genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.74.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23621807--23622127	46	7.0	46	96	0	579	33	8	28	28	1.87
23645574--23645847	43	6.3	43	93	0	449	25	16	25	32	1.96
23648928--23649131	91	2.3	90	82	1	239	34	16	20	28	1.94
23653066--23653119	28	2.0	27	82	7	65	48	9	1	40	1.46
23653668--23653709	21	2.0	21	90	0	66	30	16	21	30	1.95
23653655--23653790	44	3.1	43	71	14	125	36	15	20	27	1.93
23653578--23653865	87	3.3	87	85	0	351	34	15	21	28	1.94
23653955--23654082	38	3.4	38	86	0	184	35	19	17	27	1.94
23654368--23654392	12	2.1	12	100	0	50	0	32	32	36	1.58
23655784--23655845	29	2.1	29	96	0	115	48	16	4	30	1.67
23666304--23666542	72	3.3	72	92	1	392	55	15	5	23	1.62
23673384--23673506	38	3.2	38	74	14	110	34	20	13	31	1.92
23673602--23673813	91	2.3	91	84	1	273	31	23	15	29	1.95
23680424--23680632	92	2.3	91	86	5	278	45	3	3	46	1.39
23680560--23680607	26	1.9	25	84	16	64	45	0	2	52	1.12
23680782--23680826	15	2.8	16	83	10	56	48	0	0	51	1.00
23680783--23680823	16	2.6	16	88	7	57	46	0	0	53	1.00
23680757--23681073	157	2.0	157	96	0	580	47	5	2	44	1.39
23680926--23680960	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
23683466--23683651	95	2.0	95	92	0	309	23	16	26	33	1.95
23700761--23700829	32	2.2	32	84	2	86	26	5	14	53	1.63
23702289--23702339	20	2.6	19	81	6	57	64	1	3	29	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23704543--23704665	49	2.5	49	82	6	151	32	21	25	21	1.98
23710892--23710951	19	3.3	19	68	13	63	33	6	16	43	1.74
23710870--23710952	35	2.3	36	93	6	143	36	4	16	42	1.70
23712308--23712398	39	2.3	39	88	0	137	36	26	1	36	1.64
23715798--23715848	24	2.1	24	88	0	75	29	25	17	27	1.98
23717715--23717779	34	1.9	34	90	0	103	43	10	10	35	1.75
23717715--23717787	34	2.1	34	84	0	101	43	12	9	34	1.75
23718240--23718412	60	3.0	57	81	9	197	26	16	13	43	1.85
23718249--23718412	56	2.8	57	81	8	179	26	16	13	43	1.85
23718163--23718647	263	1.8	264	83	5	651	28	14	14	42	1.85
23720674--23720806	27	5.0	26	84	9	178	41	17	19	21	1.90
23720674--23720806	53	2.5	53	91	6	214	41	17	19	21	1.90
23720675--23720822	27	5.6	26	80	10	142	39	18	19	22	1.93
23743025--23743057	15	2.2	15	94	0	57	63	12	0	24	1.28
23743430--23743491	30	2.1	28	85	8	79	66	3	1	29	1.17
23743434--23743491	28	2.0	30	86	10	84	67	1	1	29	1.11
23743478--23743538	27	2.2	28	80	13	74	60	3	3	32	1.29
23743729--23743760	6	5.3	6	100	0	64	84	0	0	15	0.63
23745140--23745255	44	2.6	44	77	12	130	30	22	15	31	1.95
23745836--23745981	72	2.0	72	89	0	220	20	25	28	25	1.99
23745921--23746082	88	1.8	88	91	0	270	21	23	27	27	1.99
23749853--23749896	24	2.0	21	86	13	61	77	6	4	11	1.11
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23751008--23751058	16	3.2	16	83	5	59	21	3	5	68	1.27
23751049--23751076	8	3.5	8	100	0	56	10	0	0	89	0.49
23756175--23756234	25	2.4	25	75	22	63	68	10	10	11	1.40
23759843--23760220	44	8.7	42	70	12	167	31	18	20	29	1.96
23759969--23760088	46	2.6	46	90	0	186	30	20	18	30	1.96
23759841--23760246	221	1.8	221	93	2	699	32	17	19	29	1.96
23760270--23760853	50	11.7	50	71	5	392	33	22	19	24	1.97
23760259--23760928	100	6.7	100	80	4	708	33	21	20	24	1.97
23760289--23760928	50	12.8	47	68	12	226	33	22	19	24	1.97
23761149--23761222	24	2.9	25	82	6	69	72	6	2	17	1.18
23765525--23765557	15	2.2	15	94	0	57	63	12	0	24	1.28
23765935--23765994	30	2.0	32	87	9	90	66	1	1	30	1.11
23765956--23766000	23	2.0	23	82	8	56	64	4	2	28	1.25
23766228--23766253	6	4.3	6	100	0	52	84	0	0	15	0.62
23768853--23768878	5	5.2	5	100	0	52	38	19	19	23	1.93
23769248--23769295	19	2.6	19	78	18	57	60	0	2	37	1.09
23775113--23775301	59	3.2	57	68	19	152	41	3	4	50	1.37
23775140--23775338	66	3.2	64	68	19	186	41	3	6	49	1.44
23775175--23775362	61	3.1	61	69	17	192	42	1	6	48	1.39
23775227--23775278	15	3.6	15	80	12	56	44	0	1	53	1.11
23775102--23775399	120	2.5	121	94	1	519	42	2	5	50	1.37
23775356--23775397	15	2.7	16	82	14	52	45	0	2	52	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23775347--23775388	15	2.9	15	82	10	52	47	0	0	52	1.00
23775526--23775556	16	1.9	16	93	0	53	22	25	3	48	1.66
23779415--23779445	6	5.0	6	96	4	53	64	3	0	32	1.09
23780320--23780413	41	2.3	41	80	7	102	19	22	25	32	1.97
23783790--23783841	19	2.6	20	78	6	61	17	19	15	48	1.82
23785737--23785852	43	2.7	43	74	12	121	23	20	27	28	1.99
23791759--23791796	18	2.0	21	85	15	55	23	18	18	39	1.92
23796330--23797507	587	2.0	587	97	0	2214	31	22	15	30	1.95
23800448--23800486	21	1.9	20	84	5	51	38	0	23	38	1.55
23813582--23813615	17	2.0	17	88	0	50	20	8	11	58	1.59
23814162--23814199	2	19.5	2	89	5	51	47	0	5	47	1.24
23820140--23820201	12	5.1	12	72	27	51	46	0	3	50	1.17
23820082--23820196	58	1.9	58	84	6	151	46	1	3	48	1.29
23821933--23822015	5	16.6	5	76	0	67	36	20	7	36	1.80
23821942--23822015	30	2.5	30	84	0	94	36	20	8	35	1.82
23822337--23822373	19	2.0	18	89	5	56	56	18	0	24	1.41
23823006--23823050	20	2.1	22	88	8	67	75	0	20	4	0.97
23828248--23828286	14	3.1	14	72	27	50	61	0	0	38	0.96
23828246--23828287	16	2.6	16	81	14	50	61	0	0	38	0.96
23829227--23829273	17	2.8	16	78	9	58	48	0	4	46	1.21
23832107--23832161	26	2.1	26	100	0	110	40	14	18	27	1.89
23834401--23834577	42	4.2	41	86	3	230	28	20	20	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23834401--23834577	84	2.1	83	87	3	257	28	20	20	30	1.97
23845415--23845469	6	9.3	6	96	4	103	16	0	0	83	0.64
23845714--23845761	22	2.2	22	88	0	69	29	39	2	29	1.68
23848725--23848749	12	2.1	12	100	0	50	16	24	0	60	1.36
23854078--23854251	42	4.2	42	86	0	233	28	20	19	31	1.97
23855184--23855214	4	7.8	4	100	0	62	51	22	0	25	1.48
23857976--23858159	43	4.3	43	91	0	269	26	15	25	33	1.95
23857922--23858159	86	2.8	86	85	3	284	27	14	24	33	1.95
23857921--23858159	129	1.9	127	84	2	325	27	14	25	33	1.95
23868231--23868258	14	2.0	14	100	0	56	64	14	0	21	1.29
23871033--23871058	7	3.7	7	100	0	52	42	0	0	57	0.98
23871035--23871082	24	2.0	25	83	4	62	43	0	0	56	0.99
23874364--23874405	20	2.2	19	83	12	50	16	14	4	64	1.45
23876382--23876744	43	8.5	42	83	3	395	28	27	16	27	1.97
23876781--23876842	30	2.0	32	84	12	85	43	4	3	48	1.40
23876824--23876909	39	2.3	39	82	9	101	59	2	0	38	1.10
23876976--23877059	43	2.0	43	87	0	123	45	11	10	32	1.75
23882654--23882725	33	2.2	33	89	0	108	34	44	4	16	1.67
23882770--23882801	15	2.1	16	94	5	57	46	31	0	21	1.52
23882815--23882854	7	5.7	7	84	0	53	27	50	2	20	1.61
23883594--23883830	41	5.9	41	82	5	277	28	26	23	21	1.99
23883867--23884001	40	3.4	39	79	8	132	20	22	20	37	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23884007--23884032	12	2.2	12	100	0	52	46	23	15	15	1.83
23885108--23885145	4	9.8	4	88	5	60	73	2	23	0	0.95
23890050--23890090	17	2.5	17	85	14	59	75	2	17	4	1.08
23919117--23919146	8	3.8	8	95	0	51	40	6	23	30	1.80
23926028--23926537	27	19.1	27	82	7	451	41	20	16	20	1.90
23926028--23926542	80	6.4	81	81	6	491	41	20	16	20	1.90
23927271--23927460	27	7.1	27	87	3	195	40	20	17	21	1.91
23927277--23927460	54	3.4	54	85	3	237	40	20	17	21	1.91
23927271--23927465	80	2.4	81	85	4	243	40	20	17	21	1.91
23934968--23935026	28	2.1	28	90	0	91	47	1	20	30	1.60

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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