genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.38.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13497633--13497687	25	2.2	25	96	0	101	30	3	18	47	1.66
13497523--13497687	16	10.0	17	69	15	98	31	3	17	47	1.65
13497697--13497741	16	2.8	16	89	0	63	22	0	22	55	1.44
13497936--13497997	30	2.1	30	84	0	79	30	6	17	45	1.74
13499835--13499879	19	2.4	19	81	7	56	22	2	42	33	1.66
13500605--13500655	26	2.0	26	92	0	84	45	13	5	35	1.68
13500892--13500999	7	15.6	7	67	5	58	48	42	0	8	1.39
13500899--13500974	27	2.7	27	78	9	82	48	43	0	7	1.32
13500899--13500979	14	5.9	14	77	8	76	48	43	0	8	1.34
13501233--13501295	15	4.5	14	80	11	67	33	49	3	14	1.59
13501650--13501689	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
13501673--13501712	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
13501658--13501724	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
13501652--13501728	14	5.0	15	71	20	52	32	9	15	42	1.78
13501705--13501789	32	2.6	31	76	9	89	25	10	18	44	1.82
13501822--13501849	14	2.0	14	100	0	56	42	0	0	57	0.99
13502041--13502183	71	2.0	72	95	1	261	42	20	9	27	1.82
13503121--13503189	35	1.9	36	97	2	131	52	18	2	26	1.60
13503157--13503226	27	2.5	28	81	6	81	52	21	2	22	1.60
13504720--13504752	15	2.1	16	94	5	59	60	6	18	15	1.54
13507309--13507376	25	2.6	25	86	11	84	41	8	26	23	1.83
13507770--13508129	113	3.2	113	84	3	456	30	23	22	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13508032--13508186	71	2.2	71	87	2	213	30	21	20	27	1.98
13507918--13508292	184	2.0	184	90	1	590	28	24	21	25	1.99
13508098--13508308	113	1.9	113	90	4	336	28	24	21	25	1.99
13509849--13509886	17	2.2	17	80	0	58	44	10	5	39	1.61
13515811--13515847	9	4.1	9	86	13	58	32	10	10	45	1.74
13517455--13517520	25	2.6	25	85	2	87	34	18	19	27	1.95
13521061--13521130	24	2.9	24	89	0	95	42	27	15	14	1.86
13524050--13524080	9	3.4	9	90	0	53	25	12	22	38	1.90
13524187--13524229	21	2.0	21	82	8	52	20	37	0	41	1.53
13528174--13528209	15	2.5	14	86	8	54	44	8	0	47	1.33
13528712--13529668	314	3.0	314	90	2	1472	40	10	14	34	1.80
13530413--13530499	38	2.3	38	81	0	93	31	13	22	32	1.93
13541050--13541089	14	2.9	14	84	0	53	32	7	17	42	1.77
13541073--13541112	20	2.0	20	90	0	62	27	10	12	50	1.72
13541058--13541124	34	1.9	35	90	3	109	31	8	13	46	1.74
13541222--13541254	10	3.3	10	95	0	57	48	0	0	51	1.00
13544295--13544389	38	2.5	38	78	13	99	35	11	1	51	1.45
13546704--13546769	25	2.5	26	83	14	82	40	6	27	25	1.79
13546720--13546771	25	2.1	25	92	7	88	38	9	26	25	1.86
13554524--13555050	87	6.1	87	88	1	736	29	22	23	25	1.99
13555104--13555261	87	1.8	84	81	9	185	30	22	22	24	1.99
13555584--13555636	27	2.0	27	81	7	63	47	24	3	24	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13558475--13558535	27	2.3	27	85	2	79	52	1	8	37	1.41
13562524--13562550	5	5.4	5	100	0	54	0	18	0	81	0.69
13565417--13565456	20	2.0	20	85	9	55	72	2	2	22	1.09
13566148--13566203	29	1.9	29	88	0	85	55	3	0	41	1.17
13571059--13571289	114	2.0	114	95	0	417	32	8	17	41	1.80
13582445--13582581	42	3.3	41	80	2	139	44	17	21	16	1.86
13582436--13582581	21	7.0	21	72	12	84	44	17	21	15	1.86
13582469--13582599	42	3.1	41	79	5	145	43	16	23	16	1.87
13582475--13582614	21	6.7	21	73	9	115	42	15	23	19	1.89
13582490--13582660	42	4.1	42	79	7	179	46	14	20	18	1.83
13584964--13584997	8	4.0	8	88	11	50	61	2	0	35	1.11
13585027--13585076	17	2.8	17	84	6	55	62	0	2	36	1.07
13585316--13585429	44	2.6	44	84	1	149	25	18	15	40	1.90
13586673--13586720	17	2.7	18	78	9	55	60	2	2	35	1.20
13586673--13586720	18	2.8	17	81	9	53	60	2	2	35	1.20
13586734--13586882	9	16.6	9	64	18	53	60	2	2	34	1.22
13587269--13587347	18	4.3	18	72	13	63	32	2	2	62	1.22
13587269--13587376	55	1.9	56	83	12	143	33	2	1	62	1.21
13587968--13588013	21	2.2	21	84	0	56	69	6	0	23	1.11
13588009--13588069	19	2.9	21	80	16	72	60	1	0	37	1.07
13588026--13588082	19	3.0	19	82	5	62	66	3	0	29	1.08
13588029--13588082	28	1.9	28	85	7	74	68	3	0	27	1.06
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13588303--13588356	26	2.0	27	89	3	83	31	0	1	66	1.02
13588307--13588364	26	2.2	27	81	3	64	41	0	1	56	1.09
13588765--13588829	27	2.4	28	82	12	82	27	3	3	66	1.22
13588735--13588822	29	3.2	28	70	20	71	29	2	3	64	1.22
13592229--13592276	13	3.5	13	76	20	53	0	20	0	79	0.74
13594461--13594539	23	3.4	23	80	3	88	34	3	6	55	1.43
13596994--13597033	3	13.3	3	84	10	55	67	0	0	32	0.91
13596996--13597047	12	4.1	12	81	16	52	69	1	0	28	0.99
13597255--13597293	19	2.0	21	85	10	55	69	5	10	15	1.34
13598763--13598948	36	4.9	36	82	12	237	29	19	12	38	1.89
13598835--13598989	46	3.6	45	77	16	184	28	21	12	36	1.91
13598799--13598989	82	2.3	82	93	0	319	28	20	12	37	1.90
13598720--13598948	118	2.0	115	92	2	386	28	20	13	37	1.91
13600062--13600086	12	2.1	12	100	0	50	56	0	0	44	0.99
13600347--13600422	21	3.7	21	87	7	120	36	11	10	40	1.76
13600360--13600423	19	3.3	19	93	4	101	37	14	9	39	1.78
13601096--13601134	19	2.0	20	90	5	62	56	0	5	38	1.22
13607559--13607658	41	2.4	41	86	0	137	17	14	30	39	1.88
13607552--13607687	41	3.3	41	79	2	112	18	16	29	35	1.93
13610234--13610276	11	4.0	11	84	3	61	30	2	46	20	1.63
13610234--13610276	21	2.0	21	90	4	68	30	2	46	20	1.63
13614321--13614413	18	5.2	18	90	0	150	32	17	22	27	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13614948--13614990	11	4.0	11	84	3	61	30	2	46	20	1.63
13614948--13614990	21	2.0	21	90	4	68	30	2	46	20	1.63
13626291--13626386	38	2.4	41	74	10	92	51	1	4	43	1.28
13631687--13631757	31	2.3	32	80	11	85	50	7	11	30	1.65
13632620--13632667	19	2.7	18	84	9	62	66	0	2	31	1.03
13632623--13632676	19	3.2	16	78	19	56	61	0	1	37	1.07
13634470--13634522	17	3.1	17	72	5	54	20	1	1	75	0.99
13641212--13641336	65	1.9	66	96	1	234	26	36	18	18	1.94
13641457--13641604	57	2.5	60	85	9	205	21	25	22	29	1.99
13649221--13649253	4	8.5	4	93	6	59	24	0	24	51	1.48
13654097--13654139	21	2.0	22	90	4	70	55	9	9	25	1.61
13654617--13654660	5	8.8	5	100	0	88	40	0	0	59	0.98
13666898--13666953	22	2.5	23	91	2	87	51	1	1	44	1.22
13666927--13666983	16	3.6	16	92	0	96	45	3	5	45	1.43
13667029--13667211	93	2.0	93	95	0	330	38	4	8	48	1.55
13678294--13678320	14	1.9	14	100	0	54	33	0	0	66	0.92
13685216--13685249	11	3.1	11	86	0	50	67	11	2	17	1.34
13689466--13689550	25	3.4	25	86	3	109	21	28	20	30	1.98
13692640--13692682	12	3.2	13	87	9	52	2	27	0	69	1.00
13694724--13694825	50	2.0	50	100	0	204	32	13	20	33	1.92
13695170--13695255	11	7.7	11	71	7	57	65	5	8	20	1.41
13698705--13698733	6	4.8	6	100	0	58	86	0	13	0	0.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13699515--13699575	16	3.6	16	72	14	52	40	1	3	54	1.27
13716492--13716553	31	2.0	31	100	0	124	58	9	3	29	1.46
13724121--13724190	36	2.0	35	88	2	104	35	11	5	47	1.64
13734402--13734437	18	2.0	18	100	0	72	22	5	22	50	1.70
13737257--13737360	49	2.1	49	90	0	163	32	8	10	48	1.68
13738820--13738853	17	2.0	17	100	0	68	41	0	0	58	0.98
13738847--13738908	13	4.6	13	73	15	54	38	0	4	56	1.21
13738847--13738908	26	2.3	26	83	10	72	38	0	4	56	1.21
13738751--13739353	120	5.0	120	96	0	1064	42	1	4	51	1.30
13745175--13745200	13	2.0	13	100	0	52	0	23	0	76	0.78

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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