	44	80	12	174	39	17	20	22	1.92
64178831--64178863	9	3.7	9	84	15	50	9	12	6	72	1.26
64178820--64178877	18	3.2	18	90	4	82	12	12	6	68	1.37
64179689--64179745	27	2.1	27	83	6	71	54	0	0	45	0.99
64186369--64186569	43	4.7	43	77	6	176	25	13	27	33	1.93
64186751--64186859	44	2.5	44	92	3	184	27	16	24	31	1.96
64189671--64189719	22	2.2	23	78	10	57	67	2	4	26	1.19
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64191702--64191753	3	17.7	3	94	4	88	34	1	0	63	1.06
64192113--64192168	19	2.9	19	82	10	62	37	5	0	57	1.22
64192152--64192180	10	2.9	10	100	0	58	31	17	0	51	1.45
64197659--64198298	44	13.5	45	65	16	143	27	21	19	30	1.98
64197829--64198051	44	4.8	45	70	10	162	27	23	20	28	1.99
64197729--64198435	44	14.7	50	64	22	150	27	22	19	30	1.98
64197590--64198293	143	4.9	142	81	5	715	27	22	19	30	1.98
64197670--64198293	287	2.2	284	83	4	779	27	21	19	30	1.98
64198129--64198347	98	2.2	98	87	0	303	28	20	21	29	1.98
64197978--64198440	241	1.9	242	89	2	716	26	20	20	31	1.98
64199269--64199323	16	3.4	15	83	14	58	7	12	0	80	0.91
64199275--64199331	26	2.2	26	81	12	64	10	10	1	77	1.07
64199422--64199454	14	2.3	15	89	5	50	24	33	15	27	1.95
64201639--64201703	26	2.6	26	82	4	80	56	3	3	36	1.30
64201653--64201695	13	3.3	13	75	12	52	51	4	4	39	1.44
64208905--64208947	22	2.0	22	85	0	59	51	2	2	44	1.27
64209498--64209540	18	2.4	19	77	22	56	27	0	2	69	1.00
64210843--64210878	14	2.6	14	86	0	54	8	36	0	55	1.30
64213697--64213734	19	2.0	20	89	5	60	34	0	2	63	1.09
64220257--64220307	12	4.4	12	76	18	63	39	13	0	47	1.43
64220946--64221019	32	2.2	35	83	13	102	44	2	2	50	1.30
64222577--64222946	128	2.9	128	89	2	521	31	23	20	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64222650--64222847	44	4.6	44	66	15	117	31	21	20	25	1.98
64224549--64224610	26	2.4	26	78	5	72	22	4	6	66	1.35
64225410--64225460	12	4.4	12	76	18	63	39	13	0	47	1.43
64229067--64229199	71	1.9	72	84	4	180	26	21	24	28	1.99
64231213--64231331	41	2.9	41	79	9	136	26	26	17	30	1.97
64231527--64231605	34	2.4	33	75	8	81	39	16	3	40	1.67
64232693--64232726	17	2.0	17	88	0	50	47	0	0	52	1.00
64232812--64232846	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
64233141--64233227	43	2.0	43	100	0	174	19	34	4	41	1.72
64236661--64237381	100	7.2	100	87	1	980	30	19	21	28	1.98
64236661--64237381	50	14.5	50	73	2	509	30	19	21	28	1.98
64237387--64237508	44	2.8	45	81	3	142	33	18	20	27	1.96
64238281--64238343	33	1.9	32	87	3	90	41	23	9	25	1.85
64238563--64238755	41	4.7	41	92	5	309	27	21	20	29	1.98
64240289--64240313	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
64245958--64246020	33	1.9	32	87	3	90	41	23	9	25	1.85
64246240--64246432	41	4.7	41	92	5	309	27	21	20	29	1.98
64247966--64247990	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
64248076--64248172	44	2.2	44	83	7	126	30	23	17	27	1.97
64248165--64248253	40	2.2	40	81	2	97	25	22	16	34	1.95
64248241--64248427	88	2.1	88	87	2	259	28	21	24	25	1.99
64248615--64249226	100	6.1	100	86	1	762	30	19	21	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64248668--64249226	50	11.2	50	71	3	264	30	20	21	28	1.98
64249238--64249478	44	5.6	44	75	9	194	31	21	20	26	1.98
64249238--64249476	128	1.9	128	91	0	397	31	20	20	26	1.98
64250373--64250406	17	2.1	17	94	5	61	0	8	11	79	0.94
64251066--64251131	3	21.7	3	84	9	89	30	3	3	63	1.24
64256924--64256976	27	1.9	28	85	11	74	71	1	3	22	1.12
64270527--64270643	9	12.3	9	75	10	108	32	0	22	44	1.59
64270562--64270637	39	1.9	39	97	0	143	32	0	21	46	1.52
64270529--64270641	57	2.0	57	87	0	163	30	0	23	45	1.59
64270668--64271772	241	4.6	242	97	0	2097	33	14	17	35	1.90
64270668--64271772	483	2.3	483	98	0	2129	33	14	17	35	1.90
64280351--64280384	13	2.6	13	90	0	59	38	0	38	23	1.55
64280960--64281014	26	2.2	25	83	3	65	47	3	7	41	1.49
64280948--64280998	19	2.6	20	72	12	52	50	0	7	41	1.31
64280967--64281034	26	2.6	27	84	9	88	42	5	5	45	1.52
64281431--64281520	29	3.1	28	80	9	92	34	37	1	26	1.64
64281456--64281516	22	2.8	22	78	9	63	40	32	1	24	1.65
64281890--64281944	28	1.9	29	82	10	69	58	7	0	34	1.26
64281949--64282173	113	2.0	115	82	3	276	27	21	20	30	1.98
64282231--64282330	40	2.5	39	85	9	123	28	21	20	31	1.98
64285543--64285577	13	2.7	13	86	0	52	71	0	0	28	0.86
64285718--64285757	17	2.4	16	88	12	55	27	2	2	67	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64287332--64288322	213	4.7	212	91	2	1506	33	20	15	29	1.94
64288994--64289029	18	2.1	17	89	5	54	63	0	0	36	0.94
64289276--64289314	18	2.4	17	87	12	55	33	7	5	53	1.51
64293999--64294054	19	3.1	18	80	10	60	60	0	0	39	0.97
64294007--64294054	18	2.7	17	78	9	51	60	0	0	39	0.97
64298148--64298196	20	2.4	21	86	6	66	32	4	8	55	1.48
64304119--64304183	32	2.0	32	100	0	130	30	6	24	38	1.80
64305628--64305680	26	2.0	26	85	7	72	37	22	15	24	1.92
64307677--64307722	24	2.0	24	82	4	58	58	4	4	32	1.37
64314575--64314790	107	2.0	108	97	0	407	42	9	5	43	1.58

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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