genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.15.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5664195--5664288	30	3.1	30	85	10	122	31	3	0	64	1.09
5664165--5664289	40	3.2	38	79	14	130	31	4	0	64	1.12
5664167--5664304	70	2.0	71	85	4	190	31	3	0	64	1.11
5664492--5664541	22	2.3	22	79	6	57	22	8	8	62	1.49
5665802--5665927	67	1.9	66	80	8	148	40	10	9	39	1.72
5667620--5667646	2	13.5	2	100	0	54	48	0	51	0	1.00
5667814--5667860	15	3.2	14	80	11	58	31	2	0	65	1.04
5669371--5669422	13	4.0	13	84	0	59	32	0	7	59	1.26
5683803--5683839	19	1.9	19	89	10	58	16	5	32	45	1.70
5683806--5683851	18	2.5	19	82	3	58	10	6	36	45	1.65
5685734--5685775	20	2.0	21	86	4	59	2	14	9	73	1.18
5693990--5694022	16	2.1	16	100	0	66	48	12	6	33	1.65
5693993--5694028	16	2.2	16	90	0	54	50	13	8	27	1.71
5697769--5697826	30	1.9	30	85	0	80	41	3	22	32	1.71
5698038--5698069	13	2.5	13	94	0	55	31	0	12	56	1.37
5698164--5698405	50	4.7	50	86	4	297	26	24	29	19	1.99
5698164--5698413	100	2.4	103	88	6	364	26	24	29	20	1.99
5700531--5700804	45	6.1	44	87	6	381	40	20	18	21	1.92
5700531--5700804	90	3.0	90	94	1	460	40	20	18	21	1.92
5700614--5700831	45	5.2	39	77	17	150	39	20	19	20	1.93
5704736--5704780	9	5.3	9	84	10	60	55	31	0	13	1.38
5704736--5704789	9	6.8	8	83	8	58	53	33	0	12	1.39
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5713688--5713743	2	28.0	2	96	0	103	50	1	48	0	1.11
5722907--5722946	20	2.0	20	90	0	62	37	22	0	40	1.54
5733186--5733252	34	1.9	35	84	3	91	43	13	10	32	1.78
5736521--5736552	16	2.1	16	94	5	57	40	0	0	59	0.97
5736508--5736560	27	2.1	26	86	10	74	43	0	0	56	0.99
5739420--5739514	27	3.6	27	80	8	115	21	29	25	24	1.99
5739412--5739667	51	5.1	49	87	2	273	15	32	25	26	1.95
5739516--5739640	24	5.2	24	96	0	214	13	34	25	26	1.93
5739412--5739640	48	4.6	48	89	1	269	16	32	25	25	1.96
5739412--5739645	72	3.1	72	83	6	261	15	32	25	25	1.96
5739461--5739645	24	7.4	27	87	6	193	15	33	25	25	1.95
5739412--5739669	24	10.2	27	83	7	185	15	32	25	26	1.95
5749003--5749087	27	3.3	26	79	11	84	38	17	1	42	1.57
5749101--5749172	26	2.7	26	74	6	65	31	20	5	41	1.76
5749003--5749145	13	11.0	13	67	5	74	35	18	2	42	1.65
5750878--5750937	21	3.0	21	85	4	79	16	23	16	43	1.87
5752441--5752486	17	2.6	18	82	6	58	43	21	4	30	1.72
5754408--5754466	31	1.9	31	89	6	93	59	0	1	38	1.08
5754408--5754501	11	8.9	11	71	22	69	56	0	2	41	1.11
5754408--5754550	39	3.5	40	85	10	182	59	0	2	37	1.12
5754443--5754476	17	2.0	17	94	0	59	55	0	0	44	0.99
5757730--5758009	24	11.3	24	85	6	317	15	33	25	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5757857--5757944	12	7.3	12	68	14	65	11	35	26	27	1.90
5768437--5768826	130	3.0	130	99	0	771	24	17	18	39	1.91
5770611--5770671	27	2.3	27	97	0	113	34	8	31	26	1.86
5771365--5771411	16	2.9	16	78	6	51	31	4	4	59	1.36
5772672--5772703	16	2.0	16	93	0	55	25	0	3	71	1.00
5775019--5775052	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
5777852--5777892	21	2.0	21	90	0	64	29	21	29	19	1.98
5779798--5779831	16	2.1	16	88	0	50	50	14	17	17	1.79
5783423--5783535	33	3.4	32	74	6	84	23	25	18	32	1.97
5783475--5783666	102	1.9	100	88	6	289	27	24	16	31	1.96
5783443--5783642	33	6.0	33	67	10	100	26	24	17	32	1.97
5794400--5794444	23	2.0	23	86	4	65	40	2	17	40	1.62
5794410--5794454	23	2.0	23	82	4	56	35	2	15	46	1.58
5794616--5794654	19	2.0	21	85	10	55	15	10	5	69	1.34
5794859--5794896	15	2.6	15	83	4	51	26	0	2	71	1.00
5794861--5794911	12	4.0	12	82	12	50	29	0	1	68	1.00
5794875--5794912	12	2.8	13	88	11	51	34	0	0	65	0.93
5799940--5799987	25	1.9	25	100	0	96	47	8	4	39	1.53
5801350--5801428	29	2.7	29	96	2	140	58	22	5	13	1.55
5801389--5801443	24	2.3	23	75	9	56	60	25	1	12	1.43
5801392--5801450	25	2.4	24	82	2	64	62	23	3	10	1.42
5802913--5802970	30	1.9	30	96	0	107	31	10	12	46	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5814442--5814505	26	2.5	26	84	2	76	50	1	3	45	1.27
5814840--5814910	33	2.2	33	85	5	92	45	4	0	50	1.21
5817921--5817974	13	4.2	13	82	0	72	31	9	24	35	1.87
5818616--5818722	51	2.1	51	91	0	169	28	23	14	33	1.93
5835632--5835660	14	2.1	14	100	0	58	51	6	13	27	1.66
5839851--5839896	14	3.3	14	81	0	56	50	28	0	21	1.49
5850724--5850884	81	2.0	81	93	0	277	38	5	23	32	1.78
5855203--5855255	20	2.6	21	90	6	90	22	9	37	30	1.86
5857441--5857501	30	2.0	31	96	3	115	26	24	6	42	1.79
5857438--5857497	15	4.1	15	72	10	52	30	23	6	40	1.80
5860089--5860114	8	3.2	8	100	0	52	38	0	0	61	0.96
5861062--5861221	25	6.6	25	84	5	190	18	25	18	36	1.94
5864345--5864404	30	2.0	31	90	3	95	28	16	3	51	1.60
5877608--5877645	19	2.0	20	89	5	60	60	7	2	28	1.38
5885183--5885221	19	2.0	20	90	5	62	58	2	0	38	1.12
5885789--5885823	17	1.9	19	88	11	56	14	5	20	60	1.54
5897703--5897735	15	2.4	14	90	10	50	57	6	0	36	1.23
5897836--5897877	21	2.0	22	90	9	70	50	4	7	38	1.51
5899494--5899567	21	3.6	21	72	7	62	40	20	24	14	1.90
5899490--5899598	41	2.6	42	85	8	152	43	19	22	14	1.87
5903251--5903298	25	2.0	24	91	4	78	43	14	4	37	1.65
5907262--5907307	23	2.0	23	95	0	83	21	15	10	52	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5921560--5921590	16	1.9	16	93	0	53	61	9	0	29	1.28
5921776--5921825	16	3.2	16	78	10	50	56	4	6	34	1.43
5928951--5928976	13	2.0	13	100	0	52	38	23	7	30	1.83
5932969--5933024	22	2.5	22	83	8	69	42	16	5	35	1.70
5932982--5933024	23	1.9	23	90	4	70	39	13	6	39	1.72
5938074--5938118	23	2.0	23	86	4	65	46	15	4	33	1.66
5938071--5938126	22	2.5	22	83	8	69	44	16	3	35	1.65
5938084--5938126	23	1.9	23	90	4	70	41	13	4	39	1.66
5951522--5951578	15	3.7	15	76	6	51	38	8	3	49	1.51
5953415--5953466	21	2.5	20	76	17	52	34	0	5	59	1.21
5953869--5953915	17	2.5	19	86	10	62	68	0	0	31	0.90
5953962--5954001	16	2.6	15	82	17	55	67	0	0	32	0.91
5953956--5954010	17	3.2	17	77	12	58	65	0	0	34	0.93
5954476--5954517	19	2.2	19	86	0	57	38	2	0	59	1.10
5954484--5954569	21	4.1	21	77	11	88	34	0	0	65	0.93
5974564--5974591	14	2.0	14	100	0	56	28	57	0	14	1.38
5983488--5983536	22	2.4	21	80	10	57	36	0	0	63	0.95
5983733--5983789	15	3.5	15	73	17	60	49	5	0	45	1.24
5988695--5988755	27	2.3	25	76	15	59	75	4	8	11	1.18
5988916--5989029	49	2.3	50	92	4	189	30	7	13	48	1.70
5989694--5989733	21	1.9	21	100	0	80	45	0	7	47	1.31
5995007--5995040	3	11.3	3	93	0	59	32	29	0	38	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
5995716--5995774	10	5.5	10	75	15	55	66	1	1	30	1.12
5995789--5995839	26	1.9	26	84	4	66	47	1	3	47	1.32
6000119--6000162	18	2.4	18	85	7	54	15	2	40	40	1.60
6004266--6004335	25	2.8	25	75	10	72	48	0	1	50	1.09
6004263--6004315	21	2.6	21	78	3	63	47	0	1	50	1.12
6004291--6004345	14	3.8	15	76	21	55	49	0	1	49	1.11
6005347--6005393	3	15.7	3	95	0	85	34	0	2	63	1.06
6009035--6009074	10	3.9	10	93	3	62	47	2	0	50	1.14
6010348--6010429	31	2.7	31	81	3	78	53	15	1	29	1.50
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