genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.64.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20828368--20828407	2	20.0	2	100	0	80	50	0	0	50	1.00
20835955--20835983	14	2.1	14	100	0	58	27	0	6	65	1.18
20838836--20838877	20	2.0	20	86	9	57	28	0	7	64	1.20
20840906--20840944	3	13.0	3	100	0	78	33	0	0	66	0.92
20842710--20842738	15	1.9	15	100	0	58	44	6	13	34	1.71
20843451--20843512	31	2.0	31	100	0	124	41	16	9	32	1.80
20850270--20850334	29	2.2	29	88	0	94	3	10	13	72	1.23
20858551--20858612	31	2.0	31	100	0	124	32	9	16	41	1.80
20858907--20858937	3	10.3	3	92	0	53	29	0	0	70	0.87
20858909--20858938	15	2.0	15	100	0	60	26	0	0	73	0.84
20860667--20860728	29	2.2	28	82	8	72	25	14	14	45	1.83
20860951--20861000	22	2.3	22	96	0	91	28	34	0	38	1.57
20861034--20861099	30	2.2	31	94	2	116	36	0	0	63	0.95
20863378--20864550	30	38.8	30	86	9	1591	46	24	0	28	1.56
20863378--20864550	59	19.4	60	86	8	1591	46	24	0	28	1.56
20863885--20864363	29	16.4	25	85	9	122	45	24	0	29	1.57
20867680--20867959	127	2.2	124	94	3	490	34	20	15	29	1.93
20869445--20869487	18	2.2	20	88	8	63	34	0	11	53	1.37
20870321--20870379	30	2.0	30	96	0	109	28	3	13	54	1.55
20871014--20871058	15	3.1	15	78	18	51	48	0	0	51	1.00
20871760--20871798	18	2.1	19	86	13	55	53	2	0	43	1.14
20873084--20873499	204	2.0	204	93	0	724	35	13	32	18	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20883187--20883288	42	2.4	42	83	6	127	17	21	15	45	1.86
20883190--20883311	42	2.9	43	81	7	126	17	22	15	45	1.85
20885477--20885518	16	2.5	17	82	14	52	61	2	0	35	1.09
20925060--20925177	19	6.3	19	71	12	66	37	0	5	56	1.27
20925108--20925177	19	3.6	19	83	7	88	35	1	5	57	1.32
20927160--20927185	5	5.2	5	100	0	52	0	23	19	57	1.40
20927879--20927906	13	2.2	13	100	0	56	32	0	14	53	1.41
20929284--20929309	12	2.2	12	100	0	52	46	15	7	30	1.74
20930520--20930573	26	2.1	26	83	13	67	61	1	5	31	1.30
20940621--20940668	23	2.1	23	84	0	60	43	8	4	43	1.53
20941606--20941631	7	3.7	7	100	0	52	88	11	0	0	0.52
20945326--20945375	25	2.0	25	84	7	66	20	0	32	48	1.50
20950385--20950409	12	2.1	12	100	0	50	8	32	24	36	1.84
20956504--20956536	17	1.9	17	88	11	50	51	0	3	45	1.16
20966315--20966365	23	2.2	23	89	0	75	41	19	9	29	1.84
20966521--20968361	920	2.0	920	98	0	3574	36	16	17	30	1.92
20969339--20969526	61	3.1	60	68	19	183	43	2	6	47	1.42
20969328--20969558	120	1.9	120	97	0	435	42	2	6	48	1.42
20969511--20969552	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
20969495--20969811	157	2.0	157	95	0	571	47	5	3	44	1.43
20969664--20969698	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
20969664--20969721	16	3.6	16	78	21	52	44	0	1	53	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20969935--20969970	16	2.2	16	100	0	72	38	36	0	25	1.56
20977716--20977750	17	2.1	17	94	5	63	77	0	11	11	1.00
20986378--20986437	17	3.7	15	79	16	66	66	0	1	31	1.01
20986378--20986442	33	2.0	33	85	11	89	67	0	1	30	1.00
20987451--20987488	20	1.9	20	88	0	58	47	15	5	31	1.68
20989925--20989994	23	3.0	24	87	4	106	40	15	12	31	1.85
20989933--20989994	12	5.2	12	75	11	56	40	16	14	29	1.88
20990190--20990234	12	3.9	11	80	8	54	53	15	15	15	1.74
20990190--20990236	23	2.0	24	91	4	78	51	17	14	17	1.77
20997860--20997919	29	2.1	29	100	0	120	25	15	13	46	1.81
21001142--21001171	11	2.7	11	89	0	51	26	10	6	56	1.57
21005875--21005923	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
21006297--21006345	18	2.7	18	84	6	64	40	30	14	14	1.85
21006297--21006357	18	3.5	17	80	10	61	36	29	18	16	1.92
21006351--21006391	16	2.5	17	80	15	50	29	29	21	19	1.98
21025491--21025555	29	2.2	30	83	2	87	16	24	30	27	1.97
21025544--21025590	17	2.7	18	78	15	55	17	19	31	31	1.94
21025566--21025626	18	3.5	17	80	10	61	16	18	29	36	1.92
21025578--21025626	18	2.7	18	84	6	64	14	14	30	40	1.85
21026000--21026051	3	17.3	3	100	0	104	32	0	0	67	0.91
21030754--21030783	11	2.7	11	89	0	51	56	6	10	26	1.57
21033944--21033984	19	2.1	20	86	4	57	2	9	2	85	0.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21033989--21034043	28	2.0	28	100	0	110	47	14	14	23	1.81
21055123--21055165	18	2.4	18	92	0	68	41	9	27	20	1.83
21057213--21057271	30	2.0	30	89	0	91	30	20	27	22	1.98
21057385--21057467	26	3.2	26	79	3	96	39	15	21	22	1.91
21057400--21057481	26	3.2	26	77	6	87	40	19	20	19	1.92
21057676--21057790	27	4.3	27	79	12	128	24	17	16	41	1.89
21057676--21057790	54	2.1	54	85	6	153	24	17	16	41	1.89
21060282--21060369	30	2.9	30	80	6	99	27	20	28	23	1.99
21060454--21060531	26	3.0	26	75	0	84	38	21	24	15	1.92
21060722--21060782	27	2.3	27	80	5	70	21	19	19	39	1.93
21073744--21073773	7	4.3	7	100	0	60	30	16	26	26	1.97
21073922--21074012	33	2.8	33	83	3	112	43	18	21	15	1.87
21075712--21075778	28	2.4	28	89	0	98	37	14	17	29	1.91
21081340--21081368	9	3.2	9	100	0	58	44	34	0	20	1.52
21081976--21082130	45	3.4	45	89	0	238	40	21	19	18	1.91
21081987--21082157	45	4.1	39	84	8	148	38	21	20	19	1.93
21083089--21083133	9	5.1	9	82	15	58	53	2	0	44	1.13
21088426--21088454	9	3.2	9	100	0	58	44	34	0	20	1.52
21089063--21089217	45	3.4	45	88	0	229	41	21	18	18	1.91
21090176--21090220	9	5.1	9	81	5	56	48	2	0	48	1.13
21090584--21090996	27	15.3	26	84	6	384	43	18	18	19	1.88
21090584--21090996	54	7.6	54	83	5	450	43	18	18	19	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21091148--21091221	25	2.9	27	82	6	73	18	22	20	37	1.94
21091176--21091274	25	3.9	26	85	6	132	17	22	20	40	1.91
21091385--21091467	28	3.0	28	85	0	94	24	24	24	27	2.00
21097026--21097153	41	3.1	41	82	0	157	21	25	16	36	1.94
21104915--21104967	21	2.5	21	84	9	63	33	22	20	22	1.97
21116692--21116749	31	1.9	31	92	3	100	39	15	15	29	1.88
21127631--21128307	110	6.1	110	87	4	968	33	17	17	31	1.93
21127634--21128298	224	3.0	224	92	1	1059	33	17	17	31	1.93
21129870--21129917	23	2.1	23	100	0	96	29	16	25	29	1.97
21133281--21133371	30	3.1	30	79	7	89	62	1	3	32	1.18
21133326--21133371	20	2.4	19	85	7	58	65	0	4	30	1.12
21133427--21133477	19	2.7	19	76	11	59	70	1	1	25	1.08
21133418--21133477	10	6.2	10	75	14	63	70	1	1	26	1.07
21133341--21133477	9	14.4	9	67	18	57	63	1	6	28	1.28
21133619--21133657	20	2.0	20	85	10	53	28	0	5	66	1.12
21133684--21133752	27	2.5	27	83	9	77	36	1	1	60	1.14
21144447--21144509	29	2.1	29	88	5	90	66	0	1	31	1.01
21144466--21144530	20	3.3	20	73	14	55	61	0	4	33	1.16
21144461--21144511	20	2.5	20	78	6	59	66	0	1	31	1.03
21150838--21150929	25	3.6	25	77	9	89	18	27	20	33	1.96
21157489--21157622	66	2.0	65	85	5	180	12	27	18	41	1.87
21163120--21163299	43	4.4	42	73	19	182	32	1	16	49	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21163232--21163297	9	7.6	9	78	10	66	31	0	19	48	1.49
21163201--21163288	36	2.6	34	89	8	142	32	0	18	48	1.48
21163120--21163350	121	1.8	121	90	8	372	31	2	15	51	1.57
21163357--21163383	13	2.1	13	100	0	54	37	11	0	51	1.37
21163357--21163408	14	3.8	14	87	2	61	28	13	1	55	1.49
21164202--21164247	8	5.9	8	87	5	67	67	0	0	32	0.91
21165218--21165260	22	2.0	22	95	0	77	9	16	27	46	1.77
21165320--21165591	86	3.2	86	83	2	323	30	30	16	22	1.96
21165328--21165591	43	6.2	43	83	2	262	30	29	16	23	1.96
21167873--21167898	13	2.0	13	100	0	52	53	0	15	30	1.42

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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