genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.60.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19801764--19801889	28	4.5	28	86	0	171	30	26	11	30	1.92
19804517--19804556	21	2.0	20	85	14	55	10	5	5	80	1.02
19809334--19809378	21	2.0	23	87	8	67	46	13	4	35	1.63
19809370--19809481	19	5.9	19	87	0	170	39	13	8	39	1.74
19809370--19809473	38	2.7	38	95	0	190	39	12	7	40	1.72
19814650--19814697	22	2.2	21	85	3	60	43	16	8	31	1.78
19818169--19818247	39	2.0	39	92	0	131	32	10	15	41	1.80
19824386--19824449	30	2.2	29	83	8	76	23	9	3	64	1.38
19825149--19825177	5	5.8	5	100	0	58	41	0	20	37	1.53
19836614--19836785	91	1.9	91	92	2	292	49	24	5	20	1.71
19838001--19838032	4	8.0	4	100	0	64	50	25	0	25	1.50
19838352--19838377	6	4.3	6	100	0	52	0	34	15	50	1.45
19843878--19843952	22	3.3	23	81	9	75	26	29	0	44	1.55
19843878--19843952	11	6.7	11	71	21	59	26	29	0	44	1.55
19845144--19845176	7	4.7	7	100	0	66	27	0	15	57	1.38
19845827--19845866	18	2.2	18	86	0	53	17	30	7	45	1.76
19846409--19846468	14	4.3	13	78	19	59	41	38	1	18	1.60
19846409--19846470	28	2.2	28	94	0	106	40	38	1	19	1.61
19846437--19847209	43	18.0	43	78	9	618	46	27	0	25	1.58
19846437--19847209	22	36.0	22	76	9	636	46	27	0	25	1.58
19846437--19847082	128	5.0	128	78	12	468	46	28	0	24	1.57
19846916--19846976	29	2.1	29	100	0	122	42	34	0	22	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19846900--19846965	15	4.5	15	76	17	75	43	33	0	22	1.54
19847052--19847130	36	2.2	37	84	6	99	45	26	1	26	1.61
19847031--19847140	58	1.9	57	83	1	139	49	25	0	24	1.57
19846966--19847190	122	1.9	121	87	0	333	49	22	0	26	1.56
19850369--19850811	126	3.5	125	86	4	565	29	23	15	30	1.96
19850935--19850972	9	4.2	9	89	0	58	60	26	0	13	1.33
19850935--19850972	18	2.1	18	95	0	67	60	26	0	13	1.33
19851061--19851139	40	2.0	40	89	0	122	24	26	25	24	2.00
19851500--19851551	16	3.1	16	74	15	52	28	0	0	71	0.87
19851983--19852039	23	2.4	23	82	5	60	50	0	0	49	1.00
19852003--19852048	24	2.0	23	86	4	65	45	2	0	52	1.13
19853027--19853052	12	2.2	12	100	0	52	30	15	0	53	1.42
19870265--19870416	46	3.1	46	81	18	205	27	13	11	46	1.78
19872972--19873023	7	7.4	7	95	0	86	28	17	44	9	1.80
19873225--19873266	22	2.0	21	85	4	57	21	4	2	71	1.16
19877749--19877782	17	2.0	17	88	0	50	73	2	23	0	0.97
19878553--19878653	3	33.7	3	75	7	80	27	2	5	63	1.32
19878792--19878847	25	2.3	23	77	22	60	37	7	0	55	1.27
19885553--19885592	19	2.1	19	85	0	53	67	2	30	0	1.04
19887130--19887316	45	4.3	43	67	16	127	32	19	18	29	1.96
19887133--19887554	130	3.3	130	86	3	595	29	18	21	30	1.97
19888782--19888873	3	30.7	3	73	8	71	28	2	6	63	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19888786--19888873	39	2.3	39	86	4	115	28	2	6	62	1.33
19889011--19889066	25	2.3	23	77	22	60	37	7	0	55	1.27
19889373--19889412	21	1.9	21	84	0	53	10	2	17	70	1.27
19890268--19890324	30	1.9	30	85	7	80	61	0	3	35	1.13
19897284--19897323	21	1.9	21	89	0	62	27	7	2	62	1.35
19903272--19903327	27	2.1	27	86	6	78	33	3	1	60	1.24
19904194--19904234	21	2.0	21	85	9	57	39	0	7	53	1.29
19915467--19915510	19	2.2	19	84	12	52	45	6	11	36	1.67
19923952--19924181	40	5.8	40	90	1	318	24	28	21	26	1.99
19926772--19926872	26	3.9	26	80	7	125	41	6	16	34	1.76
19926774--19926872	51	1.9	52	85	6	139	42	6	17	34	1.74
19928202--19928232	7	4.6	7	92	8	55	83	16	0	0	0.64
19935417--19935453	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
19939069--19939155	44	2.0	44	90	0	138	47	11	11	29	1.75
19941309--19941421	25	4.6	25	91	3	158	28	20	31	19	1.97
19943727--19943817	44	2.1	44	93	0	155	46	10	12	30	1.76
19946930--19946966	19	1.9	19	88	0	56	35	21	8	35	1.83
19954271--19954321	24	2.1	24	85	0	66	37	19	21	21	1.95
19958756--19958932	41	4.3	41	85	2	135	22	25	20	30	1.98
19958785--19958946	41	4.0	41	89	1	227	22	26	20	29	1.99
19958791--19958964	82	2.1	82	84	4	217	23	25	20	29	1.99
19960600--19960624	13	1.9	13	100	0	50	68	24	0	8	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19962542--19962616	39	1.9	38	81	10	89	38	4	6	50	1.47
19962637--19962677	9	4.6	9	81	0	55	26	0	4	68	1.10
19962637--19962677	18	2.3	18	91	0	64	26	0	4	68	1.10
19967645--19967671	5	5.4	5	100	0	54	55	0	0	44	0.99
19979176--19979246	25	2.8	25	78	4	72	18	26	19	35	1.95
19979234--19979320	25	3.5	25	75	6	77	20	24	20	34	1.97
19982030--19982136	43	2.5	42	77	10	110	25	21	28	25	1.99
19983425--19983493	35	2.0	35	97	0	129	36	5	18	39	1.75
19984648--19984698	26	1.9	27	84	4	68	19	11	13	54	1.69
19985422--19985477	29	2.0	29	85	3	78	35	1	1	60	1.17
19985393--19985485	37	2.6	36	80	11	100	44	1	2	52	1.20
19988649--19988688	21	1.9	21	89	0	62	25	10	35	30	1.88
19992684--19992715	7	4.6	7	100	0	64	28	0	0	71	0.86
19995442--19995510	16	4.2	16	96	3	129	24	0	37	37	1.56
19995442--19995510	33	2.1	32	97	2	129	24	0	37	37	1.56
19995491--19995581	45	2.0	45	87	2	130	27	5	28	38	1.79
19995491--19995604	45	2.7	43	81	10	128	30	5	28	35	1.79
19995746--19995780	18	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
19995761--19995948	61	3.1	61	69	14	190	48	6	2	42	1.42
19995845--19995896	15	3.6	15	80	12	56	53	1	0	44	1.11
19995729--19996021	120	2.4	121	94	1	509	49	5	2	42	1.39
19995962--19996244	91	3.0	93	84	7	317	48	3	3	44	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19996062--19996122	28	2.2	28	85	5	81	50	3	0	45	1.17
19996069--19996212	47	3.1	46	65	23	113	49	4	2	44	1.33
19996037--19996244	91	2.3	90	90	4	326	46	4	3	45	1.39
19996062--19996204	44	3.2	43	68	16	119	48	3	2	46	1.31
19996087--19996225	47	3.0	47	68	17	137	49	4	2	43	1.34
19998424--19998645	104	2.1	104	85	1	293	40	16	11	31	1.84
20001190--20001235	22	2.1	23	84	8	60	60	2	4	32	1.28
20001124--20001334	9	22.1	9	67	17	79	63	2	4	28	1.27
20001295--20001320	12	2.2	12	100	0	52	76	0	7	15	0.99
20001317--20001378	26	2.3	26	80	8	70	56	3	1	38	1.25
20001553--20001588	18	1.9	18	88	5	54	47	0	2	50	1.15
20001585--20001624	16	2.5	16	91	0	62	47	2	7	42	1.45
20001591--20001727	66	2.2	63	77	16	153	40	4	8	46	1.55
20001613--20001758	75	2.1	72	88	11	223	39	6	9	45	1.62
20001694--20001732	16	2.4	16	91	0	60	33	2	10	53	1.48
20005203--20005538	43	7.9	42	88	2	431	28	32	18	21	1.96
20005203--20005538	129	2.6	129	88	2	491	28	32	18	21	1.96
20005897--20006066	66	2.6	66	87	3	227	15	28	17	39	1.89
20009236--20009275	16	2.5	16	95	0	71	30	0	20	50	1.49
20009463--20009501	17	2.4	17	87	12	55	35	10	2	51	1.50
20009530--20009554	12	2.1	12	100	0	50	60	8	8	24	1.52
20010689--20010731	20	2.2	19	88	12	61	16	4	0	79	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
20011340--20011436	7	12.9	7	78	14	95	31	49	0	18	1.48
20011338--20011429	15	6.0	15	78	15	82	32	47	0	19	1.50
20011338--20011436	38	2.6	39	95	1	173	32	48	0	19	1.49
20012226--20012272	25	2.0	24	83	8	60	25	10	6	57	1.56
20012359--20012525	41	4.0	42	74	7	128	35	26	16	21	1.94
20012397--20012552	82	1.9	83	84	6	210	38	23	16	22	1.93
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20019510--20019546	9	4.1	9	92	0	65	29	10	13	45	1.77
20021818--20021942	25	5.1	25	74	13	109	18	26	23	32	1.97
20021823--20021959	48	2.8	48	71	15	109	18	26	20	34	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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