genome.fa.s24.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: D11
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  73211361

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24874852--24874919	24	3.1	21	76	19	59	76	7	1	14	1.07
24874855--24874913	6	10.0	6	87	3	66	76	6	1	15	1.07
24876346--24876392	15	3.1	15	84	3	58	63	8	4	23	1.40
24880424--24880466	22	2.0	22	86	4	61	67	2	9	20	1.30
24892164--24892208	22	2.0	23	83	8	58	42	6	0	51	1.28
24897747--24898304	279	2.0	280	97	0	1046	42	9	14	33	1.79
24899965--24899998	16	2.2	15	89	5	50	44	0	0	55	0.99
24904935--24904987	3	17.7	3	88	0	79	69	0	28	1	0.99
24907134--24907178	22	2.0	23	83	8	58	42	6	0	51	1.28
24911339--24911393	28	1.9	29	85	3	76	70	0	7	21	1.11
24921070--24921136	29	2.3	29	81	0	80	37	14	26	20	1.92
24921153--24921228	30	2.5	30	81	12	93	36	14	23	25	1.93
24921067--24921228	60	2.7	57	74	11	148	37	15	25	22	1.93
24921100--24921316	90	2.4	90	81	6	237	37	14	24	22	1.92
24921207--24921286	30	2.7	30	78	0	97	43	11	25	20	1.84
24923489--24923633	25	5.8	24	79	13	143	30	20	25	24	1.98
24923485--24923633	75	2.0	75	86	2	210	30	20	24	24	1.99
24929850--24929935	41	2.1	41	95	0	154	31	6	18	43	1.77
24937970--24937997	14	2.0	14	100	0	56	64	14	14	7	1.48
24939034--24939149	25	4.6	25	67	16	78	25	17	25	32	1.96
24939061--24939158	50	2.0	50	87	4	144	26	17	23	32	1.96
24941242--24941315	39	1.9	38	86	2	103	52	5	35	6	1.51
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24965054--24965105	24	2.2	23	80	6	59	44	11	21	23	1.84
24978757--24978781	10	2.5	10	100	0	50	32	8	20	40	1.81
24980065--24980103	13	2.9	13	88	3	51	61	2	5	30	1.31
24980339--24980396	26	2.2	27	78	9	66	46	0	13	39	1.44
24982365--24982404	14	2.9	14	82	17	57	30	0	0	70	0.88
24982441--24982503	29	2.3	26	84	12	83	55	15	4	23	1.59
24982451--24982508	29	2.0	29	100	0	116	55	17	3	24	1.57
24982634--24982675	21	2.0	22	85	4	59	61	21	11	4	1.48
24988407--24988450	5	8.6	5	80	5	52	40	2	18	38	1.63
24999117--24999279	43	3.8	43	75	6	143	34	26	16	22	1.95
25005076--25005105	11	2.6	11	94	5	51	60	0	3	36	1.14
25005098--25005125	13	2.2	13	100	0	56	82	0	0	17	0.68
25006310--25006351	16	2.6	16	85	7	50	71	2	14	11	1.24
25006705--25006753	24	2.0	25	88	8	73	44	4	12	38	1.61
25010425--25010483	11	5.5	11	75	20	54	64	1	0	33	1.04
25016348--25016383	18	2.0	18	100	0	72	27	11	22	38	1.88
25020101--25020127	14	1.9	14	100	0	54	14	14	29	40	1.86
25026897--25026929	5	6.6	5	90	10	50	84	0	15	0	0.61
25030609--25030649	19	2.1	20	90	4	66	48	0	0	51	1.00
25039510--25039914	110	3.7	109	90	2	611	34	20	15	30	1.93
25040012--25040044	16	2.2	15	89	10	50	81	0	0	18	0.68
25040012--25040044	5	6.6	5	90	10	50	81	0	0	18	0.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25040492--25040519	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
25041268--25041300	15	2.1	16	94	5	59	12	15	6	66	1.42
25042041--25042513	219	2.2	218	93	0	793	27	22	20	30	1.98
25042214--25042510	131	2.3	131	77	5	280	27	23	20	28	1.99
25042254--25042594	172	2.0	172	88	2	513	28	22	19	29	1.98
25042175--25042590	87	4.8	84	73	6	314	28	22	19	29	1.98
25042041--25042590	44	12.7	43	71	9	262	28	22	19	30	1.98
25042634--25043394	125	6.1	125	96	0	1396	26	19	19	35	1.95
25063624--25063721	37	2.6	37	78	4	106	25	19	25	29	1.98
25063993--25064061	17	3.9	17	70	14	59	31	7	10	50	1.63
25064893--25065297	110	3.7	110	90	2	604	30	15	19	34	1.93
25091872--25091989	38	3.2	38	68	18	113	55	15	0	28	1.40
25091867--25091974	34	3.1	34	66	18	85	53	16	0	29	1.43
25091880--25092050	72	2.4	70	85	5	200	56	16	0	26	1.40
25092260--25092294	3	12.3	3	93	6	56	0	28	0	71	0.86
25092859--25092936	37	2.1	37	97	0	147	44	19	3	32	1.68
25093537--25093586	25	2.0	25	100	0	100	60	24	0	16	1.36
25097071--25097109	18	2.2	17	86	13	53	33	0	20	46	1.51
25097343--25097441	23	4.3	23	90	0	162	23	20	25	31	1.98
25102556--25102968	132	3.1	131	90	2	639	27	23	17	31	1.97
25102947--25103962	46	22.1	46	90	1	1473	29	26	16	27	1.97
25105051--25105097	21	2.2	21	88	0	67	25	38	10	25	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25106068--25106100	7	4.6	7	92	7	57	0	12	0	87	0.53
25106068--25106100	15	2.3	15	94	5	59	0	12	0	87	0.53
25106116--25106177	8	8.2	8	81	13	62	9	0	8	82	0.85
25106128--25106178	15	3.3	15	86	5	66	7	0	7	84	0.78
25109911--25109956	18	2.6	18	79	3	58	50	2	10	36	1.50
25112160--25112238	37	2.1	37	88	0	113	24	31	20	24	1.98
25112357--25112856	47	10.5	47	92	1	775	28	29	9	32	1.88
25116448--25116719	40	6.8	40	86	0	382	26	25	21	27	1.99
25117933--25118011	37	2.1	37	88	0	113	24	31	20	24	1.98
25118130--25118678	47	11.5	47	93	1	855	28	30	9	31	1.88
25122524--25122549	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
25122415--25122538	61	2.0	61	98	0	239	36	8	2	53	1.44
25122760--25122791	16	2.0	16	93	0	55	46	0	0	53	1.00
25122951--25123000	3	16.7	3	100	0	100	34	0	0	66	0.92
25124096--25124248	78	2.0	78	97	0	288	38	26	24	11	1.88
25130129--25130168	21	1.9	21	84	0	53	20	37	30	12	1.89
25132236--25132330	5	19.0	5	73	22	60	40	1	2	56	1.18
25132274--25132328	24	2.2	24	96	3	101	41	0	0	58	0.98
25132275--25132310	19	1.9	18	94	5	63	41	0	0	58	0.98
25132339--25132373	15	2.2	16	90	5	54	65	2	25	5	1.28
25133860--25133886	13	2.1	13	100	0	54	37	0	14	48	1.45
25134615--25134649	18	2.0	17	88	5	52	45	0	0	54	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25134811--25134905	45	2.1	45	86	1	129	33	26	5	34	1.79
25134886--25134937	16	3.2	16	91	0	77	36	34	0	28	1.58
25154729--25154797	27	2.6	27	75	9	68	33	13	27	26	1.93
25157441--25157787	41	8.4	41	86	0	451	21	21	26	30	1.98
25158013--25158059	14	3.3	15	79	8	53	29	0	29	40	1.57
25158309--25158345	15	2.5	15	91	4	58	27	0	37	35	1.57
25158351--25158392	15	2.9	15	82	3	59	21	0	40	38	1.53
25158807--25158854	19	2.5	19	89	0	69	77	2	2	18	0.97
25160439--25160492	19	2.9	18	83	10	65	38	1	0	59	1.08
25162770--25162826	27	2.2	26	81	9	62	26	8	1	63	1.34
25163112--25163206	43	2.2	42	81	5	109	18	15	32	32	1.93
25173325--25173419	43	2.2	43	90	3	147	30	28	17	23	1.97
25177549--25177576	6	4.7	6	100	0	56	85	14	0	0	0.59
25178047--25178087	7	5.9	7	82	0	55	31	48	0	19	1.49
25178045--25178108	14	4.6	14	80	14	71	35	45	0	18	1.50
25178043--25178111	21	3.3	21	77	4	77	36	44	0	18	1.50
25178079--25178118	21	1.9	21	84	0	53	42	45	0	12	1.42
25179072--25179488	41	10.1	41	81	5	437	28	29	20	21	1.98
25180087--25180216	49	2.7	49	81	1	145	32	13	28	26	1.93
25188014--25188047	18	2.0	16	88	11	50	61	20	5	11	1.50
25188467--25188504	20	2.0	20	84	5	51	47	2	0	50	1.15
25204845--25204881	19	1.9	19	89	10	58	62	5	0	32	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25206607--25206636	12	2.5	12	88	0	51	60	3	6	30	1.39
25206800--25206843	22	2.0	23	82	13	56	43	4	2	50	1.35
25207529--25207584	22	2.6	22	80	5	53	46	3	0	50	1.19
25208181--25208219	14	2.8	13	92	7	60	33	20	7	38	1.81
25210771--25210823	2	26.5	2	100	0	106	50	49	0	0	1.00
25211486--25211655	41	4.1	41	91	1	279	20	28	20	30	1.97
25211635--25211676	21	2.0	21	100	0	84	23	28	14	33	1.94
25211594--25211717	62	2.0	62	85	3	169	25	28	17	29	1.98
25213400--25213458	28	2.0	31	83	9	79	50	5	0	44	1.24
25215027--25215137	43	2.6	43	81	4	127	31	26	17	25	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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