genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.209.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63374385--63374476	29	3.2	29	75	14	91	30	2	23	43	1.66
63374480--63374575	33	2.9	33	89	1	140	28	1	30	40	1.63
63374596--63374799	7	28.4	7	65	15	60	24	0	25	50	1.53
63374579--63374649	29	2.4	30	83	2	81	21	0	25	53	1.46
63374602--63374799	36	5.5	36	76	11	174	23	0	25	50	1.54
63374566--63374662	14	6.6	14	72	10	70	19	0	27	52	1.46
63374581--63374683	21	4.7	22	77	14	99	20	0	27	52	1.47
63374674--63374726	22	2.4	22	84	9	63	22	0	24	52	1.47
63374796--63374880	33	2.6	33	94	0	143	25	0	29	44	1.54
63374862--63374947	22	3.9	22	87	3	111	20	0	25	53	1.46
63374937--63374988	7	7.4	7	80	0	50	23	0	28	48	1.51
63374937--63375052	21	5.5	21	70	8	74	25	0	25	49	1.51
63375043--63375068	8	3.2	8	100	0	52	11	0	34	53	1.37
63375042--63375083	15	2.8	15	79	13	50	11	0	33	54	1.37
63375138--63375503	14	26.4	13	68	19	88	21	0	28	50	1.49
63375151--63375210	29	2.1	27	84	6	75	18	0	31	50	1.47
63375114--63375265	81	1.9	82	85	9	213	21	0	30	48	1.50
63375300--63375483	7	25.7	7	70	14	99	24	0	27	47	1.52
63375430--63375490	29	2.1	29	81	0	68	24	0	24	50	1.49
63375500--63375584	33	2.6	33	88	0	125	25	1	29	43	1.62
63375557--63375604	21	2.3	21	85	7	62	18	0	33	47	1.49
63375590--63375670	7	11.4	7	75	6	56	17	1	33	48	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63375618--63375749	14	9.9	14	66	19	50	20	0	28	50	1.54
63375594--63375683	28	3.1	28	70	12	76	18	1	34	45	1.57
63375688--63375751	22	2.9	20	80	17	65	18	0	26	54	1.44
63375695--63375726	16	2.0	17	88	11	50	15	0	25	59	1.36
63375783--63375824	21	2.0	21	86	9	59	30	0	26	42	1.55
63375832--63375908	21	3.6	21	82	1	91	19	0	27	53	1.46
63375826--63375893	28	2.4	28	82	4	75	19	0	27	52	1.46
63375877--63375922	15	3.0	16	84	6	60	19	0	26	54	1.44
63375900--63375995	33	3.3	28	78	14	104	21	0	32	45	1.52
63375678--63375968	138	2.1	139	81	5	356	21	0	29	48	1.50
63375915--63376044	34	4.0	32	79	5	127	21	0	33	43	1.58
63376597--63376636	18	2.2	18	90	0	62	42	7	30	20	1.79
63377481--63377518	20	1.9	20	84	10	51	57	7	0	34	1.28
63380878--63380925	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
63380874--63380929	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
63380874--63380925	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
63381038--63381093	20	2.8	21	73	13	64	55	5	7	32	1.50
63381158--63381291	25	5.6	25	68	15	77	57	2	4	35	1.34
63381078--63381226	25	5.6	27	70	12	94	55	4	7	32	1.49
63381824--63381897	30	2.5	30	90	0	112	20	4	48	27	1.67
63381875--63381915	18	2.3	18	95	0	73	29	4	46	19	1.71
63382790--63382852	14	4.5	14	82	7	65	60	4	12	22	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63382717--63382941	117	1.9	117	83	3	292	43	16	16	23	1.87
63382907--63382941	14	2.5	14	90	0	52	60	5	20	14	1.54
63382819--63383011	85	2.2	86	85	5	255	39	18	17	24	1.92
63383101--63383163	14	4.5	14	84	7	74	61	3	14	20	1.46
63383104--63383136	15	2.2	15	100	0	66	69	0	12	18	1.18
63383105--63383163	13	4.3	13	82	8	55	64	3	13	18	1.42
63383101--63383164	27	2.3	27	83	5	74	60	3	15	20	1.48
63383146--63384311	77	15.1	76	73	15	688	33	20	17	28	1.95
63383371--63383405	14	2.5	14	95	0	61	57	2	20	20	1.54
63383294--63383482	89	2.1	91	89	4	283	34	18	19	26	1.95
63383586--63384299	72	9.5	73	72	13	401	33	20	16	29	1.94
63383661--63384234	309	1.9	304	84	3	765	33	20	16	29	1.95
63403284--63403316	15	2.3	15	89	5	50	72	9	0	18	1.10
63404060--63404107	16	3.1	15	90	6	69	64	2	2	31	1.16
63404056--63404111	24	2.3	24	81	6	69	66	1	1	30	1.12
63404056--63404107	8	6.5	8	82	8	61	65	1	1	30	1.14
63404222--63404278	19	2.8	20	73	7	62	56	5	7	31	1.49
63404268--63404320	22	2.3	22	87	6	70	50	7	7	33	1.59
63404260--63404320	24	2.7	23	84	5	79	52	6	8	32	1.57
63404309--63404386	31	2.5	31	81	6	79	58	3	5	32	1.38
63404333--63404470	51	2.9	46	74	20	122	57	2	4	34	1.33
63404999--63405085	30	2.9	30	98	0	165	21	3	49	25	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63405906--63405947	16	2.6	16	78	14	50	30	2	7	59	1.37
63407142--63407210	32	2.1	34	83	5	88	62	0	1	36	1.04
63414146--63414181	16	2.2	16	90	9	56	27	0	2	69	1.02
63429272--63429332	32	1.9	32	89	0	95	19	32	0	47	1.50
63432030--63432070	19	2.1	20	86	4	57	34	17	12	36	1.87
63436917--63437536	309	2.0	309	99	0	1231	31	19	20	29	1.97
63438200--63438260	29	2.1	29	84	0	77	39	18	16	26	1.91
63438611--63438645	11	3.1	11	88	8	52	48	2	0	48	1.16
63440031--63440091	29	2.1	29	88	11	90	44	3	1	50	1.28
63444437--63444481	21	2.3	18	88	11	63	55	2	4	37	1.32
63447865--63447921	23	2.6	21	78	10	69	50	8	14	26	1.71
63449567--63449625	31	2.0	30	83	12	77	38	15	3	42	1.63
63459284--63459321	19	2.0	19	94	0	67	5	7	15	71	1.28
63465250--63465291	14	3.2	13	81	15	50	78	0	2	19	0.86
63465251--63465302	27	1.9	27	84	7	70	75	1	3	19	1.06
63465298--63465361	18	3.3	20	76	12	62	56	0	1	42	1.09
63465669--63465720	20	2.6	20	85	14	72	23	3	0	73	1.00
63465803--63466164	88	4.0	91	86	4	473	32	8	22	36	1.85
63467004--63467060	17	3.2	17	79	16	62	40	0	5	54	1.23
63479480--63479522	21	2.0	21	95	0	77	32	16	13	37	1.88
63488986--63489013	14	2.0	14	100	0	56	14	28	14	42	1.84
63494704--63494777	29	2.5	29	86	8	96	50	13	13	22	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63500340--63500494	53	2.9	53	81	7	138	29	27	0	42	1.60
63500370--63500495	53	2.4	51	84	9	155	29	26	0	42	1.61
63506173--63506332	41	3.9	41	88	1	212	24	20	26	28	1.99
63506173--63506370	83	2.4	81	81	6	211	23	20	25	30	1.98
63506969--63507042	29	2.5	29	91	2	112	27	0	28	44	1.55
63512636--63512663	6	4.7	6	100	0	56	14	14	0	71	1.15
63520591--63520707	40	3.0	39	79	8	139	36	16	20	26	1.93
63520593--63520727	39	3.4	38	76	11	114	39	18	20	22	1.93
63520756--63520853	40	2.5	40	82	0	124	22	17	21	38	1.93
63521087--63521131	14	3.2	14	83	0	63	20	0	31	48	1.49
63521164--63521217	15	3.7	15	80	5	56	22	3	29	44	1.70
63521165--63521245	29	2.8	29	77	7	94	22	3	28	45	1.69
63521165--63521233	7	9.6	7	77	4	57	20	4	28	46	1.70
63521415--63521451	15	2.5	15	80	20	51	27	0	27	45	1.54
63521387--63521460	22	3.4	22	72	9	53	27	0	25	47	1.52
63523978--63524039	28	2.2	27	83	13	81	37	3	4	54	1.38
63532470--63532543	21	3.8	20	70	17	57	39	1	0	59	1.06
63536429--63536468	21	1.9	21	84	0	53	35	17	10	37	1.83
63550657--63550699	21	2.0	21	95	0	77	44	25	20	9	1.81
63555357--63555396	21	1.9	21	84	0	53	37	10	17	35	1.83
63559262--63559308	24	2.0	24	83	8	60	46	4	6	42	1.48
63567798--63567851	28	1.9	28	88	7	83	53	5	3	37	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63567797--63567858	28	2.2	27	83	13	81	54	4	3	37	1.38
63570373--63570409	15	2.5	15	80	20	51	45	27	0	27	1.54
63570364--63570437	22	3.4	22	74	7	53	47	25	0	27	1.52
63570557--63570659	29	3.6	28	75	11	93	43	31	2	22	1.68
63570592--63570659	14	4.7	15	76	8	70	45	29	4	20	1.70
63570591--63570659	7	9.6	7	77	4	57	46	28	4	20	1.70
63570693--63570737	14	3.2	14	83	0	63	48	31	0	20	1.49
63570914--63570953	20	2.0	20	85	0	53	67	5	5	22	1.30
63570967--63571064	39	2.5	40	81	1	126	40	21	17	20	1.91
63583317--63583359	21	2.0	21	95	0	77	9	20	25	44	1.81

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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