genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.47.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   

This is table  47  of  240  ( 28759 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16124468--16124515	12	4.3	12	75	17	50	60	0	2	37	1.09
16124467--16124506	21	1.9	21	94	0	71	62	0	2	35	1.09
16124468--16124555	11	8.4	11	70	20	55	61	0	2	36	1.09
16124499--16124585	17	4.8	17	72	15	66	60	0	1	37	1.04
16124480--16124573	40	2.4	39	89	5	152	63	0	2	34	1.06
16127654--16127979	43	7.6	43	79	5	288	21	15	30	32	1.95
16127684--16127979	129	2.3	128	85	2	387	21	16	30	31	1.96
16127654--16127979	86	3.8	86	82	4	367	21	15	30	32	1.95
16128765--16128832	7	9.9	7	74	17	54	52	2	1	42	1.25
16149627--16149665	19	2.1	19	85	0	51	12	10	23	53	1.69
16149812--16149870	30	2.0	30	86	3	84	20	16	8	54	1.68
16157489--16157526	20	1.9	20	88	0	58	34	5	0	60	1.19
16157941--16158089	42	3.5	42	83	2	165	36	23	18	21	1.95
16158066--16158118	26	2.0	26	88	0	79	24	33	22	18	1.97
16158026--16158159	67	2.0	68	83	4	173	28	26	20	24	1.99
16164538--16164579	22	2.0	21	90	4	66	4	9	7	78	1.08
16176404--16176547	41	3.6	41	89	4	206	34	2	0	63	1.09
16176487--16176547	31	2.0	31	90	6	97	37	1	0	60	1.07
16179152--16179189	17	2.1	17	90	9	58	47	0	0	52	1.00
16179266--16179325	27	2.2	27	93	0	102	33	23	28	15	1.94
16179443--16179491	17	2.9	18	82	14	61	65	0	34	0	0.93
16179442--16179486	23	2.0	23	86	8	65	64	0	35	0	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16179638--16179871	22	11.0	21	73	18	121	30	1	12	55	1.46
16179609--16179795	61	3.1	60	71	12	175	31	1	13	54	1.46
16179662--16179925	19	13.9	19	67	20	99	31	0	13	54	1.42
16179781--16179925	27	5.8	26	84	11	180	31	0	13	55	1.43
16179781--16179925	49	2.9	49	90	5	218	31	0	13	55	1.43
16179861--16179949	8	10.1	8	70	17	52	32	1	15	50	1.52
16179803--16179949	76	2.0	74	84	5	190	31	1	14	52	1.51
16184420--16184456	9	4.1	9	92	0	65	45	13	10	29	1.77
16186613--16186667	27	2.0	27	83	13	69	40	1	0	58	1.09
16186618--16186696	40	2.0	41	89	2	124	40	6	0	53	1.26
16188637--16189272	316	2.0	316	97	0	1200	36	11	15	35	1.84
16202454--16202488	11	3.2	11	88	11	54	0	54	0	45	0.99
16202973--16203026	24	2.1	28	86	13	80	29	1	9	59	1.39
16203483--16203523	16	2.5	17	80	15	50	26	2	14	56	1.51
16203842--16203936	38	2.5	37	78	13	97	36	12	1	49	1.48
16206914--16206981	30	2.2	31	82	7	77	48	22	8	20	1.77
16207888--16207978	3	30.7	3	97	2	175	0	34	0	65	0.93
16229920--16229960	15	2.7	16	77	11	50	29	17	4	48	1.67
16236503--16236557	24	2.2	26	81	12	71	45	0	1	52	1.11
16236692--16236789	45	2.2	45	87	1	135	31	26	5	36	1.78
16236770--16236821	16	3.2	16	94	0	86	34	36	0	28	1.58
16241671--16241723	27	2.0	27	100	0	106	22	11	18	47	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16256084--16256237	42	3.7	42	81	1	184	15	20	17	46	1.84
16256067--16256256	21	9.1	21	70	3	98	15	21	18	44	1.87
16261467--16261495	12	2.3	13	94	5	51	68	0	0	31	0.89
16265902--16265962	31	2.0	31	83	6	79	47	6	8	37	1.59
16268143--16268176	16	2.1	16	94	0	59	32	14	14	38	1.87
16275948--16276005	22	2.6	23	83	8	75	44	18	24	12	1.84
16276151--16276185	16	2.1	17	89	5	54	37	25	2	34	1.71
16276998--16277024	5	5.4	5	100	0	54	59	0	0	40	0.98
16277523--16277569	22	2.1	22	84	0	58	46	14	17	21	1.83
16278989--16279030	5	8.6	5	84	5	59	57	0	0	42	0.99
16278985--16279028	24	1.9	22	90	9	70	56	0	0	43	0.99
16282338--16282376	18	2.2	18	86	9	53	41	5	0	53	1.23
16283210--16283237	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
16292804--16292865	30	2.0	32	81	9	76	48	14	0	37	1.44
16298561--16298586	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
16299770--16299872	26	3.8	26	74	13	84	59	2	0	36	1.19
16300015--16300111	9	10.4	9	70	14	56	34	1	1	63	1.08
16302521--16302567	16	2.8	18	75	15	55	68	0	0	31	0.90
16302586--16302631	23	2.0	24	87	12	69	47	4	6	41	1.49
16304844--16304890	18	2.6	18	93	0	76	29	34	31	4	1.77
16305585--16305626	21	2.0	22	85	4	59	59	7	7	26	1.50
16307632--16307687	3	18.7	3	100	0	112	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16309205--16309255	21	2.3	23	80	9	63	15	3	35	45	1.65
16311061--16311086	12	2.2	12	100	0	52	34	7	15	42	1.75
16311073--16311120	19	2.4	19	86	6	69	37	10	12	39	1.77
16311078--16311143	23	3.0	23	78	12	68	37	7	15	39	1.75
16311609--16311660	17	3.2	17	78	10	65	38	9	0	51	1.35
16311739--16311786	25	2.0	25	84	12	64	31	8	0	60	1.26
16311825--16311881	30	1.9	30	89	7	89	35	3	3	57	1.33
16313930--16314250	112	2.8	111	81	7	364	22	3	16	57	1.52
16317253--16317314	32	1.9	32	86	0	88	46	6	6	40	1.55
16320768--16320801	14	2.4	14	95	0	59	52	8	0	38	1.33
16341848--16341874	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
16344636--16344728	44	2.1	45	84	11	120	38	7	4	49	1.51
16351625--16351700	29	2.6	29	80	15	93	64	0	1	34	1.02
16364915--16364960	22	2.0	22	84	12	58	43	4	15	36	1.66
16366144--16366189	22	2.2	21	85	14	60	45	26	0	28	1.54
16376226--16376256	13	2.4	13	100	0	62	19	41	25	12	1.87
16377115--16377141	13	2.1	13	100	0	54	33	14	7	44	1.73
16377268--16377845	306	1.9	300	79	6	653	35	11	10	42	1.76
16380825--16380893	31	2.2	31	92	0	111	30	17	17	34	1.93
16382047--16382113	20	3.3	20	79	8	64	16	22	20	40	1.91
16384366--16384411	21	2.2	21	100	0	92	34	15	17	32	1.91
16384646--16384729	27	3.2	27	64	16	77	44	17	2	35	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16384633--16384740	51	2.1	51	98	1	209	43	17	1	37	1.60
16385157--16385330	41	4.2	41	91	2	269	30	23	20	25	1.98
16386972--16387023	28	1.9	26	92	7	86	46	7	0	46	1.31
16404563--16404612	25	2.0	25	100	0	100	48	8	12	32	1.69
16409679--16409750	32	2.2	32	80	4	83	50	6	11	31	1.65
16420599--16420657	25	2.4	25	97	0	109	20	10	20	49	1.77
16422904--16422949	23	2.0	23	82	0	56	19	2	2	76	1.00
16425398--16425437	3	13.3	3	100	0	80	67	0	0	32	0.91
16434797--16434863	31	2.1	33	86	5	93	41	19	7	31	1.79
16434965--16435030	32	2.1	32	94	5	116	27	6	3	63	1.32
16436358--16436402	22	2.0	22	100	0	90	48	4	17	28	1.66
16438854--16438883	14	2.1	14	100	0	60	26	23	13	36	1.92
16442937--16443221	119	2.4	118	88	4	439	44	1	5	48	1.35
16443167--16443201	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
16443434--16443477	16	2.8	16	89	0	61	25	31	2	40	1.68
16447288--16447349	31	2.1	29	82	17	74	32	1	3	62	1.20
16450167--16450214	25	1.9	25	82	0	60	68	4	2	25	1.18
16452741--16452781	18	2.3	18	88	12	59	36	0	19	43	1.51
16453005--16453057	23	2.3	23	83	0	79	18	18	28	33	1.95
16455207--16455306	50	2.0	50	94	0	173	36	9	21	34	1.85
16456681--16456740	11	5.5	11	84	5	59	23	26	1	48	1.60
16456681--16456723	10	4.0	10	82	11	50	23	30	0	46	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16456742--16456800	29	2.1	27	84	6	73	33	1	5	59	1.29
16457778--16457927	75	2.0	75	97	0	282	24	24	22	28	1.99
16458648--16458690	18	2.4	18	84	0	50	20	27	9	41	1.83
16462317--16462606	125	2.3	125	92	0	472	26	21	18	32	1.97
16462771--16462807	14	2.6	14	86	0	56	32	35	2	29	1.72
16464469--16464540	27	2.8	25	81	8	99	31	20	29	18	1.96
16464623--16464679	25	2.3	24	81	3	60	43	19	22	14	1.86
16464608--16464679	24	3.0	24	75	4	72	41	19	23	15	1.89
16464832--16464872	20	2.0	20	86	13	57	48	14	0	36	1.44
16466652--16466678	13	2.1	13	100	0	54	29	0	22	48	1.51

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240